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BICH Study > Bio Mol II Examen 1 > Flashcards

Bio Mol II Examen 1 Flashcards

1
Q

un modèle d’étude représenté par une cellule ou un organisme mutant chez lequel la fonction de cette
protéine est ___ , ___ ou ___

A

sousactive , absente ou suractive

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Q

génétique classique :

A

Ça commence par l’isolement d’un organisme mutant qui semble présenter une déficience pour un processus biochimique spécifique ou une faute phénotypique.

Then, on trouve la gêne pour pouvoir l’étudier

(phénotype -> étudie gene muté)

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Q

reverse genetic

A

(Can be bias :/ not cool)

On induit une mutation sur un organisme et la on étudie le phénotype

(mute gene -> étudie phénotype)

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4
Q

hybridation à sonde nucléique (FISH / fluorescence in situ hybridation) :

A

Technique utilisé pour observer les endroits et les moments auxquels les acides nucléiques sont exprimés dans une cellule ou un organisme.

 gene d'interêt - TAGTCTAGCC sonde spédifique - ATCAGATCGG---(fluorophore)
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5
Q

immuno-détections (IFA / immunofluorescence assay) :

A

technique utilisé pour observer les endroits et les moments auxquels les protéines(IFA) sont exprimés dans une cellule ou un organisme.

(PROTÉINE)—(Anticorps spécifique + Fluorophore)

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6
Q

Qu’est-ce qui arrive si on a deux (genes/protéines) lors du (FISH/IFA), un rouge(gene/protéine #1), un bleu (gene/protéine #2).
I) #1 est exprimé
II) #2 est exprimé
III) les deux sont exprimés

A

I) rouge
II) bleu
III) violet

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7
Q

allèle:

A

les différentes formes ou variations d’un gène.

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8
Q

mutation:

A

cas dans lesquels on sait qu’un nouvel allèle vient d’apparaître

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9
Q

type sauvage (wt pour wild type)

A

un génotype standard que sert de référence pour les expériences de croisement.

On appelle généralement le type sauvage l’allèle présent à une fréquence nettement supérieure à celle de toutes les autres possibilités (norme ou non-mutant).

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10
Q

rescue

A

(Gonna need help)

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11
Q

haploïdes vs diploïdes

A

haploïdes (un seul jeu de chromosomes. usually bacteria)
diploïdes (deux jeux de chromosomes).

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12
Q

homozygote vs heterozygote

A

homo - ayant deux allèles identiques BB, bb, vv
et
hetero - ayant deux allèles différentes Bb, Bv, bv

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13
Q

Genotype
________
1- allèle wt + allèle wt
2- allèle wt + allèle mutant dominant
3- allèle wt + allèle mutant recessive
4- allèle mutant recessive + allèle mutant recessive
5- allèle mutant dominant + allèle mutant dominant

Phénotypes: ???

A

1- phénotype : wt
2- phénotype : mutant
3- phénotype : wt
4- phénotype : mutant
5- phénotype : mutant

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14
Q

haplo-insuffisants :

A

les deux allèles sont nécessaires au fonctionnement normal de la cellule. (must be dominant to work)

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15
Q

Kinase :

A

ajoute des phosphores

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16
Q

Dominant négative

A

Mutation dominant qui cause une phénotype muté néfaste (produit une perte de fonction)

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17
Q

Mutation ponctuelle definitions: (4 types)

A

mutation qui affecte une seule base
- (peut être silencieuse, faux-sens, non-sens
et de cadre de lecture avec AUG)

ex:
gene initial: ACA G TCATA
gene muté: ACA T TCATA
gene muté: ACA _ TCATA

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18
Q

mutation léthal :

A

phénotype = mort (pretty much always rec)

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19
Q

gamètes :

A

spermatozoïde et ovule

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20
Q

les cellules du corps (cellules somatiques) se divisent normalement par…

A

mitose

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21
Q

les cellules germinales, qui donnent naissance aux gamètes, se divisent par…

A

méiose

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22
Q

P0 = gamète avec AA muté + gamète avec aa wt

(cas de gene wt rec et gene muté dom)

décrit F1 et F2 :

A

AA + aa | P0 (AA=muté, aa = wt)
↓ |
A/a | F1 (All muté)
↓ ↓ ↓ ↓ |
AA, Aa, aA, aa | F2 (3/4 muté, 1/4 wt)

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23
Q

criblage

A

ex: induire mutations to fuck ton of fruit flies and only observing those that have no wings.

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24
Q

P0 = gamète avec bb muté + gamète avec BB wt

(cas de gene wt dom et gene muté rec)

décrit F1 et F2 :

A

bb + BB | P0 (bb=muté, BB= wt)
↓ |
b/B | F1 (All wt)
↓ ↓ ↓ ↓ |
bb, bB, Bb, BB | F2 (1/4 muté, 3/4 wt)

25
Q

complementation génétique (pour les mutations recessives):

A

Une analyse par complémentation génétique permet de déterminer si des mutations récessives se trouvent dans le même gènes où dans des gènes différents.

En autres mots, c’est la restauration du phénotype sauvage par le croisement de deux mutants homozygotes différents.

ex:
x=mutation
_______________________________________
Allèles P0 Allèles F1

Ax - B |
Ax - B |
et |——–> Ax - B (pas de complementation!)
Ax - B | Ax - B (F1 mutant)
Ax - B |
________________________________________

Allèles P0 Allèles F1

Ax - B |
Ax - B |
et |——–> Ax - B (complementation!)
A - Bx | A - Bx (F1 Wild type)
A - Bx |
________________________________________

26
Q

simple mutant vs double mutant vs triple mutant :

Enzyme X        Enzyme Y        Enzyme Z A----------------->B---------------->C---------------->D \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_ Simple mutant: X -    =   accumulation de \_\_ Y -    =   accumulation de \_\_ Z -    =   accumulation de \_\_ \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_ Double mutant: X -  et  Y -   =   accumulation de \_\_ Y -  et  Z -   =   accumulation de \_\_ X -  et  Z -   =   accumulation de \_\_ \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_ Triple mutant: X -  et  Y - et  Z -   =   accumulation de \_\_ \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
A

Simple mutant:
X - = accumulation de A
Y - = accumulation de B
Z - = accumulation de C
_________________________________
Double mutant:
X - et Y - = accumulation de A
Y - et Z - = accumulation de B
X - et Z - = accumulation de A
_________________________________
Triple mutant:
X - et Y - et Z - = accumulation de A
_________________________________

CELA AIDE À DETERMINER L’ORDRE DE SYNTHÈSE DES PRODUITS ET LES ENZYMES.

27
Q

L’ADN recombinante :

A

L’ADN recombinante désigne toute molécule d’ADN constituée de séquences provenant de différentes origines. Utilisé pour produire de l’ADN en grande quantité.

28
Q

Protéine recombinante et ARN recombinant:

A

Protéine ou ARN dérivé d’un ADN recombinant.

29
Q

La fréquence de duplication d’ADN recombinante dépend du(3):

A

– type de la cellule hôte (bactérie favorisé)
– niveau d’activité la cellule hôte
– type de promoteur sur le vecteur d’ADN

30
Q

Étapes pour l’analyse de la clonage d’ADN recombinant (8) :

A
  1. Excision du gene d’interêt avec des enzymes de restrictions (formation de ligand)
  2. Ouverture de vecteur (plasmide)
  3. Ligation de l’insert au vecteur (ADN ligase)
  4. TRANSFORMATION du cellule hôte (bactérie) avec le vecteur+insert pour multiplier l’ADN
  5. prolifération du bactérie
  6. Extraire l’ADN séléctivement (Blanc-Bleu)
  7. Insertion dans le cellule cible (Manipulation).
  8. expression de la protéine recombinante
31
Q

Enzyme de modification

A

Protège l’ADN contre les enzymes de restrictions en ajoutant des méthyls sur les sites de restrictions de l’ADN.
(Dans le labo, on utilise des bactéries mutantes en méthylase pour faciliter le formation d’ADN recombinant)

32
Q

bactériophage :

A

virus pour un bactérie

33
Q

Enzyme de restriction de type I

A

reconnaissent une séquence d’ADN spécifique et coupent en
un endroit aléatoire, en général assez éloigné du site reconnu (jusqu’à quelques centaines de pb
de loin).

34
Q

Enzyme de restriction de type II

A

Ils sont les plus utilisées, reconnaissent une séquence spécifique et coupent à un endroit spécifique de cette séquence. La grande majorité des enzymes de restrictions consiste de type II. Ces dernières sont également les enzymes les plus utilisées dans les
laboratoires comme outils de biologie moléculaire. Les enzymes de restrictions de type II sont sous classifiées basées sur leur site de reconnaissances. La plupart des type II reconnaissent et coupent dans un site palindromique spécifique (c-à-d que la séquence du site de restriction est la même sur chacun des deux brins d’ADN lus dans son sens 5’→3’) tandis que les types IIa reconnaissent des séquences non palindromiques et coupent à l’extérieur du site de reconnaissance.

35
Q

Enzyme de restriction de type III

A

reconnaissent une séquence d’ADN spécifique et coupent en
un endroit aléatoire, en général assez éloigné du site reconnu (jusqu’à quelques centaines de pb
de loin).

36
Q

Enzyme de restriction de type IV

A

Les enzymes de restriction de type IV ciblent seulement les ADN méthylés.

37
Q

overhang 5’

A

ex:
3’—CGGATCC-5’ 3’-G—5’
5’—G-3’ 5’-CCTAGGC—3’

38
Q

overhang 3’

A

ex:
3’—C-5’ 3’-CTATAG—5’
5’—GATATC-3’ 5’-C—3’

39
Q

blunt ends

A

ex:
3’—CTA-5’ 3’-TAG—5’
5’—GAT-3’ 5’-ATC—3’

40
Q

fragments de restrictions

A

des fragments d’ADN formé après l’activité de(s) enzyme(s) de restriction(s), pour former une carte de restriction.

41
Q

P18 PwrPt2

A

Carte de restriction example

42
Q

Quelle est la fréquence de site de restriction ainsi que la taille moy des fragments d’ADN pour n’importe quel enzyme de restriction de grandeur 4pb, 6pb 7pb et 8pb?

A

taille du site reconnu| |fréquence du site| | taille moy. des fragments
4 | | 4^4 | | 256bp
6 | | 4^6 | | 4096bp
7 | | 4^7 | | 16 384bp
8 | | 4^8 | | 65 536bp

43
Q

Combien de fragments seraient crée pour
-l’ADN linéaire
et
-l’ADN circulaire
avec n sites de restricitons?

A

– si l’ADN est linéaire, le nombre de fragments=n+1

– si l’ADN est circulaire, le nombre de fragments=n

44
Q

Le retrait de portions indésirables existant à l’état
naturel dans les plasmides d’E. coli produit des vecteurs
plasmidiques de 1.2 à 3kb de circonférence qui
contiennent trois régions essentielles pour le clonage de
l’ADN:

A

– une origine de réplication
– un marqueur permettant la sélection (marqueuer de séléction)
– une région spécialisée pour recevoir un insert d’ADN d’intérêt (site declonage multiple OU polylinker)

45
Q

origine de réplication:

A

Les enzymes de la cellule hôte répliquent un plasmide en commençant au niveau de l’origine de réplication (ORI), une séquence spécifique d’ADN de 50 à 100 pb. Une fois la réplication de l’ADN initiée au niveau de l’ORI, elle se poursuit autour du plasmide circulaire sans tenir compte de la séquence nucléotidique. Ainsi, n’importe quelle séquence d’ADN insérée dans l’un de ces plasmides est répliquée en même temps que le reste de l’ADN plasmidique

46
Q

marqueur de sélection:

A

Ce gène sélectionnable tel que amp^r , kan^r , zeo^r confère la résistance de la cellule transgénique au milieu de sélection afin de sélectionner positivement le cellules exprimant le plasmide

47
Q

site declonage multiple (polylinker) :

A

L’incorporation d’un polylinker synthétique contenant les séquences de reconnaissances de plusieurs enzymes de restrictions différentes augmente l’adaptabilité d’un vecteur plasmidique. Le SCM est conçu de sorte que chaque site dans le polylinker est unique sur le plasmide

48
Q

did madame answer you about le réponse pour Manipulation de l’ADN – Exercice #2 au diapo 12 du power point “Chapitre 2.2 - L’ADN recombinant et l’ADN vectoriel”? (AND exercice #3)

A

hope so man

49
Q

pourquoi traite-t-on nos bactéries(E.coli) avec du CaCl2/ClRb avant l’insertion des plasmides?

A

Afin qu’elles deviennent des cellules compétentes. Une cellule compétente est alors permissive pour recevoir et répliquer le nouveau matériel génétique (AKA notre plasmide modifiée). Les cellules filles vont avoir le plasmide transformé off the bat lors de la naissance (clonage d’ADN).

Les autres cellules E.coli (ceux qui ne sont pas compétentes) vont mourir sur le plateau d’ampiciline

50
Q

si le plasmide porte un gène conférant la résistance à un antibiotique tel que l’ampicilline…

A

Les cellules transformées peuvent être sélectionnées grâce à une culture sur un milieu sélectif contenant de l’ampicilline.

51
Q

ampiciline est une

A

antibiotique

52
Q

vecteur TA :

A

molécule crée par PCR qui a un overhang de 1pb en 3’ soit un A ou un (T/U)

53
Q

système bleu-blanc role :

A

Ça permet d’identifier si un bactérie à recu notre plasmide modifiée. Dans un pétri, on va voir des colonies blancs et bleus.
Blanc = modifiée avec notre insert. (X-gal hydrolysée)
Bleu = pas d’insert. (X-gal PAS hydrolysée)

54
Q

que fait l’épitope?

A

on peut ajouter (tagger) un épitope à un bout N-ter ou C-ter c’une protéine pour être reconnue pour créer un région cible pour un anticorps qui lui est spécifique.

55
Q

cosmide :

A
  • Les vecteurs cosmidiques sont des hybrides des plasmides et d’ADN phagique lambda. Les cosmides sont utilisés pour le clonage ou la fabrication de banques d’ADN contenant des longs fragments d’ADN tels que les gènes contenant de gros introns.
  • Tout comme les plasmides, les cosmides contiennent une origine de réplication, un gène de résistance et une séquence polylinker. La longueur des fragments d’inserts peuvent s’allonger jusqu’à 35-45kb.à
  • Une banque d’ADN à partir de cosmides peux être générée dans un système phagique lambda. Dans ce dernier, tous les gènes codants pour les protéines virales sont absentes. Les virus recombinants dans ce cas, ne forment pas de nouvelles particules virales.
  • Puisque la plupart des gènes eucaryotiques sont environ de 30 à 40 kb en longueur, l’utilisation de cosmides pour l’étude des gènes augmente les chances pour l’isolement d’un gène ou d’une unité transcriptionnelle au complet.

-(hybride de phage lambda et plasmide)
-(plus longue (35kb-45kb) )
-(Utilisé pour créer des banques d’ADN)

56
Q

si on met a ton of vecteurs and a ton of inserts in a melange, et on insert toute ça dans une bactérie which ones will survive and which ones will be degraded?

A

Survive:
Vecteur+Insert :)
Vecteur with himself (circulaire)
Vecteur + Vecteur

Degraded:
Insert with himself (circulaire)
Insert+Insert
Insert linéaire
Vecteur linéaire

57
Q

Cycle lytique

A

1.Bactériophage lambda (virion) inserts ADN dans le bactérie
2.Particules virales + ADN repliqué en surplus
3.Combinaison de Particules virales et l’ADN repliqué pour créer des nouvelles bactériophages lambdas (virions)
4.Production de plusieurs bactériophages lambdas vont provoquer le lyse du bactérie ainsi, la liberation de beaucoup de bactériophages lambdas (virions)

58
Q

deux types de banques d’ADNs

A

– Banques d’ADN génomiques : le génome au complet est souvent digéré dans des petits fragments afin de manipuler les séquences en question. Cette banque contient un ensemble de clones recombinants représentant tout l’ADN présent dans un organisme individuel (ADN chromosomique).

– Banques d’ADN complémentaires (ADNc). Cette banque consiste d’ADN complémentaire aux ARNm complets isolés d’une cellule ou d’un tissu donné.

59
Q

structure du bactériophages lambdas (virions) :

A

tête avec ADN, queue

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