Bases de la biochimie Flashcards
Nomme 3 principes de la vie
Compartimentation
Réplication
Métabolisme
Définit la compartimentation, réplication, métabolisme
c: contenir les composantes et les distinguer de l’environnement
r: traiter et transmettre des infos héréditaires à sa progéniture
m: capturer l’énergie et ressources matérielles en restant loin de l’éq thermodyn
nomme qq caractéristiques de la vie
nature organique
haut degré d’organisation
préprogrammation
interaction
adaptation
reproduction
évolution
c quoi les conditions qui ont mené l’histoire de la vie
on commence par bigbang (H,He), formation d’étoiles, et de la Terre
C O N H, forment l’atmosphère primitive, il forment les a.a. et des protéines
les protéines forment le procaryote primitif et l’eucaryote ancestral (vie)
c’est quoi la phylogénie
c’est la combinaison des arches, des eucaryotes et des bactéries = arbre de la vie. Étude des liens entre les espèces.
les principaux atomes qui composent l’humain
O 65%
C 18%
H 10%
N 3% (Ca, P)
Total 99%
l’Adulte est composé de cmbn d’Atomes et d’eau
7 x 1027 atomes
60% eau
nomme les éléments sans fonctions et toxiques
sans fct: Cs , Ti
too: Cd, Pb, Hg, As, radioactifs
nomme 3 roles des ions et du gaz
ions: osmolarité, pH, PA
gaz: respiration, cofact, signaux
nomme 3 roles des Mols simples et complexes
s: énergie, monomères, signaux
c: catalyse, monomères, transport
nomme 3 roles des polymères et des Mols complexes
poly: reserve, structure, isolation
complx: isolation, métabolisme, protection
c’est quoi le rapport complexité-système
plus la complexité entre les molécules augmente, plus elles seront dépendantes entres elles, plus les systèmes sont générés
l’intégrité du vivant dépend de quoi
elle dépend de la communication et de la Collaboration des molécules différentes
nomme les diffs liaisons chimiques
covalentes, ioniques, coordination, dipôles (L, VdW…), H
les liaisons influencent quoi dans la chimie
la réactivité chimique
définit la e-neg et sa fonction dans les liaisons chimiques
capacité d’un atome à attirer des e-
le type de liaison chimique dépend de la e-neg
nomme les atomes qui font des liaisons coval
H, O, C, N, P, S
comment les e- sont partagés en covalent
miss en commun d’une paire de e-
chaque atome fournis 1 e-
définit liaison cov simple double
s: formée par 1 doublets d’e-
d: 2-3 doublets d’e-
nomme les 5 gr O2 importants et où ils se trouvent
alcool: glu, a.a.
cétone: cétoses, métabolisme
aldéhyde: aldoses
a. carboxylique: a. gras, a.a.
ester: trigly
nomme 5 gr N, S, P et où ils se trouvent
amine: a.a. , nuclot
amide: pept, prot, coA, péniciline, nylon
Thiol: Cystéine, coA
pontDiS: prot, cys
phosphate: prot, a.nuc, CoA, NAD/NADH, PhLip
c’est quoi l’enthalpie d’une liaison
énergie qu’il faut fournir pour briser un lien
les atomes en interaction se retrouvent où
dans un puit de potentiel. on y fournit de l’énergie pour briser les liens
exo endo?
exo: enthalpie + que 0 (abs chaleur)
endo: enthalpie - que 0 (lib chaleur)
l’énergie libre indique quoi
si la réaction peut avoir lieu, et son orientation
comment on calcule la valeur é d’un aliment
avec la calorimétrie, ou avec des données connues des protéines glucides lipides et alcools
définit la liaison de coord
liaison covalente ou les e- partagés proviennent slmt d’un seul atome dans l’interaction.
l’autre atome = accepteur
donne un exemple de liaison de coordination
ligand + ion métal
caractérise les interactions dipôle-ion
solvatation: eau NaCl (dipôle-ion)
nomme les interactions dipôle-dipôle
permanent
pemanent-induit
instantané-instant/induit (London, VdW)
l’emplacement du ion détermine quoi
il peut créer des dipôles transitoires = instantanés
il est pas uniforme
décris les liaisons H
faible, commune
doublet e- et H
dipole-dipole
sensible à la position des atomes impliqués
les atomes qui participent au pont H sont de quelle nature
nucléophile (N,O)
electrophile (H)
les liaisons H se trouvent où
ADN double hélice
les forces hydrophobes servent à quoi
nécessite h2o
essentiel à la formation d’une bicouche lipidique
c quoi la relation lipide-volume
plus un agrégat lipidique est grand, plus le ratio surface/volume est petit
définit hydrophile
aime eau. gr polaires orientés dans l’eau
définit hydrophobe
aime pas eau. insoluble dans eau. lipophiles. (ex. benzène)
définit amphiphile
2 caractères hydrophiles/phobes (ex. membranes)
le caractère amphiphile du cholesterol permet quoi
solubiliser les graisses
3 caractéristiques des forces faibles
- se forment rapidement, transitoires
- dépendent de l’orientation de la molécule
- t++ les déstabilise
nomme les facteurs qui influencent le pKa
- e-negativité : plus il est ange plus il est capable de conserver la charge négative, plus il est acide
- la résonance augmente acidité: la délocalisation de charges stabilise la molécule
le pouvoir tampon fait quoi
il permet à un pH d’être stable suite à l’ajout d’un acide/base
comment un solution devient tampon
si son pH s’approche du pKa
à quel pH le pouvoir tampon est max
pH = pKa
nomme des tampons dans le vivant et in vitro
viv: tampons phosphates, bicarbonates (7,4 pH)
vitro: HEPES, PIPES, MOPS, TRIS
dans quelle cas le C est oxydé ou réduit dans la synthèse du glucose
ox: liaison C=O, charge +
red: liaison C-H, charge -
nomme 3 caract.ristiques de la réduction du C
- gain e-
- gain H
- perd O
nomme 3 caractéristiques de l’ox du C
- perd e-
- perd H
- gain O
quand C-H augmente c quoi ? quand C-H diminue c quoi?
aug: redu
diminue: oxyd
nomme 5 critères du calcul d’oxydation
- élément + lui mm = 0
- O2 = -2
- H = +1
- si on add degré ox = charge
- calcul
diapo 86
c d a b
nomme un cas d’apparition de rad libres
le stress oxydatif (générer bcp d’oxydants)
c quoi un rad libre
porteur d’e- non apparié
très réactif
réagit avec biomols (remplir valence)
nomme deux espèces oxyd rad ou nn rad
ROS, RNS
nomme 2 caractéristiques des rads
plus réactifs que nn rad
nn rad = rad
donne 4 rads oxydés
anion superoxide
radical hydroxyle
rad peroxyle
rad alkoxyle
c quoi un antioxydant
agent qui ralentit initiation ou propag et/ou termine la chaine rad
nomme des antioxydants célèbres
carotenoids
acide ascorbic, a-tacopherol
SOD
Vit C
Thiol antiox
Flavonoids
les antioxyd peuvent être…
des sources alimentaires, générés par notre corps
nomme les conséquences du stress ox
-proteines: maladies auto-immunes
-a.nuc: mutations, cancer
- lipoprot plasma: athérosclérose, maladies coronariennes
- a.gras: inhibition
