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SBP1035 > 2. Génome > Flashcards

2. Génome Flashcards

1
Q

Rappel: c quoi un génome

A
  • genes + chromosomes
  • 23 paires de chromosomes
  • genes codent pour des proteines dans chromo
  • 3.3 milliards paires de bases
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2
Q

combien de genes codent pour les protéines

A

21 306

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3
Q

définit: gene

A

région d’ADN qui controle un caractéristique héréditaire spécifiant la synthèse d’ARNm ou ARN fonctionnel

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4
Q

c quoi le % des genes de proteines

A

2% pour 21 306 genes

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5
Q

l’équilibre cellulaire consiste de quoi (activité cellulaire)

A
  • différenciation/spécialisation cell
  • réponse cell
  • division cell
  • mort cell
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6
Q

les cellules de l’organisme diffèrent comment

A

de leur structure et de leur fonction
elles contiennent toutes le mm genome mais sont différentes

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7
Q

c quoi le dogme de la bio moléculaire

A

la cell doit se spécialiser, métaboliser, croitre, se défendre et mourir
elle doit transcrire des genes spécifiques en ARNm qui sont traduits en proteines

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8
Q

c quoi les étapes de la transcription

A
  1. initiation
  2. élongation
  3. terminaison
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9
Q

c quoi la transcription

A

processus par lequel ARN polymérase synthétise ARN à partir du code génétique du gene

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10
Q

c quoi le brin codant

A

c’est celui des deux brins d’ADN double brin utilisé pour la transcription.
c’est une séquence codante pour des protéines.

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11
Q

c quoi la ressemblance entre le brin codant et ARNm

A

la séquence du brin codant est identique à ARNm sauf que T remplace U dans le brin codant

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12
Q

le brin non codant est appelé comment

A

transcrit
lu
matrice

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13
Q

la polymérisation d’un nouveau brin se fait dans quel sens

A

elle se sait par les ARN polymérise lors de la transcription de 5’-3’ pour l’attaque nucléophile du phosphate
antiparallèle

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14
Q

c quoi la matrice lue

A

les gènes d’ADN

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15
Q

c quoi les réactifs, le produit et l’énergie de la transcription

A

R: NTPs, ribonucléotides triphosphate
Énergie: ATP GTP, déplacement de polymérase et polymérisation
P: ARNm

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16
Q

c quoi la machinerie transcriptionnelle de la transcription

A

proteines qui lisent ADN pour polymériser un ARN
- ARN polymérase
- facteurs de transcription
- élongation
- terminaison

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17
Q

2 conditions pour débuter la transcription

A
  1. positionner ARN polymérase aux bons endroits
  2. ADN doit être décondensée (par fact transcrip)
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18
Q

c quoi les 3 types de ARN poly chez les eucaryotes

A

1 et 3: transcription de genes qui codent pour ARNr et ARNt
2: transcrit majorité des gènes, 21 306

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19
Q

DIAPO 17

A
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20
Q

ecq les ARN poly peuvent s’attacher tt seul sur les brins

A

non, elles ne peuvent pas faire ca pour initier la transcription tt seules.

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21
Q

comment alors se lie ARN poly II

A

avec une région promotrice: séquence régulatrice
le facteur de transcription

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22
Q

c quoi les facteurs de transcription

A

c des recruteurs d’autres protéines sur le promoteur
séquence régulatrice
il existe +2000

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23
Q

les proteines de facteurs de transcription possèdent quoi et ca permet quoi

A

2 domaines:
site de liaison
domaine d’activation/répression
ca permet d’interagir avc co-facteurs, co-activateurs

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24
Q

placer les joueurs: FT

A

reconnaissent séquences ADN (régulatrices) et s’associent a CF (domaine de liaison ADN).
Les domaines de transactivation/transrépress lient CF

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25
Q

c quoi les CF cofacteurs

A

-modifient l’acétylation des histones HAT et HDAC
ou
-forment le complexe multiproteique: médiateur (coactiv de transcription eucaryotes)
- complexe de remodelage de chromatine impliqué aussi dans initiation

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26
Q

DIAPO 20!!!!!

A
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27
Q

c quoi les 3 groupes des facteurs de transcription

A
  1. facteurs de transcription généraux
  2. facteurs de transcription constitutifs
  3. facteurs de transcription inductibles
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28
Q

c quoi 1. les fact de transcr généraux

A

ARN poly II , ils forment un complexe de départ qui détermine le site d’initiation de transcription.
Complexe basal de transcription appelé complexe de préinitiation

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29
Q

le TFIID dans le gr 1 (généraux) fait quoi

A

il reconnait la boite TATA et permet à ARN pol II de lier le promoteur
sans lui ARN sait pas ou aller et il a une activité d’acétyl transférase qui décondense le matériel.

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30
Q

le gr 2 des facteurs constitutifs font quoi

A

lient ADN au site de demarrage.
-Sp1 active transcript et se fixe sur motifs GC
-CTF activ transcript se fixe à CAAT
ils stabilisent la liaison TFII et ARN poly II

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31
Q

le gr 3 facteurs transcript indicibles fait quoi

A

Reconnaissent une séquence proximale et distale régulatrices
recrutent proteines cofact HAT HDAC
le complexe médiateur joue un role
= les FT activés par les messager chimiques liés à des récepteurs membranaires ou nucléaires

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32
Q

nomme un ex de FT general et constitutif et transcript et leurs roles

A

general: TFIID (reconnait promo min)
constitutif: Sp1 (reconnait GC)
induct: tt les FT (reconnaissent séq proximal distal)

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33
Q

les séquences prod distales permettent quoi

A

recrutement de protéines (cofact avc HAT HDAC)
modifications des histones

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34
Q

comment les FT sont activés

A

par la présence de messagers chimiques qui se lient à des récepteurs membranaires ou nucléaire

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35
Q

c quoi le promoteur minimal et son role

A

c la plus petite unité nécessaire/suffisante à l’initiation de la transcription par ARN Pol II + FT
-ROLE: recruter ARN polly II et former complexe de préinitiaiton

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36
Q

l’élément principal du promo minimal est constituée de quoi

A

la boite TATA
elle est située à une trentaine de paires de bases du site d’initiation

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37
Q

la séquence ADN TATA est reconnue par qui comment

A

par la machinerie transcriptionnelle
via TBP du facteur de transcription TFIID

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38
Q

nomme 2 des facteurs de transcription généraux

A

TFIID TFIIH

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39
Q

le TFIID est composé de quoi

A

TFIID: TAFII250 TBP
TAFII250 décondense et TBP reconnait la boite TATA

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40
Q

c quoi le role de TFIID et TFIIH

A

TFIID: recrutement de ARNpolyII au promoteur
TFIIH: héllicases (ouvrir double brin) et kinases (phosphorer ARN poly II)

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41
Q

qu’est ce qui constitue la machinerie transcriptionnelle de base et c quoi la fct

A

ARN poly II et facteurs de transcription généraux
-modulant le taux d’expression des gènes en réponse à divers signaux

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42
Q

la formation de complex de préinitiaiton indique quoi

A

que ARN poly II a reçu une stress et avec l’aide de TAFII250, ADN est décompter pour stabiliser l’état de pré initiation
ceci favorise le fait que ARN poly II va lire l’ADN

43
Q

comment le complexe de préinitiation est stabilisé

A

TAFII250 a une activité HAT qui déconvenue la chromatine

44
Q

c quoi exactement la TAFII250

A

elle est une ss unité de TFIID qui assemble le complexe de préinitiation
elle possède des protéines HAT
elle acétyle les histones de la boite TATA pour décondenser l’ADN et stabiliser la liaison de ADN à TATA

45
Q

c quoi le role de FT et CF dans l’acétylation des histones

A

FT lis ADN
VF a une activité acétyle transférase qui modifie histones, pour perdre charge + et décondenser ADN

46
Q

le gr acétate ACoA fait quoi dans l’acétylation des histones

A

il est le précurseur de la production de carbones pour l’acétylation

47
Q

c quoi le complexe SWI/SNF

A

complexe protéique pour déplacer nucleosomes
le système tire sur l’enroulement pour révéler les sites et les rendre dispo (remodeler chromatine)
- ils acétyle histones pour décondenser

48
Q

c quoi les histones acétyltransf ou DAT

A

HATs: p300, CBP, PCAF, TAFII250

49
Q

nomme les composantes de TAFIID, SP1, CTF

A

TAFIID: TAFII250
SP1: p300, CBP, PCAF
CTF: p300, CBP, PCAF

50
Q

c quoi le role du médiateur

A

il lie les facteurs de transcription inductibles et généraux, permettant le repliement momentané d’ADN.

51
Q

les facteurs de transcription inductibles font quoi d’autre

A

lier les cofact transcriptionnels pour finaliser la décompensation de la chromatine
annonce le début d’élongation de la transcription

52
Q

c quoi le complexe médiateur

A

permet l’interaction des FT inductibles avec la machinerie transcriptionnelle de base
(ARN pol II, TAFs)
c la colle qui stabilise les facteurs de transciption

53
Q

DIAPO 41

A
54
Q

résumé: l’initiation de transcription se fait cmmt

A

par le positionnement de protéines sur la région promotrice ou les régions régulatrices
permet de recruter les enzymes modifiant la chromatine
rend ADN accessible pour ARN poly II et la lecture

55
Q

composantes de HAT, prots à act de remodelage de chromatine, médiateur

A

HAT: TAFII250, p300, CBP, PCAF
prots: SWI SNF
mediateur: lier et stabiliser avc ARNpol2

56
Q

les facteurs de transcription: role

A

-reconnaitre de courts segments de séquence définie de double hélice ADN
-déterminent gènes transcrits parmi milliers dans la cell

57
Q

les facts de trans ADN: cmmt interagissent elles

A
  1. séquences CIS: séquences régulatrices
    2.présence de domaines de liaison ADN sur FT. plusieurs familles de FT
58
Q

nomme 4 FT

A

doigt de zinc
agrafe de leucines
hélice coude héline
hélice boucle héline

59
Q

qu’est-ce qui est à la base de la diff et spécialisation des cells

A

l’activation des facteurs de transcription et des événements épigénétiques

60
Q

qu’est ce qui vient après le site promoteur

A

le site d’initiation e la transcription
il es tosuvent une purine
suit une partie non codante 5’UTR juska ATG

61
Q

ARN poly II à la phase d’élongation est associée à quoi

A

à une série de facteurs d’élongation
(ils diminuent la poss que ARN poly se dissocie avant d’atteindre la fin)

62
Q

c quoi le role des facteurs d’élongation

A

ils aident la poly à passer par une variété de séquences ADN trouvés dans les gènes
FACT (nucleosomes)

63
Q

définit FACT

A

facilitates chromatine transcription

64
Q

avant la fin du dernier exon on trouve quoi

A

AATAAA
séquence de reconnaissance pour la coupure du transcrit

65
Q

ls terminaison de la transcription se fait de quel coté

A

en aval
au niveau des signaux de terminaison

66
Q

3 étapes de la maturation de ARNm

A
  1. coiffage
  2. polyadénylation
  3. épissage
67
Q

les enzymes de modif de ARNm sont recrutées quand par qui

A

après la phosphorylation de la queue carboxy terminale d’ARN poly II
recrutés par TFIIH (kinase qui phospho ARN poly II)

68
Q

c quoi les 2 complexes transportés par ARN Pol II

A

CPSF: clivage et polyadénylation
CstF: cleavage stimulation factor

69
Q

lors de l’expo di AAuAAA, CstF induit quoi

A

une cassure dans le brin ARN et CPSF
ca permet le recrutement d’enzyme poly A polymérase qui ajoute 200 adénines à l’extrémité 3’

70
Q

recrutement d’enzyme poly A fait quoi

A

stabilise et permet la circulation

71
Q

les enzymes de modification ARNm est recrutée après quoi

A

après la phosphorylation de la queue carboxylique terminale d’ARN Pol II par TFIIH

72
Q

c quoi l’étape d’épissage

A

étape où sont réunies les différentes portions de la séquence qui codent pour une protéine (exons)
c une petite fraction de la longueur d’ADN

73
Q

l’épissage permet quoi d’autre

A

aux eucaryotes de synthétiser plusieurs protéines différentes à partir du mm gène

74
Q

c quoi le splicéosome DIAPO 71

A

proteines qui effectuent l’épissage du transcrit primaire d’ARN
rapprocher les sections d’ARNm ensemble pour permettre les attaques nucléophiles

75
Q

pq y a t il des régions non codantes dans ADN

A
  • taille introns: 10-100000 nucléo
  • arrangement intron exon facilite emergence de nouvelles proteines
  • bcp introns=bcp exons=bcp genes codants pour nouv proteines
  • produire Diff proteines avc les mm genes
76
Q

3 étapes de la traduction

A
  1. initiation
  2. élongation
  3. terminaison
77
Q

c quoi un ribosome

A

assemblage a.a en polypep se fait dans les ribosomes
ils sont composés de ARNr et proteines

78
Q

les ribosomes eucaryotiques sont composés de quoi

A

40S (petite SU) + 60S (gros SU) = 80S
gros SU : ARNr 28S, 5S et 49 prots
petite SU: ARNr 18S et 33 prots

79
Q

c quoi les 4 sites de liaison d’ARN dans le ribosome eucaryotique

A
  • 1 site ARNm (petit SU)
  • trois sites ARNt (gros et petits SU)
    A: aminoacyl ARNt
    P: peptidyl ARNt, qui a la chaine peptidique
    E: exit ARNt
80
Q

une fois les ribosomes eucaryotes assemblées, qu’est-ce qui est formé

A

-1 sillon pour ARNm
-1 sillon pour chaine peptidique en synthèse
- 3 sites de fixation ARN

81
Q

DIAPO 85

A
82
Q

c quoi les codons stop

A

UAA UAG UGA

83
Q

c quoi les familles d’a.a.

A

acide
basic
polaire nn chargé
nn polaire

84
Q

le ribosome assure quoi

A

la Synthese de la chaine polypeptidique par la lecture de ARNm
sens 5’-3’

85
Q

définit le stade initiation de traduction

A

codon AUF code pour le premier a.a. de polypep

86
Q

définit le stade élongation de traduction

A

add successive a.a. liés par lien peptiques
elle dépend des pots cytoplasmiques EF

87
Q

définit le stade terminaison de traduction

A

après le dernier a.a., un codon arrêt bloque la réaction et libère la protéine
ATP GTP

88
Q

les antibiotiques agissent sur quelles unités ribosomiales

A

50S
30S

89
Q

la coiffe mGTP fait quoi

A

facitliqe le transport ARNm du noyau vers le cytoplasme
stabilise ARNm
essentielle pour traduction

90
Q

le complexe 43S recruté par mGTP et FI est composé de quoi

A

ssU 40S
eIF3
eIF2

91
Q

nomme des facteurs d’initiation

A

eIF4E
eIF4G
eIF4A
ils forment eIF4F

92
Q

le facteur PABP est recruté par qui et fait quoi

A

par eIF4G
elle stabilise les complexes d’intimations par circularisation d’ARNm

93
Q

nomme d’autres facteurs d’initiation

A

eIF2,3,1
eIF1A
eIF4B
eIF4H
eIF5
eIF5B
eIF2B
PABP

94
Q

nomem les 8 étapes de l’initiation de la traduction

A
  1. recyclage dissociation
  2. formation compete ternaire
  3. formation compete preinit 43S
  4. activer ARNm
  5. attacher ARNm à 43S
  6. scan juska AUG
  7. hydrolyser GTP par eIF5
  8. lier SU 60S et deplacer eIFs
95
Q

les composantes de eIF4F ont quoi comme role

A

E: lie la coiffe (limitant)
G: protéine échafaudage lie PABP eIF3
A: ARN dep/ATPase/ATPdep ARN hélicase

96
Q

c quoi 2 facteurs d’élongation

A

eIF1
eIF2

97
Q

eIF1 assure quoi

A

controle de qualité

98
Q

le GTP sert à quoi

A

ARNt entre sur le site A + eIF1 lié au GTP
GTP facilite association du codon/anti mais empêche la formation de lien peptidique
bon codon et anticodon = hydrolyse GTP

99
Q

eIF2 fait quoi

A

controle la translocation
il fait avancer les ribosomes 5’3’ sur ARNm

100
Q

comment se termine trad

A

UAA UAG UGA
par hydrolyse de la liaison du dernier a.a. avec son ARNt = carboxylique terminal
alors chaine libérée sous unités du ribosome et libère ARNm

101
Q

eRF c quoi

A

eukaryotic release factor

102
Q

on a combien de genes

A

21 306

103
Q

quel med intervient dans express genetiquee

A

cotricosteroide

104
Q

après la traduction il y a quoi

A

modification post traductionnelle

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