2. Génome Flashcards
Rappel: c quoi un génome
- genes + chromosomes
- 23 paires de chromosomes
- genes codent pour des proteines dans chromo
- 3.3 milliards paires de bases
combien de genes codent pour les protéines
21 306
définit: gene
région d’ADN qui controle un caractéristique héréditaire spécifiant la synthèse d’ARNm ou ARN fonctionnel
c quoi le % des genes de proteines
2% pour 21 306 genes
l’équilibre cellulaire consiste de quoi (activité cellulaire)
- différenciation/spécialisation cell
- réponse cell
- division cell
- mort cell
les cellules de l’organisme diffèrent comment
de leur structure et de leur fonction
elles contiennent toutes le mm genome mais sont différentes
c quoi le dogme de la bio moléculaire
la cell doit se spécialiser, métaboliser, croitre, se défendre et mourir
elle doit transcrire des genes spécifiques en ARNm qui sont traduits en proteines
c quoi les étapes de la transcription
- initiation
- élongation
- terminaison
c quoi la transcription
processus par lequel ARN polymérase synthétise ARN à partir du code génétique du gene
c quoi le brin codant
c’est celui des deux brins d’ADN double brin utilisé pour la transcription.
c’est une séquence codante pour des protéines.
c quoi la ressemblance entre le brin codant et ARNm
la séquence du brin codant est identique à ARNm sauf que T remplace U dans le brin codant
le brin non codant est appelé comment
transcrit
lu
matrice
la polymérisation d’un nouveau brin se fait dans quel sens
elle se sait par les ARN polymérise lors de la transcription de 5’-3’ pour l’attaque nucléophile du phosphate
antiparallèle
c quoi la matrice lue
les gènes d’ADN
c quoi les réactifs, le produit et l’énergie de la transcription
R: NTPs, ribonucléotides triphosphate
Énergie: ATP GTP, déplacement de polymérase et polymérisation
P: ARNm
c quoi la machinerie transcriptionnelle de la transcription
proteines qui lisent ADN pour polymériser un ARN
- ARN polymérase
- facteurs de transcription
- élongation
- terminaison
2 conditions pour débuter la transcription
- positionner ARN polymérase aux bons endroits
- ADN doit être décondensée (par fact transcrip)
c quoi les 3 types de ARN poly chez les eucaryotes
1 et 3: transcription de genes qui codent pour ARNr et ARNt
2: transcrit majorité des gènes, 21 306
DIAPO 17
ecq les ARN poly peuvent s’attacher tt seul sur les brins
non, elles ne peuvent pas faire ca pour initier la transcription tt seules.
comment alors se lie ARN poly II
avec une région promotrice: séquence régulatrice
le facteur de transcription
c quoi les facteurs de transcription
c des recruteurs d’autres protéines sur le promoteur
séquence régulatrice
il existe +2000
les proteines de facteurs de transcription possèdent quoi et ca permet quoi
2 domaines:
site de liaison
domaine d’activation/répression
ca permet d’interagir avc co-facteurs, co-activateurs
placer les joueurs: FT
reconnaissent séquences ADN (régulatrices) et s’associent a CF (domaine de liaison ADN).
Les domaines de transactivation/transrépress lient CF
c quoi les CF cofacteurs
-modifient l’acétylation des histones HAT et HDAC
ou
-forment le complexe multiproteique: médiateur (coactiv de transcription eucaryotes)
- complexe de remodelage de chromatine impliqué aussi dans initiation
DIAPO 20!!!!!
c quoi les 3 groupes des facteurs de transcription
- facteurs de transcription généraux
- facteurs de transcription constitutifs
- facteurs de transcription inductibles
c quoi 1. les fact de transcr généraux
ARN poly II , ils forment un complexe de départ qui détermine le site d’initiation de transcription.
Complexe basal de transcription appelé complexe de préinitiation
le TFIID dans le gr 1 (généraux) fait quoi
il reconnait la boite TATA et permet à ARN pol II de lier le promoteur
sans lui ARN sait pas ou aller et il a une activité d’acétyl transférase qui décondense le matériel.
le gr 2 des facteurs constitutifs font quoi
lient ADN au site de demarrage.
-Sp1 active transcript et se fixe sur motifs GC
-CTF activ transcript se fixe à CAAT
ils stabilisent la liaison TFII et ARN poly II
le gr 3 facteurs transcript indicibles fait quoi
Reconnaissent une séquence proximale et distale régulatrices
recrutent proteines cofact HAT HDAC
le complexe médiateur joue un role
= les FT activés par les messager chimiques liés à des récepteurs membranaires ou nucléaires
nomme un ex de FT general et constitutif et transcript et leurs roles
general: TFIID (reconnait promo min)
constitutif: Sp1 (reconnait GC)
induct: tt les FT (reconnaissent séq proximal distal)
les séquences prod distales permettent quoi
recrutement de protéines (cofact avc HAT HDAC)
modifications des histones
comment les FT sont activés
par la présence de messagers chimiques qui se lient à des récepteurs membranaires ou nucléaire
c quoi le promoteur minimal et son role
c la plus petite unité nécessaire/suffisante à l’initiation de la transcription par ARN Pol II + FT
-ROLE: recruter ARN polly II et former complexe de préinitiaiton
l’élément principal du promo minimal est constituée de quoi
la boite TATA
elle est située à une trentaine de paires de bases du site d’initiation
la séquence ADN TATA est reconnue par qui comment
par la machinerie transcriptionnelle
via TBP du facteur de transcription TFIID
nomme 2 des facteurs de transcription généraux
TFIID TFIIH
le TFIID est composé de quoi
TFIID: TAFII250 TBP
TAFII250 décondense et TBP reconnait la boite TATA
c quoi le role de TFIID et TFIIH
TFIID: recrutement de ARNpolyII au promoteur
TFIIH: héllicases (ouvrir double brin) et kinases (phosphorer ARN poly II)
qu’est ce qui constitue la machinerie transcriptionnelle de base et c quoi la fct
ARN poly II et facteurs de transcription généraux
-modulant le taux d’expression des gènes en réponse à divers signaux
la formation de complex de préinitiaiton indique quoi
que ARN poly II a reçu une stress et avec l’aide de TAFII250, ADN est décompter pour stabiliser l’état de pré initiation
ceci favorise le fait que ARN poly II va lire l’ADN
comment le complexe de préinitiation est stabilisé
TAFII250 a une activité HAT qui déconvenue la chromatine
c quoi exactement la TAFII250
elle est une ss unité de TFIID qui assemble le complexe de préinitiation
elle possède des protéines HAT
elle acétyle les histones de la boite TATA pour décondenser l’ADN et stabiliser la liaison de ADN à TATA
c quoi le role de FT et CF dans l’acétylation des histones
FT lis ADN
VF a une activité acétyle transférase qui modifie histones, pour perdre charge + et décondenser ADN
le gr acétate ACoA fait quoi dans l’acétylation des histones
il est le précurseur de la production de carbones pour l’acétylation
c quoi le complexe SWI/SNF
complexe protéique pour déplacer nucleosomes
le système tire sur l’enroulement pour révéler les sites et les rendre dispo (remodeler chromatine)
- ils acétyle histones pour décondenser
c quoi les histones acétyltransf ou DAT
HATs: p300, CBP, PCAF, TAFII250
nomme les composantes de TAFIID, SP1, CTF
TAFIID: TAFII250
SP1: p300, CBP, PCAF
CTF: p300, CBP, PCAF
c quoi le role du médiateur
il lie les facteurs de transcription inductibles et généraux, permettant le repliement momentané d’ADN.
les facteurs de transcription inductibles font quoi d’autre
lier les cofact transcriptionnels pour finaliser la décompensation de la chromatine
annonce le début d’élongation de la transcription
c quoi le complexe médiateur
permet l’interaction des FT inductibles avec la machinerie transcriptionnelle de base
(ARN pol II, TAFs)
c la colle qui stabilise les facteurs de transciption
DIAPO 41
résumé: l’initiation de transcription se fait cmmt
par le positionnement de protéines sur la région promotrice ou les régions régulatrices
permet de recruter les enzymes modifiant la chromatine
rend ADN accessible pour ARN poly II et la lecture
composantes de HAT, prots à act de remodelage de chromatine, médiateur
HAT: TAFII250, p300, CBP, PCAF
prots: SWI SNF
mediateur: lier et stabiliser avc ARNpol2
les facteurs de transcription: role
-reconnaitre de courts segments de séquence définie de double hélice ADN
-déterminent gènes transcrits parmi milliers dans la cell
les facts de trans ADN: cmmt interagissent elles
- séquences CIS: séquences régulatrices
2.présence de domaines de liaison ADN sur FT. plusieurs familles de FT
nomme 4 FT
doigt de zinc
agrafe de leucines
hélice coude héline
hélice boucle héline
qu’est-ce qui est à la base de la diff et spécialisation des cells
l’activation des facteurs de transcription et des événements épigénétiques
qu’est ce qui vient après le site promoteur
le site d’initiation e la transcription
il es tosuvent une purine
suit une partie non codante 5’UTR juska ATG
ARN poly II à la phase d’élongation est associée à quoi
à une série de facteurs d’élongation
(ils diminuent la poss que ARN poly se dissocie avant d’atteindre la fin)
c quoi le role des facteurs d’élongation
ils aident la poly à passer par une variété de séquences ADN trouvés dans les gènes
FACT (nucleosomes)
définit FACT
facilitates chromatine transcription
avant la fin du dernier exon on trouve quoi
AATAAA
séquence de reconnaissance pour la coupure du transcrit
ls terminaison de la transcription se fait de quel coté
en aval
au niveau des signaux de terminaison
3 étapes de la maturation de ARNm
- coiffage
- polyadénylation
- épissage
les enzymes de modif de ARNm sont recrutées quand par qui
après la phosphorylation de la queue carboxy terminale d’ARN poly II
recrutés par TFIIH (kinase qui phospho ARN poly II)
c quoi les 2 complexes transportés par ARN Pol II
CPSF: clivage et polyadénylation
CstF: cleavage stimulation factor
lors de l’expo di AAuAAA, CstF induit quoi
une cassure dans le brin ARN et CPSF
ca permet le recrutement d’enzyme poly A polymérase qui ajoute 200 adénines à l’extrémité 3’
recrutement d’enzyme poly A fait quoi
stabilise et permet la circulation
les enzymes de modification ARNm est recrutée après quoi
après la phosphorylation de la queue carboxylique terminale d’ARN Pol II par TFIIH
c quoi l’étape d’épissage
étape où sont réunies les différentes portions de la séquence qui codent pour une protéine (exons)
c une petite fraction de la longueur d’ADN
l’épissage permet quoi d’autre
aux eucaryotes de synthétiser plusieurs protéines différentes à partir du mm gène
c quoi le splicéosome DIAPO 71
proteines qui effectuent l’épissage du transcrit primaire d’ARN
rapprocher les sections d’ARNm ensemble pour permettre les attaques nucléophiles
pq y a t il des régions non codantes dans ADN
- taille introns: 10-100000 nucléo
- arrangement intron exon facilite emergence de nouvelles proteines
- bcp introns=bcp exons=bcp genes codants pour nouv proteines
- produire Diff proteines avc les mm genes
3 étapes de la traduction
- initiation
- élongation
- terminaison
c quoi un ribosome
assemblage a.a en polypep se fait dans les ribosomes
ils sont composés de ARNr et proteines
les ribosomes eucaryotiques sont composés de quoi
40S (petite SU) + 60S (gros SU) = 80S
gros SU : ARNr 28S, 5S et 49 prots
petite SU: ARNr 18S et 33 prots
c quoi les 4 sites de liaison d’ARN dans le ribosome eucaryotique
- 1 site ARNm (petit SU)
- trois sites ARNt (gros et petits SU)
A: aminoacyl ARNt
P: peptidyl ARNt, qui a la chaine peptidique
E: exit ARNt
une fois les ribosomes eucaryotes assemblées, qu’est-ce qui est formé
-1 sillon pour ARNm
-1 sillon pour chaine peptidique en synthèse
- 3 sites de fixation ARN
DIAPO 85
c quoi les codons stop
UAA UAG UGA
c quoi les familles d’a.a.
acide
basic
polaire nn chargé
nn polaire
le ribosome assure quoi
la Synthese de la chaine polypeptidique par la lecture de ARNm
sens 5’-3’
définit le stade initiation de traduction
codon AUF code pour le premier a.a. de polypep
définit le stade élongation de traduction
add successive a.a. liés par lien peptiques
elle dépend des pots cytoplasmiques EF
définit le stade terminaison de traduction
après le dernier a.a., un codon arrêt bloque la réaction et libère la protéine
ATP GTP
les antibiotiques agissent sur quelles unités ribosomiales
50S
30S
la coiffe mGTP fait quoi
facitliqe le transport ARNm du noyau vers le cytoplasme
stabilise ARNm
essentielle pour traduction
le complexe 43S recruté par mGTP et FI est composé de quoi
ssU 40S
eIF3
eIF2
nomme des facteurs d’initiation
eIF4E
eIF4G
eIF4A
ils forment eIF4F
le facteur PABP est recruté par qui et fait quoi
par eIF4G
elle stabilise les complexes d’intimations par circularisation d’ARNm
nomme d’autres facteurs d’initiation
eIF2,3,1
eIF1A
eIF4B
eIF4H
eIF5
eIF5B
eIF2B
PABP
nomem les 8 étapes de l’initiation de la traduction
- recyclage dissociation
- formation compete ternaire
- formation compete preinit 43S
- activer ARNm
- attacher ARNm à 43S
- scan juska AUG
- hydrolyser GTP par eIF5
- lier SU 60S et deplacer eIFs
les composantes de eIF4F ont quoi comme role
E: lie la coiffe (limitant)
G: protéine échafaudage lie PABP eIF3
A: ARN dep/ATPase/ATPdep ARN hélicase
c quoi 2 facteurs d’élongation
eIF1
eIF2
eIF1 assure quoi
controle de qualité
le GTP sert à quoi
ARNt entre sur le site A + eIF1 lié au GTP
GTP facilite association du codon/anti mais empêche la formation de lien peptidique
bon codon et anticodon = hydrolyse GTP
eIF2 fait quoi
controle la translocation
il fait avancer les ribosomes 5’3’ sur ARNm
comment se termine trad
UAA UAG UGA
par hydrolyse de la liaison du dernier a.a. avec son ARNt = carboxylique terminal
alors chaine libérée sous unités du ribosome et libère ARNm
eRF c quoi
eukaryotic release factor
on a combien de genes
21 306
quel med intervient dans express genetiquee
cotricosteroide
après la traduction il y a quoi
modification post traductionnelle
