Bactériologie Flashcards
Colite pseudomembraneuse
95% : C. difficile en cause
Diarrhée liquide abondante environ 7j après le début de l’ATBt
S. pyogenes : ttt
- Angine : Amoxiciline 6j
- Scarlatine : Cefpodoxime 4j
- Infections invasives : Amoxicilline ou pénicilline G SB + ttt porte d’entrée
L. pneumophila : sensibilité aux ATB
Résistance naturelle : beta-lactamines, aminosides
Sensibilité constante : macrolides, FQ
S. pneumoniae : sensibilité aux ATB
- Beta lactamines : résistance par modification affinité de la PLP, non rattrapé par les inhibiteurs de beta-lactamase
- Macrolides : résistance élevée avec phénotype MLSb, sensibilité maintenue à Pristinamycine et Télithromycine (16 sommets)
S. aureus : épidémiologie
Ubiquitaire, résistante dans le milieu extérieur, commensal ORL/digestif/cutané, portage 30%, transmission interhumaine
S. pyogenes : épidémiologie
- Streptocoque de type A
- Pyogène
- Strictement humain
- Réservoir pharyngé
- Transmission directe aérienne ou par contact
Pyélonéphrite sans signe de gravité : traitement
- FQ PO
- C3G IM/IV
Adapter à l’antibiogramme : 10-14j
- Amoxicilline + Ac. clav
- FQ/C3G
- Cotrimoxazole
Syndrome méningé : clinique
- Syndrome infectieux : fièvre élevée, frissons, céphalées, vomissements en jets
- Syndrome fonctionnel : raideur de la nuque, photo/phonophobie, position en chien de fusil, signes de Kerning et Brudzinski
- +/- Purpura
H. influenzae : sensibilité aux ATB
- Beta-lactamines : résistance par beta-lactamase non inductible, rattrapé par inhibiteurs de beta-lactamase
- Macrolides : résistance naturelles des 16 sommets et lincosamides
N. gonorrhoeae et C. trachomatis : ttt conjonctivite néonatale
N. gonorrhoeae : collyre antiseptique à l’héxatidine
C. trachomatis : collyre azythromycine –> 1-0-1 pdt 3j
Tuberculose maladie : ttt
Quatrithérapie : 2 mois –> Isoniazide, Rifampicine, Pyriméthamine, Ethambutol
Bithérapie : 4 mois –> Isoniazide, Rifampicine
Syndrome otite-conjonctivite : ttt
Amoxiciline + Ac. clav
- 8-10 j chez l’enfant < 2 ans
- 5 j sinon
H. pylori : culture
- Uniquement si échec ttt
- Prélèvement : biopsies gastriques
- Gélose enrichie : coeur-cervelle + sang de cheval
- Micro-aérophilie, 37°C
- Lecture en 4-10 j : petites colonies translucides non hémolytiques
- Uréase +
Shigella : épidémiologie
- 4 groupes (A –> D) selon le polysaccaride O
- Strictement humain
- Pathogène strict
- Transmission interhumaine directe ou indirecte
Antibioprophylaxie entourage en cas de méningococcémie
Rifampicine 2j
Pour les sujets contacts des 10 derniers jours
S. pyogenes : diagnostic
- Prélèvement : amygdale, gorge
- Examen direct au Gram
- Culture : gélose sang Columbia + ANC, 37°C, enrichi en CO2 –> colonies grises translucides, beta-hémolytiques
- R Optochine, S Bacitracine
- Sérogroupage de Lancefield : groupe A
- TDR : immunochromatographie sur écouvillon de gorge –> pour adultes et enfant ≥ 3 ans avec Mac-Isaac ≥ 2
Colite pseudomembraneuse : ttt
- Vancomycine PO
- Fidaxomycine PO
Durée : 10-14 jours
N. gonorrhoeae : culture
- Conservation en milieu de Stuart
- Exigeante, aérobie stricte
- Gélose au sang cuit + Polyvitex + VCAT : 72h, 35°C, 5-10% de CO2 –> petites colonies arrondies grisatres brillantes
L. monocytogenes : épidémiologie
- Ubiquitaire
- Capacité de croissance : 4-42°C, pH acide ou basique, hypersalé
- Rare : < 300/an
- Portage digestif fréquent (origine alimentaire)
- 16 sérovars
- MDO
Syphilis secondaire : clinique
- 6 semaines après la syphilis primaire
- Durée : 1-2 ans
- Phase de dissémination hématogène, contagieux +++
- Roséoles syphilitiques = macules non prurigineuses au niveau du tronc et des cuisses
- Syphilides papuleuses génitales et palmoplantaires
- Polyadénopathies
Syphilis tardive : ttt
- Pénicilline G IM, 3 injections à une semaine d’intervalle
2. Doxycycline 28j
PAC : ttt chez l’adulte sain en ambulatoire
- Amoxicilline PO ou Macrolide PO
- 7-14j
- Réévaluation à 48h
Définition
- Diarrhée
- Diarrhée aigue
- Diarrhée prolongée
- Diarrhée chronique
- Elimination importante (> 300g/j) de selles et d’eau avec au moins 2 selles liquides/molles par 24h
- Durée < 2 semaines
- Pdt 2-4 semaines
- Durée > 1 mois
Méningite à E. coli : ttt
- C3G + aminoside IV
- 21j de C3G
LCR : résultats physiologiques
- Limpide
- 10-20/mm3 de leucocytes, 60% de lymphocytes
- Protéines : 0,15-0,3 g/L
- Glycorachie : 2,5-3,5 mM ; 0,45-0,65 g/L
C. difficile : épidémiologie
- Sous forme sporulée dans le milieu extérieur
- Commensal flore digestive humaine et animale
- Seules les souches toxinogènes sont pathogènes
- 50-70% des enfants < 2 ans sont porteurs
- Première cause de diarrhée infectieuse nosocomiale chez l’adulte
- FdR individuels : > 65ans, ttt anti-acide, laxatifs
- FdR acquis : contact avec des porteurs, ATB (FQ, C3G, amoxicilline, clindamycine)
Méningite à liquide clair : étiologies
- Virale ++ : entérovirus, HSV
- L. monocytogenes, M. tuberculosis, C. neoformans
Concentration minimale bactéricide
Plus faible concentration capable d’entrainer la mort d’au moins 99,99% des bactéries
M. tuberculosis : physiopathologie
- Phagocytose par les macrophages alvéolaires –> résistance à l’acidification –> multiplication intracellulaire
- Inflammation locale –> recrutement de macrophages et lymphocytes
- Formation d’un granule caséeux –> bacilles quiescents
- Si immunodépression : multiplication, éclatement, dissémination
Syphilis précoce : ttt
- Pénicilline G IM; injection unique
2. Doxycycline PO 14j
PAC : clinique
- Sd infectieux : fièvre, céphalées, myalgies
- Toux avec râles crépitants
- Dyspnée
- Douleurs thoraciques
- Expectorations purulentes
Première consultation de grossesse : examens
- Obligatoire : sérologie syphilis, rubéole, toxoplasmose, Ag HBs
- Proposé : VIH 1 et 2 (ELISA), ECBU si risque
L. monocytogenes : cliniques
Chez l’immunocompétent : gastro-entérite aigue
Chez le sujet à risque : infection du SNC (méningite, méningo-encéphalite), bactériémie d’origine digestive
Infection matero-foetale : - Femme : symptomatique ou sd pseudo-grippal, risque d'avortement ou mort in utero - NN : listériose néonatale: Précoce (< 4j) : granulomatose septique Tardive (< 3 sem) : méningite aigue
Cystite aigue simple récidivante : ttt
≥ 4 épisodes par an
- Triméthoprime ou Cotrimoxazole (1cp avant/après RS)
- Fosfomycine-trométamol (3g/semaine maximum)
Prélèvements bronchiques et leur sensibilité
- ECBC : 10^7 UFC/mL
- Aspiration bronchique : 10^5
- LBA : 10^4
- BDP : 10^3
S. agalactiae : cliniques
Infection materno-foetale :
- Mère : bactériémie, infection urinaire
- NN : précoce (sepsis sévère + atteinte pulmonaire et méningée), tardive (bactériémie + méningite)
Immunodéprimé : salpingite, infection urinaire, méningite, bactériémie, endocardite, pneumopathie
PNA grave : ttt
Probabiliste
1. C3G IV + aminoside
2. Aztréonam + aminoside
10-14j
Signe de Brudzinski
Flexion involontaire des membres inférieurs lors de la flexion antérieure de la nuque
3ème consultation de grossesse (8 mois) : examens
- Prélèvement vaginal : portage S. agalactiae
- BU : dépistage infection urinaire
N. meningitidis : cliniques
- SNC : méningite +/- purpura fulminans
- Bactériémie +/- purpura et CIVD
- Arthrite
- Exacerbation de bronchite
- Conjonctivite
Hémocultures
- Pdt le pic fébrile, avant antibiothérapie
- Antisepsie du pli du coude
- Ponction veineuse
- Recueil de 3 paires de tubes en même temps (anaérobie + aérobie)
- Flacon : milieu de culture + anticoagulant + inhibiteur d’ATB
- Volume total : 40-60mL
- Pédiatrie : flacon de 3-5mL
- Envoi immédiat au laboratoire
- Culture 5j minimum, 37°C
- Détection de la croissance par automate
Sd gastro-entéritique : agents étiologiques
- Salmonella non typhi, E. coli entéropathogène
2. Rotavirus, Entérovirus
Types de Salmonelles
- Classification Kauffmann-White
- Mineures = non typhiques : Salmonella enterica (S.e. typhimurium, S.e. enteritidis)
- Majeures = typhiques : S.e. typhi, S.e. paratyphi A, B et C
S. agalactiae : caractéristiques
- CG+ en chainettes
- Anaérobie aéro-tolérante immobile
- Capsulée, non sporulée
- Exigeante
- Beta-hémolytique
- Résistance à l’optochine et à la bacitracine
Méningites : principe de ttt
- Urgence thérapeutique
- Voie parentérale, forte dose
- ATB bactéricide, diffusant dans le LCR
- Adapté à la suspicion diagnostic et secondairement adapté à l’antibiogramme
- DXM : injection avant ou avec la 1ère injection d’ATB –> réduit le risque de séquelles
- Pas de PL de contrôle dans les cas classiques
Endocardite : définition
Infection secondaire à la fixation de micro-organismes sur l’endocarde –> inflammation
Formation d’une végétation infectée
–> Lésion valvulaire –> IC
OU –> Embole infectieux –> infarctus
C. jejuni : culture
- Exigeante
- Microaérophile (15% O2, 10% CO2), capnophile
- Thermotolérante (42°C)
- Gélose sélective et enrichie : Karmali (au charbon), Skirrow (au sang)
- Colonies rose-grises en tête d’épingle
- Biochimie : hippurate +
S. pneumoniae : ttt PFLA
Sujet jeune sans comorbidité
- Amoxicilline PO 10j
- Pristinamycine PO ou FQAP 7-14j
Sujet âgé +/- avec comorbidité
- Amoxicilline + acide clavulanique PO
- Ceftriaxone IV si besoin
- FQAP si Ci beta-lactamines
PAC grave : C3G IV + Lévofloxacine ou Macrolide IV
Syphilis primaire : clinique
- Incubation : 3 semaines
- Chancre d’inoculation (génital, anal, buccal, cutané) indolore, rosé, base indurée
- Adénopathie inguinales
- Guérison : 4-6 semaines
Bronchite
Inflammation aigue des bronches et bronchioles
Origine virale ++
Toux sèche douloureuse, fièvre, douleur thoracique
Pas d’ATB chez l’adulte sain
ITU typique : résultat ECBU
Leucocyturie ≥ 10^4/mL (= 10/mm3)
Bactériurie :
- E. coli, S. saprophyticus : ≥ 10^3 UFC/mL
- Autres : ≥ 10^3 (homme) ≥ 10^4 (femme)
- Colonisation gravidique et sur sonde : ≥ 10^5
L. pneumophila : ttt
Forme non grave :
- Roxithromycine/Azithromycine 5j
- Roxithromycine 8-14j
Forme sévère ou chez l’immunodéprimé : 21j
- Ciprofloxacine PO ou IV
- Bithérapie avec Macrolides IV
Bilan à réaliser lors d’une fièvre chez une femme enceinte
- 3 hémocultures/24h
- NFS
- CRP
- ECBU
Diagnostic infection à H. pylori
Sujet symptomatique : gastroscopie avec biopsies gastriques :
- Examen anatomopathologique
- Examen bactériologique : Gram, Culture sur milieu de Skirrow en microaérophilie –> culture lente (7-10j), ATBgramme, PCR (identification +/- détection mutations de résistance à la Clarithromycine)
Sujet asymptomatique et < 40 ans ou apparenté à un patient ayant eu un cancer gastrique :
- Sérologie : par ELISA
- Si + –> Gastroscopie
Examen des selles
Examen macroscopique : à l’état frais –> consistance, présence de pus, glaires, sang
Examen microscopique : Gram –> leucocytes et/ou hématies
Coproculture standard :
- Shigella : culture sur 2 milieux solides : Hektoën + XLD ou SS
- Salmonella : idem + bouillon d’enrichissement Muller-Kauffmann
- C. jejuni : milieu sélectif au charbon Karmali
- Yersinia : milieu CIN
Sérotypage des salmonelles : par technique d’agglutination au CNR
Test du quantiféron
Test de dosage de la production d’IFNgamma : met en présence le plasma du patient avec Ag tuberculeux –> production IFN par LT du patient s’ils sont activés par ELISA ou ELISPOT
–> + sensible et + spécifique qu’IDR et reste négatif après vaccination par BCG
S. pneumoniae : FdR
- Immunodépression
- Ages extrêmes : < 2ans et > 65ans
- Grippe
- Ethylisme
- Diabète
- Insuffisance cardiaque/respiratoire
Diarrhée infectieuse : signes d’alarme
- Déshydratation sévère
- Retour de pays tropical
- Post-ATBthérapie
- Sepsis
- Fièvre > 39°C
- Immunodépression, TIAC
L. monocytogenes : culture
- Non exigeante, AAF
- Halophile, psychrophile
- Gélose au sang frais + ANC, 24h
- Petites colonies transparentes avec zone étroite de beta-hémolyse
C. difficile : caractéristiques
- BG+ fin
- Capsulé, sporulé
- Mobile
- Anaérobie strict
- Pousse en milieu sélectif
S. pneumoniae : culture
- Exigeante, AAF
- Gélose au sang frais +/- ANC, 24h, 37°C, 5% CO2
- Colonies rondes, muqueuses, entourée d’une zone verdâtre avec hémolyse alpha
- Sensible à l’optochine
S. agalactiae : diagnostic
Prélèvements :
- Nouveau né : LCR, sang, liquide gastrique
- Adulte : écouvillon vaginal, LCR, hémocultures
Examen direct
Culture :
- Gélose au sang frais + ANC (ou gélose Granada)
- Petites colonies transparentes, hémolyse beta
- Résistante à l’Optochine et à la bacitracine
Sérogroupage de Lancefield de l’AgB du polyoside C
Maldi-Tof et PCR
OMA purulente : ttt
- Amoxicilline PO
- Cefpodoxime ou Cotrimoxazole
8-10j pour l’enfant < 2ans
5j pour enfant > 2ans et adulte
Infections materno-foetale in utero : agents responsables
- T. pallidum
- L. monocytogenes
- Rubéole
- CMV
- VIH
Salmonella : ttt
- (Cipr)ofloxacine PO 5-7j
- Azithromycine PO 5-7j
- Céfixime PO 5-7j ; Ceftriaxone IM 14j
+ AIS si symptômes cardiaques ou neurologiques
N. meningitidis : culture
- Exigeante, aérobie stricte
- Gélose au sang cuit + Polyvitex +/- VCN
- Colonies grises aux bords irréguliers, 5-10% CO2
P. aeruginosa : sensibilité aux ATB
Beta-lactamines :
- Céphalosporinase inductible + imperméabilité aux beta-lactamines
- Sensible aux carboxypénicillines, uréidopénicillines, ceftazidime, C4G, monobactames, carbapénèmes
- Acquisition pompe d’efflux
Aminosides et FQ :
- Sauvage sensible
- Résistances acquises
Syphilis congénitale : clinique
Pas de passage transplacentaire avant 16SA
- Mort foetale in utero
- Manifestations viscérales HMG, SMG
- Manifestations cutanéomuqueuses = gommes syphilitiques
- Coryza syphilitique
- Pemphigus palmoplantaire
P. aeruginosa : culture
- Non exigeante, aérobie stricte
- Gélose ordinaire/au sang
- Milieu King A ou B ou Drigalski : pigments
- Colonies plates reflets métalliques + pigments vert + odeur fleur de seringa
P. aeruginosa : clinique
- ORL : otite externe aigue, sinusite nosocomiale
- Infection pulmonaire : surinfection bronchique (quand mucoviscidose)
- Infection urinaire
- Bactériémie et méningite secondaire
Salmonella non typhique :
- Clinique
- Physiopathologie
- Diarrhée aqueuse fébrile avec vomissements et douleurs abdominales
- Incubation : 1-2j
- Portage biliaire chronique possible
- Pénétration par transcytose, multiplication et inflammation de la sous muqueuse avec sécrétion de toxines thermolabiles
Pneumonie nosocomiale : agents étiologiques
- Précoces (< 5j) : S. aureus, H. influenzae
- Tardives (> 5j) : P. aeruginosa, BG-
Antibiogramme
- Technique standardisée : 0,5 MacFarland
- Mesure de l’activité d’un ATB sur une bactérie
- Milieu solide ou liquide
Angines :
- Types
- Agents étiologiques
- Erythémateuse : virus
- Erythématopultacée : virus, S. pyogenes
- Pneudomembraneuse : EBV, diphtérie
- Vésiculeuse : HSV
- Ulcéronécrotique : T. pallidum
Endocardites infectieuses : principe de ttt
- Voie parentérale
- Bithérapie
- Bactéricide et synergique
- Forte dose
- Longue durée (4-6 semaines)
- Adaptée à l’ATBgramme
S. aureus : caractéristiques
- CG+ en amas
- AAF
- Immobile
- Non capsulé, non sporulé
- Non exigeant
- Halophile
Shigella spp : culture
Non exigeant, AAF
Bouillon d’enrichissement sélénite puis
- Milieu lactose non sélectif CLED, 5% CO2, 24h à 37°C
- Milieu lactosé sélectif : Hektoen (sélectif SS) contenant sels biliaires, glucides, thiosulfate + citrate de Fe (étude SH2)
- Colonies saumon +/-
M. tuberculosis : sensibilité aux ATB
- ATBgr obligatoire : méthodes de proportions
- Souche multirésistante : R Rifampicine et Isoniazide
- Souche ultrarésistante : + R aux FQ et aminosides
TIAC : bactéries responsables
Quand il chie ça colle
- Campylobacter jejuni
- Yersinia
- Shigella
- Salmonella
- E. coli entérohémorragique
FDR d’infection à L. pneumophila
Age > 60ans, tabac, alcool, IResp chronique, diabète, immunodéprimé
Exposition récente station thermale, camping, piscine
Vaccination Salmonella typhi
Vaccin polyosidique Typhim Vi avec polyoside Vi de S. typhi –> 1 inj SC/IM avec rappel tous les 3 ans
Obligatoire pour personnel de labo
Traitement de la diarrhée à C. jejuni
- Ttt symptomatique
- ATB pour les cas graves : Azithromycine 1g pdt 3-5j ou FQ