ADN Flashcards

1
Q

Que sont les nucléotides

A

Unités de base des acides nucléiques (ADN et ARN)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Qu’est-ce qu’un nucléoside

A

Base+sucre

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Qu’est-ce qu’un nucléotide

A

Base (C1)+sucre+Phosphate (C5)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Quelles sont les bazes azotées

A

A et G =purine (2 cycles)
T et C et U = pyrimidine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Quelles sont les bases azotées de l’ADN et de l’ARN

A

ADN=AGTC
ARN=AGUC

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Quelle est la différence du sucre dans l’ADN et l’ARN

A

ARN=ribose (OH sur le C2)
ADN=désoxyribose (Pas de OH, H sur C2)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Quelle est la distinction fondamentale entre le ribose et désoxyribose

A

OH du ribose est très réactif, donc ARN pas stable, alors que ADN ou car H pas très réactif

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Décrit les phosphates des nucléotides

A

Lié au C5
Mono-phosphate, di-phosphate, tri-phospate
Si la base est l’adénine=adénosine mono,di ou triphosphate

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Qu’est-ce que le lien phosphodiester

A

Dans ADN ou ARN, nucléotides sont liés par des liens phosphodiesters entre les C 5’ et 3’ des sucres

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Comment sont les sucres des nucléotides

A

Pentose (ribose)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Comment se forme un lien phosphodiester

A

Phosphates impliqués dans les liens confèrent une charge négative à l’ADN
Perte de 2 phosphates d’un nucléotide donne l’énergie nécesaire pour faire le lien

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Décrit la structure hélicoïdale de l’ADN

A

Double hélice avec une polarité 5’-3’
Brins d’ADN sont antiparallèles et complémentaires (A avec T et G avec C)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Qu’est-ce que le squelette de l’ADN

A

Sucres+phosphate

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Combien de ponts-H sont formés dans l’appariement des bases

A

A-T=2
G-C=3, donc plus forts

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Qu’est-ce qui est à l’intérieur et à l’extérieur de l’hélice

A

Ext=sucres et phosphate
Int=Bases azotées

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Quels sont les sillons de l’ADN

A

Sillon mineur et majeur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Comment sont les protéines se liant à l’ADN

A

Basiques (chargées +) car l’ADN est chargé -

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Que permet le sillon majeur

A

Accès plus facile aux bases pour les enzymes par lui que par le mineur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Combien de nucléotides par tour d’hélice

A

10

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

COmment est la réplication de l’ADN

A

Semi-conservative

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Quand a lieu la réplication de l’ADN

A

Dans la phase S de l’interphase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Quels sont les éléments importants du chromosome dans la réplication

A

Télomères requis pour préserver l’intégrité des extrémités des chromosomes
De multiples origines de réplication
Centromère s’attachant au fuseau mitotique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Ou débute la réplication de l’ADN

A

Débute au niveau des origines de réplication

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Comment se fait la synthèse de l’ADN

A

Bidirectionnelle
Les deux fourches de réplication (en forme de Y, deux fourches de réplication formées à chaque origine de réplication) s’éloignent dans des directions opposées à partir de multiples origines de réplication dans les chromosomes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Comment est ouvert l'ADN
Protéines d'initiation
26
À quoi sert l'ADN simple brin dans la réplication
Matrice
27
Qu'est-ce qui est reconnu durant l'origine de réplication
Région riche en appariement des bases A-T (moins stables; 2 ponts-H, car + facile à ouvrir que si c'était G-C (3 ponts-H)) L'origine est reconnue par des protéines d'initiation qui ouvrent l'hélice séparant les brins. Crée assez d'espace pour que l'hélicase se lie à l'ADN Liaison de l'hélicase (fonction d'ouvrir l'ADN double-brin, dézipe l'ADN) Brise les ponts-H
28
Quelles sont les contraintes de l'ADN polymérase
Elle ne peut synthétiser que dans le sens 5'-3', dans le sens de formation des liens phosphodiesters Elle requiert une amorce d'ADN ou d'ARN, car elle ne peut pas initier la réplication, doit ajouter un nouveau nucléotide à un bout 3' OH déjà existant Elle requiert une matrice (brin matrice à copier, région simple brin)
29
Ou se fait l'ajout de nucléotides par l'ADN polymérase
3'OH du brin amorce
30
D'ou vient l'énergie pour la polymérisation
Les nucléotides triphosphates fournissent l'énergie requise pour la polymérisation La coupure de 2 phosphates fournit de l'énergie qui est couplée, par l'ADN polymérase, à la réaction de polymérisation
31
Comment se fait la réplication après la liaison de l'hélicase
Liaison de la primase (fait des petites amorces en ARN) Formation du complexe primase-hélicase
32
Comment se fait la réplication au niveau de la fourche
La synthèse d'ADN se fait sur les deux brins dans le sens 5'-3', donc dans le sens 3'-5' du brin matrice Il y a le brin tardif et le brin conducteur
33
À quoi servent les single-stranded DNA binding proteins
Pour éviter que l'ADN simple brin s'enroule en faisant des liens entre les bases complémentaires du même brin et empêcher la réplication
34
Comment se fait la synthèse d'ADN dans le brin conducteur et tardif (retardé)
Conducteur: Synthèse d'ADN continue à partir d'une seule amorce Retardé: doit être synthétisé de façon discontinue, sous forme de courts fragments (fragments d'Okazaki) qui seront ensuite réunis bout à bout
35
Qu'est-ce qui reste entre 2 fragments d'Okazaki
Nick: brèche ou cupure simple brin, rupture (manque) d'un lien phosphodiester
36
Qu'Est-ce qui selle les nick
ADN ligase, en créant un lien phosphodiester cérant une continuité dans le brin d'ADN
37
Décrit l'extension et le remplacement de l'amorce sur le brin tardif chez E coli
Extension de l'amorce ARN par l'ADN polymérase III Finalisation de l'extension de l'amorce en ARN par l'ADN polymérase III Remplacement de l'amorce d'ARN par de l'ADN par l'ADN polymérase I Ligation du nouveau fragment d'Okazaki à la chaine en croissance par l'ADN ligase
38
Décrit l'ADN polymérase dans le brin tardif
Avance jusqu'à l'amorce suivante Une activité ribonucléase élimine l'amorce en ARN Une ADN polymérase de réparation complète l'ADN entre ;es fragments d'Okazaki Une ligase selle le nick
39
Décrit les principales protéines impliquées dans la réplication chez E coli
Primase: ARN polymérase qui ne requiert pas d'amorce pour polymériser des ribonucléotides. Synthétise des amorces d'ARN à partir d'une matrice d'ADN ADN poly III: Utilise les amorces d'ARN sur le brin retardé pour synthétiser les fragments d'Okazaki du brin tardif. Une seule amorce d'ARN est requise pour synthétiser le brin conducteur ADN poly I: Enzyme avec 2 activités: Activité de nucléase (enlève l'amorce d'ARN) et activité d'ADN polymérase dite de réparation ADN ligase: Lie 2 bouts d'ADN en créant un lien phosphodiester et en utilisant de l'ATP Sliding clamp: Clamp coulissant, protéine circulaire maintient l'ADN polymérase et l'ADN pendant la synthèse d'ADN SSB protein: protéine fixant l'ADN simple brin, dont son rôle est d'empêcher ce brin de s'apparier avec son brin complémentaire Hélicase: sépare les brins/Protéines de liaison à l'ADN simple brin maintiennent brins séparés
40
Décrit la dynamique de relâche du brin retardé par la polymérase
Voir vidéo 6a
41
Qu'arrive-t-il avec l'avancement de la fourche de réplication
À mesure que l'hélicase ouvre l'hélice, il en résulte un super-enroulement en aval (après) de la fourche
42
Que fait la topoisomérase
Relâche le stress du super-enroulement en faisant une coupure simple-brin dans l'ADN, en aval de la fourche de réplication et en re-ligant le brin d'ADN coupé
43
Décrit le problème de la synthèse discontinue
Après dégradation de l'amorce en ARN, il restu un bout de matrice non répliqué des brins tardifs aux extrémités du chromosome (les télomères), car l'ADN polymérase ne peut pas démarrer la synthèse d'ADN dans le vide, elle a besoin d'un bout 3'OH de l'amorce. La primase a besoin d'une matrice pour synthétiser l'Amorce On perdrait donc un bout d'ADN à chaque réplication
44
Quelle est la solution au problème au bout des brins discontinus
L'enzyme télomérase ajoute une séquence répétée d'ADN à l'extrémité 3'OH du brin matrice du brin tardif Cela permet d'allonger l'extrémité des chromosomes et d'Assurer leur intégrité lors de la réplication
45
Que fait la télomérase
Elle reconnait des séquences spécifiques des extrémités des chromosomes auxquelles elle se lie pour y ajouter des séquences répétées qui serviront de matrice à la réplication des extrémités des chromosomes eucaryotes. Cela évite la perte de séquences importantes aux extrémités chromosomiques.
46
De quoi est composé le télomère
Segment d'ADN répété 1500 fois (TGGGGTTG) environ 10 000 nucléotides répétés Sa composante ARN complémentaire (3'ACCCCAAC5') sert comme matrice pour sa composante protéique qui fait la synthèse des segments répétés et de l'élongation du brin dans le sens 5'-3' Il n'y a donc pas de problème avec la perte de séquences d'ADN,car il n'y a aucune info importante
47
Quelles sont les parties protéiques de la télomérase
PArtie protéique: Activité d'ADN polymérase capable d'utiliser de l'ARN comme matrice (activité de transcriptase inverse) PArtie ARN=matirce d'ARN faisant partie intégrante de la télomérase
48
Décrit le mécanisme de la télomérase
Extension du brin complémentaire au brin retardé. La télomérase agit comme une polymérase utilisant son ARN comme matrice La télomérase se re-apparie avec l'extrémité de la séquence ajoutée plusieurs fois ici. Plusieurs séquences répétées peuvent ainsi être ajoutéeen tandem Le brin retardé est complété par la polymérase alpha, qui elle porte une activité primase
49
Ou est active la télomérase
Gamètes et les cellules souches (non différenciées et embryonnaires) Le vieillissement est en partie dû à la perte de l'activité télomérase dans les cellules somatiques, ce qui raccourcit progressivement les télomères
50
Quand se réactive la télomérase
Dans certains types de cancer (métastases, tumeur tardive)
51
Combien de nucléotides sont perdus par division
200 à 300, télomères composés de 10 000 nucléotides environ
52
Comment se font les erreurs dans la réplication de l'ADN
Erreurs d'incorporation des nucléotides pendant la réplication Lésions à l'ADN provoqués par le métabolisme (pH, ROS), les radiations (UV, rayons X) et des composés chimiques dans l'environnement
53
Qu'Advient un changement de nucléotide sans réparation
Mutation peut survenir durant la réplication due aux rares erreurs faites par l'ADN polymérase. Au cycle de réplication suivant, une des molécules d'ADN sera mutée de façon permanent et sera transmise. Si c'est dans une cellule germinale, elles sont héritées par la descendance. PEuvent causer des maladies héréditaires. Dans cellules somatiques est à l'origine de cancers (accumulation de 4-5 mutations dans une cellule)
54
Comment les mutations sont reconnues
Grâce à la nature de la double hélice. Comme l'ADN est double-brin, la réparation du brin muté est faite en utilisant le brin indemne comme matrice En général, les nucléotides erronés et/ou endommagés sont reconnus comme mésappariements causant une torsion, une déformation de la double hélice
55
Qu'est-ce que la réparation co-réplicationnelle
Proofreading L'ADN polymérase vérifie son propre travail et le corrige au besoin. Reconnaissance des mauvais appariements par déformation de l'hélice (ponts-H sont différents) Activité exo-nucléase de la polymérase: Elle détache le mauvais nucléotide par hydrolyse du lien phosphodiester en reculant et agit ainsi en exonucléase Action régulière de polymérisation de la polymérase est reprise Ne survie que 1 erreur sur 10 000 000 nucléotides
56
Quels sont les sites de l'ADN polymérase
Site catalytique de polymérisation (site P) Site d'édition pour l'excision et la correction (site E). Le brin se déplace temporairement au site E pour correction
57
Décrit la réparation post-réplicationnelle de mésappariements (DNA mismatch Repair)
Mécanisme en action lorsque la polymérase n'a pas détecté la mutation de façon co-réplicationnelle Les protéines de reconnaissance forment un complexe qui recrute une exonucléase (Exo1) Une portion de nouveau brin incluant le nucléotide erroné est dégradé par l'Exo1. Réparation de cette lacune par l'ADN polymérase et ligation
58
Comment le brin non-muté est identifié
Chez e coli, le nouveau brin n'est pas immédiatement méthylé Chez d'autres organismes, on suppose que le brin néosynthétisé contient des nick qui aident à l'identifier (par méthylation aussi)
59
Quelle est la différence entre une endo et exonucléase
Endo; clivent à l'intérieur de la molécule d'ADN produisant un nick si ellesagissent sur un seul brin ou une coupure si elles agissent sur les deux brins Exo: digèrent un brin d'ADN dans la direction 5'-3' ou 3'-5'. Pour qu'elle puisse agir, il lui faut un bout 5' ou 3' libre, elle ne peut agir à l'intérieur de la molécule d'ADN. Exo1 peut agir,car un nick fournit un bout 3' et 5'. Sinon, il faut une endo pour créer un nick pour que l'exo puisse agir
60
Dépurination
Collisions thermiques entre molécules causent la perte de purines (A et G). Casse pas le lien phosphodiester mais génère des lésions que l'on peut comparer à des dents manquantes Sans réparation, sur un brin répliqué, il manquera une pb
61
Déamination
Métabolisme peut causer la perte d'un groupement amino de cytosines, causant la transformation en uracile (qui est non-cmplémentaire à G, elle est complémentaire à A) Remplace NH2 par =O Un G sera alors remplacé par un A dans un brin répliqué
62
Dimères de thymine
Rayons UV du soleil peuvent endommager l'ADN en provoquant la formation de liens covalents entre 2 thymines adjacentes par bris du double lien C=C du cycle de la base
63
Décrit le mécanisme de réparation des lésions par excision
ADN endommagé reconnu et la portion affectée est excisée par une nucléase (différrents reconnaissent lésions différentes) ADN poly de réparation se fixe sur le brin venant de subir la coupure et fait une copie complémentaire (5'-3') du brin laissé indemne Finalement, la cassure existant au niveau du squelette phosphodiester est reliée grâce à une ADN ligase (même que fragments d'okazaki)