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PHL2100_Pharmacologie > 9 COURS_Biochimie de la cellule > Flashcards

9 COURS_Biochimie de la cellule Flashcards

1
Q

donner les 2 types de R

A
  • à activité enzymatique
  • nucléaire
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Q

donner 3 R à activité enzymatique

A
  • RTK / R Tyr phosphatase
  • Ser/Thr kinase
  • guanylyl cyclase
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3
Q

donner la structure générale d’un RTK commune à tous et décrire les différentes parties (3)

A
  • partie extracellulaire qui lie le ligand : queue N-terminale, très diverse
  • passage intramembranaire : séquence d’aa hydrophobe
  • partie intracellulaire qui permet la réponse : queue C-terminale, domaine kinase continue ou séparé par des séquences d’aa
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4
Q

que permet la liaison du ligand à un R à activité enzymatique ?

A

changement de conformation du R donc permet la dimérisation

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Q

quelle partie du R permet la dimérisation et que permet la dimérisation elle-même ?

A

motif N-terminal de la partie transmembranaire important dans le changement de configuration pour la dimérisation
dimérisation permet des interactions au niveau des kinases des parties intracellulaires

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6
Q

comment est la dimérisation au niveau intracellulaire ? décrire

A

asymétrique
partie aminoterminale d’un R agit avec la partie carboxyterminale de l’autre

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7
Q

à quel niveau des RTK se font les interactions ? que permettent-elles ?

A

au niveau des sites de phosphorylation dans la partie intracellulaire
plusieurs tyr phosphorylées peuvent activer des molécules et / ou d’autres TyrK

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8
Q

pourquoi chercherait-on à inhiber les fonction d’un RTK ?

A

contrer des cancers

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9
Q

comment inhiber les fonctions d’un RTK ? (2)

A
  • empêcher la liaison du ligand donc la dimérisation
  • bloque le changement de conformation
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10
Q

quel est le risque de l’inhibition de RTK ?

A

risque de bloquer des RTK qui ne sont pas dans les cellules cancéreuses

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11
Q

comparer les RCPG et les RTK (4)

A
  • RTK 1 passage transmembranaire vs RCPG 7
  • RTK activité TyrK vs RCPG activité enzymatique intrinsèque
  • RTK homo- ou hétérodimérisation obligatoire vs RCPG non obligatoire
  • RTK liaison au ligand stabilise la conformation vs RCPG liaison peut induire plusieurs conformations pour RCPG
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12
Q

après liaison au ligand, dimérisation et autophosphorylation, quelles sont les étapes du mécanisme de signalisation des RTK ? (3)

A
  • recrutement de protéines adaptatrices
  • assemblage d’un complexe de signalisation
  • activation des effecteurs
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13
Q

décrire les protéines adaptatrices et les effecteurs

A

protéines adaptatrices : lient un site permettant à d’autres molécules de s’y lier ; peuvent avoir une activité enzymatique
effecteurs : molécules phosphorylées qui migrent au noyau

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14
Q

lister les différents domaines des protéines adaptatrices qui se lient aux RTK activés (6)

A
  • SH2
  • PTB
  • PH
  • SH3 et WW
  • PDZ
  • FYVE
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15
Q

décrire le domaine SH2 (4)

A
  • se lie aux Tyr phosphorylées
  • domaine avec lequel la plupart des molécules font un complexe
  • petit domaine
  • lie des peptides avec des Y phosphorylés
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16
Q

décrire le domaine PTB (4)

A
  • petit domaine
  • se lie aux sites phosphorylés ou non
  • lie les motifs Asn, Pro, X et Tyr
  • séquences en N-terminal de ce motif sont nécessaires pour une grande affinité et spécificité
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17
Q

décrire le domaine PH (2)

A
  • petit domaine
  • se lie aux différents phosphoinositides / phospholipides membranaires pour stabiliser le complexe
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18
Q

décrire les domaines SH3 et WW

A

se lient à des séquences riches en Pro de protéines cibles

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19
Q

décrire le domaine PDZ (4)

A
  • petit domaine
  • se lie à des résidus hydrophobes au C-terminal des protéines cibles
  • le plus rencontré dans les protéines adaptatrices
  • 4 classes d’interactions : reconnaissance de domaines C-terminaux dans le peptides, de motifs internes dans les peptides et de lipides et dimérisation PDZ-PDZ
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20
Q

décrire le domaine FYVE (2)

A
  • se lie spécifiquement à Pdtlns3P
  • peut se lier à la membrane
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21
Q

donner 3 voies de signalisations activées par EGFR

A
  • MAPK
  • PI3K
  • PLC
22
Q

décrire l’activation de la voie MAPK

A

recrutement des protéines activatrices SHC/Grb2 (côté intracellulaire) qui lient et activent Ras qui active la molécule effectrice Raf qui active MEK qui active Erk qui va au noyau pour réguler la transcription

23
Q

à quoi sert la voie MAPK ? quel est le problème ?

A

sert à la prolifération des cellules
dur à cibler car important pour la fonction du système

24
Q

décrire Ras (3)

A
  • GTPase monomérique
  • interagit avec la molécule adaptatrice
  • oncogène le plus connu et commun dans les cancers donc très ciblé car important dans l’activation de la cellule
25
Q

décrire l’activation de Ras

A

échange de GDP en GTP donc devient active puis GAP transfert P donc GDP rejetée et GEF se lie à Ras inactive et ajoute GTP

26
Q

décrire la voie PI3K (2)

A
  • activation de PI3K converge toujours vers l’activation de Akt
  • voie impliquée dans beaucoup de rôles dans la cellule donc dur de cibler / inhiber cette molécule
27
Q

décrire Akt et sa voie

A

3 isoformes qui dépendent des sites phosphorylés et du site d’expression
quand voie activée celle de AMPK est inactivée car elle a une fonction contraire

28
Q

décrire la voie PLC

A

RTK activé, recrute PLC qui coupe PIP2 en IP3 qui augmente le Ca2+ intracellulaire qui induit un FT qui va au noyau pour induire une réponse cellulaire

29
Q

décrire l’endocytose des RTK

A

Eps15 attire des ubiquitines qui induit l’endocytose et phosphatase enlève le groupement P du R côté intracellulaire puis dissociation du ligand et dégradation

30
Q

décrire JAK (3) et STAT (2)

A

JAK :
- TyrK
- 4 types
- se lie à la partie intracellulaire du RTK

STAT :
- molécule de signalisation / FT
- migre dans le noyau quand phosphorylé

31
Q

par qui sont activés JAK/STAT ? (2)

A
  • cytokines
  • RTK
32
Q

donner 2 voies dans lesquelles sont impliqués JAK/STAT

A
  • migration cellulaire
  • prolifération cellulaire
33
Q

donner 2 R à activité enzymatique intrinsèque

A
  • R Tyr phosphatase
  • R Ser/Thr
34
Q

décrire un R Tyr phosphatase (6)

A
  • enlève le groupement P de protéines intracellulaires (généralement les inactives)
  • peut inhiber la fonction d’une autre TyrK
  • peut promouvoir une voie de signalisation
  • différent des RTK dans leur partie extracellulaire
  • domaine intracellulaire proximal : contient l’activité enzymatique
  • domaine intracellulaire distal : essentiel pour l’activité, spécificité, stabilité et interactions protéine-protéine
35
Q

donner 2 R Ser/Thr

A
  • TGF𝛽
  • R guanylyl cyclase
36
Q

décrire TGF𝛽 (3)

A
  • molécule immunosuppresseur
  • rôle dans la croissance embryonnaire
  • se lie à un R a activité enzymatique intrinsèque de type II qui dimérise avec un type I
37
Q

que se passe-t-il quand TGF𝛽 se lie avec son R ?

A

dimérisation et autophosphorylation puis phosphorylation des Smads qui forment un complexe avec Smad 4 qui mogre au noyau et lient l’ADN

38
Q

décrire les R guanylyl cyclase (5)

A
  • R à activité enzymatique intrinsèque
  • 3 types : NPR A, B et C
  • 3 ligands : ANP, BNP et CNP
  • produisent la GMPc
  • forme un complexe inactif à l’état basal qui est déphosphorylé quand lié à son ligand
39
Q

que fait la GMPc produite par les R guanylyl cyclase ? (3)

A
  • contrôle l’activation des canaux ioniques
  • PKG : Ser/Thr kinase
  • PDE : enzyme qui dégrade le lien phosphodiester
40
Q

comparer les R à activité enzymatique et les RCPG (3)

A
  • changement de conformation induit par la fixation au ligand pour les 2
  • R à activité enzymatique font la transphosphorylation du R et recrutement de protéines adaptatrices et de signalisation vs RCPG activent des protéines G, des effecteurs et produisent des messagers secondaires
  • R à activité enzymatique sont désactivés par la déphosphorylation et internalisation vs les RCPG par la désensibilisation et internalisation
41
Q

comparer les R à activité enzymatique (3) et RTK (2)

A

R à activité enzymatique :
- R Tyr phosphatase
- R Ser/Thr kinase
- R guanylyl cyclase

RTK :
- mode d’activation par dimérisation et auto-phosphorylation
- recrute des molécules adaptatrices qui utilisent plusieurs voies de signalisation

42
Q

décrire un R nucléaire (5)

A
  • R dans le cytosol ou noyau selon sa classe
  • domaine qui lie le ligand et domaine qui lie l’ADN
  • activé par une hormone. lipophile qui mène à la liaison d’une séquence dans l’ADN pour former un complexe et changer l’expression d’un gène
  • peuvent former des homo- ou hétérodimères
  • catégories 1 et 2 des R nucléaires lient les brins opposés de l’ADN quand activés vs 3 et 4 lient les mêmes brins
43
Q

qu’est-ce qu’une R orphelin ?

A

R dont on ne connaît pas le ligand

44
Q

comment empêcher l’activité constante des R nucléaires puisqu’ils sont déjà dans le cytosol ou noyau ? de quoi ont-ils besoin pour être activés ?

A

si dans le cytosol : lié à un inhibiteur
si dans le noyau : associé à l’ADN mais inactivé
besoin d’un coactivateur et corégulateur pour être activés

45
Q

décrire un coactivateur et un corégulateur

A

coactivateur : aide dans l’activité, ne se lie pas à l’ADN
corégulateur : coordonne l’activité, amène et lie la molécule, lie l’ADN

46
Q

décrire la catégorie 1 de R nucléaire (2)
donner un exemple

A
  • R stéroïdien
  • surtout dans le cytoplasme (doit migrer au noyau)
    ex : R oestrogène (beaucoup impliqué dans les cancers hormonodépendants)
47
Q

décrire la catégorie 2 de R nucléaire (5)
donner un exemple

A
  • R rétinoïde (RXR)
  • surtout dans le noyau
  • souvent en complexe avec des corépresseurs
  • 3 types
  • ‘partenaire silencieux’ car ne peut pas agir sans que son partenaire soit lié à un ligand
    ex : VDR (R de la vitamine D doit dimériser avec RXR)
48
Q

décrire les catégories 3 et 4 de R nucléaire (2)

A
  • R orphelins
  • se lient à l’ADN dans la même orientation
49
Q

définir la divergence des signaux

A

1 ligand lie 1 R qui peut donner plusieurs réponses intracellulaires (donne toujours la même fonction au final) : spécificité du signal assurée par la ségrégation spatiale des complexes

50
Q

donner un exemple de divergence du signal

A

migration cellulaire : angiotensine II lie son R qui peut activer GTPases Rac, Rho ou Cdc42 qui activent les filopodes, lamellipodes et fibres de stress permettant la migration cellulaire (même fonction au final mais voies différentes)

51
Q

définir la convergence du signal

A

plusieurs R lient plusieurs ligands mais amène toujours à la même voie de signalisation : important pour les amplifications

52
Q

donner 2 exemples de convergence du signal

A

contractilité cardiaque : 2 ligands différents lient 2 R différents qui modulent la même voie de signalisation
augmentation de Ca2+ : possible par RCPG qui active PLC𝛽 qui agit sur PIP2 et aussi par RTK qui active PLC𝞬 qui donne le même résultat

PHL2100_Pharmacologie (11 decks)

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