8 Van RNA naar eiwit Flashcards
welke twee dingen doet tRNA?
- aminozuur vervoeren
- aminozuren volgens de volgorde van het mRNA zetten
hoe lang is tRNA?
75-95 nucleotiden
door welk RNA-polymerase wordt DNA voor tRNA afgeschreven?
RNA-polymerase 3
wat zijn de 5 stappen die tRNA na transcriptie ondergaat?
- 5’-cap verwijderen door RNase P-enzym
- 3’-poly-A-staart en de laatste basen verwijderd door endo- en exonucleasen
- CCA-sequentie aan 3’-einde door tRNA-nucleotidyltransferasen
- intronen worden uit RNA gespliced
- specifieke individuele nucelotiden worden chemisch veranderd -> chemische eigenschappen tRNA’s verschillen
wat voor vorm heeft tRNA?
klaverbladachtige structuur met 3 lussen/loops (middelste lus bevat anticodon) en arm=acceptorstam (3 en 5 einde verbonden met H-bruggen, CCA sequentie aan 3einde steekt boven de stam uit, aminozuur wordt hieraan gekoppeld)
hoeveel codons zijn er en hoe veel zijn stopcodons?
64 (4^3) en 3 stopcodons dus 61 voor aminozuren
uit hoeveel aminozuren zijn eiwitten opgebouwd en welke implicatie heeft dit als er 64 codons zijn?
20 -> 1 aminozuur wordt dus door meerdere codons vertegenwoordigd
wobble base pairing / non-watson/crick-basenparing
eerste 2 nucleotiden essentieel voor binding tRNA, terwijl de laatste mag variëren in de herkenning van het codon voor het anticodon -> flexibiliteit
bevestigen aminozuur aan tRNA: hoe herkent de aminoacyl-tRNA-synthetasen (aaRS) zijn bijpassende tRNA?
-positieve en negatieve herkenningspunten
- anticodon
- discriminatornucleotide: aminozuur vóór de CCA
bevestigen aminozuur aan tRNA: hoe wordt het aminozuur daadwerkelijk bevestigd?
- aaRS katalyseert: aminozuur-aaRS -> 2 Pi-AMP-aminozuur-aaRS
- aaRS komt weer vrij en aminozuur bindt aan tRNA: AMP-aminozuur-aaRS + tRNA -> aminozuur-tRNA + AMP + aaRS
- wordt aminoacyl-tRNA = aa-tRNA (aa=aminozuur)
- extra energie in tRNA -> later nodig bij translatie
waar vindt eiwitsynthese plaats?
in het ER, in een ribosoom
wat is een ribosoom?
een groot stuk rRNA en eiwitten
welke subunits komen samen bij translatie?
60s-subunit en kleine 40s-subunit
wat doet de 40s-subunit?
brengt aminoacyl-tRNA’s bij mRNA
wat doet de 60s-subunit?
katalyseert reactie waarbij aminozuur los van tRNA komt en koppelt aan aminozuurketen
welke 4 bindingsplaatsen bevat de 40s-subunit?
- mRNA
- aminoacyl-tRNA-bindingsplaats (A)
- peptidyl-tRNA-bindingsplaats (P)
- exitplaats (E)
stappen transalatie
- 40s-subunit herkent de 5’-cap van het mRNA, eIF4 helpt hierbij
- 40s-subunit scant het mRNA, op zoek naar het startcodon (AUG)
-> positionering startcodon belangrijk
-> met-tRNA al aanwezig op positie P -> eIF2 en GTP zijn hieraan gebonden
-> eIF1 helpt bij herkenning AUG-codon - positieve identificatie startcodon -> alle eIF’s worden verwijderd
- aanmering 60s-complex
- ribosoom beweegt over mRNA
- nieuwe aa-tRNA’s komen het complex binnen
-> moeten gekoppeld zijn aan elongatiefactoren en GTP
-> elongatiefactor: eEF1A - aa-tRNA’s plaatsen zich op A
- tRNA wordt gebonden door eEF1-binding en GTP
- eventuele herkenning van het mRA-codon door het anticodon
- als herkenning en dus stabiel paar: elongatiefactor wordt verwijderd via hydrolyse van GTP -> zo wordt voorkomen dat verkeerde aminozuren worden ingebouwd
- tweede proofreading -> complementariteit wordt nogmaals gecontroleerd
- in het peptidyltransferasecentrym (PTC) van de 60s-subunit voert het aminozuur dat is geonden aan het aatRNA molecuul een aanval uit op de polypeptide van het pep-tRNA
-> PTC bestaat vooral uit rRNA
-> voert enzymatische functie uit - bevestiging polypeptide aan aa-tRNA-molecuul -> aa-tRNA heet nu pep-tRNA
- hele ribosoom schuift een codon naar rechts
-> pep-tRNA wordt verplaatst naar positie P
-> lege tRNA wordt geparkeerd in de E-plaats
-> wordt bij de volgende verschuiving gedumpt in het cytoplasma - elongatie van het polypeptide
- het ribosoom komt een stopcodon tegen
-> coderen niet voor aminozuur
-> hebben geen aa-tRNA - polypeptide release factor (eRF1) bindt aan stopcodon
- GTP-gebonden eRF3-eiwit bindt aan eRF1
-> hydrolyse polypeptide-tRNA-binding
-> GTP wordt verbruikt - eiwit komt vrij
- ribosoom valt uiteen in de 40s-subunit en 60s-subunit
-> kunnen nieuw eiwit gaan synthetiseren
wat bepaalt het reading frame?
het startcodon
welke 4 energiehoudende moleculen worden bij de eiwitsynthese gebruikt?
- 2 ATP: productie aa-tRNA
- 1 GTP: koppeling aa-tRNA in ribosoom
- 1 GTP: transport ribosoom over mRNA-molecuul
