2.1 regulatie genexpressie

Question 1

welke 3 types RNA polymerases zijn er?

Answer 1

type I: meeste rRNA genen
type II: eiwit- coderende genen voor mRNA
type III: tRNA en sommige rRNA genen

Question 2

In welke richting gaat het mRNA altijd?

Answer 2

5’-3’

Question 3

wat bepaalt de promotor? waar ligt het?

Answer 3

ligt aan de voorkant van een gen en bepaalt waar het RNA-polymerase bindt en welke kant het op gaat. het helpt het RNA polymerase dus met het regulatie;eren

Question 4

uit hoeveel basenparen bestaat een promotor?

Answer 4

100

Question 5

wat bepalen enhancers?

Answer 5

hoe vaak de transcriptie start. ze kunnen voor of in een gen liggen. ze liggen altijd op hetzelfde chromosoom maar ze kunnen verder overal liggen behalve op de promotor

Question 6

transcriptiefactoren binden aan DNA sequenties en reguleren zo de transcriptie. welke 2 transcriptiefactoren zijn er?

Answer 6

algemene transcriptiefactoren ( TF II A tm J)

specifieke transcriptiefactoren (genregulatoreiwitten)

Question 7

wat doen de algemene transcriptie factoren?

Answer 7

promotor herkenning (TATAA box)

rekrutering van het RNA polymerase II

betrokken bij transcriptie van alle eiwit-coderende genen

Question 8

wat doen de specifieke transcriptiefactoren/ genregulatoreiwitten?

Answer 8

herkenning enhancer sequenties

activering van her RNA polymerase II

binden alleen aan genen met specifieke enhancers

Question 9

de genregulatoreiwitten kunnen de transcriptie starten. hoe doen ze dit?

Answer 9

als de genregulatoreiwitten (op enhancer) contact maken met het RNA polymerase II op de promotor van het DNA, wordt de transcriptie gestart. bij dit contact wordt de ‘hendel’ van de RNA polymerase gefosforyliseerd. er ontstaat een lusvorming van het DNA

hoe dichter de promotor en de enhancers bij elkaar liggen, hoe vaker het transcript wordt aangemaakt

Question 10

hoe kunnen de genregulatoreiwitten en de enhancer verbinding maken?

Answer 10

door middel van DNA bindingsdomeinen, 
RNA polymerase II activeringsdomein, dimerisatiedomein, 
ligand bindingsdomein (bij kernreceptor)

Question 11

wat valt onder de DNA bindingsdomeinen?

Answer 11

zinkvinger motief
helix-turn-helix motief
basisch motief

Question 12

wat valt er onder de RNA activeringsdomein ?

Answer 12

acidic blob
glutamine rijk gebied
co-factoren

Question 13

wat valt er onder de dimerisatiedomeinen welke vaak gebruik worden voor de binding van de genregulatoreiwit aan de enhancer ?

Answer 13

leucine zipper motief

helix-loop-helix motief

Question 14

hoe werkt het zinkvinger motief?

Answer 14

herkenning van DNA vindt plaats in de grote groef. zinkvingers in eenregulator eiwitten kunnen aan 2 basenparen binden met waterstofbruggen. door de alfa helixen worden de basen herkend.

Question 15

hoe werken de leucine zippers?

Answer 15

er worden twee. genregulatoreiwitten aan elkaar geritst door de aanwezigheid van alfa helix met aan 1 zijde een reeks van leucine residuen

Question 16

hoe werkt cortison/ een steroïdhormoon denkend aan de kernsreceptoreiwitten?

Answer 16

cortisol gaat door de celmembraan
cortisol bindt aan de glucocorticoid receptor
transport GR van cytosol naar kern
binding GR aan enhancer
activatie RNA polymerase II
strat transcriptie en RNA processing
transport van mRNA naar cytosol
translatie mRNA

Question 17

wat zijn 5 kenmerken van een kern receptor eiwit?

Answer 17

het zijn veelzijdige regulators van genexpressie

familie zinkvingereiwit

ze vormen homo en heterodimeren

binden an specifiek DNA respons element

ze kunnen geactiveerd worden door ligand bindingen (steroïden, vitamines, schildklierhormonen, vetzuurmetabolieten)

Question 18

de Genregulator eiwitten zorgen dus voor de regulatie van de transcriptie. hoe worden de genregulatoreiwitten aangestuurd (6)?

Answer 18

expressie die weefselspecifiek is

(de)fosforylering of andere modificaties

vormen van hetero en homo dimeren

interacties met cofactoren

lokalisatie in de cel

kernreceptor: ligand binding

Question 19

wat is Sonic hedgehog?

Answer 19

SSH is een groei- en differentiatie factor die belangrijk is voor de ontwikkeling van de hand

Question 20

wat is ZSR?

Answer 20

de respressor van SSH aan de duimkant maar een activator van de SSH aan de pinkkant

modificatie kan leiden tot polydactylie (meer vingerigheid)

Question 21

wat zijn voordelen van dimeren?

Answer 21

1. Door DNA te binden als dimeer ontstaan er meer contactpunten met het DNA, en daarmee bindt het eiwit steviger met het DNA.
2. Doordat de vereiste basenvolgorde dubbel zo lang wordt, is het dimeer ook basenvolgorde selectiever dan een monomeer.
3. Hetero-dimeren geven de mogelijkheid om verschillende eiwitten te combineren waardoor een scala aan variaties ontstaat om verschillende DNA volgordes specifiek te binden.