2.1 regulatie genexpressie Flashcards
welke 3 types RNA polymerases zijn er?
type I: meeste rRNA genen
type II: eiwit- coderende genen voor mRNA
type III: tRNA en sommige rRNA genen
In welke richting gaat het mRNA altijd?
5’-3’
wat bepaalt de promotor? waar ligt het?
ligt aan de voorkant van een gen en bepaalt waar het RNA-polymerase bindt en welke kant het op gaat. het helpt het RNA polymerase dus met het regulatie;eren
uit hoeveel basenparen bestaat een promotor?
100
wat bepalen enhancers?
hoe vaak de transcriptie start. ze kunnen voor of in een gen liggen. ze liggen altijd op hetzelfde chromosoom maar ze kunnen verder overal liggen behalve op de promotor
transcriptiefactoren binden aan DNA sequenties en reguleren zo de transcriptie. welke 2 transcriptiefactoren zijn er?
algemene transcriptiefactoren ( TF II A tm J)
specifieke transcriptiefactoren (genregulatoreiwitten)
wat doen de algemene transcriptie factoren?
promotor herkenning (TATAA box)
rekrutering van het RNA polymerase II
betrokken bij transcriptie van alle eiwit-coderende genen
wat doen de specifieke transcriptiefactoren/ genregulatoreiwitten?
herkenning enhancer sequenties
activering van her RNA polymerase II
binden alleen aan genen met specifieke enhancers
de genregulatoreiwitten kunnen de transcriptie starten. hoe doen ze dit?
als de genregulatoreiwitten (op enhancer) contact maken met het RNA polymerase II op de promotor van het DNA, wordt de transcriptie gestart. bij dit contact wordt de ‘hendel’ van de RNA polymerase gefosforyliseerd. er ontstaat een lusvorming van het DNA
hoe dichter de promotor en de enhancers bij elkaar liggen, hoe vaker het transcript wordt aangemaakt
hoe kunnen de genregulatoreiwitten en de enhancer verbinding maken?
door middel van DNA bindingsdomeinen, RNA polymerase II activeringsdomein, dimerisatiedomein, ligand bindingsdomein (bij kernreceptor)
wat valt onder de DNA bindingsdomeinen?
zinkvinger motief
helix-turn-helix motief
basisch motief
wat valt er onder de RNA activeringsdomein ?
acidic blob
glutamine rijk gebied
co-factoren
wat valt er onder de dimerisatiedomeinen welke vaak gebruik worden voor de binding van de genregulatoreiwit aan de enhancer ?
leucine zipper motief
helix-loop-helix motief
hoe werkt het zinkvinger motief?
herkenning van DNA vindt plaats in de grote groef. zinkvingers in eenregulator eiwitten kunnen aan 2 basenparen binden met waterstofbruggen. door de alfa helixen worden de basen herkend.
hoe werken de leucine zippers?
er worden twee. genregulatoreiwitten aan elkaar geritst door de aanwezigheid van alfa helix met aan 1 zijde een reeks van leucine residuen
hoe werkt cortison/ een steroïdhormoon denkend aan de kernsreceptoreiwitten?
cortisol gaat door de celmembraan cortisol bindt aan de glucocorticoid receptor transport GR van cytosol naar kern binding GR aan enhancer activatie RNA polymerase II strat transcriptie en RNA processing transport van mRNA naar cytosol translatie mRNA
wat zijn 5 kenmerken van een kern receptor eiwit?
het zijn veelzijdige regulators van genexpressie
familie zinkvingereiwit
ze vormen homo en heterodimeren
binden an specifiek DNA respons element
ze kunnen geactiveerd worden door ligand bindingen (steroïden, vitamines, schildklierhormonen, vetzuurmetabolieten)
de Genregulator eiwitten zorgen dus voor de regulatie van de transcriptie. hoe worden de genregulatoreiwitten aangestuurd (6)?
expressie die weefselspecifiek is
(de)fosforylering of andere modificaties
vormen van hetero en homo dimeren
interacties met cofactoren
lokalisatie in de cel
kernreceptor: ligand binding
wat is Sonic hedgehog?
SSH is een groei- en differentiatie factor die belangrijk is voor de ontwikkeling van de hand
wat is ZSR?
de respressor van SSH aan de duimkant maar een activator van de SSH aan de pinkkant
modificatie kan leiden tot polydactylie (meer vingerigheid)
wat zijn voordelen van dimeren?
- Door DNA te binden als dimeer ontstaan er meer contactpunten met het DNA, en daarmee bindt het eiwit steviger met het DNA.
- Doordat de vereiste basenvolgorde dubbel zo lang wordt, is het dimeer ook basenvolgorde selectiever dan een monomeer.
- Hetero-dimeren geven de mogelijkheid om verschillende eiwitten te combineren waardoor een scala aan variaties ontstaat om verschillende DNA volgordes specifiek te binden.
