ZO.6 - Regulatie van genexpressie op het niveau van transcriptie

Question 1

Wat is het fenotype van een cel en waardoor worden deze bepaald?

Answer 1

De eigenschappen van een cel
Die worden bepaald door het eiwitexpressiepatroon van de cel

Question 2

Wat is het eiwitexpressiepatroon?

Answer 2

welke eiwitten, en in welke hoeveelheid, in een cel aanwezig zijn op een bepaald moment

Question 3

Wat beïnvloedt het eiwitexpressiepatroon?

Answer 3

Verandering in omgevingsfactoren (adaptief) en plaats-tijd (weefsel-specifiek)

Question 4

Waarom is regulatie op niveau van de start van transcriptie het meest efficiënt?

Answer 4

Dat proces vereist de meeste energie en dus is het energetisch het meest gunstig om hier te reguleren

Question 5

Lac-operon:
Benoem voor de activator site het regulatoreiwit, de signaalstof en wanneer deze aanwezig is

Answer 5

regulator eiwit: CAP
signaalstof: cAMP
wanneer aanwezig: laag glucose

Question 6

Lac-operon:
Benoem voor de operator het regulatoreiwit, de signaalstof en wanneer deze aanwezig is

Answer 6

regulatoreiwit: lac repressor
signaalstof: lactose
wanneer aanwezig: hoog lactose

Question 7

Leer de tabel van lac operon

Answer 7

Gedaan/ken ik

Question 8

Waardoor worden alleen de ong. 30 genen die coderen voor vetzuuroxidatie enzymen geactiveerd door vetzuren, in tegenstelling tot de ong. 23000 andere genen?

Answer 8

• de vetzuuroxidatie genen hebben allemaal enhancer elementen met dezelfde functie
• de vetzuuroxidatie genen worden geactiveerd door dezelfde genregulator eiwitten

Question 9

Op welke streng zit de 5’-TATAA-3’ sequentie ten opzichte van de coderende DNA streng?

Answer 9

Op de coderende streng, de andere streng wordt als matrijsstreng gebruikt

Question 10

Waarom bevat een TATAA box weinig G’s en C’s?

Answer 10

TBP bindt aan dubbelstrengs DNA, en de binding tussen GC basenparen is steviger dan tussen TA basenparen. TA basenparen zijn waarschijnlijk lokaal makkelijker te buigen

Question 11

Welke stap in het transcriptieproces bepaalt hoeveel transcripten er per tijdseenheid worden gemaakt?

Answer 11

de frequentie waarmee RNA polymerase II op de promotor wordt geactiveerd

Question 12

Beschrijf de volgorde van stappen waarmee een op grote afstand van de promotor gelegen enhancer de transcriptie van een gen activeert.

Answer 12

1. genregulator eiwit bindt aan enhancer
2. DNA maakt een lus
3. genregulator komt dicht bij promotor
4. contact genregulator eiwit met transcriptie initiatie complex
5. fosforylering van RNA polymerase II
6. RNA polymerase II start transcriptie
7. transcriptie initiatie complex valt uit elkaar

Question 13

Waardoor worden van genen met nabijgelegen enhancers relatief meer transcripten gemaakt?

Answer 13

De nabijheid van enhancer en promotor verhoogt de kans dat een enhancer-gebonden genregulator eiwit contact maakt met het transcriptie initiatie complex op de promotor, waardoor de frequentie van het starten van transcriptie sterk toeneemt

Question 14

Hoe herkent en bindt een genregulator eiwit een specifieke basenvolgorde in dubbelstrengs DNA, zonder de DNA helix te ontwinden?

Answer 14

Basenvolgorde-afhankelijke H-brugvorming tussen de basen van het DNA en specifieke aminozuur restgroepen van de transcriptiefactor in vooral de grote groeve van dubbel helix DNA. Herkenning vanaf de zijkant; het is niet nodig om de helix te openen.

Question 15

Wat zijn 3 voordelen van genregulator eiwitten die functioneel zijn als dimeer?

Answer 15

1. Door DNA te binden als dimeer ontstaan er meer contactpunten met het DNA, en daarmee bindt het eiwit steviger met het DNA
2. Doordat de vereiste basenvolgorde dubbel zo lang wordt, is het dimeer ook basenvolgorde selectiever dan een monomeer
3. Hetero-dimeren geven de mogelijkheid om verschillende eiwitten te combineren waardoor een scala aan variaties ontstaan om verschillende DNA volgordes specifiek te binden.

Question 16

Waarom is het nuttig dat DNA-bindende domeinen veel basische aminozuren bevatten?

Answer 16

Basische aminozuren zijn bij de pH van de cel positief geladen, en hebben daardoor een intrinsieke affiniteit voor de binding aan DNA dat negatief geladen is door de fosfaatgroepen aan de buitenkant. Dat zorgt voor een nog stevigere binding aan het DNA.
Daarnaast kan arginine H-bruggen vormen met basenparen in het DNA, wat bijdraagt aan de specifieke herkenning van de basenvolgorde.

Question 17

Beschrijf de volgorde van de processen na het smeren van een corticosteroïd zalf

Answer 17

1. transport cortisol door de celmembraan
2. binding cortisol aan GR
3. transport van GR van cytosol naar kern
4. binding GR aan specifieke enhancers
5. activatie RNA polymerase II
6. start transcriptie en RNA processing
7. transport mRNA van kern naar cytosol
8. translatie van mRNA

Question 18

Wat maakt kernreceptoren een bijzondere klasse van genregulatoreiwitten?

Answer 18

Het heeft ook een ligand-bindingsdomein