HC.5 - DNA replicatie Flashcards
Wat is DNA-replicatie?
Het maken van een kopie van de genetische informatie die is opgeslagen in het DNA.
Uit welke onderdelen bestaat een DNA-nucleotide
- deoxribose (pentose suiker)
- fosfaatgroep aan 5’
- stikstofbase
Welke stikstofbasen zijn er in DNA?
- purines (adenine en guanine)
- pyrimidine (cytosine en thymine)
Replication Initation Points (RIP)
Startplaatsen voor DNA replicatie
Welke eiwitten herkennen de RIP
ORC (origin of replication complex)
Beschrijf in 6 stappen de initiatie van DNA-replicatie
- herkenning van een RIP door een geactiveerd ORC
- een van de eiwitten is een helicase: DNA helicase ontwindt de helix lokaal
- DNA polymerase alpha-primase complex maakt een begin: de RNA-primer
- de clamp loader zorgt voor het laden van de sliding clamp
- de sliding clamp zorgt voor het vasthouden van DNA polymerase aan de matrijsstreng
- DNA polymerase start de replicatie
In welke richting bouwt DNA polymerase nucleotiden in
5’ -> 3’
In welke richting gaat DNA-polymerase langst een DNA-streng?
3’ -> 5’
Hoe noem je de korte stukjes DNA die gesynthetiseerd worden op de lagging strand?
Okazaki-fragmenten
Wat is de functie van een clamp loader?
Een clamp loader pakt de sliding clamp vast en positioneert deze op het DNA.
Wat is de functie van de sliding clamp?
De sliding clamp zorgt ervoor dat DNA polymerase kan binden aan het DNA en dat DNA polymerase niet van het DNA af valt.
Wat is de functie van topo-isomerase?
Topoisomerase helpt het DNA te ontwinden (maakt het minder strak)
Wat is de functie van DNA-helicase?
DNA-helicase haalt beide strengen uit elkaar
Wat is de functie van SSBPs
SSBPs binden aan single strands nadat helicase de beide strengen uit elkaar heeft gehaald, en voorkomt zo herstel van de helix
Wat is de functie van DNA-primase?
DNA-primase maakt een RNA primer op het DNA
Wat is de functie van DNA-ligase?
DNA ligase plakt DNA fragmenten aan elkaar
Door welk enzym worden de primers afgebroken?
RNAse
Welk enzym selecteert de base die moet worden ingebouwd?
DNA-polymerase; DNA-polymerase kan voelen welke base er zit en dus welke nieuwe ingebouwd moet worden; de vorm van diens katalytische centrum wordt onder meer bepaald door de identiteit van de base van de template streng
Wat is proofreading?
Proofreading is het checken of de goede base of de verkeerde base is ingebouwd door DNA polymerase
Wat is DNA polymerase exonuclease activiteit?
Het vermogen van DNA polymerase om een verkeerd ingebouwde base uit de DNA-keten te verwijderen
mismatch reparatie
reparatie als DNA-polymerase al voorbij het verkeerd ingebouwde nucleotide is door een DNA-reparatiesysteem
Translesie DNA synthese (TLS)
Als er een laesie in het DNA is, dan komt DNA-polymerase niet verder met de DNA-replicatie. DNA-polymerase valt weg en translesie DNA polymerase hecht aan het DNA om ervoor te zorgen dat je voorbij de laesie kan komen.
Wat is het risico bij het gebruik van TLS?
Risico dat je met een mutatie in het DNA achterblijft.
Wat is een replicatievork?
Een Y-vormige junction die aan beide zijden van een replicatiestartpunt gevormd worden
Juist/Onjuist
Is DNA-replicatie bidirectioneel?
Juist
Replicatiesnelheid bij mensen
Replicatienauwkeurigheid bij mensen
100 bp/sec
1/1000000000
Wat levert de energie voor polymerisatie van DNA?
de fosfaatgroepen in de deoxyribonucleoside trifosfaat
In welke richting funtioneert het proofreading-mechanisme?
5’ -> 3’
Wat is de functie van een RNA-primer?
Het bieden van een 3’-startpunt voor DNA-polymerase
Wat is de functie van nuclease?
Nuclease verwijdert de RNA primer
Welk type DNA polymerase vervangt de RNA primers?
DNA polymerase I (repair polymerase)
Hoe splitst DNA-helicase de DNA strengen?
Door met behulp van energie uit ATP-hydrolyse de waterstofbruggen tussen de basenparen te verbreken
Welk type DNA polymerase repliceert DNA?
DNA-polymerase III
