VL5 Flashcards
NGS
Welches dieser Projekte wäre am besten für Next Gen Seq. geeignet
a. Zu bestimmen, ob ein Tumor eine bestimmte missense-Mutation aufweist?
b. Das Transkriptom eines Tumors zu bestimmen
c. Eine genomische DNA Probe nach einigen bekannten SNPs zu untersuchen
d. All of above
b. Weil NGS nur fuer die Sequenzierung des ganzen genoms sinn macht
Welcher dieser Schritte ist wichtig fuer die Erstellung eines Templates fuer NGS?
a. DNA Isolierung
b. Zerkleinern der DNA in kleinere Fragmente
c. Ueberpruefen der Qualitaet und Quantitaet der DNA Fragmente
d. All of above
d
Nachdem Sequenzen eines NGS Expirementes erhalten wurden- was tun Sie zuerst?
a. Bioinformatische Analyse der Daten
b. Validierung der Daten mit einer unterschiedlichen Methode
c. Publizieren der Resultate
d. Weitere Analyse einzelner Sequenzen
a
Was bedeutet “Brueckenamplifikation”
wird bei Sequence by synthesis benutzt. eine Bruecke aus ssDNA wird mit hilfe von zwei adaptoren gebildet. Auf dem Boden des Flowcells befinden sich zwei oligonukleotide, die jeweils zu einen Adaptor komplimentaer sind. Somit binden sie auch die Adaptoren und es bildet sich eine bruecke. Polmerase elongiert die ssDNA bruecke bildet dsDNA. dsDNA wird denaturiert entstehen zwei ssDNA=Amplifikation und es entsteht DNA cluster.
wie unterscheiden sich 454 und Illumina NGSs Techniken?
454: Pyrosequencing
Illumina: Sequencing by synthesis
Welches Reaktionsprodukt der Kettenverlaengerung wird fuer die Visualisierung der Pyrosequenzierung genutzt
Pyrophosphat (PPi)
DNA wird aus menschlichem Blut extrahiert und zehn Gene von Chromosom 22 werden amplifiziert. Die PCR Produkte werden aufgereinigt und mit der Sangermethode sequenziert. An bestimmten Positionen in der Sequenz treten Ambiguitäten auf. Wieso?
Ambiguität: auf Sequenzlesung sind zwei verschiedene Basen sichtbar. Beziehungsweise man bekommt an einer Stelle der DNA zwei verschiedene Signale, jeweils fuer eine Base.
Antwort: Menschen sind Heterozygot. 2 Chromosomen unterscheiden sich an manchen Stellen und dieser Unterschied wird als Ambiguität gelesen
Alternativ: Bei Senger: je kürzer die ersten Sequenzen sind, desto ungenauer.
DNA wird aus menschlichem Blut extrahiert und zehn Gene von Chromosom 22 werden amplifiziert. Die PCR Produkte werden aufgereinigt und mit der Sangermethode sequenziert. An bestimmten Positionen in der Sequenz treten Ambiguitäten auf. Wieso?
Nun wurde dasselbe PCR produkt mit der Illuminaplattform sequenziert. und sie sehen keine Ambiguitäten mehr. wieso? Welche analytische Analyse machen Sie um Ihre Hypothese zu testen?
bei Illuminati wird nur eine singlestrange DNA analysiert beziehungsweise werden nur die einzelne Molekule/basen sequenziert.und deswegen sieht man keine Ambiguität mehr.
Test: SNP genotyping
