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Was bedeutet Chip?
Chromatin Immunopräzipitation
Auf welche Bereciehe wird in einem Chip-Seq Experiment bevorzugt normalisiert?
Auf den Noise nach part.Regression außerhalb der Peaks.
Man normalisiert um den Hintergrundnoise besser zu eliminieren. Damit man sich dabei nicht überschätzt, schaut man such die Signale außerhalb der Peaks an und gleicht/eicht auf diese Signale. Peaks werden von dieser eichung
Nennen Sie wichtige Kontrollen für Chip-Seq-Experimente.
- Input DNA (Chromatin ohne IP)=> man gibt keine IPs dazu und macht keine Waschung der Proteine
- IgG: unspäzifischer Antikörper, soll also an nix binden
- Mutierte Zellen mit mut. Proteine (dadurch Knockout)
- Kein Tag: IP von Probe ohne getaggtes Protein beim Epitope Tag
Welchen Zelltyp brauchen Sie für die Durchführung eines Chip_Seq-Experiments?
a) Muskelzelle
b) Nervenzelle
c) B-Zelle
d) Epidermiszelle
b
Welches der folgenden DNA-Bindeproteine interagiert Sequenzspizifisch mit DNA?
a) Histon H3
b) DNA-Polymerase
c) NF-kB
d) RNA-Polymerase
c
Welche der Methoden kann unterscheiden, ob ein Protein direkt oder über eine Proteinbrücke an DNA bindet?
a) EMSA und Chip
b) EMSA only
c) Chip only
d) Footprinting
b
Was ist der primäre Zweck der Ultrachallbehandlung in einem Chip-Experiment?
Fragmentierung der DNA
Welche dieser Methoden detektieren DNA-Protein Interaktion in vivo?
a)Chip und Chip-seq
b)Footprining
C)EMSA
a
Was bedeutet 3C(mit skizze) und welche Frage beantwortet dieses Experiment?
Chromosom conformation Capture
3D-Chromatin Interaktion durch das gesamten Genom erfasst.
-Crosslinking, Digestion, Ligation, reverse Crosslinking, Amplifizierung
Nennen Sie 2 Beispiele, warum Transkriptionsrate und Transkriptakkumulation nicht korrelieren müssen
(Kein Plan) Ein Gen kann stark Expremiert sein, allerdings die Produkte schnell verbraucht werden.
Andersherum kann ein Gen nicht so Expremiert werden, aber die Produkte werden nicht sofort verbraucht und akkumulieren.
Nennen Sie 3 Beispiele für Vorgänge, die ko-transkriptional passieren.
Spleißen (S5P bremst Pol II und erlaubt Ausführung von Spleißing) , Capping und Polyadenylierung
Warum werden für ein Run-On erst Kerne aus Zelle isoliert?
(K.A) kann daran liegen, dass man den Einfluss von anderen Zellorganellen auf die Transkriptmenge ausschließen will. (man will nur die Transkriptionsrate untersuchen, nicht die Transkriptakkumulation)
-weil wir fuer runon an zellkern rankommen und die dNTPs mit tagged dNTPs ersetzen sollen. ausserdem soll sarkosyl in die zellkern rein. ganze zellen mit membran verhindert alles. wir koennen aber alternativ das zellmembran durchlaessigmachen(K.A) kann daran liegen, dass man den Einfluss von anderen Zellorganellen auf die Transkriptmenge ausschließen will. (man will nur die Transkriptionsrate untersuchen, nicht die Transkriptakkumulation)
Was ist der wesentliche Unterschied zw. Gro und Net?
Bei Net wird die Polymerase per IP gefiltert, man kann die narzierende RNA untersuchen.(Ebenfalls RNA, die kurzlebiger ist wie CUTs)
Bei Gro wird dem RNA Br-UTPs hinzugegeben, sodass die RNA per IP gefällt wird. Hier wird die RNA Pol-Klasse bzw die Transkriptionsrate der RNA-Pol Untersuchung.
Inwiefern stellt Pro-Seq eine technische Verbesserung gegenüber GRO-Seq dar?
(K.A)Pro-Seq verwendet Biotin NTPs, welche die Transkription stoppen. Dies erlaubt die Untersuchung von narzierende mRNA.
Beim Gro-Seq wird die Transkription nur durch Zugabe von Sakrosyl gestoppt.
-Pro-Seq hat hoehere Aufloesung
Nennen Sie technische Nachteile von Gro-Seq gegenüber Net
Gro-Seq hat eine schlechtere Auflösung und liefert schlechtes Gesamtbild, weil nur Zellkern-RNA-Analyse
Sie wollen die Transkription in Mitochondrien von HeLa-Zellen mittels Gro-Seq messen. Welches Problem müssen Sie lösen?
Wenn man die Transkriptionsrate messen will, also wieviel RNA tatsächlich hergestellt/synthetisiert wurde, muss man den Verbrauch der RNA (translation)durch das Mitochondrium selbst unterbinden. Die Methode ist an sich für den Zellkern konzipiert.
Welches Gen wir am wahrscheinlichsten über Translation reguliert?
a) Gen mit stabiler mRNA, stabilem Protein
b) Gen mit stabiler mRNA, instabilem Protein
c) Gen mit instabiler mRNA, stabilem Protein
c) Gen mit instabiler mRNA, instabilem
d
- Mittels welchen Experiments können Sie Polysomen anreichern?
Polysom-Sequenzierung (Dichte Gradient)
Welche Bedingungen muss erfüllt sein, damit Sie nach einem Ribo-Seq-Experiment eine Kodon-aufgelöste Translationsaktivität bestimmen können?
Es muss 28 Bb haben, damit es einem Frame zugeordnet werden kann.
Ein uORF wird während Stickstoffmangel in Hefe deutlich reduziert translatiert. Welche Auswirkungen hat dies wahrscheinlich auf die Translation des stromab gelegenen Haupt-ORFs?
Der Haupt ORF wird dann deutlich stärker translatiert.
Sie wissen, dass die neg. RNA negativ über die Termination der Translation reguliert wird. Wie sähe die read-coverage für diese mRNA in einem Ribo-Seq Experiment aus?
Negativ kontrolle über UAG, am UAG sitzt Ribosom, alle anderen Ris kommen nicht weiter.
Welche Möglichkeiten nutzen eu Zellen, um die Initiation der Translation zu Regulieren?
IRES, Zirkulation der mRNA, eIF4, PABP?, micro RNAs (Repression)
Sie haben einen in Wasser gelösten DNA-Einzelstrang. Was müssen Sie hinzufügen, um einen Komplementären Strang zu synthetisieren?
dNTPs, Primer, Taq, Puffer
Werlche zwei Erfindungen machen es möglich, dass die PCR günstig und effektiv in jedem Labor einsetzbar ist?
Taq, Thermocykler, oligo-Nukleotide (Primer design)
Ein Forscher hat den ORF von GFP amplifiziert und neben einen Promotor von E.coli in ein Vektor kloniert. Er kann jedoch keine Fluoreszenz in mit diesem Konstrukt transformierten Bakterien entdecken. Welche verschiedenen Typen von Mutationen können in der PCR passiert sein?
Welches ist am wahrscheinlichsten?
- Primer binden an was anderes
- wir haben Fehler am GFP (zb durch eine Mutation, das zu einem Stoppcodon geführt hat)
- Taq könnte auch fehler gemacht haben
Ein Forscher hat den ORF von GFP amplifiziert und neben einen Promotor von E.coli in ein Vektor kloniert. Er kann jedoch keine Fluoreszenz in mit diesem Konstrukt transformierten Bakterien entdecken. Welche verschiedenen Typen von Mutationen können in der PCR passiert sein?
Wie würden Sie zeigen, dass es wirklich eine Mutation war und nicht ein Problem mit dem Bakterienstamm, den Sie zur Expression genuntzt haben?
man extrahiert das Plasmid und sequenziert es
Der CT (cycle threshold) ist:
a) Die Gesamtzahl an Zyklen einer real-time PCR-Reaktion
b) Der Zyklus, an dem eine Probe einen bestimmten Punkt in der real-time-PCR erreicht
c) Die Zyklenzahl, an der die Probe die Plateauphase der PCR erreicht
b
Ein PCR Zyklus besteht aus:
a) Denaturierung, primeranealing, elongation
b) Denaturierung, initiation, elong.
c) primer anealing, elong, termination
d) primeranealing, elong., termination
a
Nach 4 zyklen einer PCR- Reaktion, wie viele Moleküle sind vorhanden, wenn man mit einem DNA-Duplex angefangen hat?
2^4
ein pcr primer ist 18 basen lang, wie häugig wird er ans menschliche genom binden?
(3,3x10^9)/4^18