VL 7 Net-Seq/Pro-GRO/RUN-ON Flashcards
Nennen Sie 2 Beispiele, warum Transkriptionsrate und Transkriptakkumulation nicht korrelieren müssen
(Kein Plan) Ein Gen kann stark Expremiert sein, allerdings die Produkte schnell verbraucht werden.
Andersherum kann ein Gen nicht so Expremiert werden, aber die Produkte werden nicht sofort verbraucht und akkumulieren.
Nennen Sie 3 Beispiele für Vorgänge, die ko-transkriptional passieren.
Spleißen (S5P bremst Pol II und erlaubt Ausführung von Spleißing) , Capping und Polyadenylierung
Warum werden für ein Run-On erst Kerne aus Zelle isoliert?
(K.A) kann daran liegen, dass man den Einfluss von anderen Zellorganellen auf die Transkriptmenge ausschließen will. (man will nur die Transkriptionsrate untersuchen, nicht die Transkriptakkumulation)
-weil wir fuer runon an zellkern rankommen und die dNTPs mit tagged dNTPs ersetzen sollen. ausserdem soll sarkosyl in die zellkern rein. ganze zellen mit membran verhindert alles. wir koennen aber alternativ das zellmembran durchlaessigmachen
Was ist der wesentliche Unterschied zw. Gro und Net?
Bei Net wird die Polymerase per IP gefiltert, man kann die narzierende RNA untersuchen.(Ebenfalls RNA, die kurzlebiger ist wie CUTs)
Bei Gro wird dem RNA Br-UTPs hinzugegeben, sodass die RNA per IP gefällt wird. Hier wird die RNA Pol-Klasse bzw die Transkriptionsrate der RNA-Pol Untersuchung.
Inwiefern stellt Pro-Seq eine technische Verbesserung gegenüber GRO-Seq dar?
(K.A)Pro-Seq verwendet Biotin NTPs, welche die Transkription stoppen. Dies erlaubt die Untersuchung von narzierende mRNA.
Beim Gro-Seq wird die Transkription nur durch Zugabe von Sakrosyl gestoppt.
-Pro-Seq hat hoehere Aufloesung
Nennen Sie technische Nachteile von Gro-Seq gegenüber Net
Gro-Seq hat eine schlechtere Auflösung und liefert schlechtes Gesamtbild, weil nur Zellkern-RNA-Analyse
Sie wollen die Transkription in Mitochondrien von HeLa-Zellen mittels Gro-Seq messen. Welches Problem müssen Sie lösen?
Wenn man die Transkriptionsrate messen will, also wieviel RNA tatsächlich hergestellt/synthetisiert wurde, muss man den Verbrauch der RNA (translation)durch das Mitochondrium selbst unterbinden. Die Methode ist an sich für den Zellkern konzipiert.
