VL 6

Question 1

Was bedeutet Chip?

Answer 1

Chromatin Immunopräzipation

Question 2

Auf welche Bereciehe wird in einem Chip-Seq Experiment bevorzugt normalisiert?

Answer 2

Man normalisiert um den Hintergrundnoise besser zu eliminieren. Damit man sich dabei nicht überschätzt, schaut man such die Signale außerhalb der Peaks an und gleicht/eicht auf diese Signale. Peaks werden von dieser eichung ausgenommen.

Question 3

Nennen Sie wichtige Kontrollen für Chip-Seq-Experimente.

Answer 3

• Input DNA (Chromatin ohne IP)=> damit Stücke , die nicht gewollt sind, aber sequenziert wurden ausgeschlossen werden
• IgG: unspäzifischer Antikörper, soll also an nix binden
• Mutierte Zellen mit mut. Proteine (dadurch Knockout)
• Kein Tag: IP von Probe ohne getaggtes Protein beim Epitope Tag

Question 4

Welchen Zelltyp brauchen Sie für die Durchführung eines Chip_Seq-Experiments?

a) Muskelzelle
b) Nervenzelle
c) B-Zelle
d) Epidermiszelle

Answer 4

b

Question 5

Welches der folgenden DNA-Bindeproteine interagiert Sequenzspizifisch mit DNA?

a) Histon H3
b) DNA-Polymerase
c) NF-kB
d) RNA-Polymerase

Answer 5

c

Question 6

Welche der Methoden kann unterscheiden, ob ein Protein direkt oder über eine Proteinbrücke an DNA bindet?

a) EMSA und Chip
b) EMSA only
c) Chip only
d) Footprinting

Answer 6

b

Question 7

Was ist der primäre Zweck der Ultrachallbehandlung in einem Chip-Experiment?

Answer 7

Fragmentrierung der DNA

Question 8

Welche dieser Methoden detektieren DNA-Protein Interaktion in vivo?
a)Chip und Chip-seq
b)Footprining
C)EMSA

Answer 8

a

Question 9

Was bedeutet 3C(mit skizze) und welche Frage beantwortet dieses Experiment?

Answer 9

Chromosom conformation Capture

3D-Chromatin Interaktion durch das gesamten Genom erfasst.