Vecka 3 - Endocytos och lysosomer (Kreuger) Flashcards
Vilken destination tar en klatrincoatad endocytisk vesikel först?
FÖRST early endosome, den består av flera fuserade endocytiska vesiklar.
Från denna, kan material transporteras till en Recycling endosome, eller sen endosom (skickar sen därifrån vidare till lysosom)
Vad kommer den sena endosomen att göra med sina molekyler? Var ifrån kan proteiner komma till den sena endosomen?
Från sen endosom kommer proteiner att skickas till lysosomer.
Proteiner kan komma från
- golgi
- tidig endosom
Vad är dynamin? Hur ser den typ ut?
Det är ett protein som genom hydrolys av GTP kommer knoppa av en endocytisk vesikel som håller på att invagineras från plasmamembran
Dynamin är en helix som kommer snöras runt vesikelns avknoppningsställe.
Vad är en klatrintriskelion?
Nyckel ord chain, ihopkopplas.
Ett protein som består av 3 st tunga och 3 lätta proteinkedjor. Dessa proteiner kopplas samman occ bildar en ringformad struktur med tre armar, som i sin tur kommer binda till andra klatrintriskelion runt en endocytisk vesikel.
Vilken fosfoinositid är viktig för endocytos?
Varför, hur?
PI(4,5)P2.
Fosfoinositiden sitter intracellulärt i plasmamembranet. Denna binder till adaptorproteiner i cytosolen –> orsakar konformationsändring i adaptorproteinet –> gör att en cargoreceptor då kan binda till adaptorn.
Vad händer när en adaptorprotein bundit in till PI(4,5)P2?
Detta blottlägger en binding site för en cargoreceptorns intracellulära domän, på insidan av plasmamembranet. Denna har extracellulärt en cargo bunden.
Denna i sin tur binder till klatrintriskelion som börjar invaginera en vesikel. Till receptorn är en cargomolekyl bunden.
Vad är först och främst viktigt för att en endocytisk vesikel ska kunna fusera med ett målmembran?
Genom att klatrintriskelion och adaptorprotein diccosierar från cargoreceptorn så att vi får en naken vesikel som kan fusrra.
Hur är en fosfoinositid uppbyggd?
- Två lipidsvansar
- en glycerolbackbone
- en fosfatgrupp
- en sockermolekyl (inositolring)
De sitter i denna ordning.
Lipisvansarna kommer sitta i plasmamembran.
Vad heter enzymer som modifierar fosfoinositider / fosfatidylinositolfosfater?
PI/PIP kinaser
PIP fosfataser
Vad innebär det att en fosfoinositid får modifiering? Och var modifieras den, och med vad?
Fosfoinostidien har en inositolring som kan binda fosfatgrupper från kol 1-6. Dessa fosfatgrupper kommer att genom kinaser eller fosfataser sättas på eller plockas bort. Genom specifik fosforylering av en fosfoinositid kan man skapa olika huvudgrupper av adresslappar/bindningssite för proteinligander vid plasmamembranet.
Vad är skillnaden på PI och PIP?
PI har ingen fosfatgrupp kopplad till sin inositolring.
Vad är Rab5? Beskriv hur den fäster till …., ja vadå?
Del 1
Rab5 är ett GTPas som sitter på endosomers membran, när den har GTP bundet.
Det finns en Rab5GEF som kan aktivera GTP-inbindningen till Rab5. Då kommer Rab5 att fälla ut en amfipatisk helix som kan fästa i endosomens membran.
Vad gör RAb5 när den bundit in till endosomens membran?
Vad behövs på endocytisk vesikel för att den ska kunna hitta rätt till den Rab5 märkta endosomen?
del 2
Rab5-GTP kommer att aktivera ett PI3kinas.
Pi3-kinaset kommer fosforylera en fosfoinostidi på kol 3, –> PIP3 fås.
Tillsammans kommer PIP 3 och Rab5GTP att binda aggregera med Rab-effektorproteiner
Komplexet kan då fånga in endocytiska vesiklar från plasmamembranet.
På endocytisk vesikel finns också Rab5-proteiner. Dessa kommer att binda effekterproteinet på endosomen.
För att en fusion av två membran ska kunna ske, en vesikel och en endosom exempelvis. Hur ska detta fysiskt möjliggöras?
Nyckelord snare
Det måste finnas v-SNARE på vesikeln och t-SNARE på endosomen.
Beskriv hur LDL tar sig in till lysosomen via endosomen.
Nyckelord ApoB, klatriner, hydrolytiska enzymer.
- En LDL partikel har ett ApoB protein kring sig. I partikeln finns det kolesterylestrar.
- Till apoB binder på den extracellulära sidan av cellen till en receptor.
- Denna receptor binder i sin tur klatriner.
- När vesikeln har avknoppats faller klatrincoaten isär.
- Fusering med tidig endosom. Lägre pH i endosomen gör att receptorn släpper LDL-partikeln. Receptorn återvänder till plasmamembranet.
- LDL partikeln med apoB runt far vidare till sen endosom –> lysosom
- I lysosomen kommer hydrolytiska enzymer att bryta ner partikeln och frigöra fritt kolesterol.
Det finns olika “saker ex molekyl. Dessa kan transporteras till lysosomen. Vilka “saker” är det jag pratar om?
Nämn dem bara.
- endocytos
- fagocytos - mikrober
- autofagi - ej fungerande organeller
Vad är et för pH i lysosomen vs plasman?
Hur kan det vara surt i lysosomen?
Varför är det viktigt att pH är lågt i lysomen?
I cellplasman 7,2
I lysosomen 5
Sker genom protonpumpar.
Surt pH kommer aktivera hydrolaserna i lysosomerna som gör att de blir aktiva.
Det är även viktigt för att kunna transportera ut nedbrytningsprodukter till cellplasman via symporters.
Vilka grupper av hydrolaser finns i lysosomen?
- proteas
- glykosidas
- nukleas (DNA)
Hur kan Natrium bidra till att få ut aminosyror från lysosomen?
- ATPas pumpar in protoner till lysosomen
- Protongradienten används för att med antiporter pumpa in Natrium
- Natrium pumpas ut med symporter tillsammans med aa
Vilka är våra huvudsakliga nedbrytningsstationer i cellen?
Proteasomer och lysosomer.
Vad binder ESCRT till?
Vilken organell är vi i?
ESCRT är ett protein som binder till PIP3 och polyubiquinylerad receptor på cytosolisk sida. Receptor är en cargoreceptor.
- ESCRT komplexet behövs för att bilda multivesikulära knoppar.
Den binder till endosomens membran. När ESCRT binder in så kommer en intraluminal vesikel i endosomen att induceras.
Vad är fördelen med multivesikulära kroppar?
En multivesikulär kropp innehåller intraluminala vesiklar i en tidig endosom. Detta är fördelaktigt då invaginerade proteiner som bundit receptor, kan kapslas in i en och samma endosom (kropp), därefter tas till en lysosom som bryter ner allt på en gång.
Beskriv autofagi
Autofagi är när uttjänade organeller endocyteras och skickas till lysosomer.
Det sker genom att ett dubbelt membran bildas runt organll och cytosolen runt. Denna autofagosom som bildas smälter samman med yttre membran med lysosomen, och hydrolaser bryter ner det inre membranet samt organellen.
Vad är mitofagi?
När mitokondrier bryts ner i lysosomer.
