Transposition Flashcards

1
Q

Was sind Transposons?

A

Transposons sind mobile genetische Elemente, die kopiert oder aus dem Genom herausgeschnitten und an einer anderen Stelle eingefügt werden können
->der Vorgang heißt Transposition

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2
Q

Wie viel Prozent des menschlichen Genoms sind Transposons?

A
  • fast 50%
  • LINEs(long interspersed nuclear element)
  • SINEs(short interspersed nuclear element)
  • HERVs(Human endogenous retroviruses)
  • DNA-Transposons
  • meiste Transposons stillgelelegt-> nur alle 100 Geburten ein Transposonsprung
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3
Q

Welche verschiedenen Transposontypen gibt es?

A
  1. über DNA Intermediat:
    - replikativ (copy and paste) z.B. IS1 und TN10 in E.Coli
    - nicht replikativ (cut and paste)z.B. Ds/Ac in Mais
  2. über RNA Intermediat:
    - Retrotransposons(LTR-Retrotransposons)
    - Retroposons(LINEs und SINEs)
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4
Q

Wie ist ein DNA-Transposon aufgebaut?

A
  • 2 Sequenzelemente an ihren Enden:
  • außen direct repeats(gehören nicht zum transposablen Element)
  • innen inverted Repeats
  • mittlerer Bereich codiert für Transposase
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5
Q

Wie enstehen die direct repeats?

A
  • Transposase schneidet überhängende DNA-Enden
  • Transposable Elemnt wird in Schnittstelle eingefügt
  • einzelsträngige Überstehende Enden werden durch DNA-Polymerase aufgefüllt, was in einer identischen Sequenz resultiert
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6
Q

Wie können auch Gene über Transpososition springen?

A
  • über zusammengestzte Transposons: flankierende Insertionssequenzen mit zusätzlichen Genen in der Mitte
  • z.B. für Antibiotikaresistenz
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7
Q

Was ist das ac/ds System in Mais?

A

-ac=Activator element
-ds=dissociative element
-vor Gen das zuständig für violette Farbe des Mais ist
befinden sich zwei Transposons ds und ac
-ds kann nicht alleine springen, es braucht die Transposase von ac
-mit Hilfe der Transposase von ac kann ds in das Gen springen und die Produktion des violetten Farbstoffs inhibieren
-kürzere ds-elemente springen besser als längere ac-elemente

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8
Q

Was sind Retrotransposons?

A
  • mobil per RNA Intermediat
  • Element muss transkribiert werden
  • eine reverse Transkriptase produziert eine DNA-Kopie für die Integration

nur in Eukaryoten

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9
Q

Was ist der Lebenszyklus eines Retrotransposons?

A
  • wird transkribiert
  • Export aus der Zelle und translatiert verschiedene Proteine, um spätere Integration über reverse Transkriptase zu gewährleisten
  • Import in Zelle und Integration in DNA
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10
Q

Was sind die Ähnlichkeiten von Retrotransposons zu Retroviren?

A
  • beide mit LTRs(long terminal direct repeats)

- mit Genen wie sie in RNA-Viren vorkommen(gag,pol)

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11
Q

Was sind Retroposons

A

-kein LTR
-2 Hauptvertreter in Menschen:
LINEs=long interspersed elements:
-6-7 kb

SINEs

  • 300 bp
  • z.B. Alu
  • nicht autonom
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12
Q

Unterschied integrierte Retrovieren,LTR-Transposons,LINEs,SINEs?

A
  • Retrovirus: gen für Hüllproteine,LTR,gag,pol
  • LTR-Transposon:LTR,gag,pol
  • LINEs:gag und pol
  • SINEs: -
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13
Q

Was macht pol? was macht gag?

A

pol->reverse Transkriptase

gag->Capsid-Proteine

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14
Q

Was sind die Effekte der Transposition?

A

Transposable Elemente können:

  • Mutationen induzieren
  • zu Chromsomenaberrationen führen
  • Gene an einen neuen Ort transferieren
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15
Q

Was sind mögliche Vorteile von Transposons?

A
  • erhöhen genetische Diversität
  • können als Promotoren fungieren
  • tragen positive Eigenschaften(antibiotikaresistenz)
  • experimentell:Transposonmutagenese unterstützt Suche nach Genen und Genfunktionen
  • > P-Element
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