Fragen die ich nicht wusste Flashcards
Welche funktionellen Gruppen sind in doppelsträngiger DNA H-Donatoren
und welche Akzeptoren bei der Bildung von Wasserstoffbrücken?
H-Donatoren: Aminogruppen (NH2); Wasserstoffatome an sekundären
Aminen
H-Akzeptoren: freie Elektronen von Ketogruppen; freie Elektronen von
sekundären Aminen
Was versteht man unter der Verknüpfungszahl? Was ist ein Supercoil?
Die Verknüpfungszahl gibt die Häufigkeit an, mit der die beiden Stränge
(Doppelstrang) eines fixierten doppelsträngigen DNA-Abschnitts (z.B. eines
Plasmid-Rings [Plasmide] oder eines linearen, an seinen Enden fixierten DNAStücks) umeinander gewunden sind.
Wie erfolgt die Kondensation eukaryotischer DNA?
Aufwicklung von DNA auf Nukleosomen zur 10 nm Faser. Die Anlagerung von
H1 führt zur Ausbildung einer dichteren Packung (30 nm Faser). Ausbildung
von Schleifen, die durch Kondensine und Kohesine verbunden werden und in
nicht verstandener Weise eine weitere Kompaktierung erzeugen.
Wie erfolgt bei der Topoisomerasereaktion das Wiederverknüpfen der DNA
Stränge?
Eine Ligasereaktion unter ATP Verbrauch
Welchen Vorteil hat es, negativ superhelikale DNA zu haben?
DNA lässt sich leichter in Einzelstränge zerlegen; i.e. aufschmelzen und damit
transkribieren
Auf welche Weise wirkt sich die Transkription auf die lokale Superhelikalität
aus?
Sie verstärkt die Superhelikalität vor der RNA Polymerase
Was ist der erste enzymatische Schritt bei der Initiation der DNADoppelstrangsynthese, wenn sie a) von einem Ringmolekül zu einem
Ringmolekül führt; b) wenn sie als rolling circle abläuft? ´
- a) Helikaseaktivität: Auftrennung des Doppelstranges in Einzelstränge
- b) Spaltung eines der beiden Einzelstänge („nick“); Endonuklease-Aktivität
Was sind Okazaki-Fragmente?
- Die am Folgestrang synthetisierten DNA Fragmente vor der Verknüpfung
durch die DNA-Ligase
DNA-Ligase benötigt beim Schließen der diskontinuierlich gewachsenen DNAKette Energie (in Form von ATP). Wie ist das generell zu erklären?
Die am Folgestrang synthetisierten DNA-Fragmente enden an ihrem 3‘-
Ende mit einer OH Gruppe und an ihrem 5‘-Ende mit einem
Monophosphat. Beide Enden enthalten keine energiereichen Bindungen.
Deshalb muss Energie in Form von ATP hinzugefügt werden.
Durch welches Enzym werden die RNA-Primer des diskontinuierlichen
Stranges wieder entfernt? Welche Aktivität des Enzyms wird hierbei benötigt?
DNA Polymerase I / 5‘-3‘ Exonukleaseaktivität
Worin unterscheidet sich RNA von DNA?
-RNA: einzelsträngig; komplexe (Sekundär-) Strukturen; Uracil, 2‘ OH Gruppe
-DNA: doppelsträngig; fast ausschliesslich Watson-Crick B-DNA Helix; Thymin;
keine OH-Gruppe am 2‘C
Was ist abortive Initiation?
Die RNA Polymerase beginnt, eine kurze RNA zu synthetisieren, fällt dann jedoch
vom Substrat ab, i.e. wird nicht produktiv / steigt nicht in die Elongation ein
RNA Polymerasen haben eine ganz besondere Struktur.
Welche Kanäle gibt es und wo?
DNA-Eintrittskanal
- DNA-Austrittskanal
- RNA-Autrittskanal
- Nukleotideingangskanal
Mit welchem Nukleotid beginnt die eukaryotische RNA?
Trimethyl-GTP (Kappe)
.Welches sind die wesentlichen Unterschiede zwischen prokaryotischer und
eukaryotischer mRNA?
Prokaryotische mRNAs sind polycistronisch.
Die Spleißreaktion durch das Spleißosom verbraucht viel ATP. Warum?
Es kommt zu multiplen Umlagerungen zwischen snRNPs und Intronsequenzen, in
deren Verlauf RNA-Helices von RNA-Helikasen aufgespalten werden müssen. Dies
verbraucht ATP.
Wer ist Träger der katalytischen Aktivität im Spleißosom: Proteine oder RNA?
RNA – das Spleißosom ist ein Ribozym.
Was bedeutet konstitutives, bzw. konditionales alternatives Spleißen?
- Konstitutives alternatives Spleißen: zwei RNA-Isoformen werden in allen Geweben
und zu jedem Zeitpunkt mittels alternativem Spleißen produziert - Konditionales alternatives Spleißen: Bestimmte Spleißformen werden nur in
speziellen Zelltypen / Geweben / Entwicklungszeitpunkten /Stresszuständen erzeugt
Was ist RNA-Edierung?
Die posttranskriptionelle chemische Modifikation von einzelnen RNA-Basen, die zu
einer Veränderung der Information an dieser Stelle führt (z.B. eine Veränderung eines
Kodons an dieser Stelle)
Wodurch wird in E.coli determiniert, welches AUG-Triplett als Startcodon verwendet wird?
Interaktion von 16S rRNA des Ribosoms mit der Shine-Dalgarno Sequenz
Welche Schritte der Proteinbiosynthese erfordern die Spaltung von GTP?
- Initiation: IF2 verbraucht ein GTP, wenn große UE des Ribosoms hinzutritt
- Elongation: EF-Tu und EF-G verbrauchen jeweils 1 GTP
