Transkription, posttranskription och translation Flashcards
Vad är de särskiljande egenskaperna hos DNA respektive RNA?
DNA:
•Deoxyribonukleotider
•Dubbelsträngat
• A, G, C, T
RNA:
•Ribonukleotider
•Enkelsträngat
• A, G, C, U
Vad är det som skiljer T från U?
I uracil har tymins metylgrupp ersatts med bara ett väte.
Vad finns det för relation mellan en gen och dess transkriberade RNA?
Av en gen kan det bildas olika många RNA beroende på aktivitet.
Vad finns det för relation mellan mängden bildad mRNA och mängden bildat protein?
Det är en motsvarande mängd protein till mängden mRNA rent generellt. Dock finns det olika check points som hindrar att translation sker i samma utsträckning som transkription.
Vilken enzymklass är det som i huvudsak sköter transkriptionen?
RNA-polymeras
Vad gör RNApol I?
Syntetiserar rRNA
Vad gör RNApol II?
Syntetiserar mRNA och en del små RNA
Vad gör RNApol III?
Syntetiserar tRNA, 5S rRNA och en del andra små RNA
Hur sker själva RNA-transkriptionen ut?
RNApol är bundet till DNA och öppnar upp dubbelhelixen så att en så kallad transkriptionsbubbla bildas. Här kommer ena strängen läsas av i det aktiva sitet. En nukleotid kommer paras och byggas på i taget och bildas från ribonukleosid trifosfat då de två energirika bindningarna bryts för att utvinna energi nog för att driva polymeraset framåt i både syntes och att bryta basparens vätebindning. Det nysyntetiserade RNAt går ut genom en RNA exit channel som finns separat.
I vilken riktning syntetiseras RNA?
I 5’- till 3’-riktning
Vad kallas den strängen i DNA som har samma sekvens som den bildade RNA-stängen?
Coding/sense strand
Vad kallas templatsträngen med ett annat namn vid RNA-syntes?
Anti-sense strand
Varför är det viktigt att RNApol har en riktning?
Det kommer att avgöra vilken sträng som kommer vara sense respektive anti-sense.
Vid mikroskopi, varför kan man se flera syntetiserade RNA-molekyler som bildas från samma gen och varför kan man se en liten klump längst ut på RNA-molekylen vid syntetisering?
Det syns så många för att RNApol går som tåg på DNA-molekylen - det sker flera processer samtidigt.
Det bildas en liten klump eftersom RNA lätt bildar sekundärstrukturer och denna veckning är viktigt för signalering genom RNA-molekylen.
Måste någon del av ett exon vara kodande?
Nej! Ett helt exon kan vara UTR.
I vilka steg sker RNA-processning?
- 5’ cap
- Splicing
- Polyadenylering
Vad gör en mRNA 5’ terminal cap?
- Skyddar mot nedbrytning genom att förhindra att kroppens egna skydd mot främmande RNA (med fria ändar) och bryter ner detta
- Underlättar transport till cytoplasman
- Under lättar translation av mRNA
Vilken molekyl är en 5’ cap?
7-methylguanosin som sitter fast med en trifosfatbrygga
Används 5’ cap på alla sorter RNA?
Nej, tRNA, rRNA och andra mindre RNA-molekyler har andra sätt att skydda sig mot nedbrytning - exempelvis speciella sekundärstrukturer
Vad är syftet med splicing?
Splicing tar bort intronsekvenser från preRNA och fogar samman exoner till mRNA.
Vad kommer mRNA:t att innehålla?
5’-UTR, kodande sekvens och 3’-UTR
Vad är GU-AG regeln för introner?
Det är att sekvensen GU alltid finns som den första i ett intron och AG alltid i slutet. Tillsammans med andra vanligt förekommande sekvenser innan och efter ger det en konsensussekvens att splicing ska ske.
Vad är 5’ splice site?
Det ställe där splicing ska börja - innan sekvensen GU.
Vad är branch point?
Ett ställe 20-50 nukleotider innan intronen slutar där det alltid finns basen adenosin. Det finns också fler baser runt som hjälper till att signalera att vi befinner oss på detta ställe.
Vad är 3’ splice site?
Det ställe där splicing ska sluta - efter sekvensen AG.
Hur byggs spliceosomen upp?
- Small nuclear RNA, vilka är viktiga för splicing
- Fem snRNA är med i processen: U1, U2, U4, U5, U6
- Varje snRNA binder protein för att bilda snRNPs - small nuclear ribonulceoprotein
- snRNPs tillsammans med ytterligare proteiner bildar tillsammans en spliceosom
Hur hittar spliceosomen?
snRNP binder sekvensspecifikt till mRNA och bestämmer var splicing ska ske. Detta sker genom igenkänningssites så som splice sites och branch points
Hur sker splicingprocessen?
- Inleds med inbindning av branchpoint bindning protein (BBP) samt ett hjälpprotein (U2AF
- U2 snRNP binder sedan in till branchpoint och U1 till 5’ splice site.
- Triple snRNP och lariatformation sker (intronen blir som en ögla mellan 3’ splice site och branchpoint)
- Klyvning av RNA sker, först vid 5’ och sedan 3’, följt av ligering
- Vissa steg i processen kräver ATP
- Änden 3’ kommer att vara fri och därför brytas ner av nukleaser.
- snRNPs håller ihop processen och skyddar fria ändar så nedbrytning inte sker undertiden
När sker splicing?
- För de flesta introner sker splicingen medan transkriptionen fortgår (co-transcriptional)
- I mindre utsträckning splicas introner post-transkriptionellt
Man vet inte vad som styr vilken process som kommer att ske