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BIO 37 > Transcription chez les procaryotes > Flashcards

Transcription chez les procaryotes Flashcards

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1
Q

Quel brin d’ADN est utilisé comme brin matrice pour la transcription dans le cas de gènes codants pour des protéines?

A

Brin anti-sens 3’–>5’

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Q

Quel enzyme catalyse la transcription?

A

ARN polymérase

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Q

Quel est le produit de la réaction de transcription?

A

ARN

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Q

Nomme la différence de nucléotides entre l’ADN et l’ARN?

A

ADN: ACTG
ARN: ACUG

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Q

Quel brin représente la séquence transcrite d’ARN?

A

La séquence du brin sens (5’–>3’)

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6
Q

Quelle molécule effectue la traduction?

A

Ribosomes

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7
Q

Où ont lieu les réactions de transcription et de traduction chez les procaryotes?

A

Dans le même compartiment cellulaire

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8
Q

Toute l’ARN procaryote et synthétisé par…

A

Un seul type d’ARN polymérase

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9
Q

Nomme les sous unités du coeur de polymérase

A

2x alpha, béta et béta prime

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10
Q

Nomme les sous unités de l’holo enzyme ARN polymérase

A

alpha, béta, béta prime et sigma

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11
Q

Quelle est la fonction de la sous-unité alpha de l’ARN polymérase?

A
  • Assemblage de l’enzyme
  • Reconnaissance du promoteur
  • Liaison aux activateurs
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12
Q

Quelle est la fonction des sous-unités béta et béta prime de l’ARN polymérase?

A
  • Centres catalytiques
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13
Q

Quelle est la fonction de la sous-unité sigma de l’ARN polymérase?

A

Spécificité du promoteur

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14
Q

Est ce que l’ARN polymérase procaryote et eucaryote est similaire?

A
  • Structures 3D similaires
  • Même réaction biochimique catalysée
  • Régulation de la transcription plus complexe chez les eucaryotes
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15
Q

Nomme deux antibiotiques inhibant la réaction de transcription

A
  1. Rifampicin
  2. Acitnomycin D
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16
Q

Par quel mécanisme la rifampicin inhibe la réaction de transcription?

A

Inhibe l’initiation de la synthèse d’ARN en interférant avec la formation du premier lien phosphodiester de la chaîne d’ARN; bloque l’étape d’élongation.

Rifampicin n’affecte pas l’élongation de la chaîne après l’étape d’iitiation puisque l’hybride ADN-ARN prévient la liaison de l’antibiotique

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17
Q

Par quel mécanisme l’actinomycin D inhibe la réaction de transcription?

A

Se lie à l’ADN et prévient le mouvement de l’ARN pol.

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18
Q

Défini une unité de transcription

A
  • Segment transcrit de l’ADN
  • Transcription débute lorsque l’ARN polymérase se lie au promoteur: bout 5’ du gène (brin codant)
  • Le promoteur est très près de la première base transcrite de l’ARN: le site du début de la transcription (TSS), l’ARN pol transcrit le long de la matrice d’ADN pour synthétiser l’ARN
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19
Q

Défini un gène

A

Région de génome qui lorsque transcrite code pour une protéine, ou encore un ARNr, ou un ARNt ou autre ARN régulateur

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20
Q

Défini un ARN messager

A
  • Contient l’information spécifiant les séquences protéiques
  • ARNm transcript par la polymérase n’est pas transformé chez les procaryotes alors qu’il est transformé chez les eucaryotes
21
Q

Que peut on déduire sur l’ARN messager en regardant sa capacité de synthèse et son % à l’équilibre?

A

L’ARNm est beaucoup moins stable que l’ARNr et l’ARNt, par exemple/

22
Q

Comment le dogme centre change t’il pour une protéines

A

Au lieu de ARNm–> protéine
ARNm –> ADN

23
Q

Quelles sont les quatre étapes générales de la réaction de transcription?

A
  1. Reconnaissance du promoteur
  2. Initiation
  3. Élongation
  4. Terminaison
24
Q

Décrit l’étape de reconaissance du promoteur durant la réaction de transcription

A
  • ARN pol recherche et lie la séquence promoteur
  • L’ARN pol déroule la double hélice d’ADN

E. Coli: app. 2000 régions promoteurs, inclues dans le génome

25
Q

Décrit l’étape d’initiation durant la réaction de transcription

A
  • Lorsque la première base d’ARN s’hybride au brin d’ADN matrice
  • Synthèse de petits ARN (2 à 9) qui seront relâchés et dégradés
  • L’initiation se termine lorsque l’ARN a une longueur de plus de 9 nts et l’ARN pol quitte le promoteur
  • Le taux d’initiation est modulé par des activateurs et des répresseurs de l’ARN pol.
26
Q

Quelle sous-unité de l’ARN polymérase reconnaît le promoteur?

A

Facteur sigma

27
Q

Décrit l’étape d’élongation durant la réaction de transcription

A
  • Chaîne d’ARN s’allonge à partir de son extrémité 3’, formation de liens phosphodiester
  • ARN pol + hélicase déroulent la double hélice d’ADN
  • Double hélice est regénérée derrière la bulle de trasncription
  • L’hybride ADN-ARN a une longeur de 7-9nts
  • La vitesse de synthèse d’ARN est environ 50nts/sec
28
Q

Décrit l’étape de terminaison durant la réaction de transcription

A
  • Séquence spécifiue
  • Dissociation de l’ARN pol de la matrice d’ADN et relâchement de l’ARN
29
Q

À quel position la sous-unité sigma de l’ARN polymérase se lie l’enzyme par rapport à TSS

A

-35 et -10

30
Q

Quel nucléotide se trouve généralement à la position -10?

A

TATAAT

31
Q

Quel nucléotide se trouve généralement à la position -35?

A

TTGACA

32
Q

Défini la puissance d’un promoteur

A

Fréquence à laquelle l’ARN pol initie la transcription

33
Q

Quel facteur sigma reconnaît les promoteurs générals?

A

Sigman 70

34
Q

Est ce que toute les facteurs sigma reconaissent les même séquences de promoteur?

A

Non

35
Q

Comment le facteur sigma fait il al reconaissance du promoteur?

A
  • Réduit l’affinité de l’ARN pol. pour les séquences qui ne sont pas des promoteurs
  • Augmente l’affinité de l’ARN pour les séquences promoteurs
  • Hélice alpha de sigma joue un rôle dans la liaison de l’ARN polé à la séquence TATAAT situé à environ 10nts avant le site où débute la transcription
36
Q

Quelle est la fréquence de reconaissance si l’ADN n’est pas une séquence promoteur: coeur de l’enzyme?

A

10^10/M

37
Q

Quelle est la fréquence de reconaissance si l’ADN n’est pas une séquence promoteur: holo enzyme?

A

10^6/M

38
Q

Quelle est la fréquence de reconaissance si l’ADN est une séquence promoteur: holo enzyme?

A

10^12/M

39
Q

Décrit la réaction d’élongation durant la synthèse de l’ADN

A

Attaque nucléophile du OH 3’ de la chaîne sur le groupement phosphate 5’ d’un dNTP, création de pyrophosphate et de lien phosphodiester

40
Q

Quelles sont les équations chimiques de la réaction d’élongation de la chaîne d’ARN?

A

ARN-OH + NMP –> ARN-NMP + H2O (+6.0kca/mol)
H2O + NTP –> NMP + PPi (-8.6kcal/mol)
———
ARN-OH + NTP –> ARN-NMP + PPi

41
Q

Qu’est ce qui fournit l’énergie nécessaire au mouvement de l’ARN polymérase le long de la matrice d’ADN?

A

L’hydrolyse des NTP

42
Q

Est ce que la réaction d’élongation est réversible?

A

Non

43
Q

Quelle sorte de superenroulement gènère la transcription?

A

Positif devant la bulle de transcription

Négatif derrière la bulle de transcription

44
Q

Décrit la terminaison intrinsèque de la transcription chez les eucaryotes

A

Indépendante de rho

Présence de terminateur intrinsèque
* Structure tige-boucle: palindrôme (riche en CG)
* Série de 6 résidus U consécutifs

45
Q

Décrit la terminaison rho dépendante de la transcription chez les eucaryotes

A

rho:
* 46kDa
* Protéine essentielle
* Phages
* Séquence de 50 à 90 bases de long localisée avant la séquence terminatrice
* Riche en C et pauvre en G
* Rho lie l’ARN et se déplace vers la séquence terminatrice
* L’ARN pol doit faire une pause
* Activités ATPase et hélicase sont nécessaires poiur dérouler la double hélice d’ADN et défaire l’hybride ADN-ARN

46
Q

Qu’est ce q’un ARN monocistronique?

A

Gènes utilisent différents promoteurs

47
Q

Qu’est ce qu’un ARN polycistronique?

A

Gènes où plusieurs gènes utilisent le même promoteur

48
Q

Qu’est ce qu’une terminaison anti-terminaison?

A

Une protéine se lie à l’ARN polymérase et lui permet de passer le terminateur d’un gène

Les protéines antiterminatrices agissent sur des terminateurs spécifiques

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