Transcription chez les procaryotes Flashcards
Quel brin d’ADN est utilisé comme brin matrice pour la transcription dans le cas de gènes codants pour des protéines?
Brin anti-sens 3’–>5’
Quel enzyme catalyse la transcription?
ARN polymérase
Quel est le produit de la réaction de transcription?
ARN
Nomme la différence de nucléotides entre l’ADN et l’ARN?
ADN: ACTG
ARN: ACUG
Quel brin représente la séquence transcrite d’ARN?
La séquence du brin sens (5’–>3’)
Quelle molécule effectue la traduction?
Ribosomes
Où ont lieu les réactions de transcription et de traduction chez les procaryotes?
Dans le même compartiment cellulaire
Toute l’ARN procaryote et synthétisé par…
Un seul type d’ARN polymérase
Nomme les sous unités du coeur de polymérase
2x alpha, béta et béta prime
Nomme les sous unités de l’holo enzyme ARN polymérase
alpha, béta, béta prime et sigma
Quelle est la fonction de la sous-unité alpha de l’ARN polymérase?
- Assemblage de l’enzyme
- Reconnaissance du promoteur
- Liaison aux activateurs
Quelle est la fonction des sous-unités béta et béta prime de l’ARN polymérase?
- Centres catalytiques
Quelle est la fonction de la sous-unité sigma de l’ARN polymérase?
Spécificité du promoteur
Est ce que l’ARN polymérase procaryote et eucaryote est similaire?
- Structures 3D similaires
- Même réaction biochimique catalysée
- Régulation de la transcription plus complexe chez les eucaryotes
Nomme deux antibiotiques inhibant la réaction de transcription
- Rifampicin
- Acitnomycin D
Par quel mécanisme la rifampicin inhibe la réaction de transcription?
Inhibe l’initiation de la synthèse d’ARN en interférant avec la formation du premier lien phosphodiester de la chaîne d’ARN; bloque l’étape d’élongation.
Rifampicin n’affecte pas l’élongation de la chaîne après l’étape d’iitiation puisque l’hybride ADN-ARN prévient la liaison de l’antibiotique
Par quel mécanisme l’actinomycin D inhibe la réaction de transcription?
Se lie à l’ADN et prévient le mouvement de l’ARN pol.
Défini une unité de transcription
- Segment transcrit de l’ADN
- Transcription débute lorsque l’ARN polymérase se lie au promoteur: bout 5’ du gène (brin codant)
- Le promoteur est très près de la première base transcrite de l’ARN: le site du début de la transcription (TSS), l’ARN pol transcrit le long de la matrice d’ADN pour synthétiser l’ARN
Défini un gène
Région de génome qui lorsque transcrite code pour une protéine, ou encore un ARNr, ou un ARNt ou autre ARN régulateur
Défini un ARN messager
- Contient l’information spécifiant les séquences protéiques
- ARNm transcript par la polymérase n’est pas transformé chez les procaryotes alors qu’il est transformé chez les eucaryotes
Que peut on déduire sur l’ARN messager en regardant sa capacité de synthèse et son % à l’équilibre?
L’ARNm est beaucoup moins stable que l’ARNr et l’ARNt, par exemple/
Comment le dogme centre change t’il pour une protéines
Au lieu de ARNm–> protéine
ARNm –> ADN
Quelles sont les quatre étapes générales de la réaction de transcription?
- Reconnaissance du promoteur
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
Décrit l’étape de reconaissance du promoteur durant la réaction de transcription
- ARN pol recherche et lie la séquence promoteur
- L’ARN pol déroule la double hélice d’ADN
E. Coli: app. 2000 régions promoteurs, inclues dans le génome
Décrit l’étape d’initiation durant la réaction de transcription
- Lorsque la première base d’ARN s’hybride au brin d’ADN matrice
- Synthèse de petits ARN (2 à 9) qui seront relâchés et dégradés
- L’initiation se termine lorsque l’ARN a une longueur de plus de 9 nts et l’ARN pol quitte le promoteur
- Le taux d’initiation est modulé par des activateurs et des répresseurs de l’ARN pol.
Quelle sous-unité de l’ARN polymérase reconnaît le promoteur?
Facteur sigma
Décrit l’étape d’élongation durant la réaction de transcription
- Chaîne d’ARN s’allonge à partir de son extrémité 3’, formation de liens phosphodiester
- ARN pol + hélicase déroulent la double hélice d’ADN
- Double hélice est regénérée derrière la bulle de trasncription
- L’hybride ADN-ARN a une longeur de 7-9nts
- La vitesse de synthèse d’ARN est environ 50nts/sec
Décrit l’étape de terminaison durant la réaction de transcription
- Séquence spécifiue
- Dissociation de l’ARN pol de la matrice d’ADN et relâchement de l’ARN
À quel position la sous-unité sigma de l’ARN polymérase se lie l’enzyme par rapport à TSS
-35 et -10
Quel nucléotide se trouve généralement à la position -10?
TATAAT
Quel nucléotide se trouve généralement à la position -35?
TTGACA
Défini la puissance d’un promoteur
Fréquence à laquelle l’ARN pol initie la transcription
Quel facteur sigma reconnaît les promoteurs générals?
Sigman 70
Est ce que toute les facteurs sigma reconaissent les même séquences de promoteur?
Non
Comment le facteur sigma fait il al reconaissance du promoteur?
- Réduit l’affinité de l’ARN pol. pour les séquences qui ne sont pas des promoteurs
- Augmente l’affinité de l’ARN pour les séquences promoteurs
- Hélice alpha de sigma joue un rôle dans la liaison de l’ARN polé à la séquence TATAAT situé à environ 10nts avant le site où débute la transcription
Quelle est la fréquence de reconaissance si l’ADN n’est pas une séquence promoteur: coeur de l’enzyme?
10^10/M
Quelle est la fréquence de reconaissance si l’ADN n’est pas une séquence promoteur: holo enzyme?
10^6/M
Quelle est la fréquence de reconaissance si l’ADN est une séquence promoteur: holo enzyme?
10^12/M
Décrit la réaction d’élongation durant la synthèse de l’ADN
Attaque nucléophile du OH 3’ de la chaîne sur le groupement phosphate 5’ d’un dNTP, création de pyrophosphate et de lien phosphodiester
Quelles sont les équations chimiques de la réaction d’élongation de la chaîne d’ARN?
ARN-OH + NMP –> ARN-NMP + H2O (+6.0kca/mol)
H2O + NTP –> NMP + PPi (-8.6kcal/mol)
———
ARN-OH + NTP –> ARN-NMP + PPi
Qu’est ce qui fournit l’énergie nécessaire au mouvement de l’ARN polymérase le long de la matrice d’ADN?
L’hydrolyse des NTP
Est ce que la réaction d’élongation est réversible?
Non
Quelle sorte de superenroulement gènère la transcription?
Positif devant la bulle de transcription
Négatif derrière la bulle de transcription
Décrit la terminaison intrinsèque de la transcription chez les eucaryotes
Indépendante de rho
Présence de terminateur intrinsèque
* Structure tige-boucle: palindrôme (riche en CG)
* Série de 6 résidus U consécutifs
Décrit la terminaison rho dépendante de la transcription chez les eucaryotes
rho:
* 46kDa
* Protéine essentielle
* Phages
* Séquence de 50 à 90 bases de long localisée avant la séquence terminatrice
* Riche en C et pauvre en G
* Rho lie l’ARN et se déplace vers la séquence terminatrice
* L’ARN pol doit faire une pause
* Activités ATPase et hélicase sont nécessaires poiur dérouler la double hélice d’ADN et défaire l’hybride ADN-ARN
Qu’est ce q’un ARN monocistronique?
Gènes utilisent différents promoteurs
Qu’est ce qu’un ARN polycistronique?
Gènes où plusieurs gènes utilisent le même promoteur
Qu’est ce qu’une terminaison anti-terminaison?
Une protéine se lie à l’ARN polymérase et lui permet de passer le terminateur d’un gène
Les protéines antiterminatrices agissent sur des terminateurs spécifiques
