Trafic pt.IV Flashcards
Qui reconnaît la SRP?
L’endodomaine du récepteur SRP
A quoi sert le peptide signal?
- Dirige la protéine vers le RE
- Signal d’initiation de transfert/translocation (SIT) par fixation à un AA du translocon
Comment la traduction reprend-elle?
Translocon activé par la liaison du ribosome, son centre s’ouvre et se remplit d’eau, s’aligne avec le trou du ribosome et la prot est transloquée (pas de fuite de molécules)
Comment est le translocon lorsqu’il est inactif?
Fermé par une hélice alpha
Qu’est-ce qui permet les changements de conformation des prots du système de translocation?
Cycles et fixation et d’hydrolyse du GTP (Grâce à GTP transférases/GEF, GTP ases)
La translocation co-trasductionnelle nécessite-t-elle l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP?
NON
Les deux populations de ribosomes que crée la translocation co-traductionnelle?
- Ribosomes libres dans le cytosol
- Ribosomes liés au RE le temps de la translocation
D’où proviennent les deux populations de ribosomes?
- Dérivent d’un pool commun de SU ribosomales
- Structurellement et fonctionnellement parfaitement identiques
Comment la translcation des prots luminales du RE et-elle initiée?
Peptide signal se fixe dans le translocon en formant une boucle avec extrémité N-terminale du côté cytosolique
Qui clive le peptide signal?
La signal peptidase
Quand le peptide signal est-il clivé?
Quand la prot a été synthétisée sur env 150 AA
Comment la protéine et le peptide signal sont-ils libérés du translocon?
- peptide signal diffuse latéralement
- Prot finit d’être traduite et est libérée dans le lumen
- Translocon inactivé
Quels sont les 3 types de protéines à une traversée?
I: SIT (=peptide signal) clivable, C-terminale cytosolique, N- term Luminale
II: SIT non clivable, C-term luminale, N-term cytosolique
III: SIT non clivable , C-term cytosolique, N-term luminale
Quelle est la topologie d’une protéine de type 1 si elle est adressée à la MP?
N-ter extraç
C-ter cytosolique
Qu’est-ce qui indique au translocon que le reste de la protéine de type 1 va rester dans le lumen, c’est bon faut plus transloquer?
Une séquence de 15-20 AA hydrophobes: le signal d’arrêt de transfert/translocation/SAT
Aspect la N-ter d’une protéine de type 2? Et de type 3, d’ailleurs
Constituée d’AA plutôt hydrophiles
Qu’est-ce que le signal interne de début de transfert pour les protéines 2?
Signal d’adressage au RE/SIT (position interne): vingtaine d’AA hydrophobes, reconnu par la SRP, non clivable
De quoi dépend le sens d’intégration de la protéine de type 2 dans le translocon?
De la charge des AA proches du SIT:
+ pour ceux précédant le SIT: N-terminal cytosolique
- pour ceux suivant le SIT
Quelle est la topologie d’une protéine de type 2 si elle est adressée à la MP?
C-ter extraç
N-ter cytosolique
Quelle est la topologie d’une protéine de type 3 si elle est adressée à la MP?
N-ter extraç
C-ter cytosolique
Caractéristiques du SIT des protéines de type 3?
- Reconnu par la SRP
- Non clivable
De quoi dépend le sens d’intégration de la protéine de type 3 dans le translocon?
De la charge des AA proches du SIT:
+ pour ceux SUIVANT le SIT
- pour ceux PRECEDANT le SIT N-terminal dans le lumen
Qu’est-ce qu’une protéine polytopique?
une protéine membranaire à plusieurs traversées
Où restent les AA positifs?
Cytosol
Comment le translocon sait-il quels bouts de la protéine polytopique doivent être intra-luminaux?
Chaque séquence d’une vingtaine d’AA hydrophobes signifie que la protva traverser la membrane: Un sert de SIT, le suivant de SAT
Que permet le profil d’hydropathie?
En mesurant l’hydrophilie/pathie des AA, on estime le nombre de domaines transmembranaires
Structure de la rhodopsine?
- 7 domaines TM
- SIT interne non clivable, précédé d’une séquence (-)
- N-ter luminale
- 3 boucles cytosoliques
- 3 boucles luminales
- C-ter cytosolique
- Glycosylée: groupements osidiques du côté luminal
La N-glycolysation des protéines est-il un phénomène rare?
Non: >50% des protéines eucaryotes sont des glycoprotéines
La N-glycolysation existe-t-elle chez tous les types d’êtrs vivants?
Non: spécifique des eucaryotes
Où la protéine est-elle glycosylée?
TOUJOURS dans son exodomaine (feuillet eu du RE)
Quand se fait la glycolysation?
En même temps que la traduction et que la translocation
Les différentes fonctions de la glycosylation d’une protéine?
- Aide au repliement prot
- Transport et adressage glycoprots
- Protection physique de la ç
- Reconnaissance cellulaire (ex: groupes sanguins)
Qu’est-ce que l’oligosaccharyl-transférase?
- Enzyme TM
- Proche du translocon
- Site actif dans l’exodomaine
Comment l’oligosaccharyl-transférase opère-t-elle la N-glycolysation des prots?
Déplace le précurseur oligosaccharidique sur une asparagine de la chaîne de la prot en corissance
Quel est le signal de glycolysation?
Séquence Asn-X-Sér/Thr
Caractéristiques de l’oligosaccharide de base?
- Commun à toutes les N-glycoprots
- Mannoses +++
- Triantenné
- Farbiqué + lié à un lipide memb: le dolichol, lié par des liaisons phosphates qui vont servir d’énergie pour le transfert de l’oligosaccharide de base sur l’asparagine de la prot
Comment l’oligosaccharide de base sera-t-il modifié lors de la glycolysation?
2 glucoses seront hydrolysés, la prot aura donc un oligosaccharide avec 1 seul glucose terminal
Structure de la triantenne de l’oligosaccharide de base?
- Un coeur fait de 2 N-acétyl-glucosamines + 3 mannoses, puis 3 antennes:
- 1ère = 2 mannoses et 3 glucoses
- 2 suivantes = 2 mannoses
Que sont la calnexine et la calréticuline?
- Prots nécessitant du Ca pour fonctionner
- Prots de type lectine = reconnaissent des résidus sucrés
Différence entre la calnexine et la calréticuline?
Calnexine = TM Calréticuline = luminale
Rôle de la calnexine et calréticuline?
Reconnaissent le glucose terminal de l’oligosaccharide des prots mal conformées: les séquestrent dans le lumen du RE le temps qu’elles acquièrent une conformation correcte
Que fait la glucosidase?
Coupe le dernier glucose: si la prot est mal repliée elle est libérée, sinon elle va être reconnue par une glycosyl-transférase
Que fait la glycosyl-transférase?
Reconnaît la prot mal conformée et transfère un glucose terminal de l’oligosaccharide, ce qui va permettre à la calnexine/calréticuline de reconnaître la prot
Que signifie PDI?
Protéine disulfure isomérase
Que fait la PDI?
Positionne correctement les ponts disulfure du côté luminal (dans leur exodomaine)
Quand et où les ponts disulfure des protéines se forment-ils?
Lors de la translocation des protéiens, dès que 2 cystéines sont proches l’une de l’autre, UNIQUEMENT du côté luminal. Peuvent être intra ou inter chaînes
Que signifie BIP?
Binding Protein
A quoi sert la BIP?
Protéine chaperonne (Hsp70) se lie aux zones hydrophobes des prots mal conformées et les retient pour leur laisserr le temps de bien se mettre en utilisant l’énergie de l’ATP
Quel est le mécanisme général de translocation des prots du RE?
La translocation co-traductionnelle
Que se passe-t-il lors d’une translocation post-traductionnelle?
Prot 100% synthétisée dans le cytosol, sa N-term va s’insérer dans le même translocon que pour une co-trad, peptide signal clivé, BIP attirent la prot dans le lumen puis s’en vont une fois la prot transloquée
Quels sont les deux domaines des BIP?
- Domaine de liaison à la prot
- Domaine de liaison à l’ATP dont l’hydrolyse va permettre d’attirer la prot dans le RE et de la transloquer
Les protéines atteingent-elles toutes leur conformation correcte?
Non, 80% n’y arrivent pas
Devenir des prots mal conformées?
Exportées du RE vers le cytosol (=rétro-transloquées) pour être dégradées par le protéasome
Que font les chaperonnes pour l’élimination des prots mal conformées?
Reconnaissent les mal conformées et les déplient complètement pour qu’elles-puissent re-traverser le translocon
Comment se passe la rétro-translocation?
Translocon fonctionne dans le sens inverse, a besoin d’ATP
L’élimination de l’oligosaccharyde: où et comment?
Dans le cytosol, par une N-glycanase
Comment la protéine mal conformée est-elle adressée au protéasome?
Poly-ubiquitinylation par les enzymes de conjuguaison
Qu’est-ce que la mucoviscidose?
Mladie génétique mortelle due à un défaut génétique du canal chlore CFTR
Que se passe-t-il lors de la mucoviscidose?
Mutation delta508 induit un changement de conformation du canal, qui diminue juste un peu l’activité du canal, mais assez pour qu’il soit dégradé par le contrôle de qualité
Comment soigne-t-on la mucoviscidose?
On contourne le contrôle de qualité par des prots chaperonnes synthétiques qui forcent le canal à passer le contrôle de qualité
Qu’est-ce qui déclenche la réponse UPR?
Quand l’accumulation des prots mal conformées atteint un certain seuil (délétère, peut engorger le système de dégradation)
Quelles sont les 3 stratégies de réponse UPR?
1) Diminution trancription/traduction
2) Augmentation transcription/traduction prots chaperonnes
3) Augmentation transcription/traduction de tous les composants de la machinerie moléculaire permettant la rétro-translocation et la dégradation des prots mal conformées
De quel manteau les vésicules de transport du RE vers le Golgi sont-elles recouvertes?
COP II
Qu’est-ce qui permet au manteau COP II de reconnaître les vésicules à destination du Golgi et provenant du RE?
L’endodomaine des prots TM qui quittent le RE porte une séquence phénylalanine-phénylalanine (séquence de reconnaissance du manteau)
Qui prend en charge les prots luminales devant quitter le RE?
Des récepteurs TM portant le signal Phe-Phe
En + des protéines, qu’est-ce que la vésicule peut emporter?
Des molécules luminales ou membranaires qui ne portent pas de signal de tri, s’échappant en flux continu par défaut
Qu’est-ce que la Sar1?
Petite GTPase du recrutement du manteau, change de conformation selon qu’elle soit liée au GTP ou au GDP
Caractéristiques de la Sar 1 liée au GDP?
- Hélice alpha hydrophobe enfouie dans sa structure
- Inactive + soluble
Caractéristiques de la Sar 1 liée au GTP?
- Hélice alpha hydrophobe démasquée
- Hélice s’intègre dans le feuillet P cytosolique du RE
- Active: peut recruter des SU COP II
Qui permet l’échange du GDP contre de la GTP?
Le facteur d’échange DEF spé de Sar1 (prot TM); permet l’échange car [GTP]>[GDP] dans le cytosol
Que permet l’hydrolyse du GTP de la Sar1?
La dissociation de Sar1-GDP de la membrane de la vésicule, qui va très vite perdre son manteau
Qu’est-ce que l’ERGIC?
Compartiment formé par la fusion entre elles des vésicules provenant du RE: compartiment intermédiaire en tre le Golgi et le RE
De quel phénomène résulte l’ERGIC?
De la fusion homolytique des vésicules issues du RE (=fusion des vésicules venant du même compartiment)
Comment se déroule la fusion des vésicules donnant l’ERGIC?
vSNARE et tSNARE se mélangent, les 2 vésicules fusionnent, les SNARE sont démêlées par la NSF, puis les SNARE vont se lier avec d’autres vésicules
Quelle est la structure de l’ERGIC?
Agrégat tubulo-vésiculaire
Comment se déplace l’ERGIC?
Rapidement, grâce aux MT avec des prots motrices type kinésines
Avec qui se fusionne l’ERGIC?
Le réseau cis-golgien
Comment peut-on observer l’ERGIC?
Au MET
Que permettent les vésicules de retour au RE?
Assurent un trafic rétrograde qui permet la recapture des protéines résidentes du RE
Quel manteau recouvre les vésicules de retour au RE?
COP I (rapidement perdu)
Qui se charge du recrutement du manteau COP I?
Une petite GTPase : Arf 1
Quelles sont les 2 formes de l’Arf 1?
- Liée au GDP: inactive et cytosolique
- Liée au GTP: Active, démasque une chaîne d’AG qui permet son ancrage dans le feuillet P de l’ERGIC/du Golgi/des endosomes précoces
Quel est le signal du retour au RE pour les prots TM?
Séquence consensu lysine-lysine suivie de 2 AA, portée par l’endodomaine. Interagit directement avec les prots de la COP I
Quel est le signal du retour au RE pour les prots luminales?
Signal KDEL: reconnu par un récepteur KDEL portant dans son endodomaine la séquence Lys-Lys
Quel est le site de N-glycosylation des prots?
Le RE
Que va faire le golgi pour les prots N-gmycosylées?
Les remodeler (Coeur de l’oligosaccharide non affecté)
Quelles étapes de la glycolysation se déroulent dans le lumen du RE?
- 1ères étapes de contrôle de qualité: hydrolyse des résidus glucose par des glucosidases
- Elimination d’un résidu mannose par une mannosidase dès que la glycoprot est conforme dans l’espace
Caractéristique du remodelage des gycoprots dans le golgi?
Voie de remodelage hautement ordonnée et régulée: chaque étape dépend du bon déroulement de l’étape précédente
Que se passe-t-il dans le cis-Golgi pour le remodelage des glycoprots?
Elimination de 3 mannoses par une mannosidase
Les 3 modifications de la glycoprot se déroulant dans le golgi médian?
- Transfert d’une N-acétylglucosamine par une N-acétylgluscosamine transférase
- Elimination de 2 résidus mannose supplémentaires par une mannosidase
- Ajout d’une N-acétylglucosamine supplémentaire par une 2ème N-acétylgluscosamine transférase
Quel est le seul ose chargé négativement?
L’acide neuramique
Où se déroule l’O-glycosylation des prots?
Côté luminal de l’appareil de Golgi
En quoi sonsiste l’O-glycolysation?
- Transfert d’oses sur des résidus hydroxyles d’AA
- Concerne la synthèse des protéoglycannes de la MEC
De quoi la matrice golgienne est-elle formée?
Prots d’échaffaudage organisées pour maintenir l’architecture des dictyosomes
Qu’est-ce qui permet la fragmentation du Golgi lors de la mitose, et son réassemblage à la fin?
Phosphorylation de prots d’échaffaudage les désorganise => fragmentation
Déphosphorylation => Réorganisation
Quels sont les deux modèles mis en place pour expliquer le transport des glycoprots?
- Transport vésiculaire
- Transport sacculaire
(non exclusifs)
Caractéristiques du modèle du transport vésiculaire?
- Statique: glycoprots transportées d’une saccule à l’autre par des vésicules recouvertes de COP I
- Rapide
- MET
Quelle est la nature du trafic du modèle du transport vésiculaire?
Centrifuge vers l’avant (=antérograde)
- enzymes golgiennes stables dans les saccules
- compensé par un trafic centripète rétrograde
Caractéristiques du modèle de maturation sacculaire?
- Modèle dynamique: chaque saccule devient la saccule suivante
- Lent
- Déplacement strictement antérograde
- Transport de retour par des vésicules couvertes de COP I
- Concerne les glycoprots volumineuses comme le collagène
