T3 - variantes do DNA como fonte de variabilidade interindividual Flashcards
VARIABILIDADE
-fenotípica do organismo
- interindividual
1) apesar de cels com mm genoma, diversidade celular devido a dif expressao genica
2) dependente
-mec geneticos e epigeneticos
-ambiente
segregação independente e aleatoria dos cromossomas e recombinacao na meiose
-fonte de variabilidade
-cromossoma é a recombinacao do cromossoma da mae e do pai
(caso seq do cromossoma do pai e da mae sejam iguais, este metodo deixa de originar variabilidade)
TIPOS DE VARIANTES
-fontes de variabilidade genetica interetnica e interindividual
-causadores de doenca
-maioria em regioes nao codificantes (intergenicas e em introes)
-muitas sao neutras (nao funcionais)
PONTUAIS
-snv
-indel (mt freq em regioes intergenicas e introes)
-str
ESTRUTURAIS (15% do genoma)
-cnv
-inversão de grandes sequencias
-insercoes de retrotransposoes ou de outras sequencias
POLIMORFISMO
-qualquer variante da seq DNA com freq superior a 1%
-pode ter ou nao consequencias no fenotipo
*grande variabilidade interindividual e da freq de polimorfismos entre dif populacoes relacionado com local de origem, fluxo migatorio e pressao do ambiente
(explica dif respostas a carcingenios, farmacos e doenças complexas)~
SNP (single nucleotide polimorfism)
- snv com freq sup a 1%
- grande densidade no genoma
- responsável por 80/90 % variabilidade interindividual DNA
- principal responsavel por variabilidade fenotipica interindividual
- tipicamente com dois alelos mais frequentes na populacao
VNTR(ver mais no resumo)
(n rep variavel)
(varios alelos possiveis p cada locus)
(heterozigotia mais freq q em SNP)
- dna satelite (visivel em macroscopia otica)
- microsatelite (quase exclusivo em dna nao codif)
- microsatelite ou str
* muito polimorfico, muito informativo; em todo o genoma e em 2% do mesmo
*pode existir em exoes, sendo ent repeticoes de tripletos (algumas ptn toleram repeticoes ate um limiar)
CNV (duplicacoes e delecoes de longo segmentos)
- podem incluir genes ou regioes intergenicas
- CNP (se freq maior q 1%)
- se CNV intragenico
*alt n copias de grandes sequencias incluindo exoes e introes
*associados a ausencia de ptn ou ptn truncada
*elevada prob de serem patologicos e com freq baixa
consequencias cnv incluido nos genes
-apenas 5 a 10% genes sensveis a dosagem genica
-1/3 dos CNV sem variacao nos niveis de mrna
-cnvs funcionais nao patologicos (com freq mais q 1) normalmente associados a enzimas de resposta ambiental
1000 genome project
-pesquisa genomica p mapear e catalogar variacoes geneticas em genoma humano de diferentes populacoes
-99% var sao snp e indels
-vraiantes funcionais freq (cordao stop prematuro, missense)
NUMTs
seq de DNA localizadas no genoma nuclear com MUITA homologia com dna mitocondria
(em teorica, sao sequências de DNA mitocondrial que foram transferidas para o núcleo da célula durante a evolução)
Haplotipos
-blocos de variantes em loci proximos que sao herdados em conjunto
variantes funcionais e nao funcionais
FUNCIONAIS
-funcionais originam var fenotipica
-conseq dificeis de prever
- em regioes codif ou reguladoras
NAO FUNCIONAIS
-sao silenciosas, nao induzindo qualquer tipo de variabilidade (não geram qualquer alteração qualitativa ou quantitativa da expressão génica)
-polimorfismos silenciosos sao codificantes (sendo variantes sinonimas) ou nao codificantes (maioria)
VARIANTES INTERFEREM COM PERFIL EPIGENETICO
perfil genetico constitucional determina pefil epigenetico q determina perfil de expressao genica
desiquilibrio da expressao alelica
-alelos expressos com diferenca quantitativa ou expressao monoalelica
porque?
-variacoes das seq
-imprinting genomico
-inativacao por parte do cromossoma X
-reorganizacao da seq de dna levando a que apenas um alelo seja funcional
polimorfismos e suscetibilidade a doenças complexas
FENOTIPOS MONOGENICOS
- causados por variantes raras na população, mas com penetrância elevada (variantes
que se associam a uma alta probabilidade de doença)
FENOTIPOS COMPLEXOS
-variantes frequentes na população (polimorfismos), mas com baixa penetrância
(efeito muito ténue de cada variante)
DOENCAS MONOGENICAS
-mutacao num gene pricipal determinante do fenotipo
-polimorfismos em genes modificadores contribuem p variabilidade da manifestacao e penetrancia incompleta destas doencas
DOENCAS COMPLEXAS
-multifatorias
-multiplos polimorfirmos em varios genes
-ambiente com papel crucial
aplicacoes polimorfismos nao funcionais
marcadores geneticos
