Structure des prot Flashcards
dimensions hélices alpha
tourne à droite
élévation entre 2 résidus = 0,15nm
tour = 3,6 résidus
pas hélices = 0,15nm x 3,6résidus = 0,54nm
ln H hélice alpha
entre O de -COOH du résidu i et H de NH3 du résidu i+4
autres hélices alpha
hélice 3/10: i-i+3 (proline)
hélice pi: i-i+5
hélice tour gauche
prot comportant hélices alpha
Myoglobine
Kératine
Collagène
collagène
prot fibreuse résistance des tissus structure hélicoïdale, triple hélice: 3 hélices alpha composées d'un triplet d'aa spé/ 1000 aa par chaine hélice gauche triples hélices de compo identiques ln fortes
structure d’une chaine alpha du collagène I
hélice gauche 3,3 résidus/ tour triplet Gly-X-Y Gly = aa flexible X: Pro Y: OH-Pro, OH-Lys \+ Ala: faible volume, compatible avec structure hélicoïdale
Prolyl et Lysyl hydroxylase
assurent hydroxylation de la proline/ lysine du collagène de type I
fonctionnent qu’en présence de O2, VitC, Fe2+
structure triple hélice de collagène de type I
2 chaînes alpha1 et 1 chaînes alpha2
ln covalente entre allysine et lysine
cross links
∑ prot dans cytoplasme
par ribosomes libres
prot vers noyaux, cytosol, chloroplaste, mitochondrie
∑ prot dans RE
peptide signal au sein de la prot → fixation ribosomes sur RE
∑ prot dans RE
transport vers Golgi
prot vers lysosomes/ mb cell/ sécrétion extracell
∑ collagène
par fibroblastes, chondroblastes, ostéoblastes
RE: ∑ préprocollagène, clivage peptide signal → procollagène, hydroxylation lysines/ prolines, glycosylation lysines
Glogi: ponts disulfures aux C-ter: alignement favorable constitution triple hélice
Milieu extracell: formation du tropocollagène → clivage N et C-ter par procollagène peptidases
formation des cross links aka pontages → fibrilles de collagène
maladies du collagène
- scorbut: déficit en Vit C → défaut hydroxylation Pro/Lys
- osteogenesis imperfecta: mutation remplaçant glycine par autre aa → pas de collagène fonctionnel
- syndrome d’Ehlers-Danlos:
déficit en lysyl-hydroxylase → moins de ln H
deficit en procollagène peptidase → pas de clivage des extrémités
mutation collagène I, III ou IV → collagène dégradé ou accumulé dans les cellules
feuillet beta anti-//
fibroïne de la soie
resistance: empilement très serré → petits aa: Gly, Ala, Ser (85%)
flexibilité → aa hydrophobes: Val ,Tyr
boucle: contribution fonction des prot
surface des prot
constitue épitopes antigéniques
intéractions prot-prot
coude = tour
unit 2 feuillets beta anti-//
contient glycine
maintenu par ln H entre aa i et i+3
prot contenant boucles ou coudes
cytochrome b562
LDH
Ig à chaines légères
aa déstabilisants l’hélice alpha
- ramifiés sur Cbeta → Valine, Isoleucine
- non ramifiés su Cbeta MAIS impliqués dans ln H → Sérine, Acide Aspartique, Asparagine
- formation angulation → Proline
- succesion d’aa chargés → succesion aa basiques ou acides
aa présent dans hélice alpha
non ramifiés sur Cbeta et dont chaine laterale ne forme pas de ln H:
- Tryptophane
- Phénylalanine
- Leucine (ram sur Cgamma)
- Acide glutamique (ram sur Cgamma)
- Glutamine (ram sur Cgamma)
- Cystéine
- Méthionine
- Lysine
- Histidine
aa feuillet beta
valine
isoleucine
(ramifiés su Cbeta)
aa tour et boucle
sérine
acide aspartique
asparagine
coude
proline
unité fonctionelle
assemblage de structures IIr
40-350 aa
rôles prot fonctionelle Kinase Src
phosphorylation des prot
cancers
kinase Src
domaine SH3
feuillets beta réunis par boucles ou tours
intéraction avec les prot riches en proline
kinase Src
domaine SH2
hélice alpha et feuillets beta
intéraction avec prot contenant tyrosine phosphorylées
kinase Src
petit et grand domaines kinases
= domaines catalytiques de la prot Src: - site de fixation de l'ATP - transfert d'un grp P provenant de l'ATP sur prot petit domaine kinase: hélices alpha grand domaine kinase: feuillets beta
rôle prot fonctionelle: Phospholipase D1
dégradation de la phosphatidylcholine
compo Phospholipase D1
- Phox: intéraction avec phosphatidylinositol
- Pleckstrin Homology: ciblage enzymes vers compartiments intracell
- 2 domaines PLD: hydrolyse de lipides
fonctionnement récepteur nucléaire
- initialement localisé dans cytoplasme associé à une prot chaperone
- après fixation du ligand dissoc de la prot chaperone et translocation du complexe ligand/récepteur dans le noyau
- dimérisation du récepteur
- transfo en facteur de transcription
- activation de l’expression de gènes cibles
exemples de récepteurs nucléaires
40-50 types
récepteurs nucléaires: 5 domaines
domaine A/B:
extrémité N-ter, variable, domaine d’activation AF-1 → pouvoir d’activation transcriptionnelle faible
récepteurs nucléaires: 5 domaines
domaine C
DBD, domaine très conservé, rôle capital dans la dimérisation du récepteur
récepteurs nucléaires: 5 domaines
domaine D
région charnière, rôle dans le routage intracell
récepteurs nucléaires: 5 domaines
domaine E
LBD, participation à la dimérisation et au recrutement de coactivateurs ou de corépresseurs, domaine d’activation AF-2 → pouvoir d’activation transcriptionnelle faible
récepteurs nucléaires: 5 domaines
domaine F
extrémité C-ter, non conservé (compo aa variable)
fingerprints = signatures
- séquences courtes ayant une fonction connue
- obtenues par alignement de séquences de prot
- utilisées pour trouver des homologies + grandes entre les prot
facteurs de transcription
prot régulatrices se fixant sur ADN
activation ou répression de l’expression de gènes
exemples de domaines présents dans les facteurs transcriptionnels
- motif helice-tour-hélice
- motif hélice-boucle-hélice
motif hélice-tour-hélice
motif le + simple retrouvé dans les prot à homéodomaines ( intervenant dans le dev embryonnaire)
1 hélice alpha dans grand sillon ADN (ln avec bases de l’ADN)
1 hélice alpha intéraction avec les riboses et les P de l’ADN (stabilisateur)
motif hélice-boucle-hélice
= bHLH (basic Helix Loop Helix)
- retrouvé dans prot actives sous forme hétérodimères ou homodimères (c-Myc)
- intéractions hydrophobes entre héllices alpha de 2 prot constitutives du FdT
- spécificité de reconnaissance (boucles)
- nombreux aa basiques (+) au niveau du DBD → intéractions électrostatiques
zinc finger
20-30 aa
1 Zn obligé → assure fonctionnalité du domaine
2 types de Zn finger: Cys4/ Cys2 + His2
1 feuillet beta + 1 hélice alpha (fixation grand sillon ADN)
2 aa hydrophobes → maintien de l’architecture
regroupés en Cluster: x2 < Zn finger < x13
linker
relie 2 doigts de Zn
apporte spé de reconnaissance
constitué de max 10 aa
prot contenants des doigts de Zn
Facteur Sp1: reconnaissance sur ADN des régions riches en GC des gènes de ménages ou domestiques
Récepteurs nucléaires: reconnaissance séquence consensus spé → HRE: hormone element response
récepteurs des eostrogènes → 1 domaine de fixation à l’ADN composé de 2 Zn finger
- 1er doigt = P Box → Cys4, hélice alpha (intéraction grand sillon ADN) + feuillet beta
- 2ème doigt = D Box → Cys4, hélice alpha + boucle, rôle dans dimérisation
fixation à l’ADN sous forme d’homodimère: 4 motifs en doigts de Zn et 4 atomes de Zn
séquence reconnue = ERE: estrogen receptor element → séquence consensus composée de répet inversées
ln faibles → intéractions hydrophobes
médiées par les grp méthyles
s’attirent entre eux et expulsent les molécules d’eau
ln faibles → ln H
entre H et O
d’autant + stable lorsque les 3 atomes sont alignés
affaiblies par l’eau
ln faibles → forces de Van der Waals
générées lors de la formation de dipôles transitoires
ln faibles → stabilisation hélices alpha et kératine
maintien de l’enroulement de la kératine par ln hydrophobes
aa hydrophobes distribués sur la même face d’une hélice alpha
ln covalentes → ponts disulfures/ kératine des cheveux
obtention effet ondulé:
- rupture ponts disulfures: agent réducteur
- étirement mécanique
- utilisation chaleur
maintient effet ondulé”
4. utilisation agent oxydant: formation nouveaux ponts disulfures
conformation dénaturé des prot
perte des intéractions maintenant structures IIr et IIIr: - perte fonctionnalité - ø rupture ln peptidique - enroulement au hasard: random coil pas toujours irréversible
dénaturation irréversible de l’albumine de l’oeuf
état natif: présence de cystéines avec grp -SH
état dénaturé: perte de grp -SH et établissement ponts disulfures → changement de confo de l’albumine qui devient insoluble
enzymes aidant au repliement des prot dans le RE
protein disulfide isomerase
proline cis, trans isomerase
chaperones
repliement des prot
repliement modulaire de la prot en un intermédiaire stable
transition repliée/ non repliée rapide: transition coopérative
pas de prot partiellement repliée: loi du tout ou rien
exemple de mauvais repliement des prot
maladie d’alzheimer
2 clivages possible de APP: amyloid protein precursor
voie amyloidogénique → voie pathologique
peptide Aβ
40-43 aa: Aβ42 propice à l’autoagrégation
formation de plaques amyloïdes extracell:
- formation oligomères (toxiques pour synapse)
- formation fibrilles amyloïdes (from oligomères)
- formation cross- β filament générant plaques
prot Tau (pathologique)
conditions favorisantes: - stress oxydant - mauvais repliement - mauvaise clearance Tau hyperphosphorylée \+ insoluble → agrégation de Tau en neurofilaments intracell
marqueurs biochimiques dans LCR de la maladie d’A
diminution de Aβ42
augmentation Tau total
augmentation Tau hyperphosphorylée
