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Bioch > AA, peptides et prot > Flashcards

AA, peptides et prot Flashcards

1
Q

prot

A

polymères > 20 aa

Hb, Actine et Myosine, Ac, Enzymes…

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2
Q

masse molaire aa

A

110g/mol = 110 Da

masse molaire d’une prot = 110 x nmbr aa

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3
Q

Calpha

A

asymétrique
optiquement actif
centre de chiralité (isomères D et L sont énantiomères)

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4
Q

aa dans nature

A

+ de 300 aa ≠
aa constitutifs de prot = aa L
aa libres peuvent avoir fnct biologique

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5
Q

zone tampon

A

zone qui correspond à une faible variation de pH malgré ajout de OH-

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6
Q

∑ tampon

A

acide faible et sa base conjuguée résistant au changement de pH

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7
Q

acide acétique

A

CH3COOH/ CH3COO-

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8
Q

titrage histidine

A 
pK1 = 1,82
pKr = 6
pK2 = 9,17
PI = 7,6
\+2 → -1
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9
Q

% ionisation du noyau imidazole de l’histidine à pH =7

A

91% de forme neutre N

9% de forme chargée +, NH+

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10
Q

propriétés ln peptidique

A

polaire, rigide, plane

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11
Q

angles ln peptidique

A

omega: trans (180º) ou cis (0º) → au centre ln
trans always (sauf proline)
phi/psi: valeurs compatibles avec absence d’encombrement stérique → rotation entre les 2 plans séparés par un Calpha

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12
Q

valeurs phi/psi

A

diagramme de Ramachandran montre valeurs autorisées

hélice alpha: phi = -57º et psi = -47º

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13
Q

Alanine

A 
-CH3
peu encombrant 
compo du collagène
très abondant dans le muscle
précurseur du glucose
interchangeable avec pyruvate lors de réaction de transamination
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14
Q

phénylalanine

A

le plus hydrophobes des aa aromatiques
précurseur de la tyrosine (+ OH)
pathologie accumulation phenylalanine: phénylcétonurie

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15
Q

dérivés tyrosine

A

cathécolamines
hormones thyroïdiennes
mélanine

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16
Q

dérivés tryptophane

A

niacine aka Vit B3

sérotonine

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17
Q

cystéine ou cystine

A

cystéine: dans conditions red, dans espaces intracell

cystine: dans conditions oxydantes, dans espaces extracell ou lorsque pH > pKr de la cystéine

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18
Q

dérivés arginine

A

oxyde nitrique aka monoxyde d’azote NO

ornithine

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19
Q

histamine

A

vient de décarboxylation histidine
vasodilatateur
sécrétion suc gastrique
réactions allergiques

20
Q

sérotonine

A

vient de décarboxylation du 5-OH-tryptophane

nombreuses fonctions cellulaires

21
Q

DOPA

A

vient décarboxylation tyrosine
∑ dopamine
traitement maladie parkinson

22
Q

GABA

A

vient décarboxylation acide glutamique

Nt

23
Q

alanine interchangeable

A

avec pyruvate lors réaction de transamination

24
Q

acide aspartique interchangeable

A

avec l’oxaloacétate dans réactions de transamination

25
Q

acide glutamique interchangeable

A

avec alpha-cétoglutarate dans réactions transamination

26
Q

21ème aa

A

Sélénocystéine
chez tous mammifères
constitutive certaines prot mitochondrie

27
Q

22ème aa

A

Pyrrolysine

spé des procaryotes

28
Q

aa dérivés de prot constitutives du triplet du collagène

A

4-OH-proline

5-OH-lysine

29
Q

L-aa non constitutifs des prot impliqués dans métabolisme

A

ornithine et citrulline → élimination azote

30
Q

ln peptidique inhabituelle

A

glutathion
ln faisant intervenir grp carboxyle en gamma de l’acide glutamique (et fnct amine portée par Calpha de la cystéine) + glycine

31
Q

Glycine

A

le plus petit as
Calpha pas asymétrique
apporte flexibilité
motif collagène (Gly-X-Y)333

32
Q

Valine

A

encombrant: CH3 sur Cbeta

consolide structure tridimensionnelle de prot car grp méthyles CH3 s’attirent entre eux

33
Q

Leucine

A

encombrant mais moins que Valine et Ile car pas de ramification CH3 sur Cbeta

consolide structure tridimensionnelle de prot car grp méthyles CH3 s’attirent entre eux

34
Q

Isoleucine

A

encombrant
consolide structure tridimensionnelle de prot car grp méthyles CH3 s’attirent entre eux
Cbeta: 2ème C asymétrique

35
Q

Méthionine

A

grp thioether -S-CH3
rôle dans traduction des prot
convertie en SAM/ principal donneur de méthyle CH3
réaction de methylation

36
Q

Proline

A 
chaîne latérale cyclisée 
coude dans chaînes peptidiques
déstabilise hélices alpha
compo triplet Gly-X-Y collagène 
X: proline
Y: OH-pro ou OH-lys
37
Q

Tyrosine

A

grp OH réactif (polaire, établit ln H)
moins hydrophobes des aa aromatiques
absorbe UV à 280nm
phosphorylable (sur OH)

38
Q

Tryptophane

A 
grp NH (hydrophile/ ln H) 
absorbe UV 280nm
39
Q

Sérine

A

alanine + OH
phosphorylable
O-glycosylable

40
Q

Thréonine

A

Val OH instead of CH3
phosphorylable
O-glycosylable

41
Q

Aspargine

A

N-glycosylé

sucre sur grp amide

42
Q

Glutamine

A

le + abondant dans le sang

acteur de l’élimination de l’ammoniac

43
Q

Cystéine

A

grp -SH

formation ponts disulfures

44
Q

Lysine

A

fonction amine primaire NH3+ sur Cepsilone

45
Q

Arginine

A

essentiel chez nouveau-nés

grp guanidinium

46
Q

Histidine

A

essentiel chez nouveau-nés

grp imidazole

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