Semaine 3-2 CMH Flashcards
Expliquez la régulation du CMHII par MARCH1.
Lorsque l’expression du CMH2 n’est pas nécessaire chez les DC immature et les B mature, il est important de dégrader les CMH2 pour empêcher la présentation antigénique. Il y a donc sécrétion d’IL-10, ce qui diminue l’expression du CMH2 à la surface des cellules. Cela induit une augmentation de l’ubiquitination des CMH par l’E3 ubiquitine ligase MARCH1. C’est donc MARCH1 qui est responsable de l’Ubiquitination des CMH2 et de leur internalisation dans les lysosomes.
Vrai ou faux. Les CPA ont toutes la même voie endocytaire et dégradent les Ag de la même façon. Donnez un exemple.
C’est faux!! Par exemple :
- Les macrophages dégradent très vite et bien les protéines, mais sont de moins bonnes CPA.
- Les DC sont de très bonnes CPA, mais dégradent moins bien les Ag.
Comment est-ce que les Ag exogènes vont être apportés dans la voie vacuolaire?
La macropinocytose est surtout utilisée chez les macrophages et les DC immatures pour sonder l’environnement de manière non spécifique et intégrer une grande quantité de matériel extracellulaire.
Ensuite, il importe que des récepteurs de surface soient présents (phagocytose, endocytose). Ces dernier servent à concentrer les Ag, et à les diriger vers des compartiments fonctionnels. Il existe également de la signalisation intracellulaire à partir des queues cytoplasmiques des récepteurs qui peuvent activer la cellule ou réorganiser les voies endocytaires. La phagocytose est surtout réservée pour les gros organismes, et peut aussi générer des phénomènes de présentation croisée.
Expliquez les deux manières que le CMH2 peut se lier à son peptide.
Les deux techniques suivantes ont des évidences expérimentales :
- Une protéine contenant des épitopes T, repliée et possédant des pont S-S, est digérée par des enzymes protéolytiques pour ensuite libérer des Ag. Ces Ag vont se lier directement au CMHIII après que HLA-DM ait libéré CLIP de la niche.
- Une protéine est digérée de façon grossière. Comme la niche du CMH2 est ouverte, le CMH2 peut accumuler de très longs peptides, et le clivage se fait suite à la fixation du complexe avec des protéases qui poursuivent l’apprêtement adéquat de l’Ag.
Qu’est ce que la restriction par le CMH?
Reconnaissance simultanée par le TCR du CMH et de l’épitope.
Quel est le but de la cristallographie?
Obtenir une matrice répétitive de taille suffisante, tout en ayant une solution protéique pure.
Vrai ou faux. La cristallographie requiert une concentration très haute en protéine.
Vrai! Il est primordial de concentrer la solution.
Vrai ou faux. La diffraction des rayons X est une technique d’imagerie.
Faux! Les rayons X sont diffractés par les nuages électroniques des atomes. On obtiens un patron de diffraction qui indique la position des atomes, et on doit ensuite l’interpréter.
Quand on fait une cristallographie et qu’on observe la molécule de CMH, on observe des parties floues/mal définies ainsi que des parties qui peuvent être élucidées. Expliquez.
Tout d’abord, il est primordial de savoir que pour élucider un nuage électronique émit par diffusion rayon x, il faut connaître la structure en acides aminés de cette dite structure. Dans une molécule de CMH, il y a une région polymorphique; et chaque niche peptidique de chaque CMH contient un peptide différent. Cette partie est floue, car on ne connait pas la séquence. Pour que la partie soit claire, le peptide ajouté devrait être homogène. La partie claire est le reste de la molécule de CMH, qui est homogène (tous les CMH ont la même structure)
Comment est-ce qu’on peut avoir un peptide homogène dans le CMH1 dans le but de faire de la cristallographie?
Il y a plusieurs techniques.
La première est d’exprimer les CMH dans des cellules d’insectes, qui n’expriment pas de CMH. Ces cellules produisent de grandes quantité de protéines. On peut donc faire exprimer des molécules solubles de CMH1 et ajouter le peptide au choix. Tous les CMH ont le même peptide, et on peut faire la cristallographie.
La deuxième est d’utiliser des bactéries. En effet, on peut utiliser un vecteur d’expression bactérien, cloner et ensuite produire le CMH1. La bactérie n’aime pas ça, et concentre les protéines (avantage!) dans les corps d’inclusion, qu’on peut purifier. La protéine en sort dénaturée, mais on peut la renaturer. Au moment où on replie le CMH1, on ajoute le peptide d’intérêt. Tous les CMH ont donc le même peptides.
Des techniques similaires sont également faisables dans des cellules de mammifères.
Comment est-ce qu’on peut avoir un peptide homogène dans le CMH2 dans le but de faire de la cristallographie?
Comme la niche du peptide du CMH2 est ouverte, une autre technique peut être employée. En effet, on peut fusionner le peptide désiré au feuillet béta-1. Quand la molécule est exprimée, le peptide se replie dans la niche ouverte. On fabrique donc une molécule recombinante avec peptide attaché, et tous les CMH2 produits ont le même peptide.
Dans quel CMH le peptide est-il le plus profondément enfoui?
CMH1. Il est plus en superficie dans le CMH2
Discutez des interactions indépendantes de la séquence primaire du peptide avec le CMH1 et CMH2.
Les interactions indépendantes sont par rapport au squelette ou backbone
Avec le CMH1, la niche est fermée, donc les interactions se font majoritairement aux extrémités du peptide. Le peptide est ainsi confiné dans la niche du CMH.
Avec le CMH2, la niche est ouverte, et les interactions se font majoritairement sur le squelette du peptide. Ainsi, les extrémités ne sont pas impliquées dans l’interaction et peuvent sortir sur les côtés, ce qui permet d’accommoder des peptides beaucoup plus longs.
De quoi dépend l’affinité du peptide pour la niche peptidique?
- interactions indépendantes (liens avec le squelette) de la séquence du peptide
- interactions dépendantes (chaines latérale des acides aminés) de la séquence du peptide
- Encombrement stérique. Dépend de la poche et des peptides qu’elle peut accommoder dans l’espace alloué. Ainsi, ce ne sont pas tous les peptides qui peuvent se lier dans un CMH donné.
