Semaine 3-1 : CMH Flashcards
Quel acide aminé est habituellement ubiquitiné?
Résidu lysine.
Vrai ou faux. Si une molécule est Ub, elle sera nécessairement dégradée dans le protéasome.
Non. Dépendant de la chaîne d’Ub et des lysines qui sont phosphorylées, le rôle de l’ubiquitination est différent. La chaîne K48 mène normalement à une dégradation par le protéasome.
Expliquez en bref la réaction enzymatique de ce qui se passe pour qu’une protéine soit dégradée dans le protéasome grâce à l’ubiquitination.
L’ubiquitine doit être activée, et se lie à E1. E1 transfert l’Ub à E2, qui la transfert à E3. E3 est chargée de trouver la cible, soit ici la lysine K48. Il y a différents types de E3. Le substrat est alors ubiquitiné, et on a besoin de faire plusieurs cycles similaires dans le but d’avoir une chaîne d’Ub. La chaîne sera reconnue par le protéasome, qui dégradera la protéine en peptides.
Discutez du rôle ainsi que de la structure du Core du protéasome.
Le protéasome permet la dégradation sélective des protéines dans le noyau et le cytoplasme des cellules eucaryotes.
En gros, le complexe a un coefficient de sédimentation de 20S, et contient 2 copies de 14 polypeptides différents.
- 7 sont de type alpha et sont aux extrémités
- 7 sont de type béta et forment les anneaux centraux. L’activité protéolytique est associés à 3 des sous unités béta, et ont chacune leur spécificité.
Quel est le rôle du regulatory cap, et pourquoi a-t-il ce rôle?
Comme il n’y a pas d’ouverture sur le core 20S du protéasome, aucun peptide ne peut s’insérer. En effet, les extrémités du cylindre sont toujours bloquées par les sous-unités alpha. Donc, le régulatory cap permet, en se liant, de modifier la conformation du core 20S, d’ouvrir le 20S et d’ainsi former le 26S. Grâce à la présence du complexe 19S (régulatory cap), les protéines poly-ubiquitinées sont reconnues, et seront dénaturées, désubiquitinées et introduites dans le hachoir.
Combien de sous-unités possède le complexe 19S du protéasome? Nommez deux exemple de sous-unités.
20 sous-unités, dont PA700 et PA28.
Vrai ou faux. L’immunopeptidome est l’image miroir du protéome. Expliquez.
Faux.
Les peptides proviennent de protéines dégradées rapidement, ou des erreurs de synthèse, alors que les protéines abondantes ont généralement une plus longue demi-vie.
Beaucoup de peptides sont générés à partir des DRIPS (protéines non fonctionnelles), et les sous produits sont générés de manière variable pour différentes protéines.
En d’autres mot, les erreurs de synthèse pourraient être faite exprès pour générer des molécules de classe I.
Vrai ou faux. Il existe certains polymorphismes dans les molécules TAP.
Vrai. Malgré le fait que Tap1 et Tap2 sont généralement invariables, il existe certains polymorphismes qui peuvent être liés à certaines maladies auto-immunes. Certains virus peuvent également inhiber les molécules TAP et préviennent par le fait même la présentation par le CMH1.
Expliquez en gros ce qui se passe dans le RE durant le chargement des peptides dans le CMH.
Il se passe une suite d’évènements, qui débute avec la traduction d’une molécule de CMH dans le RE à partir des ribosomes à la surface. Il y a ensuite glycosylation du CMH, et la dégradation de ce glucose par les glucosidases 1 et 2, qui ne laissent qu’un glucose à la surface. Ce dernier est reconnu par la calnexine. Le CMH se replie, et peut ainsi lier la B2-microglobuline, ce qui libère la calnexine et permet la liaison de la calréticuline. Ensuite, la tapasine qui est liée au domaine N de TAP recrute le complexe formé de la B2, du CMH1 et de la calréticuline. La tapasine est liée par un point S-S à ERp57, qui lie la calréticuline. ERp57 a pour rôle l’isomérisation des pont S-S des protéines glycosylées.
Les peptides qui passent par Tap 1 et Tap 2 passent pas ERAP, qui rend les peptides parfaits pour la liaison au CMH. Comme le complexe de chargement de peptide est très près, le peptide peut se lier dans le CMH 1. Une fois lié au CMH, le complexe de chargement est libéré, et le CMH1 va présenter ses Ag aux CD8 à la surface. S’il n’y a pas de fixation du peptide, il y aura un retour du complexe dans la voie et une re-glycosylation par UGT1. À noter que la Gls2 enlève le glucose dans ce cas.
En plus de la voie classique de présentation des peptides endogènes sur le CMH1, il existe une seconde voie. Nommez là, et expliquez tout ce que vous savez sur cette dernière!
C’est la voie vacuolaire.
Elle viens de la présence du phénomène d’autophagie, et de la présence d’autophagosomes qui font une double membrane et englobent des protéines du cytoplasme. Les auto-phagosomes peuvent fusionner avec les vésicules de la voie endocytaire comme les lysosomes, pour dégrader leur contenu, et présenter à la surface. De plus, il se pourrait que des peptides puissent retourner dans le cytoplasme, pour repasser dans le protéasome et être réintégré dans la voie classique.
Certains CMH, par cette voie, peuvent d’ailleurs être réinternalisés, échanger leur peptide dans les vacuoles et retourner à la surface présenter de nouveaux Ag aux CD8.
En plus de l’autophagie, la phagocytose pourrait également être impliquée dans cette voie. Le RE pourrait voir sa membrane recrutée pour ingérer un microorganisme. Ce recrutement met également dans le phagosome une partie du CMH et du peptide loading complex. Les peptides peuvent donc être liés au CMH directement dans le phagosome, ou retourner dans la voie classique en passant par le protéasome et l’entrée dans le RE.
Comment se nomme l’enzyme qui libère CLIP et le CMH dans la chaîne invariante?
Cathepsin S
À quoi servent les molécules de CMHII non-classiques?
Chaperons dans le chargement des peptides.
Expliquez brièvement le processus de libération de la chaîne invariante par clivage.
Ce sont des clivages progressifs. En premier, une protéase clive la partie C-Terminale. Ensuite, une cystéine protéase clive encore, et génère p10. La cathepsine S, une autre protéase, clive le p10, et libère le CLIP.
Discutez du rôle de HLA-DM.
C’est une molécule de CMHII non classique. Il retire CLIP! C’est une molécule non-polymorphique, retrouvée dans les endosomes, qui peut interagir avec HLA-DR. Il agit comme un ‘‘Décapsuleur’’ pour enlever CLIP, en interagissant avec la partie de l’hélice alpha et ainsi modifier la structure de la niche en N-term. Le peptide deviens instable car ses liens sont fragilisés, et il libérer la niche.
Discutez du rôle de HLA-DO.
C’est également une molécule de CMHII non classique. Il va plutôt inhiber HLA-DM, en bloquant l’accès aux CMH2 classiques. Il se trouve aussi dans l’endosome, et peut ainsi agir en tant qu’inhibiteur compétitif.
Il peut également altérer le répertoire des peptides retrouvé dans le CMHII en inhibant HLA-DM.
