MoG del 2: Transkription Flashcards
Hur ser promotorelementet ut hos prokaryoter?
Ligger vanligen uppströms mellan nt -10 och -35
Hur fungerar bindningen av RNA-Pol till DNA-templatet (prokaryoter)?
RNA-Pol är ett holoenzym som bland annat består av subenheten sigma-faktorn, som detekterar promotorsekvenser specifika för gener. Beroende på vilket typ av substrat som genen uttrycker binder olika sigma-faktorer.
RNA-Pol tvinnar upp dubbelhelixen och binder till templatsträngen. Därefter katalyserar RNA-Pol den insättningen av de första nukleotiderna.
Hur fungerar initieringen av mRNA-syntas (prokaryoter)?
RNA-Pol katalyserar insättningen av de första ribonukleotiderna, varpå sigmafaktorn dissocierar från komplexet.
Ge exempel på ett cis-agerande element hos prokaryoter?
Pribnow-boxen (TATAAT) som ligger ca 10 nt uppströms från den transkriberade genen.
TTGACA som ligger ca 35 nt uppströms från den transkriberade genen.
Hur fungerar termineringen av transkription hos prokaryoter?
Finns två huvudsakliga termineringsmekanismer:
Rho-oberoende (intrinsic): DNA-sekvensen som kodar för terminering ger upphov till bildandet av en hairpin-struktur i mRNA-strängen. Stukturen gör att RNAPol går syntetiserar långsammare. Direkt efter hairpin-strukturen finns en A-rik region på templatsträngen, som U basparar till i mRNA. U-A-bindningen är svag eftersom den utgörs av endast två vätebindningar, och RNA-Pol faller av.
Rho-beroende termimering: mRNA bildar återigen en hairpin-struktur, och RNA-Pol går därför långsammare. Samtidigt binder det hexameriska proteinet Rho till mRNA, och ‘‘jagar’’ polymeraset i 5’-3’-riktning. Rho kommer ifatt det när det går långsammare vid termineringsstrukturen och bryter därefter vätebindningarna mellan templatsträngen och mRNA.
Vilka är de huvudsakliga komponenterna i prokaryot transkription?
RNA-Polymeras Sigmafaktorn (RNA-Pol) Pribnow-boxen och TTGACA (promotorelement) Rho-faktor (terminering) Ribonukleotider (mRNA-byggstenar)
Hur många RNA-polymeras ingår i den prokaryota transkriptionen?
Endast ett.
Hur många RNA-polymeras ingår i den eukaryota transkriptionen? Vilket är det huvudsakliga i transkriptionen?
Tre, RNA Pol I-III. Huvudsakliga är RNA Pol II.
Vilka är de fyra huvudsakliga cis-agerande elementen i eukaryot transkription?
Enhancers
Silencers
Core promoter
Proximal promoter element
Vilka två typer av core promotors finns och under vilka omständigheter verkar dessa?
En fokuserad promoter reglerar transkriptionsstart från en enda stark startsekvens - vanligt hos strikt reglerade gener som endast uttrycks under speciella omständigheter (t.ex extrem temperatur, stress, eller i närvaro av specifika substrat)
En dispergerad promoter reglerar transkriptionsstart från flera svagare startsekvenser - vanligt hos konstitutivt uttryckta gener.
Vilka är de två huvudsakliga elementen i en core promotor och vad är deras funktion?
TATA-boxen: känns igen av ett TATA- bindande protein som ingår i initieringskomplexet, del av initieringen i den eukaryota transkriptionen
Inr-elementet: Konsensussekvens till vilken transkriptionsfaktorn TFIID binder och initierar transkription
Vad binder de generella transkriptionsfaktorerna till?
Promotorn (core promoter)
Hur påverkar aktivatorer och repressorer transkriptionen?
Aktivatorer och repressorer binder till enhancers/silencers och generella transkriptionsfaktorer.
Detta kan t.ex ge genom loopning av DNA-strängen, där en enhanceosom som innehåller aktivatorer samtidigt binder till enhancern och de TFII-transkriptionsfaktorerna som sitter bundna till core-promotern.
Hur sker mRNA -stabiliseringen efter transkriptionen hos eukaryoter?
mRNA är efter transkription känsligt för degradering av nukleaser. Därför sker capping och polyadenylering. Capping: en 7-metylguanosin sätts på 5’änden, denna signalerar även för fortsatt processning i form av translation
Polyadenlylering: en Poly-A-svans sätts på 3’-änden
