MoG del 2: eukaryota transposomer Flashcards
Vad är en transposon?
En DNA-sekvens (gen) som har förmågan att förflytta sig från ett område i genomet till en annan.
Vilka två varianter av transposoner finns, med avseende på förmåga till förflyttning? Exempel?
Autonoma transposoner kan förflytta sig på egen hand, medan icke-autonoma transposoner kräver närvaro av en autonom transposon. Exempel på detta är Ac (autonom) och Ds (icke-autonom). För att Ds ska kunna förflyttas kräver det att Ac är närvarande, eftersom denna kodar för enzymet transposas som klyver målsekvensen i DNA. Ds har deletioner i genen som kodar för transposas.
Vad är DR (direct repeats)?
Inte en del av transposonen. Det är den upprepning av målsekvensen som bildas på båda sidorna av transposonen när den ligerats in i en ny sekvens?
Vad är ITR?
Inverted terminal repeats. Regioner I transposonen som detekteras av transposas för att klyvningen ska ske korrekt när transposonen ska förflyttas från en gen till en annan.
Vad är DNA-transposoner?
Transposoner som flyttar sig som DNA-element.
Vad är retro- transposoner? Ge exempel på två varianter som är retro-transposoner.
Transposoner som flyttar sig via RNA-intermediärer. LINE och SINE är två typer som är vanliga i det humana genomet.
Hur förflyttar sig retro-transposoner? Är det replikativt eller icke-replikativt?
Retro-transposoner flyttar sig via ett RNA-intermediat, vilket hjälps av att transposonen har en gen som kodar för proteinet reverse transcriptase. Transposonen transkriberas till mRNA, varpå en sekvens i transposonen transkriberas och translateras till proteinet reverse transcriptase. Detta protein omvandlar sedan RNA-strängen till dsDNA. DNA-sekvensen ligeras in i genomet.
Retro-transposoner är replikativa, då originaltransposonen stannar kvar i ursprungsgenen.
Rita upp en transposon och beskriv delarna och dess funktioner.
Se anteckningsboken.
Hur kan Ac och Ds påverkar det fenotypiska uttrycket hos majskorn?
Då en majskolv är heterozygot för den dominanta allelen C som ger lila färg samt den recessiva allelen c som ger gul färg kan transposoner orsaka ett ojämnt färguttryck. Dels kan Ds i närvaro av Ac helt och hållet inaktivera den lila allelen vilket resulterar i en helt gul färg. Men Ac:s aktivering kan även göra så att Ds hoppar ut ur den lila allelen igen. Ett tidigt uthopp resulterar i en stor lila fläck, då delningen av celler med den lila fenotypen blir stor. Ett uthopp sent i celldelningen ger en liten, lila fläck.
Vad får det för sekvenser om en transposon hamnar i en kodande region (RNA, protein)?
Detta resulterar ofta i en ändring av läsramen, vilket vanligen leder till bildningen av ett Stop-kodon.
Vad får det för sekvenser om en transposon hamnar i en reglerande region (t.ex promotor) av en gen?
Leder till ett förändrat genuttryck, där transposonens promotor t.ex kan inducera genens promotor. Regleringen blir därav styrd av transposonen istället för den vanliga promotorn.
