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Microbiologie générale > Microbiologie environnementale > Flashcards

Microbiologie environnementale Flashcards

1
Q

Combien de types d’espèces différentes existent? Combien de bactéries en tout? QUel environnement en contient bcp?

A
  • espèce différente : 10^9
  • bactérie total : 10^30
  • la mer en contient bcp
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2
Q

Les bactéries et plantes représent combien de % de la biomasse?

A

15% biomasse totale et les plantes 75% de la biomasse

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3
Q

Microbiome humain contient combien de bactérie?

A

1 trillion : bactérie, virus, archéo, champignons

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4
Q

Quel type de relation ont les microorganisme avec le corps humain?

A

Commensal : affecte pas hote, mais prenne avantage (humide)

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5
Q

La majorité des microorganismes sont-elles cultivables?

A

Non seulement 1% sont cultivables

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6
Q

Que font les microorganismes dans les denrées alimentaires?

A
  • fermentation (lait)
  • dégradation (moississure)
  • certaines denrées non altérés visuellement peuvent contenir de bactéries pathogènes
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7
Q

Combien d,aliment fermenté existent-ils au monde?

A

3500 aliment fermentés : lait, yogourt, bière, viande/poisson, chocolat

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8
Q

Quels sont les différents types de microorganismes impliqués dans la fermentation?

A
  • levure : biere et vin
  • bactéries : yogourt et poisson
  • moississure : fromage et lait finnois (yogourt et lait)
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9
Q

Quel est le principal procédé pour la fabrication des denrées alimentaires?

A

Fermentation

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10
Q

2 types de fermentations en fonction des microorganismes impliqués?

A

Selon la température optimale de croissancde des microorganismes :

  • fermentation mésophile (20-40C) : crème sure
  • fermentation thermophile (40-60C) : yagourt
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11
Q

Le gout du chocolat provient de ou?

A

Étape de fermentation du cacao (non présenté dasn Willy Wonka)

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12
Q

Différente étapes pour créer du chocolat?

A

Fermentation : dure 1 semaine

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13
Q

Vrai ou Faux : le chocolat est un produit très complexe composé de plus de 300 composé chimique

A

Vrai

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14
Q

Vrai ou faux : des chocolats synthétique existent.

A

Faux

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15
Q

Quels sont les étapes de la fermentation?

A
  1. Hydrolyse de pectine + fermentation des surces par les levures = éthanol + CO2 : ce milieu est en anaérobiose
  2. Augmentation de température et concentration de l’éthanol =inhibition des levures
  3. Éthanol transformé en acide lactique par les bactéries lactiques en aérobiose
  4. Chute du pH = meilleur croissance des bactérie acétique
  5. Transformation de éthanol en acétate par bactérie acétique et CO2 en aérobiose
  6. FIN : aération donne une homogénisation de la T et un apport en O2 (produit chaleur)
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16
Q

Quest ce que les probiotiques?

A

Microorganismes vivants qui sont administré en qté adéquate pour faire bénéficier l’hote (prévention diarhée, immuno-modulation, soulagement maladie Crohn, anticancéreux). Peut etre comme alternative aux antibios et prévention

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17
Q

De quoi sont composés les probiotiques? De quel forme sont les probiotiques?

A

Bactérie lactique dans les aliment ou complément alimentaire

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18
Q

Listeria monocytogenes:

  • t croissance
  • ou?
  • dangereux pour qui?
A
  • psychrophile (pousse a 4C, sensible a chaleur)
  • charcuteries, produits laitier, poissons
  • peut tuer femme enceinte (traverse barrière encephalique), nourrisson, personne agé ou immunodéprimé
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19
Q

STaphylococcus aureus:

  • t croissance
  • ou?
  • dangereux pour qui?
A
  • halophile (pousse avec grande qté NaCl, mais sensible chaleur)
  • produits salé crus (charcuterries)
  • infection cutané, intoxication et speticémie (peut etre contaminer par manipulation)
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20
Q

Clostridium botulinum:

  • croissance dans quelle circonstance
  • ou?
  • dangereux pour qui?
A
  • produit des spores qui résistent à stérilisation
  • miel, conserve
  • Peut causer mort (sécrétion de toxine botulique paralysante, utilisé comme botox) en 3 à 10 jours car insuffissance respiratoire
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21
Q

Pourquoi effectue t-on des controle qualité des aliments?

A

Vérifier présence pathogène

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22
Q

Controle qualité : dasn quelles optiques sont les recherches?

A
  • améliorer produit fermenté
  • recherche nouveaux probiotique
  • améliorer conservation/stérilisation (moins couteux et tuer tout)
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23
Q

Vrai ou faux : aucun microorganismes présentent des bon candidats pour la dépollution des sols.

A

Faux

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24
Q

Vrai ou faux ; certains microorganismes sont pathogènes et peuvent etre des moyens de luttes biologique.

A

Vrai

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25
Q

Quets ce que des microorganismes symbiotique?

A

Ils induisent la croissance des plantes en échangeant des service bénéfique au 2 parties (micro fournit substance azoté et plante fournit les substances carbonées)

  • microorganisme nodulaire
  • microorganismes libres
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26
Q

Quel est le microorganisme symbiotique le plus connu?

AUtres bactéries connus?

A

Rhizobia, utilisé internationnalement pour améliorer croissance des plantes

Azospirillum, bacillus et klebsiella utilisé pour inoculer grande superficie de terre = améliorer productivité plante

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27
Q

Quest ce que les microorganismes nodulaire?

A

Microorganisme symbiotique dans des nodules (boursouflures qui se forme sur racube des plantes par l’action de bactérie du genre Rhizobium) sur les plantes

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28
Q

Quest ce qui prouve que la communauté microbienne du sol est essentielle a la santé/croissance des plantes?

A

Microorganisme phytostimulateur libre (pas dans nodule) : On l’appelle son “2e génome”, car il contient 30 000 souches bactériennes/g (diversifié), un peu comme le microbiote humain qui contient 3,5 millions de gènes bactéries VS 23 000 gène humain

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29
Q

Quest ce que la rhizosphère?

A

Car c,est un milieu non stérilisé, donc qui contient de nombreuses bactérie proche des racine et tête, ce qui permet la meilleure croissance des plantes

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30
Q

Quels sont les 3 facon que fonctionnent les bactéris symbiotique?

A
  1. synthétise composé pour plante : vitamine, hormone, enzyme
  2. facilite absorption des nutriments du sol : phosphore, azote
  3. protége plantes de maladies : production antibio, sidérophore
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31
Q

Donner un exemple de bactérie volatiles.

A

COVs bactérien sont des composés organique volatiles qui ont des effets sur la croissance de la plante arabette (pas nécessairement contact physique). Ces composés dépendent (sont pas universel) donc de

  • la souche bactérienne
  • du milieu de culture
  • espèce végétale
32
Q

La plupart des moyens de lutte contre les pathogènes (bactérie, champignons et virus) des plantes sont …

A

Organique:

  • Cuivre qui protège la plante et est toxuqye pour les pathogènes a haute concentration
  • Sulfure
  • Huile
33
Q

Quels sont les moyens de lutte contre les pathogènes sur les plantes?

A
  • Utilisation de bactéricides et fongicides chimique qui se déssiminent dans environnement = pollution sol
  • Utilisation antibios qui se disséminent dans environnement = résistance antibio
  • Utilisation d’autre micro organisme qui n ‘affecte pas l’environnement
34
Q

Quest ce que le controle microbien? Avantage?

A

Utilisation de micro organisme pour controler les pathogènes des plantes afin de ne pas polluer l’environnement comme les font fongicides/bactéricide/antibio

35
Q

Quest ce que Trichoderma?

A

UTILISÉ PR LUTTE BIOLOGIQUE Utilisé depuis 1930:

  • Champignon ubiquitaire (qui se developpe partout, particulièrement dans le sol, car c’est le plus retrouvé) utiliser comme controle microbien ou lutte biologique (bio-fongicide qui croit rapidement en culture.
  • Forme des colonies incolores (parfois jaune/verte en fonction du temps du temps d’incubation)
  • Produits commercialisé
36
Q

Quels sont les mécanismes de protection de Trichoderma?

A
  • agit comme mycoparasite qui infecte d’autre champignon à l’aide d’enzyme
  • produit des antibio (appeler gliotoxine) qui inhibe le genre rhizoctonia
37
Q

Quels sont les procédés utilisé pour dépolluer les sols?

A
  • physique
  • thermique (réchauffer sol)
  • biologique
    • microorganisme (biodégradation) qui utilisent des procédés aérobie ou anaérobie
    • plantes (phytorémédiation)
38
Q

Quest ce que les bactéries dépollutantes?

A

Bactérie capable de dépoller les sols, car ils ont la capacité de métaboliser bcp de composé avec leur enzyme en les réduisant à des molécules moins nocives

39
Q

Vrai ou faux : les bactéries dépolluantes sont non spécifique.

A

Faux, elle sont adaptés au polluant, car le choix d’une mauvaise bactérie peut produire des métabolites encore plus toxines qu’au départ

40
Q

Comment réussit t-on a transformer le mercrure dans le sol?

A

Bactéries sulfato-réductrices transforment le mercure(Hg2+) en méthylmercure (forme super toxique)

Bactéries marines capable de démythylé le mercure et peuvent le transformer en transforment en Hg0 (moins toxique)

41
Q

Y existent t-il de nombreuses bactéries différentes qui dépolluent des types de pollution différentes?

A

Oui grande diversité :

  • nitrate : comamonas, hypomicrobium
  • phosphate : acinetobacter, moraxella
  • pesticides : enterobacter
  • hydrocarbure lourd (huile/graisse/pétrole) : bacillus, pseudomonas
  • hydrocarbure léger (essence) : actinetobacter, bacillus
  • métaux lourds : chlorella, rhizopus
42
Q

Dans quelle structure sont utilisé les bactéries dépolluantes?

A

Dans des biofiltres qui assainissent l’eaux contaminé et air pollué

43
Q

Quest ce que la phytoremédiation?

A

C’est une technique qui repose sur l’aptitude des plantes à:

  • absorber polluant et le transformer en moins toxique (phytodégradation)
  • à être accumuler en vue de leur extraction (phytoextraction)
  • les immobiliser lors racines sont associés a des additifs capable de fixer/absorber métaux lourds (phytostabilisation)
44
Q

De nos jours, à quoi est combiné la phytorémédiation?

A

Phytorémédiation + biodégradation (ajout de bactérie qui favorise croissance ou dépollution des sol)

45
Q

Que sest-il passé en 1946?

A

Mise en évidence de biodégradation des hydrocarbures (pollue l’eau) par des microorganismes hydrocabonoclaste qui produisent des surfactants qui forment des microdoplets (attirent les bactéries qui vont venir dégrader l’huile des hydrocarbure).

46
Q

Comment se fais le traitement des eaux usées?

A

En provenance des égouts :

  1. dégrillage
  2. déssablage et dégraissage
  3. décantation
  4. traitement biologique
  5. clarification
47
Q

Quest ce que la méthanisation?

A

Dégradation de matière organique complexe en anaérobie en méthane + CO2.

  1. Hydrolyse : microorganismes fermentaire transforme polymère en mono/oligomère
  2. Acidogénèse : bactéries fermentaire acidogène qui produisent proprionate/butyrate
  3. Acetogénèse*** : bactérie fermentaire acétogène qui produisent acétate, CO2, H2
  4. Méthanogénèse (seule étape ou on doit mettre des arché) *** : bactérie (methanobacillus/coccus) et archéo (methanobacterium/sarcina)
48
Q

Les intéractions entre les bactéries acétogènes fermentaires et les méthanogènes sont telle dépendantes?

A

Oui elle sont synthrophique (relation bénéfique mutuelles):

  • bactérie hétérotrophe génère H2 (pas trop-mais un minimum sinon bactérie meurent) pour former méthane par archéo/bactérie (équilibre H2 pour bactérie - méthanogène)
  • bactérie acétogène poduisent acétate (facteur limitant croissance des acétogène) pour former méthane par archéo/bactérie méthanogène
    • archéo M. barkeri souvent utilisé car retire peu d’É du procédé en convertissant grande qté acétate en méthane, mais sa biomasse augmente peu
49
Q

Vrai ou faux : certaomes bactéries extêmophiles présentent de nombreux avantages qui sont exploitable industriellement.

A

Vrai

50
Q

Comment arrive t-on a faire l’extraction des métaux d,intéret économique d’une roche? Exemple?

A

On utilise des microorganismes qui vont convertir le métal de solude a soluble (permettra de l’extraire).

Ex. Or est transformé de facon soluble à insolube

51
Q

Pourquoi la mer regorge de microorganisme avec propriétés anticancereuse/antiinflamatoire qui ne peuvent etre étudié?

A

Sont non cultivable

52
Q

Quets ce que la métabolomique?

A

Étude des métabolites complexes (ne peuvent pas etre etudier) produits par un microorganisme ou une communauté d’epsèces

53
Q

Exemple de bactérie antimicrobienne abondante dans mer?

A

Pseudoaltéromonas: 41 espèces dont 16 produisent des métabolites comme les:

  • alcaloides
  • polycétides
  • peptide antimicrobiens anti-ribosomaux
  • bactériocines
54
Q

Quels types de molécules intéressantes retrouve t-on dans la mer?

A
  • molécule antimicrobienne : pseudoaltéromonas
  • molécule antivirale : isolé de mycètes marins qui sont contre entérovirus, VIH, influenza, herpes
  • molécule anticancéreuse : 32 microorganismes marins
55
Q

Différents mécanismes des molécules antiviraux retrouver dans la mer?

A
  • inhibition de TOPO
  • inhibition de la fusion entre enveloppe virale et endosome
  • inhibition de transcription
56
Q

Quest-ce que le problème des molécules antivirales?

A

Cout de fabrication et commercialisation (24 000$US / patient VIH)

57
Q

Quest ce que cette expérience?

A

Molécule anti cancéreuse des microorgansimes marins ont été tester par rapport à leur propriété antiproliférative contre les cellules du mélanome humain.

58
Q

Comment évalue t-on les molécules anti-inflammatoire?

A

On évalue la capacité à inhiber la libération du facteur de nécrose tumorale a (TNFa)

59
Q

Quel est le solutés osmotique le plus commun?

A

Éctoine produite par halomonas elongata

60
Q

Quelle elle l’action de l’ectoine?

A
  • Forte action stabilisante sur des enzymes labiles, ce qui augmente la durée et l’activité des préparations enzygmatiques
  • Stimule les défenses immunitaire des cellules langerhans pancréas
  • Protection de peau des altération des UV, donc on les incorpore aux crème hydratante
  • Limite agrégation/neurotoxicité de B-amyloide (maladie de Alzheimer
61
Q

À savoir.

A
62
Q

Pourquoi les bactéries marines sont intéressantes pour les industries?

A

Car ils sont organisés en biofilms et produisent des biopolymère

63
Q

QUel est la 1ere espèce à coloniser toute surface aqueuse? Carcatéristique?

A

Caulobacter cresentus :

  • division asymétrique = différenciation cellulaire
  • se retrouve dans cathétere, conduite eau
  • résistant à un très fort jet d’eau = difficile à détacher (colle la plus forte avec force de 70N/mm2 pour la détacher)
  • application en chirurgie
64
Q

Les enzymes sont majoritairement produits quel types de bactérie?

eExemple?

A

Extrêmophile : capable de croitre en condition extrême (T, pression, osmose)

  • polymérase de Thermus aquaticus permet la réaction de PCR (reste a chaque cycle)
  • nucléase H de Micrococcus varians H. permet la production commerciale de agent exhausteur du gout (5’GMP)
65
Q

Comment est produit le gaz naturel?

A

Vient d’extrait de poches soutteraines, ou est produit le méthane par les acrhéo (methanobacterium form.) et des bactéries.

Étude au Japon : On peut aussi utiliser des méthanogènes pour augmenter la capacité à produire du gaz naturellement

66
Q

Comment est produit le biocarburant?

A

Jusqu’à 75% de la matière cellulaire de Algue marine halophile Dunaliella est pyrolysé entre 200 et 240C afin de produire une substance soluble au benzène = huile extractible

  • processus exothermique (E thermique requise pour faire réaction peut être regagner)
67
Q

QUest ce que la bactériorhodopsine?

Effet de lumière bleu VS rouge?

A

Protéine de 25kDa découvert en 70 produite par Halobacterium Salinarum qui est essentielle/efficace pour capter lumière (activité photochimique) en convertissant Elumineuse en Echimique.

Lumière bleu renvoie la protéine à son état initial = efface données enregistré. Deux longueurs onde sont active dans rouge:

  • une fige la matière (stable)
  • l’autre l’excite (instable)
68
Q

Quest ce que la thérapie phagique?

A

Utilisation de phage lytique marin (réservoir) pour lutter contre pathogène.

69
Q

Comment est découvert la thérapie génique?

A
  • Découverte en 1917 par D’Hérelle qui observe culture de bactérie claire : peut etre soit plage claire = lyse bactérie OU lyse provoqué par agent inconnu (microbe filtrant).
  • 1918 : imagine usage thérapeutique de sbactérophage concrétiser en 1919 par traitemeent avec succès sur enfant victime de dysentrie bacillaire à Paris
  • 1925 : traitement de peste en Égypte
  • 1926 : utilisation lors de épidemie de choléra en Inde
  • 1933 : création institut du bactériophage
  • 1940 : 1er bactériophage observer avec MET
70
Q

Quest ce qui fait oublier la thérapie phagique?

A
  • Découverte de penicilline par Flemming en 1928, car antibio plus facile/stable/simple à produire en masse = mène à découverte de trentaine d’antibio en 30-40 ans.
  • Abandon officiel a age or des antibio (année 80) = destruction banque de phage
  • pendant guerre froide, union soviétique interdit les antibio (publication scientifique internationale interdite) = bon pour thérapie génique
71
Q

Quest ce qui a fait que nous nous sommes re attardé sur le sujet de la thérapie phagique?

A

Résistance aux antibios a cause des bactéries multirésistantes

72
Q

Expliquer.

A

Alors que la population de bactérie diminue durant l’épidemie du choléra au bangladesh le nombre de phage augmente = multiplication

73
Q

Vrai ou faux : majorité des microorganismes sont pathogènes?

A

Faux

74
Q

Les propriétés des bactéries étaient-elles utiliser avant leur propre découverte?

A

OUII!

75
Q

Pourquoi certaines propriétés ne sont tjrs pas découverte des microorganismes?

A

Car ils ne sont pas cultivables.

Microbiologie générale (13 decks)

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