Mécanisme catalytique

Question 1

Quelles stratégies utilisent les enzymes pour accélérer une réaction?

Answer 1

-de nature physique comme proximité et orientation
-Chimique
-> stabiliser des espèces chimiques instables
-> polariser certains lien chimiques
-> Former des interactions covalentes

Question 2

Quels effets peuvent avoir les stratégie utiliser par les enzymes pour accélérer une réaction?

Answer 2

• Déstabiliser l’état de base
• Stabiliser l’état de transition
• Encourager le passage par un chemin réactionnel différent

Question 3

Quels points peut-on observer lors de la catalyse par liaison préférentielle à l’état de transtition?

Answer 3

-Formation du complexe est thermodynamiquement favorable
- liaison du produit moins favorable que sa sortie du site actif
- Site actif a une affinité plus grande pour l’état de transition que pour le substrat

Question 4

Quelle est la condition pour qu’une enzyme utilise la stratégie de liaison préférentielle de l’état de transition?

Answer 4

l’enzyme doit fixer l’état de transition avec une plus grande affinité qu’avec le substrat

Question 5

Que permet la catalyse général acido-basique?

Answer 5

permet de stabiliser des intermédiaires portant des charges instables en transférent des protons de l’intermédiaire à un accepteur ou d’un donneur à l’intermédiaire

Question 6

Les chaines latérales de quels a.a jouent un rôle dans la catalyse acide et/ou basique?

Answer 6

Asp, Glu, His, Cys, Tyr, Lys

Question 7

Dans quel contexte parle-t-on de catalyse spécifique acide/basique?

Answer 7

lorsque seulement les ions H+ et OH- de l’eau sont impliqués

Question 8

Qu’est ce qu’implique la catalyse nucléophile? quel est l’autre nom donner à cette catalyse?

Answer 8

Implique la formation transitoire d’un lien covalent entre l’enzyme et le substrat
Catalyse par formation d’un lien covalent

Question 9

Quelles sont les trois étapes d’une catalyse nucléophile?

Answer 9

1. Phase nucléophile
2. Phase électrophile
3. Elimination du catalyseur

Question 10

Quelle est l’étape limitante d’une catalyse nucléophile?

Answer 10

Phase nucl ou phase électro

Question 11

Vrai ou faux
Le complexe covalent d’une catalyse nucléophile est généralement moins stable que l’état de transition

Answer 11

Faux, bcp plus stable. Constitue un état intermédiaire

Question 12

Quels a.a sont de très bons catalyseur par covalence?

Answer 12

His et Cys

Question 13

Quel rôle jouent souvent les métaux alcalins dans la catalyse par ion métallique?

Answer 13

Structuraux

Question 14

Quels rôle jouent les ions métalliques dans la catalyse par ion métallique?

Answer 14

• Orienter correctement les substrats lors de la réaction
• Participer à des réactions d’oxydo-réduction par des changements réversible de leur état d’oxydation
• Stabiliser électrostatiquement des charges négatives
• Masquer des charges négatives du substrat
• Augmenter la réactivité d’un groupement en attirant ses électrons
  -Relier un substrat à un groupement nucléophile
  -Modifier les pKa et la réactivité des groupement nucléophiles avoisinants

Question 15

Quelles sont les stratégies de nature physique utilisées par les enzymes?

Answer 15

• Attirer le substrat au site actif
• Exclure l’eau
• Déstabiliser l’état de base
• effet de proximité et d’orientation
  -Lier préférentiellement l’état de transition

Question 16

Quelles sont les stratégies de nature chimique?

Answer 16

• Catalyse acide-base
• Catalyse par formatoin d’un intermédiaire covalent
• Catalyse par ion métallique