kurul 1- Biyokimya proteinlerin 3 boyutlu yapısı Flashcards
peptit bağı nasıl bir bağdır?
kovalent
amin grubun olduğu uca verilen ad
N-terminal
karboksil grubunun olduğu uca verilen ad
C-terminal
polipeptit zinciri hangi taraftan hangi tarafa doğru okunur
N-terminalden C-termanile doğru okunur
bilgi shot
proteinin üç boyutlu yapısı eşsizdir (özgündür)
C-N bağı kısmi çift bağ özelliğindedir. Bu nedenle peptit bağı hangi fizyolojik durumda kabul edilir
katı
peptid bağının kısmi çift bağ özelliği göstermesi nedeniyle bağ farklı elementlerle farklı koşullarda çift bağ kurma özelliğine sahiptir bu birbirinin izomeri olan bileşenlere verilen ad
rezonans melezleri
peptit zincirinde hangi bağlar arasında serbest dönüş görülür
Calfa N arasında ve Calfa ve C arasında
Yan zincirlerin boşlukta istenmeyen etkileşimlerden uzak olduğu için hangi izomeri daha stabildir
trans
trans şeklinin görülmediği aa
prolin
sekonder yapılar
- alfa-heliks
- beta-kırmalı
- gelişigüzel kıvrılma
polipeptit zincirinin helezon şeklinde kıvrılmasıyla oluşur.
B-kırmalı
sekonder yapının en düşük enerjili olduğu (çünkü her peptit bağı H bağına katılır) yapı?
alfa-heliks
proteinlerde alfa-heliks ne tarafa dönüşlü olarak bulunur
sağa
alfa heliks yapısına uygun olmayan aa
-yapısındaki imino gruptan dolayı prolin
küçük R grubu nedeniyle glisin
-yüklü aa ler
-triptofan, valin ve izolösin gibi dallı yan zincirli aminoasitler
alfa heliks yapısı hangi yapıların içinde bulunur
- keratin
- kollajen
- kas proteinleri (miyozin,tropomiyozin)
- fibrinde süperheliks yapısı görülür
2-5 polipeptit zincirinin birbirine H bağıyla bağlanmasıyla oluşan sekonder protein yapısı
B kırmalı
bilgi shot
B kırmalı tabakada zinci içi H bağı bulunmaz yapı zizaglar oluşturur ve karşılıklı olan kırmalı yapılar arasında H bağı görülür
bilgi shot
beta kırmalı tabaka paralel ve antiparalel olarak karşılıklı dağılım gösterebilir
ipek bluzun çekmesinin nedeni normalde ipek gelişigüzel kıvrımlarda stabilleştirici H bağı bulunur mu ve hangi yapılarda bulunur
bulunmaz ve Cibril’ler proteinler gayet düzgün sıralanmışken, bu yapı globüler proteinlerde gözlemlenir.
2 tane alfa heliks yapısının üst üste sarmallaşmasıyla oluşan yapının adı
süperheliks
sekonder yapıyı oluşturan bölgelerin daha sıkı globüler yapılar oluşturmak üzere katlanmasıyla oluşan yapının adı
tersiyer yapı
tersiyer yapıya H bağından faklı olarak başka hangi bağ katılır
disülfit bağı
tersiyer yapının stabilizasyonuna katılan bağlar
- disülfit bağı
- hidrojen bağı
- iyonik bağ
tek bir polipeptit zincirinden meydana gelen proteinlere verilen ad
monomerik proteinler
birçok polipeptit zincirinden meydana gelen proteinlere verilen ad
kuarterner yapıda olan multimerik proteinler
globüler yapıdaki proteinlerde düzgün yapı sergileyen yani belirli bir sekonder yapıya sahip olan bölümler birbirinden düz segmentler halinde ayrılmış ve her bir ayrı bölüm ayrı bir görev üstleniyorsa bu bölümlere verilen ad?
domen
Cibril’ler proteinlerde birden fazla polipeptit zinciri kümeleşir ve lif oluştururlar bunlar arasındaki stabilizasyon hangi bağlarla sağlanır
kovalent ve nonkovalent bağlarla
tuz köprülerini kırarak denatürasyona neden olan?
ağır metaller
disğlfit gruplarını indirgeyerek sülfit gruplarına dönüştüren?
indirgeyici ajanlar, onlar gittikten sonra S-S bağları tekrardan oluşur
proteinlerin katlanmasına yardım eden eleman
şaperonlar
kısmen katlanmış proteinlerin tamamen katlanmasını sağlayan eleman?
rotamazlar
sekonder yapının bozulmasıyla oluşan hastalıklar
- amiloidoz
- alzheimer
- deli dana hastalığı
alfa heliks yapısı yanlış kesimden ötürü beta kırmalı tabakaya dönüşüp plak oluşturan şey
amiloid, hastalığın adı amiloidoz
virüs gibi davranarak girdiği hücreyi enfekte eden ve nükleik asidi olmayan yapı
prion, enfeksiyonu oluşturan bir glikoproteindir
prion proteinini kodlayan gende oluşan bir mutasyon sonucu oluşan hastalık
ailesel prion hastalığı, Creutzfeltd-Jacob hastalığı, otozomal dominantla geçer