HOOFDSTUK 9

Question 1

in welke richting wordt RNA gesynthetiseerd?

Answer 1

‘5 -> ‘3

Question 2

welke streng wordt gebruikt voor transcriptie?

Answer 2

1 streng van DNA dient als template voor RNA-synthese
- template streng = niet coderend = 3’ -> 5’
- coderende streng = 5’ -> 3’

Question 3

RNA wordt gesynthetiseerd door …

Answer 3

RNA-polymerasen

Question 4

RNA-polymerasen hebben nood aan…

Answer 4

een template
= deze kan gelezen worden om obv hiervan een nieuwe streng te synthetiseren

Question 5

RNA-polymerasen hebben nood aan … (activiteit)

Answer 5

aan DNA voor activiteit + zijn het meest actief wanneer ze gebonden zijn aan een dubbele helix

Question 6

subunits van RNA-polymerase

Answer 6

• 5’-trifosfaat van het inkomende nucleotide vd nieuwe RNA-streng wordt geknipt = PPi wordt gegenereerd
• 5’-trifosfaat van 1e nucleotide = blijft intact dooruit het volledige transcriptieproces

Question 7

de insertiesite van bevat..

Answer 7

3 aspartaanresiduen die met 2 Mg2+-ionen coördineren

• 1e Mg plaatst inkomende nucleotiden en deprotoneert de 3’-OH vd primerterminus
• 2e Mg plaatst inkomende nucleotiden en stabiliseert de negatieve lading en vergemakkelijkt het PPi-vertrek

Question 8

de sigma factor

Answer 8

= RNA-polymerasen hebben nood aan een specifieke transcriptiefactor om hem naar de correcte promotorsite te brengen

Question 9

vervolg van sigma factor?

Answer 9

bindt aan RNA-polymerase ter vorming van RNA-polymerase holoenzyme

= sigmafactor moet it de weg na de initiatie => de factor heeft 1 functie daarna moet deze weg

Question 10

promotor vrijgave?

Answer 10

initiatie van transcriptie opent de dubbele helix van DNA verder en het transitiecomplex verwijdert zich van de promotor

Question 11

elongatiefase?

Answer 11

• na promotorverwijdering
• de sigmafactor gaan uiteen en wordt vervangen door een ander eiwit (NusA)
• het bewegende RNA-polymerase en transcriptiebubbel veroorzaken torsie-spanning op het up- en downstream = verwijderd door topoisomerases

Question 12

rho-onafhankelijke terminatie?

Answer 12

een stopsignaal wordt geëncodeerd in DNA overgeschreven op het tRNA transcript
- stopsignaal bevat GC-rijke palindroom gevolgd door AT-rijke regio
- formatie haarpinstructuur in RNA-transcript

Question 13

rol van AU-paren terminatie?

Answer 13

• interacties tussen RNA-transcript en DNA-template worden gemedieerd door AU-paren

Question 14

tho-afhankelijk terminatie?

Answer 14

• rut-signaal wordt geëncodeerd in DNA overgeschreven op RNA-transcipt
• rut-signaal = CA-rijk = gelokaliseerd dicht bij 5-uiteinde
• rho = helicase activiteit gaat verder in 5->3
• rho is sneller dan RNA-polymerase = wordt ingehaald

Question 15

wat is de transcriptiesnelheid?

Answer 15

50 - 90 nucleotiden/seconde

Question 16

een enkel gen kan …

Answer 16

door verschillende RNA-polymerasen tegelijkertijd overgeschreven worden

Question 17

polysoom

Answer 17

RNA-transcript kan gebonden worden door verschillende ribosomen voor eiwitsynthese

Question 18

eukaryoten hebben 3 typen van nucleaire RNA-polymerasen?

Answer 18

• RNA-polymerase I
• RNA-polymerase II
• RNA-polymerase III

Question 19

wat is er speciaal aan RNA-polymerase II?

Answer 19

staat centraal in de transcriptie in eukaryoten
= het schrijft alle mRNAs over

Question 20

Pol II - TFII complex?

Answer 20

= klaar om de juiste promotorsequentie te binden
= wordt gebonden door TFIIH en TFIIE om een gesloten pre-initiatie complex te vormen

Question 21

wat doet de 5’-kap?

Answer 21

= beschermt het mRNA tegen RNAses en is belangrijk voor de initiatie van translatie

= na de eerste 20 - 30 nucleotiden wordt toegevoegd

Question 22

in bacteriën zijn alle mRNA complexen direct gekoppeld aan een AZ-sequentie?

Answer 22

= het hele mRNA-transcript is coderend

=> eukaryoten = coderende segmenten (exons) worden gescheiden door niet-coderende, tussenliggende gebieden (introns)

Question 23

introns in mRNA?

Answer 23

worden verwijderd door een eiwitcomplex = spliceosoom
= mRNA-splicing wordt nauw gecoördineerd met transcriptie

Question 24

wat doet de 3’-poly-A-staart

Answer 24

= beschermt het mRNA tegen RNases = belangrijk voor de initiatie van de translatie

Question 25

geconserveerde 5’-AAUAAA-3’ sequentie

Answer 25

verlenging na deze sequentie
-> de geconserveerde sequentie wordt herkend door endonuclease geassocieerd met Pol II
= splitst het transcript aan de 3’kant van deze sequentie
= splitsing leidt tot het loslaten van het transcript van het polymerase en genereert een vrij 3’-OH-uiteinde

Question 26

alternatieve splicing?

Answer 26

= proces van genereren van verschillende eiwitten gebaseerd op de verschillende splicings van een enkel mRNA-transcript

Question 27

transcriptoom

Answer 27

= volledige verzameling vann transcripten in een cel