HOOFDSTUK 9 Flashcards
Transcriptie van DNa naar RNA
in welke richting wordt RNA gesynthetiseerd?
‘5 -> ‘3
welke streng wordt gebruikt voor transcriptie?
1 streng van DNA dient als template voor RNA-synthese
- template streng = niet coderend = 3’ -> 5’
- coderende streng = 5’ -> 3’
RNA wordt gesynthetiseerd door …
RNA-polymerasen
RNA-polymerasen hebben nood aan…
een template
= deze kan gelezen worden om obv hiervan een nieuwe streng te synthetiseren
RNA-polymerasen hebben nood aan … (activiteit)
aan DNA voor activiteit + zijn het meest actief wanneer ze gebonden zijn aan een dubbele helix
subunits van RNA-polymerase
- 5’-trifosfaat van het inkomende nucleotide vd nieuwe RNA-streng wordt geknipt = PPi wordt gegenereerd
- 5’-trifosfaat van 1e nucleotide = blijft intact dooruit het volledige transcriptieproces
de insertiesite van bevat..
3 aspartaanresiduen die met 2 Mg2+-ionen coördineren
- 1e Mg plaatst inkomende nucleotiden en deprotoneert de 3’-OH vd primerterminus
- 2e Mg plaatst inkomende nucleotiden en stabiliseert de negatieve lading en vergemakkelijkt het PPi-vertrek
de sigma factor
= RNA-polymerasen hebben nood aan een specifieke transcriptiefactor om hem naar de correcte promotorsite te brengen
vervolg van sigma factor?
bindt aan RNA-polymerase ter vorming van RNA-polymerase holoenzyme
= sigmafactor moet it de weg na de initiatie => de factor heeft 1 functie daarna moet deze weg
promotor vrijgave?
initiatie van transcriptie opent de dubbele helix van DNA verder en het transitiecomplex verwijdert zich van de promotor
elongatiefase?
- na promotorverwijdering
- de sigmafactor gaan uiteen en wordt vervangen door een ander eiwit (NusA)
- het bewegende RNA-polymerase en transcriptiebubbel veroorzaken torsie-spanning op het up- en downstream = verwijderd door topoisomerases
rho-onafhankelijke terminatie?
een stopsignaal wordt geëncodeerd in DNA overgeschreven op het tRNA transcript
- stopsignaal bevat GC-rijke palindroom gevolgd door AT-rijke regio
- formatie haarpinstructuur in RNA-transcript
rol van AU-paren terminatie?
- interacties tussen RNA-transcript en DNA-template worden gemedieerd door AU-paren
tho-afhankelijk terminatie?
- rut-signaal wordt geëncodeerd in DNA overgeschreven op RNA-transcipt
- rut-signaal = CA-rijk = gelokaliseerd dicht bij 5-uiteinde
- rho = helicase activiteit gaat verder in 5->3
- rho is sneller dan RNA-polymerase = wordt ingehaald
wat is de transcriptiesnelheid?
50 - 90 nucleotiden/seconde
een enkel gen kan …
door verschillende RNA-polymerasen tegelijkertijd overgeschreven worden
polysoom
RNA-transcript kan gebonden worden door verschillende ribosomen voor eiwitsynthese
eukaryoten hebben 3 typen van nucleaire RNA-polymerasen?
- RNA-polymerase I
- RNA-polymerase II
- RNA-polymerase III
wat is er speciaal aan RNA-polymerase II?
staat centraal in de transcriptie in eukaryoten
= het schrijft alle mRNAs over
Pol II - TFII complex?
= klaar om de juiste promotorsequentie te binden
= wordt gebonden door TFIIH en TFIIE om een gesloten pre-initiatie complex te vormen
wat doet de 5’-kap?
= beschermt het mRNA tegen RNAses en is belangrijk voor de initiatie van translatie
= na de eerste 20 - 30 nucleotiden wordt toegevoegd
in bacteriën zijn alle mRNA complexen direct gekoppeld aan een AZ-sequentie?
= het hele mRNA-transcript is coderend
=> eukaryoten = coderende segmenten (exons) worden gescheiden door niet-coderende, tussenliggende gebieden (introns)
introns in mRNA?
worden verwijderd door een eiwitcomplex = spliceosoom
= mRNA-splicing wordt nauw gecoördineerd met transcriptie
wat doet de 3’-poly-A-staart
= beschermt het mRNA tegen RNases = belangrijk voor de initiatie van de translatie
geconserveerde 5’-AAUAAA-3’ sequentie
verlenging na deze sequentie
-> de geconserveerde sequentie wordt herkend door endonuclease geassocieerd met Pol II
= splitst het transcript aan de 3’kant van deze sequentie
= splitsing leidt tot het loslaten van het transcript van het polymerase en genereert een vrij 3’-OH-uiteinde
alternatieve splicing?
= proces van genereren van verschillende eiwitten gebaseerd op de verschillende splicings van een enkel mRNA-transcript
transcriptoom
= volledige verzameling vann transcripten in een cel
