HOOFDSTUK 10 Flashcards
translatie van RNA naaar eiwitten
uit hoeveel nucleotiden bestaat 1 codon?
= 3 nucleotiden
wat is het startcodon?
AUG (Met)
wat zijn de stopcodons?
UAA
UAG
UGA
wat is een codon
= triplet van nucleotiden die coderen voor een aminozuur
wat is het + wat is het doel van ontaarding?
= meerdere codons encoderen voor hetzelfde AZ
= zorgt voor resistentie voor mutaties
wat is een open-leesraam
een leesraam begint met een startcodon en een aanzienlijk # codons bevat voordat een stopcodon wordt gelezen = open leesraam
tRNA’s bevatten veel ongebruikelijke basen…?
= 7 - 15 basen per molecuul
inosine?
= belangrijk derivaat van nucleotiden (A, G, C en U)
aminozuurarm
= acceptorstam
= bevat geconserveerde CCA-3’-sequentie waaraan een specifiek AZ covalent gekoppeld is
TuC-arm
= gebied mer ribothymidine, pseudouracil en cytosine
D-arm
= bevat dihydrouracil
anticodon-arm
= bevat het anticodon
Wobble hypothese?
=de herkenning van meerdere codons door 1 tRNA-molecuul is mogelijk omdat sommige tRNA’s wiebelig zijn => kunnen atypische baseparen vormen op een specifieke positie op hun anticodon
wat zijn aminoacyl-tRNA synthetasen
aminozuren worden op de juiste tRNA-moleculen geladen door speciale enzymen
hoeveel aminoacyl-tRNA-synthetasen zijn er?
20
elk AZ heeft zijn eige aminoacyl-tRNA-synthetase
aminoacyl-tRNA-synthetase katalyseert welke reactie?
AZ + ATP <=> aminoacyl-AMP + PPi
aminoacyl-AMP + tRNA <=> aminoacyl-tRNA + AMP
AZ + ATP + tRNA <=> aminoacyl-tRNA + AMP + PPi
reactiemechanisme stap 1 (hetzelfde voor beide klasse)
- carboxylgroep van AZ voert nucleofiele aanval uit op fosfoanhydride P-atoom en PPi is de leaving groep
- aminoacyl-AMP intermediair wordt gevormd
reactiemechanisme stap 2; klasse I
2 opeenvolgende nucleofiele substituties door 3’-positie adenosine van tRNA
2-OH van terminale adenosine = nucleofiele aanval op esterkoolstofatoom en AMP is leaving groep
3-OH van terminale adenosine = nucleofiele aanval op esterkoolstofatoom en 2-OH is leaving groep
reactiemechanisme stap 2; klasse II
3-OH van terminale adenosine voert een nucleofiele aanval uit op esterkoolstofatoom en AMP is de leaving groep
klasse I enzymen?
monomeren
klasse II enzymen
dimeren
aminoacyl-tRNA synthetasenheeft een proofreading activiteit
- een eerste filter wordt opgelegd door de vorm van de actieve plaats van het enzym
- na het opladen van tRNA wordt geactiveerde verplaatst naar een bewerkingsplaats op hetzelfde enzyme (grootte)
de proofreading activiteit van aminoacyl-synthetasen is zeer effectief want..
aminoacyl-tRNA kan worden gegenereerd en bewerkt op hetzelfde enzym zonder dissociatie
effect van dwingen van het systeem door 2 opeenvolgende filters is vermenigvuldigend
ribosomen functie
= translatie en eiwitsynthese uitvoeren
ribosomen bestaan uit
rRNA en zijn versierd met eiwitten
A-site
aminoacyl site
= geladen aminoacyl-tRNA
P-site
peptidyl site
= peptide wordt gevormd
E-site
exit site
= ongeladen tRNA gaat weg
wat zijn de 2 initiatiefactoren van het 30S-subunit
= IF1 en IF3
IF1
= voorkomt de vroegtijdige binding van tRNA aan de ribosomale A-site
IF3
= voorkomt de vroegtijdige associatie van 50S-subunit en verbeterd de specificiteit van de P-site voor fMet-tRNA^fmet
Shine-Dalgarno sequentie?
= 5’-AGGAGGU-3’
= bacteriële mRNA-molculen bevatten een geconserveerde ribosoombindingssite
wat is het initiatie complex?
= functioneel 70 S-subunit
- associatie van fMet-tRNA^fmet aan 30S
- 50S wordt gerekruteerd
- GTP wordt gehydrolyseerd door IF2
= 70S
elongatiefactor Ef-Tu
= de eerste stap van de elongatiecyclus bestaat uit het binden van het inkomende aminoacyl-tRNA dus nood aan elongatiefactor
translocatie
de laatste stap van de elongatie omvat de beweging van het ribosoom door 1 codon richting het 3’-einde van mRNA
de translocase is hier?
de derde elongatiefactor = Ef-G
polysoom
= een enkel mRNA-transcript kan gebonden zijn aan meerdere ribosomen voor eiwitsynthese
kozak consensus sequentie
= de ribosoombindingssite dat het startcodon voorgaat
vastgelopen ribosomen kunnen gered worden?
- vertaling van beschadigd mRNA leidt tot ribosoom stalling = vorming non-stop-complex
- ribosomale A-site is leeg = geen mRNA-codon dat kan interageren
- speciaal transfer-boodschapper-RNA (tmRNA) bindt aan lege A-site
= resulterende eiwit is defect en wordt gemarkeerd voor afbraak door cellulaire proteasen
NLS?
= nucleaire lokalisatiesignalen
= signalen die eiwitten naar de kern leiden
waar vinden post-translationele modificaties van de meeste eukaryotische eiwitten plaats?
= endoplasmatisch reticulum
