HOOFDSTUK 7 Flashcards
organisatie en architectuur van DNA in de cel
genetisch materiaal in prokaryoot?
- nucleaire zone
- nucleoïd
eukaryoten de nucleus?
nucleus
nucleair membraan
nucleaire poriën
chromatine
heterochromatine
= nucleaire periferie
= transcriptief inactief
euchromatine
= midden van de nucleus
= transcriptief actief
de nucleolus
= suborganel binnenin de nucleus waar ribosomen geassembleerd worden
topologie
= de studie van de geometrische eigenschappen van een object dat niet verandert onder continue vervormingen
topoisomeren
= dezelfde DNA-molecule kan in verschillende vormen voorkomen
continue vervormingen
= conformatieveranderingen door thermische beweging of door interactie met eiwitten of andere moleculen
discontinue vervormingen
= conformationele veranderingen waarbij DNA-strengen breken
supercoiling
= de topologische toestand van covalent gesloten cirkelvormige dubbel schroefvormig DNA waarin de dubbele helix om zichzelf heen gedraaid is
gerelaxt DNA
= elk DNA dat bestaat in zijn meest stabiele, onbelaste structuur, meestal de B-vorm onder de meeste cellulaire omstandigheden
linking number Lk
het aantal keren dat een gesloten cirkelvormige DNA-streng om een andere wordt gewikkeld wanneer de as van de dubbele DNA-helix in een vlak ligt
twist Tw
het aantal volledige omwentelingen dat één streng van een covalent gesloten cirkelvormig dubbel DNA maakt rond de as van de duplex
Writhe Wr
het aantal omwentelingen dat de duplex-as van een covalent gesloten cirkelvormig dubbel schroefvormig DNA maakt rond de superhelix-as
superhelische densiteit
= een maat voor het aantal draaiingen verwijderd relatief aan het aantal draaiingen aanwezig in de gerelaxte (B-vorm) vorm van DNA => beschrijft het percentage aan helicale draaiingen die verwijderd zijn van DNA in zijn B-vorm
plectonemische supercoiling
een type negatieve supercoiling dat kan worden aangenomen door sterk onderwikkeld DNA en bestaat uit uitgebreide rechtshandige spoelen die op een eenvoudige en regelmatige manier om elkaar heen gedraaid zijn
solenoidale supercoiling
een soort negatieve supercoiling die kan worden toegepast door sterk onderwikkeld DNA en bestaat uit nauwe linkshandige draaiingen
wat doet/is een topoisomerase?
= een enzyme dat de DNA-supercoiling verandert door de breuken te katalyseren in 1 of 2 strengen. DNA passeert doorheen de breuk en hersluit de breuk.
type 1 topoisomerase
= er breekt 1 streng van de DNA-duplex, Lk verandert in sprongen van 1, vereist geen ATP
type 2 topoisomerase
= er breken 2 strengen van de DNA-duplex, Lk verandert in sprongen van 2, vereist wel ATP
mechanisme van type 1 topoisomerase?
- Tyrosine valt aan op de fosfodiestergroep in 1 DNA-streng
= breken => nucleofiele substitutie - Enzyme verandert in een open formatie
- De andere streng wordt door het gat in de 1e streng getrokken
- Enzyme in gesloten conformatie 3’OH valt aan op 5’fosfohydrotyrosyleiwit = herverbinden van de strengen
waarom vereist type 1 topoisomerase geen ATP?
Supercoiled DNA = gestressed op vlak van torsie => hogere Gibbs vrije energie => door de supercoils te verwijderen = spontaan
=> thermodynamisch gunstig = geen ATP
mechanisme van topoisomerase type 2
- Enzym bindt zich aan G-segment
- T-segment van dezelfde DNA-molecule is gebonden aan de N-poort
- T- segment zit vast. G-segment wordt gekliefd in beide strengen, tvv 2 ‘5-fosfotyrosylbindingen aan het enzyme
- T-segment wordt door de breuk gehaald
- Het gebroken DNA wordt herplakt en het T-segment wordt vrijgelaten door de C-poort
wat zijn histonen?
= eiwitten waarrond DNA zich wikkelt ter vorming van het fundamentele legoblokje voor verdere verdichting
wat zijn nucleosomen
= het complex van een histonoctameer en ongeveer 150 baseparen van DNA die een structurele eenheid vormen voor het verpakken van chromatine
nucleosoom?
= equivalent van een linkshandige solenoïde
DNA -> mitotisch chromosoom
(orden alle tussenstappen van groot naar klein)
- DNA
- nucleosoom
- 30-nm-filament
- extended vorm van chromosoom
- condensed deel van chromosoom
- mitotisch chromosoom
introductie van negatieve supercoils?
= Gibbs vrije energie opslaan
= nood aan input van energie
=> supercoiled DNA kan niet relaxen zonder strengen te breken, Gibbs vrije energie zit gevangen binnenin de gesupercoilede molecule
