H8 Detectiemethoden Flashcards

1
Q

ATP-meting (Telmethoden: op metabole activiteit gebaseerd)

A

Met een ATP meting wordt de hoeveelheid ATP (energie) gemeten. Aanwezigheid van ATP wijst op de aanwezigheid van MO.

Voordeel: eenvoudig, snel
Nadeel: Veel beperkingen, grensreacties (bv gisten produceren veel ATP)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Flowcytometrie (Telmethoden: op miscroscopische technieken gebaseerd)

A

(min 10³/ml) cellen in een vloeistofstroom passeren een detector.
Detecteert: fysieke & biochemische eigenschappen
Onderscheid levende vs dode cellen mogelijk
Toepassing: fermentatieprocessen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

qPCR: een grafiek herkennen (Telmethoden)

A

Kwantitatieve PCR: de hoeveelheid van een target-DNA is te meten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

ELISA (op immunochemische technieken gebaseerd)

A

Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay

Enzymreactie om de binding tussen antigeen & antilichaam zichtbaar te maken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Conventionele PCR (op DNA/RNA gebasseerd)

Werkwijze

A

Werkwijze:
-ophoping (beschadigde MO herstellen)
-DNA-extractie
-PCR-reactie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Sandwich assay (ELISA)

??

A

Het antigeen wordt vastgehouden tussen de antistof en een label gekoppeld aan de antistof.

Het sandwich ELISA-formaat wordt veel gebruikt vanwege de gevoeligheid en specificiteit.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Competitieve assay (ELISA)

??

A

Een competitieve bindingstest meet doorgaans de binding van een gelabelde ligand aan een doelwitproteïne in aanwezigheid van een tweede, concurrerende maar ongelabelde ligand . Deze test kan worden gebruikt om kwalitatieve bindingsinformatie te beoordelen, evenals relatieve affiniteiten van twee of meer moleculen voor één doelwit.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Immunoconcentratie (op immunochemische technieken gebaseerd)

??

A

Antistoffen worden gebruikt als hulpmiddel voor het concentreren van organismen zodat een tweede kweekstap niet meer nodig is.

Immunomagnetische separatie.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

LIA (op immunochemische technieken gebaseerd)

??

A

Lateral flow immunoassay
Principe van dunnelaag-chromatografie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Real-time PCR (op DNA/RNA gebasseerd)

A

Tijdens de PCR reactie is het signaal met fluorescerende probes te volgen.

De sterkte van het signaal is evenredig met het product
Hoe meer gezochte bacteriën aanwezig, hoe sneller de Ct-waarde wordt bereikt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

PFGE (Identificatie- en bevestigingstechnieken)

A

Pulsed-field gel electrophoresis

Een bacteriecultuur wordt in een elektrisch veld geplaatst waar het DNA gescheiden wordt op basis van grootte. Op basis hiervan kan een foto gemaakt worden en geïdentificeerd worden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

WGS (Identificatie- en bevestigingstechnieken)

A

Whole Genome sequencing

Bepaalt de volgorde van de basen. Dit leidt tot een zeer exacte DNA-vingerprint.
Voordeel: Een uitbraak kan snel gedecteerd worden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Telmethoden

A

1: Compacte alternatieven voor de telplaat
2: Chromogene & fluorogene agars
3: Op MPN gebaseerd
4: Op metabole activiteit van MO gebaseerd
5: Op microscopische technieken gebaseerd
6: qPCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Detectietechnieken (overzicht)

A

0: Klassieke detectie
1: Op modificatie van klassieke technieken gebaseerd
2: Op immunochemische technieken gebaseerd: ELISA, LIA, Immunoconcentratie
3: Op DNA of RNA gebaseerd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Identificatie- en bevestigingstechnieken

Uitleg + 2 technieken

A

Bevestiging: Er wordt een beperkt aantal gedefinieerde testen uitgevoerd. (bij sterke vermoeden van de kolonie)
Identificatie: Er wordt een hele reeks aan testen uitgevoerd om de taxonomische identiteit (genus & soort) te bepalen.

Technieken: PFGE & WGS

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Alternatieven voor een telplaat (Telmethoden)

A

Petrifilm

8
Q

Chromogene substraten/agar (Telmethoden & Detectietechnieken)

A

Kleurvorming bij afbraak van enzymen of door reactie met bepaalde microbiële metabolieten

8
Q

Fluorogene substraten/agar (Telmethoden & Detectietechnieken)

A

fluorescerende stof waar te nemen onder een UV lamp bij splitsing of reactie met bacteriële metabolieten

9
Q

Op MPN gebaseerd (Telmethoden)

A

Most probable number.

1) verschillende verdunningen tellen
2) schatting maken van het meest waarschijnlijke aantal MO/gram of ml.

9
Q

Impedantiemeting (Telmethoden: op metabole activiteit gebaseerd)

A

Via elektrische geleiding wordt de metabole activiteit gemeten.

9
Q

Op metabole activiteit gebaseerd (Telmethoden)

A

a: Tellen met ATP-meting
b: Impedantiemeting
c: Turbidimetrie

10
Q

Turbidimetrie (Telmethoden: op metabole activiteit gebaseerd)

A

Het meten van troebelheid

10
Q

qPCR: 3 fasen (Telmethoden)

A

1: Concentreren van de bacteriën in het monster door membraanfiltratie
2: lysis, DNA extractie en zuivering
3: Vermenigvuldiging van specifieke DNA fragmenten met PCR en real-time kwantificering van het gevormde DNA met een probe

11
Q

Detectietechnieken (definitie)

A

Kwalitatieve methoden die grensreacties of presence/absence testen worden genoemd.

12
Q

Antilichaam (of antistoffen of antiglobulinen)

A

Eiwitten die het afweersyysteem aanmaakt als reactie op het binnendringen van antigenen.

12
Q

Klassieke detectie: 4 stappen (Detectietechnieken)

A

1: Primaire ophoping: beschadigde cellen krijgen de kans te herstellen
2: Secundaire (selectieve) ophoping: een groot deel van de begeleidende flora wordt geremd in groei en sterft.
3: Detectie of isolatie: het gezochte organisme is te detecteren op de plaat
4: Bevestiging: reinuitstrijk om na te gaan of de gevonden kolonies effectief het gezochte organisme zijn.

13
Q

Moleculaire biologie

A

Stukken DNA of RNA worden gebruikt ter identificatie van bepaalde organismen

13
Q

Agglutinatie

A

Het samenklonteren van deeltjes, zoals bacteriën in het bloed met een antistof.

13
Q

Antigeen

A

Specifieke chemische componenten (bv eiwitten, polysacchariden) aanwezig op bacteriën

13
Q

PCR - reactie

A

polymerase chain reaction

-denaturatie van dubbelstrengs DNA door verhitting
- Aanhechting van primers
- Verlenging van de primers door Taq-polymerase

Hierna volgt detectie via
-een reactieproduct
-gelelektroforese
-een thermocycler

13
Q

Conventionele PCR (op DNA/RNA gebasseerd)

Bevestiging

A

Kweek is nog nodig (gebaseerd op het vermogen van het organisme om te groeien)
In sommige gevallen is kweek onvoldoende selectief
PCR & kweek hebben eenzelfde gevoeligheid

14
Q

Conventionele PCR (op DNA/RNA gebasseerd)

Controles

A

Positief: nodig om de juiste uitvoering en het juiste functioneren van het protocol aan te geven
Negatief: procedure blanco’s om na te gaan of er geen (kruis)contaminatie is opgetreden

15
Q

Conventionele PCR (op DNA/RNA gebasseerd)

Beperkingen

A

Inhibitie
Dode MO
Contaminatie