Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biochemie en moleculaire biologie > H18 genexpressie transcriptie > Flashcards

H18 genexpressie transcriptie Flashcards

1
Q

Polyribosoom

A

Bij prokaryoten kunnen ribosomen direct hechten aan het mRNA terwijl het gevormd wordt, en kan daarmee een lange rij vormen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Dd-DP

A

DNA afhankelijke DNA polymerase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Rd-RP

A

RNA afhankelijke RNA polymerase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

(+) ssRNA

A

RNA dat klaar is om afgelezen en verwerkt te worden in tegenstelling tot (-)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Telomerase

A

-Ribonucleoproteïne
-Werkt als een reverse transcriptase bij verlenging van de telomeren (Rd-DP)
-Bij binding van een non-coding RNA werkt telomerase als een Rd-RP, functie gelinkt aan siRNA silencing
-Komt tot expressie in prolifererende cellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Transcriptie 4 fasen

A

Binding, initiatie, elongatie, terminatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Sigmafactor

A

Factor in RNA polymerase bij prokaryoten dat bindt aan de promotor, er zijn verschillende sigmafactoren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

RNA polymerase katalyseert

A

de vorming van de fosfodiesterbinding bij synthese van mRNA/tRNA/rRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Promoter DNA prokaryoten

A

Vanaf start site naar -10 seq. (Pribnow box) en eindigt bij de -35 seq. met UP elements upstream en discriminator element downstream

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

TTS

A

Transcriptionele start site

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Binding RNA pol aan promotor en initiatie RNA synthese

A

-Sigmafactor bindt -10 en -35 seq. en alpha subeenheid bindt UP
-Lokaal ontwinden van dsDNA door helicase activiteit van het RNA pol
-Vorming transcriptiebel
-RNA pol is stationair tijdens de initiatie
-Abortieve initiatie
-DNA scrunching
-Geen primer nodig, de novo synthese
Slide 25 H18

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Elongatie RNA streng prokaryoten

A

-Promotor escape, RNA pol laat sigmafactor los
-RNA pol beweegt van 3’->5’ over de matrijs streng
-Synthetiseert RNA van 5’->3’ complementair aan de matrijs streng
-Vier kanalen/groeven
Slide 26 H18

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

RNA proeflezing prokaryoten

A

-NMPn + NTP <-> NMPn+1 + PPi
-RNA backtracking = RNA pol gaat 1 nt terug, gevolgd door hydrolytische afsplitsing van het 3’ eindstandig dinucleotide, het fout geïncorpeerde nucleotide neemt deel aan de katalyse

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Terminatie RNA synthese prokaryoten

A

Terminale signalen met 2 klassen
-Rho factor onafhankelijk: GC-rijk (haarspeld lus) + UUUU
-Rho factor afhankelijk: rho = ATP-afhankelijke helicase, bindt op een specifieke sequentie dicht tegen 3’ uiteinde en RNA: DNA hybride ontwinden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

RNA pol I

A

-Nucleolus
-Precursor voor 28S rRNA, 18S rRNA en 5,8S rRNA
-α-Amanitine resistent

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

RNA pol II

A

-Nucleoplasma
-Pre-mRNA, meesst snRNA en microRNA
-Zeer gevoelig voor α-Amanitine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

RNA pol III

A

-Nucleoplasma
-Pre-tRNA, 5S rRNA en andere kleine RNA’s
-Redelijk gevoelig voor α-Amanitine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Mitochondriaal RNA pol

A

-Mitochondrion
-Mitochondriaal RNA
-α-Amanitine resistent

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Chloroplast RNA pol

A

-Chloroplast
-Chloroplast RNA
-α-Amanitine resistent

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

α-Amanitine

A

Cyclische peptide dat RNA pol II inhibeert

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Promotor RNA pol I

A

Kernpromotor met controle element stroomopwaarts

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

promotor RNA pol II

A

-TATA-promoters: Inr + TATA met of zonder TFIIB recognition element (BRE)
-DPE-promoterds: Inr + downstream promotor element (DPE), geen TATA en geen BRE

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Promotor RNA pol III

A

-Tee verschullende promotors met dezelfde opbouw in tRNA en 5S rRNA
-Derde soort promotor upstream voor small RNA’s

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Preinitiatie complex

A

Gevormd door RNA pol samen met algemene transcriptiefactoren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Transcriptiefactoren

A

Factoren die nodig zijn om transcriptie te starten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

TFIID

A

Transcriptiefactor pol II en D is de naam van het eiwitcomplex

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Stappenplan preinitatie complex deel 1

A

-TFIID bindt aan TATA-box
-TFIIA en TFIIB vormen complex met TFIID
-Complex bindt aan RNA pol II met TFIIF
-Preinitiatie complex wordt afgemaakt door toevoeging van TFIIE en TFIIH

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Stappenplan preinitiatie complex deel 2

A

-TFIIH heeft ATP-afhankelijke helicase + proteïne kinase activiteit
-dsDNA gaat uiteen, fosforylering van Ser 5 van CTD, RNA pol start RNA synthese
-Abortieve initiatie met DNA scrunching
-Fosforylering van Ser 2 van CTD: RNA pol II komt los van de promotor, begin van de elongatie fase

29
Q

Handig RNA pol feitje

A

Het beweegt zelf niet, het DNA beweegt door het heen via DNA scrunching

30
Q

TATA binding protein (TBP)

A

-Andere proteïnen nodig voor optimale transcriptie bij eukaryoten
-Ligt aan de rest van factoren waaraan TBP bindt
-Creëert een hoek in de DNA streng (het ‘zadelt’)

31
Q

RNA elongatie complex eukaryoten

A

-Gelijkaardig als bij prokaryoten
-Chromatine re-modelleer eiwitten bij prokaryoten
-RNA proeflezing idem als bij de prokaryoten

32
Q

Terminatie eukaryoten

A

Terminatie signalen voor elk RNA pol verschillend
-RNA pol I: herkent een 18 nt terminatie signaal in het RNA
-RNA pol II: RNA splitsing op 10 tot 35 nt stroomafwaarts van het polyadenylatie signaal (AAUAAA seq)
-RNA pol III: reeks Us

33
Q

Electrophoretic mobility shift assay (EMSA)

A

-dsDNA fragment (probe) radioactief gemerkt
-Twee condities vergelijken: met en zonder proteïne
-Gelectroforese in niet-gedenatureerde condities

34
Q

DNA footprinting

A

-Mix gelabelde DNA met DNA bindende eiwitten, zonder rechts en met links
-Incubeer beiden kort met DNase I
-Visualiseer DNA fragmenten met elektroforese en er zal een ‘footprint’ ontstaan om te zien waar het proteïne bindt

35
Q

Chromatine immunoprecipitaite (ChIP)

A

-Cross-link eiwitten en DNA, lyseer cellen knip DNA tot fragmenten
-Antilichaam bindt aan een van de eiwitten
-Verwijder de eiwitten
-Versterk met PCR en analyseer

36
Q

Soniceren

A

Aan de hand van ultrasone geluidsgolven chromatine in stukjes veranderen/gefragmenteerd

37
Q

ChIP-Chip

A

In kleine gaatjes zijn DNA-sequenties gespoten met een fluorescent label, bv genomisch DNA groen betekent dat je sequentie niet aanwezig is

38
Q

mRNA

A

Bevat informatie voor de productie van het eiwit

39
Q

Slide 49 H18 volledig

A

zla het proberen

40
Q

rRNA synthese

A

-rRNA: 70-80% van het total cellulaire RNA
-Bacteriën: 3 verschillende rRNAs
-Eukaryoten: 4 verschillende rRNAs
-pre-rRNA processing bij prokaryoten en eukaryoten
-S: Svedberg, sedimentatie coëfficiënt (gewicht, dichtheid en vorm)

41
Q

Eukaryotische rRNA synthese

A

-Gelijktijdige synthese van meerdere transcripten: borstelvormige structuur
-pre-rRNP = pre-ribosomaal ribonucleoprotein complex
-Verschilllende kopieën van rRNA genen liggen in tandem
-Aantal kopieën van rRNA genen: verschillend tussen species
-Niet afgeschreven spacers tussen de transcriptie eenheden

42
Q

Nucleolus organisator regio’s (NOR)

A

-Een DNA regio dat rRNA genen bevat die in tandem liggen en gelegen in de nucleolus
-Meerdere NORs kunnen op verschillende chromosomen liggen
-Meerdere NORs in 1 nucleolus
-Grootte nucleolus in correlatie met activiteit: hoge snelheid van proteïne synthese -> veel ribosomen nodig -> tot 25% van totaal nucleair volume
-Nucleolus verdwijnt tijdens mitose

43
Q

Regeling pre-rRNA processing

A

-snoRNAs: ‘small nucleolar RNAs’ zijn korte non-coding RNAs (60-300) nt hoofdzakelijk gelokaliseerd in nucleolus
-snoRNAs binden aan complementaire regio’s in pre-rRNA en coördineren de pre-rRNA processing: bv dirigeren/bepalen de plaatsen van methylering en knipping
-Methylering van de 2’OH groep ribose

44
Q

snoRNPs

A

Wordt gevormd door snoRNAs, bevatten methyltransferase

45
Q

Pre-tRNA processing

A
  1. Verwijdering van leider sequentie aan 5’
  2. Vervanging van nucleotiden op 3’
  3. Chemische modificatie van de basen
  4. Excisie van intron, een bepaalde loop in het molecuul (splicing)
46
Q

Chemische modificaties tRNA

A

-Methylering van basen bv methylcytosine
-Methylering van ribose
-Deaminering van adenine (A) geeft inosine (I) (voorbeeld van RNA editing)

47
Q

Pre-mRNA processing prokaryoten

A

-Geen processing van de meeste bacteriële mRNAs
-Polycistronische mRNAs (mRNA dat codeert voor meerdere eiwitten)
-Geen celkern
-Co-transcriptionele translatie

48
Q

Pre-mRNA processing eukaryoten

A

-Co- en posttranscriptioneel proces
-5’ capping
-Pre-mRNA splicing
-3’ polyadenylering
-RNA editing

49
Q

5’ capping

A

-Nadat de initiatie is gestart
-7-methylguanosine
-Soms methylering van de ribose van 1ste en 2de nt
-5’-5’ binding ipv 3’-5’
-Stabiliteit: bescherming tegen exonucleasen
-Belangrijk voor binding van het ribosoom

50
Q

3’ polyadenylering

A

-Polyadenylatie plaats tussen AAUAAA sequentie en G/U sequentie (= GU-rijke en/of U-rijke sequentie).
-Knipping 10-35 nt stroomafwaarts van AAUAAA seq
-Toevoeging poly(A) staart door Poly(A)polymerase (zonder template)
-3’ processing leidt ook tot terminatie van transcriptie
-Uitzonderingen transcripten zonder poly A staart

51
Q

Functie 3’ polyadenylering

A

-Bescherming tegen exonucleasen
-Betrokken bij export van mRNA uit de kern naar cytoplasma
-Betrokken bij initiatie van translatie

52
Q

Heteroduplex

A

-RNA:DNA hybride
-Het DNA is altijd de matrijsstreng
-Introns zijn daarbij de gevormde lussen

53
Q

Spliceosomen

A

-Verwijderen introns en voegen exonen samen
-Groot complex bestaande uit RNA en eiwitten = RNP (ribonucleoproteïne complex)
-5 snRNAs (U1-6 zonder 3) + >200 eiwitten
-Splicing: co- en post-transcriptioneel proces

54
Q

Assemblage spliceosomen

A

-Consensus sequenties: 5’ en 3’ splicing plaatsen
-Branch point
-Opeenvolgende binding van snRNPs op het pre-mRNA
-U1 snRNP: U1 snRNA complementair aan 5’ splice site
-U2 snRNP bindt aan branch point
-U4/U6 en U5 binden op U1 en U2 snRNPs

55
Q

Werking spliceosomen

A

-Knipping aan de 5’ splicing plaats
-5’ uiteinde van het intron bindt covalent aan 2’ OH van A van het branch point sequentie = lariat
-Knipping aan de 3’ splicing plaats
-Samenvoegen van de twee uiteinden van het exon

56
Q

Exon-junction complex (EJC)

A

-Multiproteïne complex bindt op elk nieuw gevormde exon-exon verbinding
-Heeft een rol bij: non-sense gemdieerde mRNA afbraak (NMD), mRNA export -> EJC bindt nucleaire export factor 1 (NXF1) -> export door kernporie, mRNA lokalisatie, mRNA translatie

57
Q

Puntmutatie lamine A gen (progeria)

A

Toevoeging van een nieuwe 5’ splice site op het gen waardoor 150 nt wordt verwijderd, doordat het lichaam denkt dat het een intron is

58
Q

Self-splicing RNA intronen

A

Voeren splicing uit zonder hulp van eiwitten, het intron katalyseert het splicing prces, katalytische RNAs = ribozymes

59
Q

Regulatorische eiwitten en snoRNAs

A

Binden op splicing enhancer of splicing silencer sequenties in pre-mRNAs en regelen op deze manier pre-mRNA splicing

60
Q

Exon-shuffling

A

Genetische recombinatie tussen de intronen van twee verschillende genen leidt tot genen met nieuwe combinatie

61
Q

Exon-duplicatie

A

Genetische recombinatie tussen de intronen van twee homologe genen leidt tot een exon duplicatie

62
Q

Cajal bodies

A

Rol in processing (maturatie) van snoRNAs en de snRNAs

63
Q

Nucleaire speckles

A

-Ook interchromatin granule clusters genoemd
-Rijk aan RNAs, pre-mRNA splicing factors/snRNPs en niet-snRNPs splicing factors, stockage plaats, dynamisch, heeft een rol in pre-mRNA splicing

64
Q

RNA editing

A

-Co- en posttranscriptionele veranderingen binnenin de sequentie van het (pre-)mRNA of tRNA of microRNA: inserties en deleties van 1 nt of >100, chemische modificaties
-Veranderingen niet aanwezig in het DNA
-Veranderingen kan ORF veranderen/kan start of stop codon genereren

65
Q

Bekijk slides 80-82, worden op examen gevraagd

A

Yes sir!

66
Q

DNA editing

A

Verandering van enkelstrengig DNA

67
Q

Deoxycytidine deaminase APOBEC3G

A

-Deamineert cytosine naar uracil in enkelstrengig DNA
-Antivirale factor
-APOBEC3G activiteit leidt tot G->A hypermutaties in DNA waardoor retrovirus geïnactiveerd wordt

68
Q

mRNA metabolisme

A

-Halfwaardetijd van een bepaald mRNA: tijd die nodig is om 50% van dat mRNA: <30min - 10 uur
-Pulse-chase experimenten
-mRNA hoge turnover versus rRNA/tRNA meer stabiel
-Levensduur van mRNA wordt o.a. bepaald door de lengte van de poly (A) staart en het aantal AU-rijke elementen in 3’ UTR

69
Q

Amplificatie

A

-DNA-mRNA-eiwit: sterke amplificatie (meestal 2 genen voldoende) -> bv. fibroïne eiwit
-DNA-rRNA/tRNA: minder amplificatie: meerdere kopieën

Biochemie en moleculaire biologie (13 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions