Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biochemie en moleculaire biologie > H16.2 > Flashcards

H16.2 Flashcards

1
Q

Nucleotiden per winding dubbele helix

A

10,5

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Eiwit interactie dubbele helix

A

Binden aan een specifieke sequentie in de grote groeve

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Waarom kunnen eiwitten wel grote groeves herkennen, maar niet kleine

A

In de grotere groeves zitten vier verschillende groepen, terwijl de kleine er twee heeft

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Helix-turn-helix motif

A

Herkenningshelix bindt aan de sequentie in de grote groeve, tweede helix na de turn stabiliseert door hydrofobe interactie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Structuurvarianten DNA

A

B, D en Z

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

B-DNA

A

-Meest voorkomend
-Rechtsdraaiend
-10,5 basen/winding
-Major+minor groove

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Z-DNA

A

-Z = zigzag van suiker-fosfaat ruggengraat
-Linksdraaiend
-12 basen/winding
-Langer en dunner dan B-DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

A-DNA

A

-Korter en dikker dan B-DNA
-In feite de structuur van DNA-RNA en RNA-RNA dubbele helix
-Rechtsdraaiend
-11 basen/winding
-Basen staan in hoek

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ribose probleem B-DNA

A

Door het ontbreken van een OH-groep ontstaat een sterische hindering en is B-DNA niet meer de optimale vorm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

B-DNA -> Z-DNA

A

Transiënte (tijdelijke) omzetting kan leiden tot genactivatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Supercoiling

A

Oprollen/terugdraaien van DNA om te compacteren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Positive supercoil

A

Draaiing in dezelfde richting als de dubbele helix

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Negative supercoil

A

Draaiing in tegengestelde richting als de dubbele helix

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Coil circulaire DNA moleculen

A

Steeds negatief supercoiled in vivo

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Coil lineair DNA

A

Hoofdzakelijk opgeslagen als negatieve supercoil

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Effect ontbinding H-bruggen DNA

A

Negatieve en positieve supercoiling aan beide kanten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Topoisomerase I

A

Breekt enkele zijde van een dubbele helix om supercoil om te draaien

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Topoisomerase II

A

Breekt beide zijden dubbele helix om supercoil om te draaien

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Tm (smelttemperatuur)

A

De temperatuur waarbij de helft van dsDNA enkelstrengig is

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Temperatuur renaturatie

A

-Spontaan bij verlaging temperatuur
-Gebruikt in biotechnologie met snuffelmolecule in bv FISH techniek

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

FISH

A

-Maak een probe met fluorescentie dat dsDNA is
-Denatureer het te onderzoeken DNA
-Laat het binden met de probe en voila

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Probe bij FISH techniek

A

Kan dsDNA zijn, maar ook RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hoe hoger (G+C)%, …

A

Hoe hoger de Tm, want strengen worden samengehouden dmv 3 H-bruggen ipv 2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hoe groter het gehalte naburige G en C nucleotiden binnen een DNA streng, …

A

Hoe hoger de Tm door base stacking, wat het sterkst is bij G en C samen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Hoe hoger het gehalte nucleotiden dat een correte baseparing ondergaat tussen 2 DNA strengen, …

A

Hoe hoger de Tm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Aantal baseparen bacterieel DNA

A

4,6 miljoen in tegenstelling tot de 3 miljard bij menselijk DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Eigenschappen bacterieel chromosoom

A

-Negatief supercoiled
-Gebonden aan en gewikkeld rondom kleine basische eiwitten
-gevouwen in groot aantal lussen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Baseparen in loop negatieve supercoil bacterieel DNA

A

20.000

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Nucleosoom

A

DNA + histonen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Histonen

A

Kleine basische eiwitten, het negatief geladen DNA bindt sterk aan de positief geladen histonen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Chromatine

A

DNA + eiwitten, volledig gecondenseerd chromatine is een chromosoom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Histonen/nucleosoom

A

8 histonen, wat leidt tot 146 baseparen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Linker DNA

A

DNA tussen twee histonen

34
Q

Pakkeringsgraad

A

De relatief ingekorte lengte van de DNA streng

35
Q

Histon-code

A

Combinatie van alle covalente modificaties van histon-staarten, direct of indirect effect op chromatine-compactering

36
Q

Acetylering van histonen

A

Toevoeging van acetylgroep aan histonstaarten -> verlies van + lading -> meer open chromatine

37
Q

Methylering van histonen

A

Toevoegen van methylgroep -> dichter chromatine

38
Q

Histon eiwit recrutering

A

Eiwitten met een bromodomein worden aangetrokken tot acetyl, chromodomein tot methyl -> histon-histon interacties vergroot of verkleint

39
Q

Chromatine-remodelleer complexen

A

-Bestaan uit factoren
-Verandert de organisatie en/of de positie van nucleosomen
-Werking gekoppeld met ATP hydrolyse

40
Q

Werking chromatine-remodelleer complexen

A

-Verschuiven van het DNA rondom het octameer -> herpositionering van nucleosomen
-Verwijderen van octameer -> aantal nucleosomen daalt
-Vervanging van histonen door histone varianten

41
Q

HAT

A

Histone acetyltransferase

42
Q

HDAC

A

Histone deacetylase

43
Q

KMT

A

Histone methyltransferase, methyleren lysine van histonen

44
Q

KDM

A

Histone demethylasen, demethyleren lysine van histonen

45
Q

Euchromatine vs heterochromatine

A

Euchromatine is minder compact dan heterochromatine

46
Q

Armen chromosoom

A

p-arm -> bovenste
q-arm -> onderste

47
Q

Constitutief heterochromatine

A

Deel van het DNA dat geen genen bevat en daarmee permanent heterochromatine is -> genen kunnen niet afgelezen worden

48
Q

Facultatief heterochromatine

A

Deel van het DNA dat genen bevat die tijdelijk uitgezet zijn -> reversibele heterochromatine en genen kunnen niet afgelezen worden

49
Q

Tandem repetitief DNA

A

-Ca. 15%
-Naast elkaar geplaatst

50
Q

Verspreid repetitief DNA

A

-Ca. 44%
-Uitelkaar liggend en bestaat uit verschillende transposons

51
Q

Regulier satelliet DNA (trep DNA)

A

-Totale lengte 10^5-10^7
-<10 bp/repeat
-Bv. in centromeren en telomeren

52
Q

Minisatelliet DNA (trep DNA)

A

-Totale lengte 10^2-10^5 bp
-10-100 bp/repeat

53
Q

Microsatelliet DNA (trep DNA)

A

-Short tandem repeats STR’s
-Totale lengte 10-100 bp
-1-10 bp/repeat

54
Q

VNTR

A

Variable number of tandem repeats

55
Q

Transposon

A

-Soms springende genen genoemd
-Een mobiel genetisch element dat zich kan verplaatsen in het genoom

56
Q

Replicatieve transpositie

A

Het transposon wordt gekopieerd en vervolgens geïnsereerd op een andere plaats in het genoom

57
Q

Conservatieve transpositie

A

Het transposon wordt uitgeknipt en geïnsereerd op een andere plaats in het genoom

58
Q

Indeling transposons

A

-Mechanisme van transpositie
-Intermediair: gebaseerd op de verplaatser -> DNA of retro (RNA)
-Autonomie: autonoom of niet-autonoom

59
Q

Autonome transposons

A

Transposon codeert voor alle eiwitten die nodig zijn voor de transpositie

60
Q

Niet-autonome transposons

A

Transposon codeert NIET voor de eiwitten die nodig zijn voor de transpositie

61
Q

Intermediaire transposons percentages

A

3% DNA transposons (inactief) en >40% retrotransposons (hoofdzakelijk inactief)

62
Q

LINEs

A

-Long interspersed nuclear elements
-Variant retrotransposons
-Meest voorkomende groep is LINE-1 (L1) retrotransposons -> 6000-8000 bp, ca. 500.000 (on)volledige kopieën, ongeveer 20% van humaan genoom, autonoom

63
Q

SINEs

A

-Short interspersed nuclear elements
-Meest voorkomende groep van de retrotranspsons zijn de Alu sequenties

64
Q

Alu sequenties

A

± 300 bp, ± 1 milj kopieën, ± 10% van humaan genoom, niet autonoom

65
Q

Eigenschappen humaan mitochondriaal DNA

A

-Ca. 16500 basenparen
-Circulair dsDNA, 37 genen
-5% van alle RNAs en eiwitten die nodig zijn in de mitochondria via dit DNA
-De DNA bar code (648 bp) is uniek voor elke soort

66
Q

Nucleaire periferie

A

Associatie van binnenste kernmembraan met constitutief (centromeren + telomeren) heterochromatine

67
Q

Eigenschappen kernporiën

A

-3000-4000 poriën/kern
-120 nm diameter
-Moleculen gaan in en/of uit de kern via de kernporiën

68
Q

Structuur kernporiën

A

-Een wiel aan beide kanten
-Verankerd met eiwitten in de kernenvelop

69
Q

Transport door kernporiën

A

-Zowel import als export
-Passief: diffusie, geen energie nodig, tot 9nm diameter -> diffusie van eiwitten tot ca. 30 kDa
-Actief: via transportreceptoren (importine, exportine, NTF2), energieverbruik, tot ca. 26nm diameter

70
Q

Importine bindt

A

-NLS (nucleair localisatie signaal)
-FG-nucleoporinen
-Ran-GTP

71
Q

Importine cyclus

A

1.Importine bindt NLS eiwit
2.Importine complex gaat de nucleus in via kernporie
3.NLS eiwit losgemaakt na binding Ran-GTP
4.Nieuw importine complex nucleus uit via kernporie
5.Importine complex -> Ran-GDP + Pi + importine

72
Q

GAP

A

-GTPase-activating protein
-Onder andere in cytosol dat de hydrolyse van GTP bevordert (vrijkomen van energie)

73
Q

GEF

A

-Guanine-nucleotide exchange factor
-Bevordert de Ran-GTP binding, de vrijstelling van NLS-cargo en binding van NES-cargo

74
Q

Nucleus export RNA eiwitten stappen

A

1.Exportine bindt met Ran-GTP en cargo RNA-eiwit door binding van de NES
2.Complex bindt aan FG-nucleoporinen en gaat door de kernporie
3.Complex ontbonden in cytosol in Ran-GDP + Pi + exportine + cargo RNA-eiwit
5. Exportine gaat terug de cel in door te binden aan de FG-nucleoporinen

75
Q

Nucleaire transportfactor 2 (NTF2)

A

Transporteert Ran-GDP naar de celkern

76
Q

Nucleaire matrix

A

Onoplosbaar vezelig netwerk na behandeling met detergert en nuclease

77
Q

In situ hybridisatie

A

Chromosoom territoria, variëren van cel tot cel + afhankelijk van de omstandigheden

78
Q

Nucleaire lamina

A

-Vezelvormig netwerkstructuur aan de binnenkant van het ‘inner’ nucleair membraan
-Opgebouwd uit lamine-eiwitten (vormen intermediaire filamenten) en membraaneiwitten
-Essentieel voor het in stand houden van de structuur van de celkern

79
Q

Nucleolus

A

-Subnucleaire structuur, zonder membraan
-‘Ribosoom fabriek’ van de cel
-Tot 25% van volume nucleus, afhankelijk van activiteit
-Bestaan uit fibrillen (rRNA synthese en pre-rRNA processing) + granulen (assemblage van (pre-)ribosomale subeenheden)

80
Q
A

Biochemie en moleculaire biologie (13 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions