Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biochemie en moleculaire biologie > H17 DNA replicatie > Flashcards

H17 DNA replicatie Flashcards

1
Q

Celcyclus

A

M-fase + interfase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Interfase

A

G1 + S + G2 fasen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Mogelijke mechanismen DNA replicatie

A

-Semiconservatief: iedere nieuwe streng krijgt een van de strengen van de moederstreng
-Conservatief: Een van de dochterstrengen is de moederstreng en de ander een ‘kloon’
-Verspreid

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Densiteits-gradiënt-centrifugatie

A

Ieder organel heeft zijn eigen dichtheid, waardoor in een centrifuge de organellen in verschillende lagen gezien kunnen worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

DNA replicatie bij bacteria

A

-Replicatie in aanwezigheid van 3H-thymidine; detecterbaar via autoradiografie
-Theta-replicatie begint in AT-rijke regio (Origin of replication) en verloopt bidirectioneel via twee replicatievorken
-Replicatie gekoppeld aan splitsing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Replicatie bij eukaryoten

A

-Ca. 20.000 ORIs (in gist: ARS = Autonomously Replicating Sequence)
-Replicons (replicatie-eenheden): replicatie-bubbels en twee replicatievorken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Initiatie DNA replicatie bacteria

A

1.DNA-A bindt aan 9-meer sequenties van de ORI, hetgeen leidt tot ontwinding van 13-meer sequenties
2.SSB (single-strand binding protein) voorkomt re-hybridisatie
3.DnaB (DNA helicase) gerecruteerd via DnaC: laat bidirectionele replicatie toe

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Vorming pre-replicatie complex

A

1.ORC (origin of recognition complex) bindt aan ORI
2.Helicase-laders binden aan ORC
3.Recrutering van MCM (minichromosome maintenance) complex (helicase)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Intitiatie van DNA replicatie eukaryoten

A

-Vorming van pre-replicatie complex
-Vorming pre-replicatie complex op de ORI tijdens de G1-fase van de celcyclus, gekend als replicatie-licentie
-In begin S-fase omvorming tot ‘replicatie complex’ door recrutering bijkomende eiwitten in het begin van de S-fase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Timing DNA replicatie

A

-Replicatie: 2000 (eukaryoten) - 50.000 (prokaryoten) basen/minuut
-Lengte S-fase = bepaald door aantal replicons + snelheid van activatie pre-replicatie complexen
-Niet alle pre-replicatiecomplexen gelijktijdig geactiveerd: euchromatine eerder gerepliceerd dan heterochromatine (5-bromo-deoxyuridine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

DNA synthese is gekoppeld aan …

A

de hydrolyse van fosfo-anhydride bindingen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

DNA polymerase

A

Verlengt een DNA streng aan de 3’ OH uiteinde maar kan geen keten starten de novo, katalyseert de vorming van fosfo-diesterbinding

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Klasse DNA polymerase

A

Transferasen enzymen (EC2)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Polymerasen in prokaryoten en eukaryoten

A

Twee in prokaryoten en vier in eukaryoten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Varianten DNA polymerasen

A

-Initiator eiwitten
-I
-III
-α
-γ
-δ
-ε

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Richting DNA replicatiie

A

Begint op een OriC en gaat vervolgens beide kanten tegelijkertijd op, op meerdere punten in het DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Exonuclease

A

Verwijdert een foute nucleotide uit de streng

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Foutenmarge DNA polymerase

A

1/100.000 en wordt 1/10.000.000 dankzij exonuclease

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Proeflezing polymerase van streng

A

Als foutieve nucleotide wordt opgemerkt, dan draait de streng in de active site van exonuclease en na verwijdering weer terug in de palm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Primase in bacteria

A

Synthetiseert RNA primers met DNA las matrijs, dr RNA synthese is de novo, primase + helicase vormen primosoom in bacteria

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

DNA polymerase III in bacteria

A

Verlengt de RNA primer aan de 3’ uiteinde met DNA (DNA synthese 5’->3’)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

DNA polymerase I in bacteria

A

-Verwijdert de RNA primers via 5’->3’ exonuclease activiteit
-Voert proofreading uit via 3’->5’ exonuclease activiteit
-Vult de gaten via 5’->3’ DNA synthese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

DNA ligase in bacteria

A

Verbindt de 5’ en 3’ uiteinden, katalyseert de vorming van een fosfo-diesterbinding, verbruik van ATP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Replisoom in bacteria

A

-Alle eiwitten die een rol spelen in DNA replicatie, laat coördinatie toe tussen leidende en navolgende streng
-Klemproteïne nodig voor laden van DNA polymerase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

DNA replicatie eukaryoten

A

-Gelijkaardig aan replicatie bij prokaryoten
-Klemproteïne (PCNA) bij eukaryoten recruteert DNA polymerase δ
-Verschilpunt tov: prokaryoot: verwijderen van RNA primers door endonuclease RNAse H (DNA-RNA duplex specifiek) en exonuclease FEN1
-Replicatie-fabrieken dicht bij kernmembraan
-Chromatine-remodelleer complexen: bv. laterale verschuiving histonen complexen (repositionering nucleosomen)
-Probleem van replicatie van chromosoom uiteinden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Telomerase

A

-Komt tot expressie in sneldelende cellen (dus niet elke cel)
-Is een RNP met het RNA de matrijs voor verlengingn telomeren, heeft dus reverse transcriptase activiteit
-Mutatie van complex geassocieerd met versnelde veroudering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Endogene factoren mutaties

A

-Replicatiefouten
-DNA polymerase activiteit, fouten na prooeflezing
-Tautomeren van ringbasen -> verkeerde basenparing tijdens replicatie
-Replicatie an een stukje DNA tweemaal (strand slippage) in repitief DNA
-Spontane chemische modificaties aan basen zoals depurineringen, deamineringen en oxidatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Externe factoren mutaties

A

-Chemische mutagenen -> ringbase-analogen, ringbase-modificerende agentia, intercalerende agentia
-Fysische mutagenen: straling -> UV en röntgenstralen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Tautomeer

A

zeldzame resonantiestructuur van ringbasen (omkeerbare verplaatsing van H-atoom)

28
Q

Effect tautomeer

A

Tautomeren leiden tot DNA mismatch -> geen Watson-Crick basenparing -> leidt tot mutatie tijdens replicatie

29
Q

Stappen hairpin loop repeats

A

Voorwaarde: repeat van een bepaald triplet zoals CAG
1.Polymerase vormt de dochterstreng
2.Tijdens de synthese gaat de dochterstreng los en weer vast, wat leidt tot de vorming van een hairpin
3.Polymerase ‘glitcht’ en voegt extra repeats toe door de hairpin

30
Q

Depurineringen

A

Verlies van een purine base -> spontane hydrolyse van een glycoside binding, 1000den keren/cel/dag, resulteert in base-vrij deoxyribose-fosfaat (=’AP’ site)

31
Q

Effect polymerase bij ‘apurine’

A

Meestal een A toevoegen aan de dochterstreng

32
Q

Deamineringen

A

Spontane hydrolyse van aminogroep, ca. 100/cel/dag (C->U->A)

33
Q

‘AP’ site

A

apurine of apyrimidine

34
Q

Reactieve zuurstofsoorten

A

-Ook wel ROS
-Leidt tot oxidatie van basen (guanine -> oxoguanine)
-Bv. waterstofperoxide of superoxide anion

35
Q

Ringbase-analogen mutatie

A

Een ringbase die genoeg lijkt op eentje van het RNA of DNA om het te vervangen in de streng

36
Q

Base-modificerende agentia mutatie

A

Bv. aflotoxine: leidt tot depurinering tgv verzwakking binding met deoxyribose, sommige agentia blokkeren DNA polymerase

37
Q

Intercalerende agentia mutaties

A

Induceren deleties of invoegingen in DNA

38
Q

UV-stralen mutaties

A

Leidt tot thymine-dimeren -> blokkeren replicatie-machinerie en kunnen leiden tot DNA breuken

39
Q

Röntgen en radioactieve straling mutaties

A

Ioniserende stralingen die nogal schadelijk zijn voor het DNA

40
Q

Initiator eiwitten

A

-Zowel eukaryoten als bacteria
-Binden aan OriC and initiëren het ontwinden van DNA dubbele helix

41
Q

DNA polymerase I

A

-Bacteria
-DNA synthese 3’->5’; exonuclease (proofreading) 5’->3’; exonuclease verwijdert en vervangt RNA primers; functioneert ook in uitsnijding beschadigd DNA

42
Q

DNA polymerase III

A

-Bacteria
-DNA synthese; 3’->5’ exonuclease (proofreading); gebruikt in synthese van beide DNA strengen

43
Q

DNA polymerase α

A

-Eukaryoten
-Nucleair DNA synthese; vormt complex met primase en start DNA synthese bij 3’ eind RNA primers voor leidende en volgende streng (rol in DNA reparaties)

44
Q

DNA polymerase γ

A

-Eukaryoten
-Mitochondriaal DNA synthese

45
Q

DNA polymerase δ

A

-Eukaryoten
-Nucleair DNA synthese; 3’->5’ exonuclease (proofreading); heeft een in synthese van beiden strengen (DNA reparaties ook)

46
Q

DNA polymerase ε

A

-Eukaryoten
-Nucleair DNA synthese; 3’->5’ exonuclease (proofreading); men denkt dat het een rol heeft bij synthese DNA strengen (ook DNA reparaties)

47
Q

Fotolyase

A

-Prokaryoten en sommige eukaryoten; met energie van zichtbaar licht
-Gereduceerde FADH- geactiveerd door licht en functioneert als een elektron donor om de pyrimidine dimeer te breken
-Fotolyase aanwezig in sommige zonnecremes

48
Q

‘Base excision repair’ (BER)

A

-DNA glycosylase verwijdert gemodificeerde base
-Endonuclease verwijdert de AP deoxyribose
-DNA polymerase plaatst een nieuwe nucleotide
-Ligase lijmt de bindingen aan elkaar

49
Q

Waarom DNA thymine ipv uracil

A

Cytosine kan veranderen in uracil door deaminering, als uracil natuurlijk zou zijn, dan kon BER niet werken

50
Q

‘Nucleotide excision repair’ (NER)

A
  1. UVR-AB herkent afwijking in helix structuur
    2.UVR-C (endonuclease) katalyseert een 5 en 3’ knip
    3.UVR-D (helicase) bindt aan de streng en helpt met ontbinding kapotte streng en DNA polymerase vult het gat
  2. Ligase doet zijn ding
51
Q

Kenmerken NER

A

-Herstel thymine dimeren
-NER ook gebruikt voor herstel van transcriptie-stop door gemodificeerde basen: ‘transcription-coupled repair’ -> legt uit waarom actieve genen sneller hersteld worden dan heterochromatine

52
Q

‘Mismatch repair’

A

1.MutS herkent foutieve basenparing
2.MutH herkent gemethyleerde moederstreng en kerft de dochter streng
3.Nieuwe streng wordt verwijderd and vervangen tussen kerf en mismatch

53
Q

Prokaryoten vs eukaryoten mismatch repair

A

Bij eukaryoten gaat het via de okazaki fragmenten ipv de gemethyleerde groep van de moederstreng

54
Q

Gebruik translesie synthese

A

-Geen echt foutenherstel
-Bij ernstige, niet onmiddelijke herstelbare beschadiging van de matrijs streng

55
Q

Translesie synthese

A

Slide 60 H17

56
Q

Herstel dsDNA niet homologe ‘end-joining’ (NHEJ)

A

1.Herkenning breuk door Ku80 en Ku70
2.Inwerking exonucleasen
3.DNA-ligase werking

57
Q

Kenmerken NHEJ

A

-Niet foutenvrij: verlies van nucleotiden
-Enkel tijdens G0/G1 fase wanneer chromosomen nog niet zijn gerepliceerd
-Treedt ook op bij verlies van telomeren en kan tot chromosoomfusie leiden

58
Q

Herstel dsDNA ‘Synthesis dependent-strand-annealing (SDSA)

A

1.Dubbele breuk herkend, nuclease trimt uitendes 5’ einde
2.Streng invasie ontstaat naar homologe streng, D loop gevormd
3.DNA synthese vult missende regio’s, D loop migreert
4.Streng ontbindt van homologe streng
5.DNA synthese vult de rest in

59
Q

Kenmerken SDSA

A

-Foutenvrij herstel
-Tijdens en na S-fase

60
Q

Herstel dsDNA homologe recombinatie (HR)

A

1.Exonuclease trim van 5’ eindes
2.Streng invasie van beide strengen, homoloog naar origineel en andersom
3.DNA synthese vult missende regio’s
4.Vorming Holliday junctions (overlap van invasie)
5.Resolutie Holliday junctions, crossing over kan plaatsvinden

61
Q

Kenmerken HR

A

-Tijdens en na S-fase
-Foutenvrij herstel

62
Q

Crispr/Cas9

A

Vanaf slide 71 H17

63
Q

HR tijdens meiose geïnitieerd door ds-breuken

A

1.Spo11 (endonuclease) knipt DNA en leidt tot rekrutering van enzymen die site trimmen
2.Rad51 en andere eiwitten vormen DNA/eiwit filamenten
3.DNA/eiwit filamenten zorgen voor streng invasie
4.Streng invasie maakt D loop bij eerste heteroduplex regio
5.Streng extensie verplaatst D loop, paart met complementaire ssDNA om tweede heteroduplex te vormen
6.Streng extensie en ligase
7.Dubbele Holliday junction vorm na kerf is verzegeld, chromosomen bevatten verschillende heteroduplexen

64
Q

Insertie DNA in een nieuwe locatie

A

-Katalyse door transposase
-DNA repair door bacteriële enzymen: DNA polymerase + ligase
-‘target-site’ duplicatie

65
Q

Stappenplan retrotransposons 1

A

1.Transcriptie door RNA polymerase II van gastheer
2.Translatie: synthese van een eiwit dat endonuclease en reverse transcriptase activiteit heeft
3.Binding op de nieuwe locatie in het genoom

66
Q

Stappenplan retrotransposons 2

A

4.Endonuclease knipt in 1 van de DNA strengen
5.RNA hybridiseert met stukje enkelstrengig DNA, dient als primer voor synthese van eerste DNA streng door reverse transcriptase
6.Knipping van de tweede DNA streng op de plaats van integratie, synthese van de tweede DNA streng, integratie en DNA repair

67
Q

Het effect van de transpositie hang af van

A

de plaats van insertie in het genoom, het celtype en het type transposon

68
Q

Functie transposons

A

Bijdrage tot de evolutionaire variabiliteit:
-Insertie van retrotransposons in een gen kan leiden tot (in)activatie
-Retrotransposons bevorderen homologe recombinatie dat kan leiden tot exonshuffling of exonduplicatie

Biochemie en moleculaire biologie (13 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions