F9: Proteinfoldning og stabilitet Flashcards
Hvad betyder denaturering?
Tab i 3D-struktur i så høj grad, at funktionen mistes. Ikke nødvendigvis helt udfoldet. Medfører ofte udfældning, når der dannes aggregater.
Hvordan er udfoldning en kooperativ proces?
Udfoldning af en del destabilieserer andre dele af proteinet.
Hvordan kan proteiner denatureres?
Med organiske opløsningsmidler som alkohol eller acetone, pH, temperatur, urea eller guanidiniumklorid, detergenter
Hvordan påvirker organiske opløsningsmidler, urea og detergenter et protein? Og hvordan gør pH?
De interfererer med de hydrofobe interaktioner ved at gøre dem opløselige, og urea interfererer også med H-bindinger. Når proteinet er denatureret, eksponeres mere overflade, og denaturanten kan lave flere interaktioner.
pH-ændringer ændrer på ladninger, der også påvirker H-bindinger.
Hvad er Levinthals paradox?
Der er for mange kombinationsmuligheder hvad angår proteiners konformation i forhold til, hvor hurtigt foldning forefår. Der må derfor være genveje.
Ud fra hvad kan proteinet renaturere?
Primærstrukturen (dog ikke hvis der har været zymogen-form)
Hvad betyder det, at foldning er hierarkisk?
Hvordan sker foldning?
At lokale sekundærstrukturer dannes først, evt. guidet af sterisk hindring og ioniske interaktioner mellem aa-rester, der sidder tæt på hinanden i sekvensen.
Herefter kan sekundærstrukturer gå sammen, og hydrofobe interaktioner er med til at danne kernen. Herved dannes domæner
Hvad er funktionen af ustabile områder?
Proteinet kan ændre konformation mellem to eller flere states.
Hvad er chaperoner?
Proteiner, der interagerer med delvist foldede eller forkert foldede proteiner og faciliterer korrekt foldning, fx ved at stille favorable mikromiljøer til rådighed for proteinet.
Hvilke typer chaperoner findes der? Hvad er deres karakteristika?
Hsp70-familien (Mr=70.000), heat shock proteins, især i celler, der er stresset af høje temperaturer. Binder til polypeptider, der har mange hydrofobe rester (nyfoldede, dem der ikke skal folde foreløbig og dem, der risikerer at denaturere). Kræver ATP og andre proteiner. Beskytter mod dannelse af/fjerner aggregater.
Chaperoniner består af multisubunit-ringe, der danner to rum, hvor et udfoldet protein kan finde på en hydrofob overflade, hvorefter der “lægges låg på”. Under ATP-hydrolyse ændrer chaperoninen form, og proteinet kan folde uden at danne aggregater og uden at prøve alle funktioner, fordi der ikke er meget plads.
Hvilke to enzymer kan hjælpe proteiner med at folde?
Protein disulfid isomerase (PDI): Shuffler svovlbroer
Peptid prolyl isomerase (PPI) interkonverterer cis-transisomerer af Pro.
Hvad er en amyloid-fiber?
Et ellers opløseligt protein, der normalt udskilles af celler, udskilles i misfoldet form og bliver extracellulær amyloid-fiber. En del af kernen danner betasheet, før resten når at folde rigtigt. beta-sheets fra forskellige fibre danner amyloidfibriller, der lagres ekstracellulært og føres til amyloidose (foldningsrelaterede sygdomme). Ofte meget beta-sheet-struktur vinkelret på fibren med mange aromatiske rester.
Hvad er UPR?
Unfolded protein response - fremkommer, når der syntetiseres for mange proteiner i forhold til, hvad ER kan folde, og ufoldede ophobes.
Transkriptionelle regulatorer øger antallet af chaperoner og sænker synteseraten. Amyloidaggregater kan fjernes ved lysosomet eller ubiquitin-proteasomet.
Hvordan foldes amyloidfibre?
Et protein, der indeholder et betasheet-segment folder delvist og associerer med betasheet-segmenter fra andre proteiner og danner “kernen”
Hvis ΔG’* er negativ, er K’eq…?
Og hvorfor?
større end 1 - fordi reaktionen er exergon, er der spontan reaktion i retning mod produkterne
