Dem på quizlet som en tidligere årgang har lavet

Question 1

Hvad er pKr for His?

Answer 1

6.00

Question 2

Hvad er pKr for Asp?

Answer 2

3.65

Question 3

Hvad er pKr for Glu?

Answer 3

4.25

Question 4

Hvad er pKr for Tyr?

Answer 4

10.07

Question 5

Hvad er pKr for Lys?

Answer 5

10.53

Question 6

Hvad er pKr for Arg?

Answer 6

12.48

Question 7

Hvad er pKr for Cys?

Answer 7

8.18

Question 8

Hvad er Lambert-Beers lov?

Answer 8

log(I0/I) = A = εcl

hvor ε er ekstriktionskoefficienten, l er tykkelsen af cuvetten og c er koncentrationen.

Question 9

Ved hvilken bølgelængde absorberer Phe UV-lys?

Answer 9

253 nm

Question 10

Ved hvilken bølgelængde absorberer Trp UV-lys?

Answer 10

281 nm (dette er desuden den stærkeste UV-absorberende aminosyre)

Question 11

Ved hvilken bølgelængde absorberer Tyr UV-lys?

Answer 11

275 nm (dog 293 nm ved høj pH)

Question 12

Hvilke aminosyrer er gode nukleofiler?

Answer 12

Cystein og histidin.

Question 13

Hvordan kan svovlbroer brydes?

Answer 13

Enten ved oxidation til sulfonsyre eller ved reduktion under brug af DTT (stærk reduktant).

Question 14

Hvilke aminosyrer indgår typisk i alfa-helix?

Answer 14

Ala, Leu, Lys og Glu.
Prolins rolle kan diskuteres. Pro indgår aldrig i beta-sheets pga. sine begrænsede phi- og psi-vinkler, og derfor kan den favoriserer alfa-helix. I transmembrane segmenter kan det desuden være en fordel, fordi den efterlader en uparret carbonyl-gruppe, som kan interagerer med et vandigt miljø. Desuden giver den et karakteristisk knæk, som kan give anledning til cis-konformationer i backbone.

Question 15

Hvilke aminosyrer indgår typisk i beta-sheets?

Answer 15

Aminosyrer der er forgrenede på beta-carbon, dvs. Thr, Ile og Val.

Question 16

Hvor lang er én rotation i en alfa-helix?

Answer 16

1.5 Å.

Question 17

Forklar hvordan alfa-helix kan stabiliseres.

Answer 17

Hydrofobe dele kan begraves i helicens indre - herunder også Van der Waals interaktioner.
Interaktioner med helix som en dipol, herunder capping.
Hovedkædeinteraktioner i form af hydrogenbindinger.
Solvatisering - man ønsker ikke at lade de yderste aminogrupper og carboxylsyregrupper skærme af hydrofobicitet.

Question 18

Forklar hvorden et CD spektrum kan bruges.

Answer 18

Et CD spektrum måler absorptionen i kromoforer ved belysning med UV-lys. I dette intervl er det peptidbindingerne, der absorberer lys. Disse er definerende gennem deres vinkler (jævnfør Ramachandran plot) for sekundærstrukturen i et protein, hvorfor man kan opnå information om denne.

Question 19

Hvor absorberer alfa-helix UV-lys i et CD spektrum?

Answer 19

• bånd ved 208 nm

+ bånd ved 192 nm

Question 20

Hvor absorberer beta-sheet UV-lys i et CD spektrum?

Answer 20

• bånd ved 216 nm

+ bånd ved 195 nm

Question 21

Hvor absorberer random coil UV-lys i et CD spektrum?

Answer 21

• bånd ved 200 nm

+ bånd ved 212 nm

Question 22

Hvad plottes i et CD spektrum?

Answer 22

Δε mod bølgelængden i nm.
ε er definerer som absorptionen over koncentrationen og altså dermed hældningen på klassisk afbildning af Lambert-Beers lov.

Question 23

Hvad er paraloger?

Answer 23

Varianter af det samme protein, opstået på grund af genduplikation.

Question 24

Hvad er ortologer?

Answer 24

Den samme variant af et protein i forskellige arter.

Question 25

Hvorfor er antiparallele beta-sheets mere stabile end parallelle?

Answer 25

Strukturen er holdt sammen af hydrogenbindinger. Hydrogenbindinger er stærkt afhængige af bindingsvinklen, og den er vinkelret i antiparallelle sheets, mens den i parallelle har en vinkel - hvilket giver mindre stabilitet.

Question 26

Hvad er et beta-turn?

Answer 26

Et 180° “sving” i peptidkæden, som indeholder Pro eller Gly - Pro giver knækket + cis konformation, mens Gly er lille og har derfor ikke sterisk hindring.
Et turn består af 4 aminosyrerester, hvor rest-1 og rest-4 hydrogenbinder.

Question 27

Hvor lang er 1 aminosyrerest i en alfa-helix?

Answer 27

1.5 Å

Question 28

Hvor lang er 1 aminosyrerest i et beta-sheet?

Answer 28

3.25 Å

Question 29

Definér et domæne.

Answer 29

En kompakt, semi-uafhængig del af en subunit. Et domæne kan beskrives ved dets fold (omkring 100 aminosyrer, da en hydrofob kerne kræver en vis længde)

Question 30

Definér et motiv (supersekundær struktur)

Answer 30

Et genkendeligt foldningsmønster bestående af flere sekundærestrukturer. Eksisterer sjældent alene (et motiv kan blive så stort, at det bliver et fold). Motiver er typisk ikke større end 3 sekundærstrukturer.

Question 31

Giv et par eksempler på motiver.

Answer 31

Greek key, beta-alfa-beta loop, beta-hairpin osv.

Question 32

Definér et modul

Answer 32

Modulære proteiner består af en gentagende sekvens af en eller få domæner inden for samme polypeptidkæde. Alle moduler er domæner, men ikke alle domæner er moduler. Modulerne har ikke nødvendigvis samme sekvens, fordi fold ikke afhænger af aminosyresekvens.
Hvorfor sker det? Genduplikation. Divergens, så de ikke er ens. Det er smart, fordi det har større kapacitet.

Question 33

Definér et fold.

Answer 33

Refererer til en genkendelig rumlig struktur og arrangement af flere sekundærstrukturer. Dette kan være en supersekundærstruktur, men ikke alle fold i et protein tilhører en bestemt supersekundærstruktur.

Question 34

Giv et par eksempler på fold.

Answer 34

4-helix bundle, beta-barrel.

Question 35

Definér tertiær struktur.

Answer 35

Den overordnede tredimensionelle ordning af et enkelt, men helt, polypeptid. Kan bestå af flere fold og flere domæner, samt mange motiver.

Question 36

Definér kvaternær struktur.

Answer 36

Den struktur, som to eller flere polypeptidkæder (subunits) indgår i for at danne et nativt protein.

Question 37

Definér et loop.

Answer 37

Et udefinebart område, som ikke antager regulære sekundærstrukturer, men forbinder dem.

Question 38

Angiv interne vekselvirkninger i et protein, og hvordan de aftaler med r.

Answer 38

• Polære rester aftaler med 1/r^2.

- Hydrogenbinding (

Question 39

Hvad er nuclear overhauser effect (NOE), og hvad kan det bruges til?

Answer 39

NOE afslører H indbyrdes placering. Ethvert cross peak svarer til hydrogenatomer

Question 40

Hvordan vurderes akkurathed og præcision i NMR?

Answer 40

Præcision: rmsd. Kig på de ca. 20 aminosyresekvenser, som man har fået fra NMR og sammenlign, hvor meget de ligner hinanden. (den skal gerne være lav).

Upræcis betyder ikke dårlig struktur, fordi proteinerne ikke nødvendigvis er statiske - de bevægelige dele kan meget vel være essentielle for proteinet. Størrelsen på et atom er ca. 1 Å, så hvis rmsd er lavere end det, så er det godt.

Akkurathed: Overensstemmelse mellem model og eksperimentelle data → overtrædelser af restraints (afstandsbegrænsninger, vinkelbegrænsninger). En akkurat struktur må have 0 overtrældelser >0,5 Å.

Question 41

Hvordan bruges røntgen krystallografi?

Answer 41

Røntgenstråler genererer et diffraktionsmønster, som angiver elektrontætheden. Det er elektronernes afbøjning af røntgenstråler. Der gives amplitude og bølgelængde ud fra diffraktionsmønstret. Man kender IKKE fasen, som man skal bruge til de matematiske beregninger i FT.

Question 42

Forklar faseproblemet.

Answer 42

Fasen er røntgenstråling idet den rammer, fordi den kun rammer ét punkt på bølgen. Faser er atomare koordinater. Fasen skal kendes for at kunne udføre Fourier transformationer.

Question 43

Beskriv forfining/refinement (ifm røntgen)

Answer 43

Det er computermanipulationer, som tilpasser sin peptidkæde til elektrontætheden, hvori man sikrer phi og psi vinkler. Der kan ikke ligge atomer uden elektrontæthed.

Question 44

Benævn og forklar akkurathed og præcision inden for røntgen.

Answer 44

R-faktor: Et mål for konsensus mellem krystallografi-modellen og de eksperimentelle røntgen diffraktionsdata. Det er et mål for, hvor godt den forfinede struktur forudsiger det observerede data. Dette er accuracy. R er bedst omkring 0, men den ligger tit på 20 % (0,2).

B-faktor: tager højde for temperaturen, idet atomer vibrerer, og derfor kan man ikke vide sig sikker på, hvor de er. Det er altså variationen i position OGSÅ inden for et krystal, selvom den optages ved meget lave temperaturer. Dette er præcision. Den skal være så lille som mulig, men den er tit 20 Å^2. Ikke så gerne over 40 Å^2. Upræcis betyder ikke dårlig, fordi proteinerne ikke nødvendigvis er statiske.

Question 45

Forklar quantum yield.

Answer 45

Forholdet mellem antallet af fotoner udsendt i forhold til hvor mange fotoner, der optages. Det er ikke alt absorption, der kommer ud som emission.

Question 46

Forklar quenching.

Answer 46

Den forskydning af det emitterede lys’ bølgelængde (i fluorescens), som skyldes ændringer i det omgivne miljø. Eksempelvis vil man i hydrofilt miljø observere, at de exciterede molekyler indgår i dipol-dipol vekselvirkninger med vandet, hvorfor man vil se en rødforskydning.

Question 47

Hvad betyder det, at K_I er stor?

Answer 47

Eftersom AppKm = =α*Km og α=1+[I]/K_I, så fremkommer det, at en stor K_I medfører lille α, og dermed binder hæmmeren dårligt til enzymet.

Question 48

Hvordan sænker enzymer aktiveringsenergien?

Answer 48

Ved at stabilisere transition state.