F10: Protein-ligand-interaktioner 1 Flashcards
Hvad er immunoglobuliners overordnede funktion?
Hvordan dannes de?
At binde til vira, bakterier eller fremmede molekyler og gøre dem til mål for makrofager, der genkender Fc-delen af immunoglobuliner.
De produceres af B-celler, og deres store variation skyldes, at gensegmenter blandes og samles i forskellige kombinationer.
Hvad er antigener og hvordan angribes de af antistoffer?
Stoffer, der kan fremkalde et immunrespons.
Antigener genkendes af antistoffer, fx kan overfladeproteiner ofte genkendes. Ofte genkendes komplekse antigener af flere forskellige antistoffer, der hver især binder til én bestemt struktur (fx hver sit overfladeprotein).
Hvad er en epitop/antigentisk determinant?
Den bestemte molekylære struktur, som et antistof binder til, fx 7 aa-rester eller 7 sukkermolekyler. Et antigen kan have flere. Binding af et antistof gør næste binding lettere.
Hvad er haptener?
Små molekyler, der normalt ikke udløser antistofrespons, men som kan gøre det, hvis de bindes til større molekyler.
Hvordan er et IgG-molekyle opbygget?
To lette og to tunge kæder er bundet sammen med svovlbroer. De to tunge er de længste, og de er bundet sammen i “roden”. De to tunge kæder skilles ad og danner en Y-form. I hver gren bindes den tunge kæde til en let kæde. Hver kæde er lavet af identificerbare domæner. De konstante domæner er: De tre nederste domæner i hver tung kæde og det nederste i hver lette kæde. De konstante domæner udgør immunoglobulin-folden. Det yderste domæne for hver kæde er variabelt, og en del af det er hypervariabelt, dvs. den komplementaritetsbestemmende region.
Hvad gør papain?
Hvad gør mercaptoethanol?
Papain: Skiller immunoglobuliner ad i Fc (rod) og Fab (grene)
Mercaptoethanol: Reducerer svovlbroer og skiller ad i L og H-kæder.
Hvilke typer kæder er κ og λ?
κ og λ (kappa og lambda) er lette kæder, der går igen i alle klasser af immunoglobuliner.
Hvad afgør immunoglobuliners specificitet?
De hypervariable loops (3 fra VH og 3 fra VLi det antigenbindende site. De skal være komplementære for antistoffet ift. fx hydrofobicitet, ladninger og form.
Komplementariteten øges, når antistof og antigen begynder at interagere og påvirke hinanden.
Hvor godt binder antistoffer og antigene
Godt - Kd på 10^-10 M (lav Kd er god binding)
Hvad betyder monoklonale og polyklonale antistoffer?
Monoklonale: Ens, produceret af kloner af samme B-celler
Polyklonale: Forskellige epitoper genkendes, produceret af forskellige B-celler.
Hvordan fungerer Western Blot?
Proteiner, der er adskilt med gelelektroforese overføres vha. en spændingsforskel til en nitrocellulosemembran, der blokeres, behandles med antistof til det relevante protein, anistof til antistof og substrat til antistof-2’s reaktion, hvorved massen for det ønskede protein kan estimeres og små mængder kan detekteres.
Hvilke tre elementer indgår i signaltransduktion via GPCR?
En receptor i plasmamembranen med 7 transmembrane regioner
Et G-protein, der kan være på aktiv og inkativ form
Et enzym eller en ionkanal, der kan reagere på det aktiverede G-protein.
Hvordan foregår et signal via en GPCR?
G-proteinet stimuleres af den aktiverede receptor og en del af det dissocierer fra receptoren og binder til og aktiverer effektorenzymet, som danner den sekundære messenger. Efter lidt tid inaktiverer G-proteinet sig selv.
Hvad er agonister og antagonister?
Agonister er strukturelle analoger af ligander, der kan binde til recceptorer og give respons. Antagonister giver ikke noget respons, selvom de binder til receptoren.
Hvordan aktiveres kinaser ofte?
En second messenger flytter et autoinhibitorisk domæne.
Hvordan amplificeres et signal på en G-protein-koblet receptor?
Et hormon binder til receptoren, der associerer med mange G-proteiner, et af gangen. Hvert af disse aktiverer en adenylat cyclase, der omdanner mange ATP til cAMP.
Hvad betyder desensitization?
At et system bliver mindre følsomt over for dets aktivator efter længere tids signalering.
Hvornår dissocierer et adrenalin-molekyle fra receptoren?
Når koncentrationen af hormon er lavere end Kd.
Hvad gør et GTPase?
Inaktiverer et signal fra G-proteiner ved at omdanne GTP til GDP
Hvad er forskelle og ligheder mellem homo- og heterodimerer og krystalstrukturer?
Lighed: Non-kovalente interaktioner
Forskel i specificitet. Krystalstrukturer repræsenterer ikke nødvendigvis biologiske systemer.
Hvilket evolutionært pres kan der være på monomerer til at danne oligomerer?
Det kan være en fordel med reduceret overflade, øget stabilitet, nye funktioner
Hvordan er et typisk heterodimert kompleks?
To forskellige subunits, der folder separat og har hver deres funktion. Associerer ved særlige betingelser
Hvordan udregnes SASA (solvent accesible surface area)?=
B=SASA(subunit)+SASA(subunit2)-SASA(kompleks)
Det kan udregnes ved at trille et vandmolekyle over proteinet
