F4: Tertiære og kvaternære fold, proteiners fysik Flashcards
Kan svage interaktioner forstærke hinanden?
Ja. Eksempel: Hydrofobe interaktioner samler mange hydrofobe aa-rester på lidt plads, hvilket øger van der Waals-kræfterne.
Hvilken rolle kan Pro have, hvis den befinder sig i en alfahelix (hvilket sjældent sker)?
Laver et knæk - det kan være vigtigt for strukturen, fx for at kunne pakke helices tæt
Hvilke principper gælder for globulære proteiners tertiærstruktur?
Tæt pakket, hydrofobt indre, hydrogenbindinger og nogle ioniske interaktioner
Hvad er et motiv/en supersekundær struktur?
Et genkendeligt arrangement af flere sekundærstrukturer og deres forbindelser
Hvad er et fold?
Overordnede foldning af sekundærstrukturer, der kan indeholde en eller flere motiver. Globalt arrangement af sekundærstrukturer. Et fold er en karakteristisk struktur, hvilket vil sige, at der er begrænset antal.
Giv eksempler på motiver/supersekundærstruktur
Fx Helix-loop-helix, greek key, beta-hairpin, beta-alfa-beta-loop
Giv et eksempel på et fold
Fx betabarrel, Rossmann fold
Hvad er et modul?
Et eller flere domæner, der gentages. Det er inden for samme peptidkæde
Hvad kan man beskrive den tertiære struktur som, hvis der kun er et fold?
Et fold
Hvad er et domæne?
Kompakt semiuafhængig enhed, der er en del af peptidkæden. Man kan dele peptidkæden, og domænerne vil ikke ændre foldning - det er altså en enhed, der kan eksistere alene og beholde tertiær struktur og funktion.
Et domæne er oftest kendetegnet ved…?
Et fold
Hvad er et loop?
Peptidkæde mellem forskellige sekundærstrukturer, der kan være statisk eller dynamisk.
Hvad er et turn?
Drejning af peptidkæden, fx mellem antiparallelle betasheet. Turns er en sekundærstruktur
Findes alfahelix og betasheets ofte i samme strukturelle lag? Hvorfor/hvorfor ikke?
Nej, da de ikke rigtig kan hydrogenbinde med hinanden
Ligger betastrenge helt lige i betasheets?
Nej, en lille drejning øger stabiliteten
Hvilke kasser inddeles proteiner efter i SCOP?
All alpha
All beta
Alpha/beta = alfa og beta blandet sammen
Alpha+beta = alfa og beta skilt ad
Hvornår er to proteiner i familie?
Når der er signifikant lighed mellem deres primærstruktur og/eller ens tertiær struktur og funktion
Hvornår er to proteinfamilier superfamilier?
Lille lighed mellem aminosyresekvenser men samme overordnede strukturelle motiv samt funktionelle ligheder
Hvad er en di-, oligo- og multimer?
Et protein med to, flere og mange subunits
Hvad er en protomer?
En enhed (bestående af en eller flere subunits) der gentages i et protein, fx alfabeta-enheden i hemoglobin. Hemoglobin er derfor en dimer af alfa-beta-protomerer
Hvilke aminosyrerester findes ofte i intrinsically disordered proteins?
Ladede (især Lys, Arg og Glu) samt Pro, da den har tendens til at ødelægge ordnede strukturer
Hvad kan funktionen af intrinsically disordered proteins være og hvordan interagerer de med andre proteiner?
At “pakke” andre proteiner ind og derved hæmme dem
De kan fungere som fyld eller forbindelse mellem proteiner/proteinsegmenter
Skraldespandsfunktion: Binde til små molekyler
De kan binde til mange forskellige proteiner pga. mangel på fast struktur. De kan antage en struktur, når de binder, men strukturen kan afhænge af, hvilket protein de binder til.