F3: Proteinevolution og proteomanalyser

Question 1

Hvad betyder det, når to gener er homologe?

Answer 1

At de deler tydelige sekvensligheder fordi de har samme oprindelse

Question 2

Hvad betyder det, når to gener er paraloge?

Answer 2

At de to gener er homologe og findes i samme art

Question 3

Kan paraloge gener have forskellig 3D-struktur og funktion?

Answer 3

De har ofte lignende struktur, men e har ofte forskellig funktion

Question 4

Hvor betyder det, når to gener er ortologe?

Answer 4

At de to gener er homologe men findes i hver deres art.

Question 5

Har ortologe gener samme funktion?

Answer 5

Oftest ja.

Question 6

Hvad betyder synteny?

Answer 6

Bevarelse af genrækkefølge

Question 7

Hvad kan analyse af primærstruktur forudsige?

Answer 7

Posttranslationelle modifikationer
Funktion
Proteiners familier
Interaktioner
Sekundær og tertiær struktur

Question 8

Hvilke metoder kan man bruge til forudsigelserne?

Answer 8

Konsensussekvens, sequence align

Question 9

Kan to gener være delvist homologe?

Answer 9

Nej - enten-eller

Question 10

På hvilken form skal proteinet være for massespektrometri er muligt?

Answer 10

Gasform

Question 11

Hvordan udregnes massen af et protein ud fra massespektrum?

Answer 11

masse = antal påsatte ladninger *((m/z) -massen af påsat ladning)

Question 12

Hvad viser et elektrospray-MS-spektrum?

Answer 12

En masse toppe med en forskel i 1 i masse og ladning

Question 13

Hvordan foregår tandem-MS?

Answer 13

En peptidopløsning sprøjtes ind i et massespektrometer (MS-1)
Et peptid vælges til analyse og fragmenteres i collision cell
m/z for hvert fragment måles i massespektrometer (MS-2)
Fragmentering af peptidbindingen resulterer i b-type eller y-type ioner, afhængig af om ladningen findes på amino- eller carboxyl-terminal siden