F6: Enzymkinetik: Steady state Flashcards

1
Q

Hvordan er sammenhængen mellem tid og koncentration for en førsteordensreaktion?

A

v=-d[A]/dt = k[A]

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvordan er sammenhængen mellem tid og koncentration for en andenordensreaktion, hvor 2A–>P?

A

v=-d[A]/dt = k[A]^2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvordan er sammenhængen mellem tid og koncentration for en andenordensreaktion, hvor A+B–>P?

A

v=-d[A]/dt =-d[B]/dt= k[A]^2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvad er enheden for k i en førsteordensreaktion?

A

/s

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvad er enheden for k i en andenordensreaktion?

A

/M/s

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvordan skal man plotte sit data fra et førsteordensforsøg, så man får en ret linje?
Og hvad er hældningen?

A

t ad x-aksen, ln[A] ad y-aksen, hældningen er -k

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvordan findes halveringstiden for en førsteordensreaktion?

A

log(½)/log(k) = t½

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvad er sammenhængen mellem [A] og [A0] for en førsteordensreaktion?

A

ln[A]=ln[A0]-kt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvad er sammenhængen mellem [A] og [A0] for en andenordensreaktion?

A

1/[A]=1/[A0]+kt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvordan skal man plotte sit data fra et andenordensforsøg, så man får en ret linje?

A

t ad x-aksen, 1/[A] ad y-aksen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvad er halveringstiden for en andenordensreaktion?

A

1/k[A0] = t½

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvad er det hastighedsbegrænsende trin i fx reaktionen A+B–>C?

A

Oftest er det dissociationen af transition state A-B-C

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvordan hænger reaktionshastighed og aktiveringsenergi sammen?

A

Reaktionshastighed aftager eksponentielt med aktiveringsenergien

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad karakteriserer enzymer?

A

Høj specificitet, god til at katalysere reaktioner - reaktionshastigheden stiger med mange størrelsesordener, fungerer i vandig opløsning under specifikke forhold (temp. og pH), påvirker ikke ligevægten og bruges ikke op

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad er et holoenzym?

A

Enzymet på komplet katalytisk aktiv form, dvs. med eventuelle co-faktorer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad er et apoenzym?

A

Proteindelen af et funktionelt enzym

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvad er oxidoreduktaser? Hvilke klasser findes der?

A

Enzymer, der katalyserer redoxreaktion, dvs. overførsel af H eller hydridioner
Der findes oxygenase, oxidaser, peroxidaser og dehydrogenaser.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad er transferaser?

A

Enzymer, der flytter grupper

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvad er hydrolaser?

A

Enzymer, der laver hydrolyser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hvad er lyaser?

A

Enzymer, der kløver C-C, C-O, C-N eller andre bindinger ved elimination - der dannes en ring eller et dobbeltbånd (med mindre reaktionen går modsat vej, så bliver en dobbeltbinding til en enkeltbinding, eller ringen sprænges)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hvad er isomeraser?

A

Enzymer, der overfører grupper internt i et molekyle

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hvad er ligaser?

A

Enzymer, der danner bånd ved kondensationsreaktioner, der er koblet til ATP-hydrolyse. Ikke involverende hydrolyse eller oxidation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hvad er transition state?

A

IKKE ET INTERMEDIAT, men en betegnelse for det øjeblik, hvor det er lige sandsynligt, om der dannes reaktanter eller produkt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hvilke typer interaktioner foregår mellem enzym og substrat?

A

Kovalente interaktioner og svage non-covalente interaktioner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

ΔG_B er bindingsenergien der fremkommer, når der sker dannelse af interaktioner mellem substrat og enzym. Bindingsenergien bidrager til ________ og ________

A

Specificitet og katalyse

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Hvornår er de svage interaktioner optimale?

A

I TS

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Hvilke barrierer skal overkommes af bindingsenergi for t en reaktion kan finde sted?

A

Entropi, solvation shell omkring substratet, forvrængning af substrater og korrekt placering af grupper, der skal reagere.

28
Q

Hvad er specifik syre-base-katalyse?

A

En katalyse, der bruger H3O+ elle OH- til protonoverførsel

29
Q

Hvad er generel syre-base-katalyse?

A

En katalyse, der bruger en svag syre eller base, som ikke er vand, til delvis protonoverførsel, hvilket sænker energi af TS. Reaktionshastigheden øges ved ved at sænke/hæve pH og høj csyre/cbase

30
Q

Hvilken type syre-base-katalyse finder oftest sted i enzymer? Og hvorfor?

A

Generel syre-base-katalyse, da der ikke er vand tilgængeligt i det aktive site. Reaktionshastigheden afhænger af pH

31
Q

Hvilke aminosyrer indgår ofte i syre-base-katalyse?

A

Glu, Asp, Lys, Arg, His, Ser og Tyr

32
Q

Hvad er en kovalent katalysator?

A

En katalysator med en nukleofil gruppe

33
Q

Hvad kan binding mellem metalion og substrat bidrage med?

A

Stabilisering af TS og orientering af substrat, redoxreaktioner

34
Q

Hvordan afhænger V0 af [S] for ikke-regulatoriske enzymer? (Grafisk billede)

A

Følger hyperbolsk kurve.

35
Q

Hvornår er et enzym mættet?

A

Når der er substrat nok til, at alle enzymer hele tiden er i ES-kompleks.

36
Q

Hvad er steady state?

A

Det tidspunkt, hvor [ES] er konstant

37
Q

Hvordan ser Michaelis-Menten-ligningen ud?

A

V0=(Vmax*[S])/(Km+[Sf])

38
Q

Hvad er definitionen af Km?

A

(k-1+k2)/k1

39
Q

Hvad er enheden for Km?

A

M

40
Q

Når Km=[S], er V0=

A

1/2*Vmax

41
Q

Enzymer, der udviser hyperbolsk sammenhæng mellem V0 og [S] siges at følge…?

A

Michaelis-Menten-kinetik

42
Q

Følger regulatoriske enzymer Michaelis-Menten-kinetik?

A

NEJ!

43
Q

Kan enzymer med mange trin udvise steady-state-kinetik?

A

Ja

44
Q

Hvordan er sammenhængen mellem Km og Kd?

A

Når k2 er meget lille (hastighedsbegrænsende), kan Km-udtrykket forsimples til k-1/k1, der er definitionen på dissiciationskonstanten. Derfor: Høj Km=lav affinitet

45
Q

Hvad er kcat lig, hvis der er et klart hastighedsbegræsende trin?

A

Hastighedskonstanten for dette trin

46
Q

Hvad er formlen for kcat?

A

kcat=Vmax/[Et]

47
Q

Hvad er enheden for kcat?

A

/s, da det er en førsteordens hastighedskonstant

48
Q

Hvad reflekterer kcat og Km?

A

Den substratkoncentration, som enzymet har in vivo samt enzymets funktion

49
Q

Hvad er specificitetskonstanten?

A

kcat/Km, hastighedskonstanten for omdannelse af E+S til E+P.

50
Q

Hvad gælder for Km for enzymer, der katalyserer reaktioner med flere substrater?

A

De har en Km-værdi for hvert substrat

51
Q

Hvordan plottes et Lineweaver-Burke-plot? Hvad er enhederne på akserne? Hvordan skal skæringer med akser forstås? Hvad betyder hældningen?

A

Hen ad x-aksen: 1/[S], henad y-aksen: 1/V0
Enhed for x-aksen: 1/M, enhed for y-aksen: 1/(M/s)
Skæring med x-aksen er -1/Km, skæring med y-aksen er 1/Vmax
Hældningskoefficienten er Km/Vmax

52
Q

Hvis Vmax stiger, når der tilsættes med S2 i en bimolekylær reaktion, er det et tegn på…?

A

… at der dannes et komplets af de to substrater og enzymet

53
Q

Hvad er V0-udtrykket for kompetitiv inhibering?

A

V0=Vmax*[S]/(alfa-Km+[S]), hvor alfa=1+[I]/Ki, hvor Ki=[E][I]/[EI]. Alfa-Km kaldes apparent Km

54
Q

Hvordan ser Lineweaver-Burke-plottet ud for kompetitiv inhibering?

A

Samme Vmax, ændret Km

55
Q

Hvad er en unkompetitiv inhibitor?

A

En inhibitor, der binder et andet sted på enzymet end i det aktive site for substratet. En unkompetitiv inhibitor binder kun til ES-komplekset.

56
Q

Hvordan er V0-udtrykket for unkompetitiv inhibering?

A

V0=Vmax*[S]/(Km+alfa’[S], hvor alfa’=1+[I]/K’i og K’i = [ES][I]/[ESI]

57
Q

Hvordan ser Lineweaver-Burkeplottet ud for unkompetitiv inhibering?

A

Vmax sænkes og Km sænkes også, fordi [S] der kræves for at nå halvdelen af Vmax mindske med en faktor alfa’.
Forholdet mellem Vmax og Km ændres ikke, så hældningen er konstant

58
Q

Hvad kendetegner en mixed inhibitor? Hvordan ser V0-udtrykket ud?

A

Den binder til enten E eller ES.
V=Vmax*[S]/(alfa-Km+alfa’[S])
Her påvirkes både Vmax og Km.

59
Q

Hvad er non-kompetitiv inhibering?

A

Når alfa=alfa’, Vmax påvirkes, men det gør Km ikke.

60
Q

Hvad er apparent Vmax lig med?

A

Vmax/alfa’

61
Q

Hvad er apparent Km lig med?

A

alfa*Km/alfa’

62
Q

Hvor finder man i praksis unkompetitiv og mixed inhibition?

A

I reaktioner med to eller flere substrater

63
Q

Hvad er en transitionstate-analog?

A

En inhibitor, der imiterer TS og derved laver binder bedre end substratet og følgeligt laver flere interaktioner og laver irreversibel inhibering.

64
Q

Hvorfor er enzymer gode katalysatorer?

A

TS-stabilisering, katalytiske grupper, udelukker H2O, aligner flere substrater, stabiliserer intermediater og har induced fit

65
Q

Hvad er forskellen på metalloenzymer og metalkatalyserede enzymer?

A

Metalleoenzymer binder metalioner tæt, mens metalkatalyserede binder fra opløsningen