Diagnostico Molecular en COVID-19 II Flashcards
Que pruebas de diagnostico sirven para detectar SARS-CoV 2
Pruebas moleculares
Pruebas de antígenos
Pruebas de anticuerpos
Que pruebas diagnosticas determinan si hay una infección activa por el virus
Las pruebas moleculares y las pruebas de antigeno
El virus puede ser detectado _______ antes del inicio de los síntomas
1-3 días
V o F
La carga viral más alta no necesariamente coincide con el inicio de los síntomas
FALSO
La carga viral mas alta coincide con el inicio de los síntomas
Que tipos de muestras encontramos para el diagnostico de COVID-19
Vías respiratorias superiores Vías respiratorias inferiores Muestras fecales/orina Muestras de sangre Muestras post mortem
Para que son utiles las muestras de vias respiratorias superiores
- Detección de infección en fase temprana
- Casos leves
- Casos asintomáticos
Que tipos de muestras se buscan en las vias respiratorias superiores
- Hisopado nasofaríngeo
- Hisopado orofaríngeo
- Narinas anteriores
- Cornete medio
- Saliva
Cuales son los tipos de muestra que recomienda obtener la CDC/OMS en las vias respiratorias superiores
- Hisopado nasofaríngeo
* Hisopado orofaríngeo
V o F
Las pruebas de anticuerpos deberían ser utilizadas para el diagnostico de una infección aguda
FALSO
Estas se deben utilizar para evaluar la inmunidad o el grado de efectividad y también para el monitoreo de la infección
Cual son las pruebas gold standar para la deteccion de COVID-19
Las pruebas moleculares
Para que son útiles las muestras que se obtienen de las vias respiratorias inferiores
Útiles en etapas avanzadas de la enfermedad. Pacientes hospitalizados
Pacientes con alta sospecha de COVID-19 y resultados negativos con muestras de vías respiratorias superiores
Que tipos de muestras se obtienen de las vias respiratorias inferiores
Esputo
Aspirado endotraqueal
Aspirado bronquial
Lavado broncoalveolar
Para que sirven las muestras fecales/orinas
Detección de ARN viral
Útiles a partir de la segunda semana desde la aparición de los síntomas
Pacientes con alta sospecha de infección pero resultados negativos en muestras respiratorias (superior e inferior)
Cual es la utilidad de la obtención de muestras de sangre/plasma/suero
Evaluación de la seroconversión y evaluación del titulo de anticuerpos
Cual es la temperatura optima para el transporte de muestras de virus
De 2-8°C
Que es lo que se sugiere al obtener un exudado faríngeo y nasofaríngeo
El exudado faríngeo y nasofaríngeo se deben colocar en el mismo tubo para incrementar la carga viral
Que es lo que se recomienda para la obtención del lavado bronquial
Se requiere como mínimo 2mL (1 ml del lavado y 1 ml del medio de transporte)
En que tipo de laboratorio se recomienda hacer el manejo de muestras de pacientes COVID-19
En un laboratorio nivel de bioseguridad (BSL) 2
Que características posee la técnica RT-PCR para el diagnostico de COVID-19
Permite detectar presencia del virus (Infección activa), desde las primeras fases de infección
Posee una elevada sensibilidad
No requiere una prueba de seguimiento
V o F
RT- PCR permite detectar si ya se ha superado la enfermedad
FALSO
No permite detectar si ya se ha superado la enfermedad, solo indica la presencia del virus
La RT-PCR será capaz de detectar hasta ________ de iniciado los síntomas.
3 días antes
Cuales son las regiones del genoma mas utilizadas para el diagnostico de COVID-19 a través de RT-PCR
Gen E
Gen RdRp
Gen N
En zonas con circulación viral comunitaria es suficiente la _____________ gen(es)
Positividad de un único
Mencione una característica del perfil térmico para el ensayo RT-PCR para el diagnostico de SARS-CoV-2
La temperatura de alineamiento y extensión ocurren a la misma temperatura lo que permite que el ciclaje sea más rápido
Cuales son las sondas mas utilizadas para el diagnóstico de COVID-19 en RT-qPCR
Las sondas TaqMan porque son regiones especificas para los genes que se quieren amplificar
Que es el CT en qPCR
Corresponde al ciclo de PCR en el cual la fluorescencia es mayor a la fluorescencia de fondo, es decir, el ciclo en el cual se detecta amplificación.
Porque es importante establecer el CT en el diagnostico de COVID
Porque esto permite establecer la carga viral que presenta la muestra
A menor CT, _______ concentración de DNA
A mayor CT, _______ concentración de DNA
Mayor
Menor
Que limitaciones presenta la RT-PCR para el diagnostico de COVID-19
El proceso dura alrededor de 3 hrs, en la práctica puede tardar hasta 8 hrs o más
Requiere equipamiento y reactivos de alto costo
Se pueden producir falsos positivos y negativos
Que falsos positivos se pueden producir en RT-PCR
Contaminación cruzada entre muestras, esto es infrecuente, ya que, los primers son muy especificos
Mencione falsos negativos que pueden producirse por la RT-PCR
Carga viral muy baja
Mala toma de muestra
Muestra insuficiente
Inhibidores de la PCR
Muestras tomadas en fases muy tardías o muy tempranas de la enfermedad
Inadecuado transporte (perdida cadena de frio)
Para que son útiles los test de antígenos
Útiles para detectar una infección activa.
Basados en inmunocromatográfica
Los test de antígenos se caracterizan por ser _____________ pero con baja ____________
Especificas
Sensibilidad
Cuando se debe realizar idealmente el test de antígenos y porque
Se debe realizar idealmente entre el 5º y 7º día post inicio de los síntomas (período de mayor carga viral)
Que antígenos son los que se buscan detectar por los test de antígenos
- Antígenos N (Es el más abundante en el virus)
- Subunidades S1 y S2 de la proteína S
- Dominio RBD de la proteína S
Que características poseen los test de antígenos
Poseen una sensibilidad del 95% entre el 5to y 7mo día, luego de eso la sensibilidad baja drásticamente. Especificidad del 100% Rápido Sencillo De fácil interpretación
Que falsos positivos se pueden generar en los test de antígenos
Reacciones cruzadas con otras infecciones bacterianas o virales
Que falsos negativos se pueden generar en los test de antígenos
Baja carga viral
Toma de muestra antes del 5º día o después del 7º día post infección
El test de detección de anticuerpos se considera una ____________ a RT-PCR
Prueba complementaria
Que tipo de anticuerpos se buscan contra el SARS-CoV-2
IgM, IgA e IgG
Ac. neutralizantes y no neutralizantes
Porque se dirige la busqueda a Anticuerpos de tipo IgA contra el SARS-CoV2
Los Ac. IgA se encuentran en las mucosas, y el estudio de muestras nasofaríngeas corresponden a zonas mucosas
Que características poseen los test de anticuerpos
No son útiles para diagnóstico de infección activa o en curso
Útiles para determinar si un paciente se encuentra inmunizado
Su aparición es variable
En que días se ha establecido la aparición de IgM e IgG en pacientes infectados
IgM dia 12
IgG dia 14
Esto no permite determinar si la infeccion fue reciente
Como se puede interpretar un resultado positivo de IgM
- Aparición en fase temprana y desaparición a las pocas semanas
- Persona ha estado expuesta al virus SARS-CoV-2 recientemente
- Infección puede o no estar en curso
Como se puede interpretar un resultado positivo de IgG
Aparición en fase tardía de la enfermedad, pueden durar meses
Paciente ha estado expuesto al virus SARS-CoV-2
Según el ISP el estudio de anticuerpos:
o No permiten cuantificar nivel de Ac
o No recomendados para el diagnóstico agudo
o No sirven para evaluar la inmunidad generada por la vacuna. Se requerirá estudio de Ac
neutralizantes
Que falsos negativos se pueden presentar en los test de Anticuerpos
o Infección muy reciente (aún no hay formación de Ac)
o Pacientes con carga viral muy baja
Que falsos positivos se pueden presentar en los test de Anticuerpos
o Reacciones cruzadas: Ac frente a otros Coronavirus u otros microorganismos tales como: Virus sincitial respiratorio, Coronavirus Común NL63 de Mycoplasma pneumoniae o afecciones preexistentes como embarazo o enfermedades autoinmunes
Que son los anticuerpos neutralizantes
Son una subpoblación de Ac que reduce la capacidad infectiva de un virus durante un cierto período.
Donde están dirigidos los anticuerpos neutralizantes del Sars-CoV-2
Normalmente estos Ac están dirigidos a la proteína S. Evitan que el virus se una al receptor ACE 2 evitando la infección.
Al estar unidos al virus se produce la opsonización por lo que también promueven lisis de las partículas virales
Para que se utilizan los ensayos de neutralización del virus
Prueba de referencia para detectar presencia de Ac neutralizantes funcionales contra el virus, esta prueba es utilizada en laboratorios de referencia o de investigación.
Que tipo de laboratorio se requiere para un ensayos de neutralización del virus
Nivel de seguridad BSL-3
Como se interpreta la presencia de Ac neutralizantes
Porque se presenta un menor número de placas respecto al control
En que consiste la técnica de CRISPR-Cas13
Uso de la enzima CAS-13a que tiene capacidad de cortar ARN, por lo que no requiere de retro transcripción.
Se activa gracias a una secuencia de ARN guía que es complementaria a la región del ARN viral que se desea cortar, y al cortar se produce una señal fluorescente que puede ser detectada.
A que zonas del genoma del Sars-CoV-2 estan dirigidas las enzimas de CRISPR-Cas13
Gen de la proteína S y gen ORF1ab
Que características posee la técnica CoNVat
Técnica basada en nanotecnología biosensora óptica
Aplicado directamente a la muestra del paciente
Permite la detección en menos de 30 minutos
Que aplicaciones tiene la secuenciación genómica del SARS-CoV-2
- Caracterización del virus
- Seguimiento de la propagación del virus
- Diseñar test diagnósticos, fármacos y vacunas (idealmente centrados en moléculas o regiones con baja probabilidad de sufrir cambios)
- Detectar mutaciones y surgimiento de variantes
- Estimar prevalencia de las variantes
- Evaluar efectividad de tratamientos como los Ac monoclonales dirigidos a determinadas variantes
