Diagnostic : méthodes de prélèvement Flashcards
Bactériologie et Virologie pratique (De BOECK)
Infection pulmonaire : prélèvements pulmonaires ?
– Expectoration (ECBC) – Fibro-aspiration et aspiration endotrachéale – Liquide broncho-alvéolaire (LBA) – Prélèvements dits «protégés » • Prélèvement distal protégé • Brosse
Virémie : conditions de prélèvement et technique de recherche
Beaucoup de virus peuvent se trouver transitoirement ou non dans la circulation générale
→ Recherche du génome par PCR
le prélèvement est réalisé sur tubes EDTA, acheminé à température ambiante dans les 12h au laboratoire. Les recherches s’effectuent selon les cas sur le plasma, cellules ou sang total. Les techniques de PCR ou RT-PCR utilisées sont qualitatives et quantitatives (charges virales). Elles permettent ainsi un diagnostic et de suivre l’évolution de la charge virale en particulier sous traitement.
• Sang total = CMV, EBV, VHS (herpes simplex)
• Cellule cellulaire : Adénovirus, CMV, Entérovirus, EBV (difficile), VHS, HIV (difficile)
→ Isolement vital
Le prélèvement est effectué sur tube hépariné, citrate ou plus rarement EDTA. Le transport jusqu’au laboratoire doit être à température ambiante rapide et ne pas excéder 2 heures.
la culture cellulaire dépend du virus recherche. pour les virus présents dans les cellules mono-nucléees, il est possible d’augmenter la sensibilité de recherche en effectuant une séparation des cellules. Elle s’effectue par centrifugation sur uniraient de densité qui permet de collecter l’anneau leucocytaire.
→ Antigénémie
Les principaux antigènes viraux recherchés dans les sang sont pour le VHB (HBe ou Hbs) elle VIH (ag p24)
Par ailleurs, pour le CMV, l’antigénémie pp65 n’est utilisé en pratique courante que dans quelques laboratoires. Elle permet de détecter et de quantifier en IF les polynucléaires porteurs de la phosphoprotéine pp65 signant une virémie. Cette technique manuelle tend à être remplacée par la PCR quantitative sur sang total.
Bactériémie
✯ MICROORGANISMES FREQUEMMENT RETROUVES
✯ PRELEVEMENT
✯ PRISE EN CHARGE DU PRELEVEMENT AU LABORATOIRE
o Cas particuliers levures ou champignons, mycobactéries (flacons spéciaux)
Éviter de prélever sur matériel en place sauf
o cas de force majeure (pas de voie veineuse accessible)
o après avis et accord médical ou recherche d’une colonisation ou d’une infection à point de
départ du dispositif médical (cathéter, PAC, …)
- sang = liquide stérile même s’il peut exister des bactériémies physiologiques transitoires en période post-prandiale
- bactériémies souvent mono microbienne
✯ MICROORGANISMES FREQUEMMENT RETROUVES
- Echerichia coli +++
- Staphylococcus aureus +++ : patients porteur de cathéter intravasculaires ou autres dispositifs implantables
- Pseudomonas aeruginosa : patints immunodéprimés
- Neisseria meningitis’s : Méningococcémie gravissime
- Listeria monocytogenes : femme enceinte
✯ PRELEVEMENT: réalisation d’hémocultures aéro-anaéroobie
- avant toute antibiothérapie ou à défaut, selon une fenêtre thérapeutique.
Chez l’adulte, un volume minimum de 10 mL par flacon est à prélever. chez le nourrisson, un flacon et un volume de 1 à 2 mL sont suffisants
- environnement calme (élimine les contaminants de l’air et des surfaces),
Les hémocultures doivent être prélevées avec certaines précautions.
1) détersion de la peau au savon suivie d’une antisepsies rigoureuse (alcool 70% puis polyvidone iodée - Bétadine)
(minimiser la contamination par la flore cutanée du patients, des mains du préleveur et les bouchons protecteurs )
2) Prélèvement veineux au pli du coude, classiquement au moment des frissons et/ou au pic fébrile (en réalité, la bactériémie précède environ 30-1h le pic thermique)
Quand prélever :
o avant tout traitement antibiotique (si possible),
o lors des frissons,
o lors des pics thermiques
- prélèvement par paire : 1 flacon aérobie (atmosphère ambiante + CO2) et 1 flacon aérobie (CO2+N2)
- Bien remplir les flacons (pour augmenter la sensibilité)
- Répéter 2 à 3 fois à 30 minutes d’intervalle, la réalisation de plus de 2-3 paires d’hémoculture par 24h améliore peu la sensibilité at augmente le risque de détection de contaminants
Il existe plusieurs types de flacons à hémoculture qui contient tous une résine adsorbée de cations ou du charbon activé neutralisant l’action des antibiotiques.
On utilise un jeu de 2 flacons aérobie et anaérobie dont la composition est la suivante
• aérobie : atmosphère ambiante avec différentes qualités de CO2 ajoutés
• anaérobie : CO2 + N2
L’ensemencemnet est effectué directement dans les flacons lors du prélèvement. Il est déconseillé de conserver les hémocultures dans une étuve avant leur transfert dans un automate d’hémoculture.
2 protocoles de prélèvements :
• unique : 4-6 flacons
• multiples : 2 à 3 ponctions de flacons
✯ PRISE EN CHARGE DU PRELEVEMENT AU LABORATOIRE
• Méthode manuelle (supplantée par les méthodes automatisées)
• Méthodes automatisées les flacons sont placés dans un automate à 35°C au minium 5 jours. ils possèdent à leur base un détecteur colorimétrique incorporé. ce détecteur est sensible à l'abaissement du pH et donc à la production de CO2 lors de la pousse bactérienne. Le virage de couleur est détecté par réflectométrie ou fluorescence sur l'automate, les étapes suivantes sont effectuées
→ Examen direct : peut permettre de donner une première indication au clinicien et d’orienter le choix des milieux de culture et de l’atmosphère d’incubation
↪ Gram : réalisé systématiquement. Attention une bactérie peut avoir un aspect déroutant (exposition aux ATB)
↪ Etat frais : pour la mobilité de certaines bactéries
→ Techiques d’ensemencemnet
Homogénéiser par retournement successif le flacon puis prélever une goutte de bouillon sous poste de sécurité microbiologique. Effectuer ensuite une subculture sur
• gélose au sang cuit de type Polyvitex sous CO2 à 35+/- 10C
• gélose au sang en anaérobiose à 35°C +/- 1°C
L’incubation des boites doit être poursuivie pendant 5 jours.
CRITERES DE POSITIVITE
- bactériémie affirmée si 2 hémocultures positives au même germe
- une seule hémoculture positive suffit s’il s’agit d’un pathogène exclusif (qui ne peut coloniser l’organisme sans occasionner une infection)
→ S. aureus, Salmonella, méningocoque, Listeria, Pseudomonas, Campylobacter
Si suspicion d’infection de cathéter, on réalise un temps de pousse différentiel :
• prélèvement simultané et de quantité identique d’une paire d’hémoculture sur cathéter et sur sang périphérique.
- Si hémoculture du cathéter pousse au moins 2h avant celle du sang périphérique : en faveur de l’infection du cathéter
- Si cathéter est retiré : mise en culture du cathéter (seuil de positivité ≥ 10³ UFC/mL)
+ Bilan biologique associé
NFS, gaz du sang, bilan de coagulation, protéine C réactive, pro calcitonine
LCR
✯ MICROORGANISMES FREQUEMMENT RETROUVES
✯ PRELEVEMENT
✯ PRISE EN CHRAGE DU PRELEMVEMENT AU LABORATOIRE
✯ MICROORGANISMES FREQUEMMENT RETROUVES
- nouveau-né : Streptoccocus agalactiae, Escherichia coli, Listeria monocytogenes
- enfant < 5 ans : Enterovirus
- jeune adulte et enfant > 5 ans : Neisseria meningitidis
- adultes > 60 ans : Streptococcus pneumoniae
✯ PRELEVEMENT
-avant toute antibiothérapie (sauf si contre-indications)
-Modalités de prélèvement
Prélèvement de lCR par ponction du cul-de-sac dural (espaces intervertébraux L4-L5 ou L3-L4)
Prélèvement de 3 tubes (microbiologie, biochimie, anatomopathologie)
Acheminer rapidmeent et prévenir le biologiste du contexte clinqiue
Examen direct + mise en culure / antibiogramme avce CMI
Les résultats de l’examens directs doivent être rendus dans l’heur
Le LCR doit parvenir au laboratoire le plus rapidement possible en raison de la fragilité de certains germes et de la gravité potentielle du diagnostic.
✯ PRISE EN CHRAGE DU PRELEMVEMENT AU LABORATOIRE
L’examen doit être réalisé en urgence
→ Cytologie et examen direct
• Aspect macroscopique
Eau de roche, clair, eau de riz, trouble, purulent, hématique ou hémolyse
• Numération cellulaire La numération est effectuée immédiatement. Le nombre d'éléments nucléés est inférieur à 5/mm³. Chez le nouveau)né, il peut s'élever jusqu'à 30/mm³ . En cas d'anomalie, il faut effectuer une formule après cytocentrifugation et coloration au MGG.
→ Examen biochimique du LCR
La glycorarchie et la protéinorachie sont utiles en urgence.
- chlorurachie est comprise entre 120 et 130 mmol/L.
- protéinorachie entre 0,15 et 0,30 g/L
- glycorarchie entre 2,5 et 3,5 mmol/L (à comparer avec la glycémie sanguine - on estime que la glycorarchie est compris entre la moitié et les 2/3 de la glycémie)
• L’hypoglycorachie est un signe très spécifique de méningite bactérienne (dont tuberculose) ou mycosique : un taux de glucose < à 50% de la glycémie < 2,2 mmol/L doit être considéré comme pathologique.
• Les hyperprotéinorarchie entre 1 et 5 g/Lvoire plus, sont habituelles en cas de méningites bactériennes (y compris tuberculeuse), en revanche, au cours des méningites virales ou de diverses affections neurologiques, l’augmentation de la protéinorachie reste souvent modérée (< 1g/L)
→ Examen direct bactériologique
L'examen direct doit se faire après cytocentrifugation et coloration de Gram. devant une suspicion de méningite tuberculeuse, une coloration de Ziehl Neelson peut être réalisée
• PL traumatique, ou hémorragie méningée
- Aspect hémorragique
- Cytorachie : sanguine
- hypoglycorachie : proche sang
- hyperprotéinorachie : proche sang
- ø examen direct
• Listeria, Mycobacterium ou méningite bactérienne débutante
- Aspect clair à trouble
- cytorachie > 10 EN/mm³ - prédominance lymphocytaire ou panachée
- hypoglycorachie ++
- hyperprotéinorachie +
- examen direct +/-• Etiologies virale
- Aspect clair
- Cytorachie > 10 EN/mm³ - prédominance lymphocytaire
- Hypoglycorachie -
- Hyperprotéinorachie +• N. meningitidis, S. pneumoniae
- Aspect trouble ou purulent
- Cytorachie > 500 EN/mm³ - prédominance polynucléiare
- Hypoglycorachie +++
- Hyperprotéinorachie +++++
- Examen direct ++
→ Examen bactériologique du LCR
• Culture
Les gloses suivantes sont ensemencées
- gélose au sang cuit de type Polyvitex sous CO2, 35°C +/- 1°C
- gélose au sang sous CO2 à 35 +/- 1°C
- bouillon d’enrichissement (coeur-cervelle ou Schaedler) à 35°C +/- 1°C
La pousse bactérienne doit être vérifiée quotidiennement et toute colonie suspecte identifiée.
Un antibiogramme doit être systématiquement effectué
Durée d’incubation : 5 jours
• Rechecrhe d'antigènes dans le LCR La recherche d'Ag solubles est possible pour N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae, S. agalactiae • Biologie moléculaire Un diagnostic par biologie moléculaire peut être effectué. il permet également de déterminer rapidement le sérogroupe de N. meningitidis. ces techniques se développent de plus en plus car elles permettent un rendu de résultat parfois plus rapide qu'une culture classique. • Examen compléemntairess Quelle que soit l'étiologie, il est important de réaliser des hémocultures. En cas de méningite à N. meningitis's accompagnée de lésions de purpura, il peut être intéressant de prélever ces lésions. En effet, ce prélèvement rest généralement positif quelques heures après la négativation du LCR sous antibiothérapie adaptée.
→ Examen virologique du LCR
Le pls souvent, la recherche de virus dans le LCR se fait par biologique médicale (PCR, RT-PCR). Toutefois, dans de rares cas, une culture virale pour HSV ou une recherche d’interféron peuvent être envisagées.
Le délai d’acheminement doit être inférieur à 6h. Uns stockage à 4 +/- 2°C voire à -80°C peut être envisagé si me délai de prise nechareg est plus long.
Liquides de ponction
✯ BACTERIOLOGIE
Les liquides de ponction sont stériles. Ainsi tous les micro-organisme retrouvés dans es liquides doivent être identifiés.
L’analyse est cyto-bactériologique et importe la numération et la formule des éléments nucléés.
→ Liquide pleural , liquide d’ascite, liquide péricardique, liquide péritonéal, liquide articulaire
Toute les bactéries isolées de ces échantillons sont potentiellement pathogènes. toutes fis, certaines sont plus fréquemment retrouvées.
• Liquide pleural Noter l'aspect macroscopique (purulent, chyles, zéro-hématique, trouble, citrin) et le taux de protéines ( < 30g/L : transsudat ; > 30g/L : exsudat, en faveur d'une infection ou d'une pathologie tumorale) → pleurésie bactériennes communes: S. pneumonaie; H. influenzae, S. aureus, éventuellement anaérobie → pleurésies atypiques : Légionalla, Chlamydia → pkeurésies tuberculeuses : Mycobacterium tuberculosis • Liquide d'ascite L'infection du liquide d'ascite est l'une des complications infectieuses les plus fréquentes chez le cirrhotique, surtout lorsque le taux de protéines est < 10g/L d'ascite. Un infection du liquide d'ascite est possible pendant la tuberculose. → Bacilles à Gram négatif = E. coli, Klebsielle, Enterobacter spp → Cocci à Gram positif : Streptococcu spp, Enterococcus spp, Staphylococcus spp • Liquide péricardique Les étiologies sont fréquemment vitales (entérovirus en particulier) Bactérie responsables : Staphylococcus, Streptococcus, Streptococcus pneumoniae • Liquide péritonéal Il faut différencier les péritonites primitives des péritonites secondaires à une perforation d'organe, à un kyste ou un abcès et surtout une intervention chirurgicale. → Péritonite primitive: E. coi, Streptococcis pneumonie (chez l'enfant) → Péritonite secondaire (Enterobacteriaceae, Anaérobies, ENterococcus) • Liquide articulaire Il faut différencier les arthrites septiques primitives de celles secondaires à une infection sur prothèse → Arthrite septique primitive : S. aureus, Streptococcus spp, N. gonorrhoeae, ... → Arthrite septique secondaires : Staphylococcus spp (souvent multi-résistantes) Toutes bactéries possibles
✯ PRELEVEMENT
Il faut privilégier le prélèvement et le transport dans un flacon hermétique sans bulle d’air ou ensemencement de flacons d’hémocultures; certaines bactéries qui peuvent être retrouvées dans ces prélèvements sont particulièrement fragiles. Le transport au laboratoire doit être le plus rapide possible.
✯ PRISE EN CHARGE DU PRELEMVEMNET AU LABORATOIRE
• Cytologie et examen direct
Pour ces liquides, un examen cytobactériologique est obligatoire : numération des éléments nucléés, formule leucocytaire, hématies et recherche de cristaux (liquide articulaire). Un examen direct par coloration de Gram doit être réalisé après cytocentrifugation.
• Ensemencement Les milieux suivants sont ensemencés : - gélose au sang sous CO2 et en anaérobiose - gélose au sang cuit de type Polyvitex ("Chocolat" sous CO2 - mettre l'échantillon, s ce n'est déjà fait, en culture dans des flacons à hémocultures aérobie et anaérobies - bouillon d'enrichissement Incubation : 5 jours, pour les liquides articulaires minimum 15 jours Les milieux pour mycobactéries sont ensemencées à la demande du clinicien.
Urines : bactériologique
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est un examen explorant les infections urinaires basses symptomatiques, cystites) douleurs complications, les infections urinaires hautes (pyélonéphrite, prostatite)
L’urine est un liquide biologique normamenet stérile. toute présence confirmée de bactéries dans l’urine intravésicale est pathologique.
L’urètre peut contenir des germes commensaux qui peuvent être emmenés par le flux urinaire. La détection de laprésence de leucocytes et de nitrites (présence d’une nitrate oxydase chez les Entérobactéries) par l’utilisation de bandelettes chimiques a une bonne valeur prédictive négative (VPN) chez les patients immunocompétents.
✯ BACTERIES A RECHERCHER
Le plus souvent, une seule espèce est isolée. L’isolement de plusieurs espèces est en faveur d’une contamination lors du prélèvement, néanmoins, de rare infections plurimicrobiennes existent. Les espèces pathogènes diffèrent suivant les terrains
• Nourrisssons et enfants (filles le plus souvent)
→ Entérobactéries : Escherichia col +++i, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter
→ Autres bacilles à Gram négatif : Pseudomonas aeruginos : sur sonde
→ Coque à Gram positif : Entérocoques ou Staphylocoques (sur sonde)
• Adultes (femme le plus souvent) → Femmes : E. coli ++++, Staphylococcus saprophyticus (femmes jeunes) → Hommes : E. coli, Klebsiella, S. aureus
✯ PRELEVEMENT
Possibilité de retrouver une flore bactérienne commensale de l’urètre si le prélèvement est mal fait. L’interprétation se basera sur le dénombrement semi-qualitatif des bactéries de l’échantillon.
→ Adulte :
- Lavage des mains
- Désinfecter au savon ou antiseptique doux la vulve chez la femme ou le méat urétral chez l’homme + rinçage
- Eliminer le 1er jet d’urine (20 mL)
- Recueillir le 2ème jet (20mL) dans un flacon stérile du matin de préférence, ou ayant séjourné au moins 4 heures dans la vessie.
- Identification et transport immédiat au
laboratoire (éventuellement conservation
quelques heures à 4°C ou utilisation d’un tube boraté contenant un conservateur).
Le délai de prise en charge comprenne le délai d’arrivée au laboratoire
- < 3h à température ambiante et sans conservateur
- < 12h si conservation à 4 +/- 2° sans conservateur
- si présence d’un conservateur, voir délai fabricant
✯ PRISE EN CHARGE DU PRELEVEMENT AU LABORATOIRE
• Cytologie et examen direct
→ Aspect macroscopique : noter l’aspect (limpide, trouble, hématique, présence éventuelle de sédiment)
→ Cytologie : l’examen cytologique doit permettre d’identifier et éventuellement de dénombrer les cellules (PNN, hématies), présentes dans l’urine. Il s’accompagnes d’une recherche de cristaux.
☞ leucocytes : ils sont comptés en cellules ou de plus en plus fréquemment sur automates. Le seuil de significativité diffère suivant les situations
☞ cylindres : les cylindres peuvent être hyalins, hématiques, leucocytaires ou granuleux (inclus de leucocytes lyses)
☞ autres cellules : important d’identifier la présence de cellules épithéliales ou de cellules rénlaes
☞ cristaux : fréquemment retrouvés sont des cristaux d’urate (fréquent pour Proteus spp) de phosphate ammoniac-magnésien (Corynebacterium urealyticum) ou d’oxalate de calcium. D’autres cristaux peuvent être identifiés.
• Examen bactériologique Il faut procéder à un examen direct afin de pouvoir orienter le clinicien sans qu'il ait à attendre le résultat de la culture. • Examen direct =
- état frais : noter la présence de bactéries et éventuellement leur mobilité
- après coloration de Gram : Notamment en cas de suspicion de pyélonéphrite chez l’enfant : diagnostic d’urgence• Culture
☞ J0 : ensemencement
Techniques d’ensemencement : homogénéiser l’urine puis ensemencer avec une anse calibrée (oèse de 10µL) afin d’obtenir une culture quantitative - tirer une verticale jusqu’au milieu de la boite
- remonter légèrement pour décharger le prélèvement
- faire des truies horizontales en partant du point de départ
→ Mise à l’étude 37°C pendant 18-24h
Géloses à ensemencer :
- soit Gélose ordinaire avec lactose (BCP, CLED, Mac Conkey),
- soit utilisation de plus en plus courante de géloses chromogènes qui permettent l’identification des bactéries les plus courantes : incubation 24h.
Utilisation dans quelques cas de géloses riches type Polyvitex afin de rechercher des germes exigeants rencontrés dans des situations particulières (Haemophilus influenzae) : incubation 48h
La recherche de mycobactéries peut être faite à la demande du clinicien.
☞ J1 à J2 : Observation des cultures des colonies
- Numération bactérienne sur ensemencement urinaire
Si culture positive, monomorphe, réalisation d’un identification et un antibiogramme
☞ J2 à J4 : Identification et antibiogramme éventuellement
INTERPRETATION
• Urines normales
Leucocytes < 10^4/mL (10/mm³ )
Hématies < 5000/mL (ou 5/mm³)
Micro-organisme : absence de bactériurie (ou < 10³ UFC/mL)
• Infection urinaire Leucocytes ≥ 10^4/mL (10/mm³ ) Hématies parfois > 10^4 /mL (ou 5/mm³) Autres : cellules urothéliales, cylindres granuleux Micro-organismes : - ≥ 10³ UFC/mL pour E. coi et S. saphrophyticus - autres Entérobactéries, P. aeruginosa, S. aureus ≥ 10³ UFC/mL ♂ ≥ 10^4 UFC/mL ♀ • Urines contaminées Leucocytes variable Hématies variable Autres : cellules épithéliales d'origine vaginale Micro-organisme : généralement < 10^4 UFC/mL- généralement plusieurs germes
⚠ Non opposable à un tableau clinique évident
Urines : virologique
En pratique quotidienne, la recherche de virus dans les urines ne se fait que pour le CMV et dans une moindre mesure pour le BK virus et certains adénovirus (Adv11 et 21) Toutefois, d’autres virus peuvent être excrétés dans les urines.
Le CMV est recherché dans les urines du nouveau-né. Sa présence permet d’affirmer une transmission materno-foetale lors eu la virure est positive avant le 1àe jour de vie.
La recherche de BK virus est prescrite en cas de cystique hémorragique chez l’immunodéprimé et chez les sujets greffés rénaux.
Les Adénovirus (Adv 11) sont responsables de cystite hémorragique isolée chez l’enfant.
• TECHNIQUE DE RECHERCHE - Isolement viral CMV : la culture se fait le plu souvent sur fibroblastes embryonnaires hyalins (MRC5). la virure est en générale massive. o observe un effet cytopathique caractéristique et en quelques jours (bancs de poissons) du fait du fort inoculer. une culture CMVb ne peut être rendue négative qu'après un délai de 3 semaines.
ADV : la culture est effectuée en général sur celle de type HeLa. L’effet cytopathique est visible en 3 à 21 jours. Il est constitué de cellules arrondies réfringentes avec rétractation “en dentelles”
- Détection du génome viral
La détection de ces trois virus est possible enPR classique ou quantitative (temps réel). La quantification du BK virus permet de suivre l’évolution de la virure chez l’immunodéprimé.
✯ PRELEVEMENT
• Isolement viral (culture cellulaire de CMV ou d’adénovirus)
Le prélèvement doit être effectué dans unrécipient stérile. une quantité au moins égale à 10mL est recommandée.
Il est préférable que le transport ait lieu à 4°C +/- 2 °C
Si le délai de traitement de l’échantillon est supérieur à 2h, celui-ci doit être stocké en milieu de transport adapté au maximum 24h.
• Recherche du génome (de CMV ou BK virus) Le prélèvement doit être effectué dans unrécipient stérile. une quantité au moins égale à 2mL est recommandée. Si le délai de transport est inférieur à 6h, il peut avoir lieu à température ambiante. S'il est supérieur à ce délai, il doit être stocké à 4+/-2 °C.
Sphère ORL : bactériologie
Les prélèvmenet sont effectués en cas d’angine, de sinusites, ou d’otites
FLORE COMMENSALE
• Les voies respiratoires supérieures
La flore buccale varie en fonction de l’état bucco-dentaire et de l’alimentation
Espèces potentiellement pathogènes présentes dans la flore commensales :
Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumonia, Staphylococcus aureus, Streptoccus pyogenes
BACTEIES A RECHERCHER
→ Sinusites aigues
• Enfant
Haemophilus inflenzaue
Streptococus pneumoniae
• Adulte Haemophilus inflenzaue Streptococus pneumoniae Branhamella catarrahalis Staphylococcus aureus Stretococcus pyogenes Anaérobies
→ Sinusites chronique
Autres bacilles à Gram négatif
→ Otite moyenne aigue
• > 3 ans
Haemophilus influenzae
Streptoccus pneumniae
Streptococcus aureus
Branhamella catarrahalis
• < 3 mois Haemophilus influenzae Streptoccus pneumniae Streptococcus aureus Branhamella catarrahalis Pseudomonas aeruginos Etérobactéries
→ Angines aigue
Streptococcus pyogenes (group A)
Streptoccoques β hémolytiques des groupes C et G
Arcanobacterium haemolyticum (hémolyse franche en 48h)
Neisseria gonorrhoeae (très rare : IST)
→ Angine ulcéronécrotique
Mise en évidence de l’association fusospirochétienne
EBV
Syphillis
→ Angine à fausse membrane
Corynebacterium diphtheria
EBV
→ Phlegmon de l'amygdale Streptococcus pyogenes Haemophilus influenzae Staphylococcus aureus Anaérobie
→ Cas de la coqueluche : recherche de Bordetella pertuissis et parapertuisssis sur prélèvement pharyngé lors d’un tableau de toux (PCR + culture)
✯ PRELEVEMENT
• Différents types de prélèvement
Les prélèvement sont généralement faits à l’écouvillon et souvent placés dans un milieu de transport adapté. Ils doivent être amenés le plus rapidemnet possible au laboratoire. Deux écouvillons peuvent être prélevés, un pour la culture, l’autre pour l’examen direct.
✯ PRISE EN CHARGE DES PRELEVEMENTS AU LABORATOIRE
La recherche d’antigènes de Streptococcus pyogenes peut être réalisée directement par le clinicien lors d’un test immunologique rapide.
D’autres prélèvements (pus de paracentèse ou aspiration de pic de sinus) son prélevés à la seringue.
☞ examen direct : importance du Gram pour le diagnostic de l’association fuse-spirochétinne de Vicent;
Les milieux suivants sont ensemencés :
- gélose au sang (inhibiteurs des bactéries à Gram négatif, type acide nalidixique et colistine) incubée sous CO2
- gélose eau sang cuit permettant la recherche de bactéries exigeantes de type Haemophilus (inutile pour les angines aigues)
- VCAT pour recherche de Neisseria gonorrhoeae
- dans les prélèvements d’otites et sinusites, il est rajouté une vélos pour bacille à Gram négatif (BCPn CLED) et une gélose anaérobie.
VIROLOGIE
Ecouvillonnage des lésions pour recherche de virus de Herpès simples et du virus de la varicelle et du zona. Rechecrhe d’entérovirus en cas de méningite aigue (porte d’entrée)
Sphère repiratoire
☞ L’examen cytobactériologique des crachats (ECBC) est réalisé dans le cadre des surinfections bronchiques et de la mucoviscidose.
- non invasif
- à réaliser si le patient présente une expectoration, avec l’aide d’un kinésithérapeute si besoin.
En bactériologique, ces examens peuvent pas être contributifs si les crachats sont contaminés par la flore des voies aérodigestives supérieurs. Les aspirations protégées, les liquides de lavage broncho-alvéolaire sont réalisées dans le cadre des pneumopathies nosocomiales.
Critères d’interprétation :
- Aspect macroscopique : hémorragique, purulent
- Examen direct après coloration de Gram
• Critère de Bartlett > 25 PNN/champ et < 10 cellules épithéliales par champ en microscopie?
• présence de bactéries (abondance, morphologie, mono/polymicrobines)
- Mise en culture (gélose au sang en aérobiose, milieux permettant la pousse des BGN type Drigalski et gélose au sang cuit abec Polyvitex)
- Lecture à 24-48h, seuil de positivité ≥ 10^7 UFC/mL
- Identfication et antibiogramme
Autres prélèvement, tous invasifs, sous fibroscopie :
☞ Aspiration endéo-trachéale (peut-être réalisée avec une canule chez un patent intubé) : traité comme un ECBC, seuil de positivité ≥ 10^5 UFC/mL
☞ Lavage broncha-alvéolaire : plus adapté à la recherche de virus (CMV), de champignons et de certaines bactéries (Légionella, Nocadia, Actinomyces), seuil de positivité ≥ 10^4 UFC/mL
☞ Prélèvement distal protégé (cathéter chez le patinet intubé, brosse per fibroscopie), au niveau du foyer infectieux, seuil ≥ 10³ UFC/mL
NB : Aspiration nano-pharyngée réalisable pour rechercher Chlamydia et surtout Bordetella pertussis (agent de la coqueluche)
BACTERIOLOGIE
✯ FLORE COMMENSALE
Les alvéoles pulmonaires ainsi que les bronches sont normalement stériles. Les bronches présentent une ciliaire permettant une épuration desbactéries vers les voies respiratoires supérieures. Par ailleurs, des mécanismes immunologiques (IgA, macrophages…) permettent de maintenir cette stérilité.
✯ BACTERIES A RECHERCHER ☞ Pneumopathies communautaires - recherches systématiques : Streptococcus pneumoniae haemophilus influenzar Branhamella carahhalis
- Suivant le contexte
Mycobacteium spp
Legionella penumophila
⚠ Bactérie non cultivables : Chlomydia pneumoniae, Mycoplasma spp.
Mucoviscidose:
Pseudomonas aeruginosa mucoïdes
☞ Pneumopathie noscomiale - recherche systématique Germe de pneumopathies nosocomiales Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Entérobactéries Actinobacter baumannii
- suivant le contexte
Anaerobies
Legionella pneumophila✯ PRELEVEMENT
☞ Examen cytobactériologique des crachats (ECBC)
L’ECBC doit être prélevé le plus soigneusement possible afin d’éviter la contamination par la salive. Avant de procéder, il faut effectuer un rinçage soigneux dela bouche à l’eau stérile. Le recueil peut être facilité par une kinésithérapie.
☞ Prélèvements distaux
• guidés par fibroscopie
- fibroaspiration= aspiration des sécrétions simples au niveau des bronches
- lavage bronchoalvéolauire : le prélèvement consiste à injecter dans une bronche du sérum physiologique (35+/- 1°C) qui est ensuite respiré dans un flaconstérile
- brossage distal protégé : le prélèvement estréalisé à l’aide d’une perte brosse fine avec des pols en nylon. l’extrémité de la brosse est ensuite placée stérilement dans 1 mL de sérum physiologique.
• non guidé par fibroscopie
- aspiration endotrachéale chez le patient intuvé
- aspiration distale protégée par cathéter
☞ Transport
Les prélèvements pulmonaires doivent être transmis au laboratoire le plu rapidement possible afin d’éviter une prolifération des germes de la flore au dépens du ou des germes pathogènes.
✯ PRISE EN CHARGE DES PRELEVEMENTS AU LABORATOIRE ☞ Examen cyobactériologique des crachats (ECBC) Les crisères de Murray et Washington, permettent d'apprécier le degré de contamination par la salive Au Gram, l'échantillon est examiné au grossissement x100. il faut ensuite dénombrer le nombre de cellules épithéliales et de leucocytes par champ (moyenne sur 10 champs). Il est bien sû important de donner l'aspect et la quantité de bactéries visibles au Gram. ⚠ Qualité optimale : < 10 cellules épithéliales et > 25 leucocytes. Il est recommandé dans les cas généraux (hors mucoviscidose et patients immunodéprimés) de ne donner une signification clinique qu'à l'espèce majoritaire à condition que celle-ci dépasse le seuil de 10^6 ou 10^7 unités formant colonies / mL.
Parfois une deuxième espèce peut être pris une considération si elle est présente dans les même quantités.
Pour cela, après fluidification de l’échantillon (N acétylcystéine + billes de verre), il est important de diluer celui-ci d’un facteur 10³ à 10^4 avant ensemencement calibré (ose de 10 µL)
La culture doit se faire obligatoirement sur
- gélose sang cuit permettant la culture des Haemophlus sous CO2
- gélose au sang sous CO2
- vélos eau sang +/- acide nalidixque colistine sous CO2
- Legionella, Nocardia, Actinmyces : ensemencer les gloses psécifiques (BCYE, gélose au sang en anaérobiose) avec une grosse goutte du produit pathologique sans dilution préalable.
Cas particulier : mucoviscidose
L’ECBC devra être ensemencé pur (recherche de portage) et dilué. Des gloses spécifiques permettant la recherche de Pseudomonas aerugnosa par exemple, devront être ajoutées à celles couramment utilisées.
☞ Brossage distal protégé
L’échantillon est ensemencé directement à l’aide d’une ose calibrée sur les même sgéloses que l’ECBC.
Le reste ddu liquide disponible peut alors être cytocentrifugé afin d’effectuer sur ce culot une analyse cytologique par MGG et un Gram par exemple.
ici un seuil de 10³ UFC/mL est considéré comme significatif.
☞ Liquide délavage bronchoalvéolaire
La qualité plus importante de volume ramenée par arapor à la brosse,e permet de cutocentrifuger le prélèvement et d’effectuer plusieurs recherches : Gram pour les bactéries, Ziehl Neelson pour les mycobactéries, MGG
Un seuil de 10^4 UFC/mL est significatif.
Sphère ORL : virologie
Suivant l’étiologie suspectée, la technique de prélèvement et la façon de traiter l’échantillon varie.Le LBA est le prélèvement de choix pour l’expiration des pneumopathies virales. Toutefois, de prélèvements moins invasifs comme l’aspiration ou l’écouvillonnage nasopharyngés sont utilisés en pratique courante.
Les prélèvemnets réalisés en vue d’une culture virale doivent être mis dans n milieu de transport approprié aux virus recherchés. ils doivent être amenés dans les 2h au laboratoire conservés qq heures à 4 +/- 2 °C.
des écouvillons munis de milieux de transport peuvent être utilisés pour les écouvillonnage pharyngés ou nasaux. Les échantillons biologiques destinés à la biologie moléculaire peuvent être congelés.
Selles : bactériologie
FLORE BACTERIENNE COMMENALE
Les selles contiennent essentiellement des bactéries dont 99% sont anaérobies. Parmi les aérobies, les entérobactéries et entérocoques prédominent.
1/3 de Gram + et 2/3 de Gram -
BACTERIES A RECHERCHER
Les étiologies différent selon le contexte clinique : notion de voyage, d’épidémie, prise d’antibiotiques…
• Cas général Il fait distinguer les mécanismes entéro-invasifs des mécanisme entéro-toxiques. ☞ Une bactéries entéro-invasve pénètre la muqueuse intestinale provoquant une inflammation et des douleurs abdominales. la diarrhée est sanglante et leucocytaires.
☞ Une bactérie entéro-toxique produit une toxine provoquant une perte hydrique dans les fèces. La toxine peut être sécrétée in situ par une bactérie ou peut être absorbée telle quelle avec l’éliment. Dans ce cas, on ne retrouve pas systématqiuemne la bactérie en cause dans les selles. Absence de leucocytes.
Entéro-invasives : Salmonella enterica, Shigella spp, E. coli (EIEC), Yersinia enterocolitica, Campylobacter spp
Entéro-toxinogènes in situ : E. coli (ETEC; EPEC, EHEC), Clostridium perfringens, CLostridium difficile, Capylobacter spp, Vibrio cholera’s O:1 et O: 139
Entéro-toxinogène : Clostridium perfringens A, Staphylococcus aureus
• malades imunodéprimés Les bactéries à Gram négatif sont largement dominantes. Pseudomonas spp, Staphylococcus aureus, Levures..
PRELEVEMENTS
La plupart des diarrhées d’origine toxiniques sont spontanément résolutives chez l’immunocompétent. toutefois, un prélèvement de selles se justifie devant une diarrhée sanglante et/ une diarrhée fébrile non résolutive rapidement.
- L’échantillon de selles (1 cm³) est déposé dans un pot stérile, hermétique, à usage unique.
Un écouvillonnage rectal peut suffire chez le nourrisson par exemple
- Seule une petite quantité de selles est nécessaire en privilégiant le sang ou les glaires. Un écouvillonnage doivent être achemnées au laboratoire le plus rapidement possible.
- Le délai entre le prélèvement et l’ensemencement ne devra pas dépasser 12 heures et pendant ce délai, les selles doivent être conservées à 4 +/- 2 °C.
Au delà de 12h, utiliser un milieu de conservation (Cary Blair par exemple)
PRISE EN CHARGE DU PRELEVEMENT AU LABORATOIRE
☞ Examen macroscopique
L’examen macroscopique est primordial :
- aspect des selle (liquides, molles, pâteuses, moulées)
- présence éventuelle de glaire ou de sang.
☞ Examen direct avec cikirauin de Gram
L’examen direct est important :
- présence d’hématies, de leucocytes? signes de diarrhée invasive
- éventuel caractère monomorphe de la flore.
- en cas de choléra, on retrouve une flore monomorphe composée de bacilles incurvées mobiles (selles eau de riz)
☞ Ensemencement avec coproculture standard
Les milieux ensemencés sont incubés au minimum 48h. - Un déséquilibre de flore est recherché sur un milieu peu sélectif (BCP, CLED)
• Salmonella et Shigella : il existe des milieux sélectifs pour Salmonelles-Shigelles (SS, Drigalski, Hektoen, DCl, Rambach) et des milieux chromogènes (SM ID) rendant l’identification plus aidée.
Il est possible d’utiliser des milieux d’enrichissement liquides en Salmonelles (Mueller-Kauffmann)
* Campylobacter :milieux contenant du charbon et du désoxychloate (Kamali, Skirow) incubés en atmosphère micro-aérophile à 35 +/-1 °C ou 41°C. * Yersinia : mêmes géloses que Salmonella-SHigella : il existe des milieux spécifiques + antibiotiques type CIN (cefsulodine-Irgasan Novobiocine)
☞ Recherches spécifiques
• Clostridium difficile : à rechercher si diarrhée nosocomiale ou survenant au cours et jusqu’à 8 semaines suivant une antibiothérapie.
1) test de détection rapide d’une enzyme spécifique (glutamate déshydrogénase).
Si négatif : arrêt des investigations
Si positif :
2) Rechecrhe des toxines B ou A et B par méthodes immuno-enzymatqiues type ELISA ; PCR possible pour rechercher la toxine B.
3) Autres possibilité :
- mise en évidence et titrage de la toxine B en culture cellulaire (inhibition par un anticorps anti-toxine B del’effte cytopathogène en culture cellulaire)
- isolement su milieu sélectif avec céfoxitine (milieu CCFA)
Attention : une coproculture positive à C. difficile avec une recherche de toxines négative n’est pas une colite pseudo-membraneuse et ne doit pas aboutir à un traitement par antibiotique.
• Escherchia coli : les EPEC responsables de diarrhées de l'enfant < 2 ans se recherchent sur milieu chromogène EMB (Rosine bleu de méthylène) ou Drigalski En cas de suspicion de Syndrome Hémolytique et Urémique : il faut isoler les E. coli et faire la recherche de toxines (techniques immunologique et/ou PCR). Seulement 2/3 des souches d'E. coli responsables de SHU sont O:157 et sorbitol (-)
☞ chez le voyageur : il faut alors aussi penser à
- Vibrio cholera : l’examen direct est souvent positif pour le choléra. Ils se recherchent classiquement après enrichissement (eau peptones alcaline repiquée sur gélose TCBS) pour un porteur.
Selles et virologie
La majorité des diarrhées infectieuses sont virales. L’identification du virus responsable de la diarrhée ne présente aucun intérêt autre qu’épidémiologique. Du fait de leur coût, les techniques de biologie médicale restent pue utilisées.
Des virus responsables de manifestations cliniques autres que les diarrhées peuvent être excrétées dans les selles (virus de ‘hépatite A, entréovirus)
es virus présents dans les selle sont non enveloppés, à transmission fco-orale et résistants dans le milieu extérieur
• Virus responsables de diarrhée Les virus responsables de diarrhées sont classiquement-☞ Rotavirus : -transmission fécale-orale - épidémies hivernales surtout chez les enfants < 3 ans
☞ Calicivirus (Norovirus, Sapovirus)
Epidémie de collectivités
Première cause de gastro-entérite non bactérienne
☞ Adénovirus
• Virus non responsable de diarrhée retrouvés dans les selles ☞ Enterovirus : méningites, herpangine, péricardites ☞ Virus de la poliomyélite : méningite; poliomyélite antérieure aigue ☞ Hépatite A et E : asymptotique ou cytolyse hépatique avec ictère
✯ Techniques de recherche : RT-PCR qualitative ou multiplex
Sphère génitale féminine : bactériologie
✯ FLORE VAGINALE
Les espèces présentes sont dites mutuellement excessives. La présence de chacun limite la multiplication des autres. L’examen direct revêt ainsi une très grande importance afin d’apprécier et équilibre. Environ 20 espèces bactériennes sont présentes physiologiquement et dans cet écosystème, les lactobacilles ont un rôle fondamenatal.
La flore peut être caractérisée dela façon suivante :
- il existe des variations à la fois qualitatives et quantitatives au cours du cycle
- elle est constituée essentiellement de Gram +
- les anaérobies stratus sont 2 à 5 fois plus fréquents que les aérobies
- des bactéries présentes physiologiquement peuvent être des pathogènes opportunistes en cas de déséquilibre de la flore.
• Germes considérés toujours comme pathogènes ⚠ Endocervicites et ses complications : endométrites, salpingites, pelvipéritoninte ↪ Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis
⚠ Infection vaginale
↪ Trichomonas vaginalis
• Germes à potentialité pathogène (vaginose, vaginite ,endométrite, salpingite) → Flore de voisinage digestive et cutanée - S. agalactiae -Staphylocoques à coagulase négative - Candida spp - E. coli - ...
→ Flore oropharyngée
Strepocoques
Haemophilus
• Germes de portage (infections materno-foetale etnénatale ☞ situation à risque : rupture prématurée de la poche des eaux, menace d'accouchement prématuré ↪ BHVRI (bactéries vaginales à haut risque d'infection maternofoetale ou néonatale) - Streptoccous agalactiae +++ - E. coli - S. aureus - S. pneumoniae - S. pyogenes - Haemophilus sp
⚠ chez la femme, ce syndrome est généralement composé de brulures mictionnelles et de pollakiuries.
Outre les germes de cystites ou de pyélonéphrite, ces syndromes peuvent être causés par Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Ueaplama urealyticum et Neisseria gonorrhoeae
• Examen direct
Faire une coloration de Gram. La présence de diplocoques à Gram négatif dans les polynucléaires est pathognomonique de N. gonorrhoeae
• Culture et biologie moélculaire
Les gloses suivants sont à ensemencer
- gélose au sang cuit enrichie de type Polyvitex avec ou sans inhibiteur pour recherche de Neisseria gonorrhoeae sous CO2
- gélose au sang +/- acide nalidixique pour les coques à Gram +
On peut éventuellement faire une culture cellulaire pour recherche de Chlamydia trachomatis ou des milieux spécifiques pour recherche des Ureaplasma.
Les techniques de biologique moléculaires sont développées sur 1e jet urinaire pour la recherche de Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium et Neisseria gonorrhoeae
✯ CONDUITE A TENIR DEVANT DES LEUCORRHEES OU CERVICITE
→ Prélèvements
Proposition pour la conduite d’un prélèvement vaginal
1) Prélever la paroi gavinale à l’aide d’un écouvillon en coton en amassant le maximum de matière
2) Etaler sur lame pour le dias-gnsotic après coloration de Gram d’une vaginose bacrétienne
3) Prélever l’endocol à l’aide d’un écouvillon nihnibant pas la pousse de Neisseria gonotthoeae
4) Prélever l’endocol en frottant légèrement afin de détacher quelques cellules épithéliales pour la culture ou la PCR de Chlamydia trachomatis
L’entrée du vagin (éventuellement auto-prélèvement) et l’urine 1er jet peuvent aussi permettre uniquemnetpar pCRT la recherche de Chlamydia trachomatis, de Neisseria gonorrhoeae et de Mycoplasma genitalium
→ Micro-organisme recherchés
• Mycose vaginale : Candida spp
• Vaginose bactérienne: réalisation primordiale de l'examen direct C'est un déséquilibre de la flore aboutissant à la disparition des lactobacilles et à la multiplication anormale de Gardenerella vaginalis et d'espèces anaérobies diverses et de mycoplasmes. Le pH vaginal et le test à papotasse sont des éléments essentiels au diagnostic. Il faut aussi rechercher les cellules épithéliales criblées de bactéries "cule)cells". Conférence de condensé : 3 de ces critères permettent de poser le diagnostic de vaginose bactérienne - pH vaginal > 4,5 - test à la potasse positif - leucorrhées malorodranres et adhérenes - présence de clue-cells à l'examen direct • Vaginite Présence d'écoulement contenant de nombreux PNN. L'odeur est e généra s-nauséabonde. Multiplication anormale de bactéries pyogènes (Entérobactéries, Streptocoques du groupe B, Mycoplasmes, Staphylocoques) ou de Trichomonas vaginalis. Culture : les gloses suivantes sont généralement ensemencées - gélose au sang cuit enrichie de type polyvitex avec (VCAT) ou sans inhibiteur pour recherche de Neisseria gonorrhoeae sous CO2 - gélose au sang +/- acide nalidixiqu pour les coques à Gram + - milieux spécifiques pour recherche d'Ureaplasma urealyticum
Cervicite :
- recherche de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae par PCR su rprélèvemnet de l’endocol
Sphère génitale masculine : bactériologie
✯ CONDUITE A TENIR DEVANT UNE ULCERATION ANO-GENITALE
✯ CONDUITE A TENIR DEVANT UNE URETRITE
✯ FLORE GENITALE MASCULINE
L’urètre masculin est normalement stérile, mais il peut y avoir des germes de la flore cutanée en quantité relativement faible.
✯ CONDUITE A TENIR DEVANT UNE ULCERATION ANO-GENITALE
☞ Prélèvement
Prélever la sérosité à la base ou au bord de l’ulcère avec u dispositif adapté (ose, vaccinostyle)
☞ Examen direct
• Microscope à fond noir ou IF
Examen au microscope à fond noir ou en immunofluorescence pour mettre en évidence Treponema pallidum responsable de la syphilis
• Après coloration Coloration de Gram. La coloration au MGG est utile pour mettre en évidence Haemophilus ducreyl (maladie du chancre mou) et Calymmatobacterium granulais qui prennent peu la coloration de Gram • Culture et biologie moélculaire Culure bactérienne pour recherche des bactéries pyogènes On peut éventuellement pratiquer une culture cellulaire ou de la biologie moléculaire (PCR) pour mettre e évidence une infection à Chlamydia trachomatis (Malade de Nicolas Farvre), à Herpès, ou Papillomavirus.
✯ CONDUITE A TENIR DEVANT DES LESIONS VESICULEUSES ANO-GENITALES
Recherche d’HSV, VZV et éventuellement de papillomavirus
✯ CONDUITE A TENIR DEVANT UNE URETRITE
• Prélèvement
- sérosités purulentes au méat
- prélèvement endo-urétral à l’écouvillon et/ ou avec un dispositif de grattage de cellules épithéliales (1 à 2 cm à l’intérieur du méat). ces est d’autant plus important en l’absence d’écoulement ou en cas d’écoulement minime.
- 1er jet urnaire au minimum 2 heures après la dernière miction (recherche de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium par biologique moléculaire)
• Agents pathogènes recherchés: Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Trichomonas vaginalis, Candida albicans, Streptococcus agalactiae • Examen direct Faire une coloration de Gram. La présence de diplocoques à Gram négatif dans les polynucléaires est pathognomonique de N. gonorrhoeae • Culture et biologie moélculaire Les gloses suivants sont à ensemencer - gélose au sang cuit enrichie de type Polyvitex avec ou sans inhibiteur pour recherche de Neisseria gonorrhoeae sous CO2 - gélose au sang +/- acide nalidixique pour les coques à Gram +
On peut éventuellement faire une culture cellulaire pour recherche de Chlamydia trachomatis ou des milieux spécifiques pour recherche des Ureaplasma.
Les techniques de biologique moléculaires sont développées sur 1e jet urinaire pour la recherche de Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium et Neisseria gonorrhoeae
Sphère génitale et vriologie
Deux virus sont couramment recherchés : les virus Herpès Simplex et papillomavirus humains oncogènes
PRELEVEMENT
• Isolement viral
Il doit être transmis dans les 6h à température ambiante ou stocké à 4°C +/- 3°C à défaut pendant au maximum 24h
• Recherche génome L'échantillon doit être placé dans un milieu de transport. les cytobrosses utilisées pour les prélèvements du col utérin peuvent être placées dans le milieu de transport proposé dans le kit. Les conditions sont identiques à celles décrites pour l'isolement viral. Il peut être congelé à -20°C ou mieux à -80°C.
TECHNIQUES DE RECHERCHE
• Détection du génome viral
Dans le cas d’une ulcération génitale, la détection du génome viral HSV est possible par PCR quantitative et permet le typage.
La recherche des Papillomavirus humaines à haute risque oncogène est réalisée par PCR Coupar hybridation.
• Examen direct un examen direct en IF sur lame permet de rendre un résultat de recherche d'HSV en quelques heures. en cas de lésions franches, c'est un examen relativement sensible et permettant de typer HSV-1 et/ou HSV2. toutefois, il doit être effectué par un opérateur expérimenté et la préparation des lames doit être optimal/ En effet, une lame mal dégraissée provoquera un voile rendant l'examen interprétable. • Isolement viral La culture cellulaire est simple à faire dans le cas de l'HS, l'effet cytopathique est rapide, massif, en 1 à 2 jours et facilement reconnaissable. Les cellules se détachent et forment un égrappé de raisin. L'effet cytopathique pour une excrétion asymptomatique d'HSV peut prendre un peu plus de temps (4 à 5 jours) pour être détecté. les papillomavirus ne sont pas cultivables en pratique courante.
