cours 8 mcb29992

Question 1

caractéristiques oriC

Answer 1

• séquence très conservée
• contient sites interaction qui contrôle initiation réplication
• contient boîte DnaA (séq consensus pour DnaA)
• sites interacttions Fis IHF
• séquence DUE (AT riche): où se fait séparation brin à oriC

Question 2

caractéristiques DnaA

Answer 2

• famille protéines AAA
• régulé par adénine: DnaA-ATP forme active
• DnaA-ADP toujours présent aux boîtes DnaA
• environ 20 DnaA nécessaire pour former pré-RC (pré-réplication à oriC)
• détermine masse d’initiation

Question 3

comment ecq DnaA initie réplication à un moment précis

Answer 3

• sites interactions en dehors oriC
• régulation synthèse DnaA
• richesse milieu
• mécanisme activation hydrolyse ATP sur DnaA

Question 4

comment se fait la séparation des brins à DUE à l’aide de DnaA

Answer 4

DnaA-ATP lie et sature sites faibles affinité pour ouvrir DUE

(tandis que DnaA-ADP lie boîtes haute affinité)

Question 5

que font DnaC, DnaB, DnaG, IHF, Fis et la gyrase dans l’initiation de la réplication

Answer 5

DnaC charge DnaB (hélicase)
DnaG synthétise amorces ARN
IHF et FIS: facilite formation courbure dans ADN à oriC
gyrase: surenroulement négatif pour faciliter ouverture

transcription divergente fait aussi surenroulement

Question 6

que cause mutant dnaA(Ts) et dnaB(Ts)

Answer 6

dnaA(Ts): arrêt retardé: réplication déjà commencé va finir, mais pas continuer

dnaB(Ts): arrêt immédiat: pas hélicase cause arrêt de réplication

Question 7

que fait la protéine SeqA

Answer 7

après initiation réplication à oriC: 11 séq GATC sont hémi-méthylé
SeqA interagit avec ces séq pour séquestrer oriC
empêche nouvelle initiation
séquestration pour 1/3 cycle cellulaire

Question 8

où se trouvent les séquences GATC (hémi-méthylés)

Answer 8

boites DnaA faible affinité et région DUE

Question 9

comment se fait la régulation de DnaA et quel mécanisme est le plus important

Answer 9

• DnaA-ATP attaché au chromosome peut être inactiver par RIDA (le plus important)
• dupliquer séq interagissant avec DnaA dont celles de haute affinité datA pour réduire sa disponibilité
• région chromosome DARS stimule transformaiton DnaA-ADP en ATP

Question 10

comment fonctionne RIDA pour régulation de DnaA

Answer 10

par hydrolyse ATP de DnA:
1. beta-clamp chargé sur ADN est active
2. Hda interagit avec protéine Hda
3. DnaA-ATP interagit avec Hda: hydrolyse

(retro-inhibition)

Question 11

comment fonctionne DARS pour régulation de DnaA

Answer 11

promouvoit accumulation DnaA-ATP
1. 2 séq DARS et 3 boites DnaA: stimule enlèvement nt de DnAA-ADP
2. relachement DnaA pour qu’il aille se lier à ATP.

Question 12

comment fonctionne titration de DnaA pour sa régulation

Answer 12

locus datA forte affinité avec DnaA donc empêche liaison aux oriC

Question 13

quels sont les autres systèmes d’initiation de réplications (autre que oriC)

Answer 13

• R-loop
• système PriA-dépendant

Question 14

comment fonctionne le système PriA pour initier la réplication

Answer 14

réassembler fourches de réplication ailleurs que oriC par interaction avec jonction 3’ de D-loop ou d’autres fourches

Question 15

comment fonctionne l’initiation de la réplication par R-loop

Answer 15

D-loop avec ARN: formation hybride
ADN pol I utilise ARN comme amorce pour attacher PriA (qui joue rôle DnaA chez oriC)