cours 11 mcb2992 Flashcards
quels sont les mécanismes de réparation de ADN (3)
- système de réparation spécifique
- système de réparation non-spécifique (généraux)
- réponse SOS
quels sont les types de systèmes de réparation ADN spécifique
- désamination bases
- dommages causés par oxygène réactif
- dommages causé par UV
quels sont les types de système de réparation ADN non-spécifiques/généraux
- système réparation mauvais appariement de base dirigé par méthylation
- réparation par excision de nucléotides
qu’ont montré les expériences mesurant le temps de survie des cellules exposées aux rayons UV
que les cellules ont un système de réparation de ADN:
formation coude (survie jusqu’à un certain point)
s’il n’y avait pas ce mécanisme: formation droite
en quoi consiste la désamination de bases
- perte groupe amine des bases ce qui change appariement des nt et cause des mutations ponctuelles (transitions)
- induit par T° élevé, agent désaminant (hydroxylamine, bisulfate, acide nitreux)
- exemple: C en U ou 5-méthylcytosine en T
pourquoi ecq la désamination de base C en U explique pourquoi il n’y a pas de U dans ADN
pcq si avait U: comment différencier une mutation de C vs un vrai U
comment se fait la réparation des désaminations des bases
- glycosylase ADN (une pour chaque type de base donc très spécifique) brise lien glycosyl entre sucre et base
- AP endonucléase apurinique/apyrimidique coupe lien phosphodiester 5’
- ADN pol I ajoute bon nt
- ligase lie
quels sonts les dommages causés par l’oxygène réactif
- formes réactives: peroxyde, hydroxyl, superoxyde
- contrer par: superoxide dismutase, catalase, peroxydase
-induit par chaine respiratoire ou exposition UV
- exemple: base oxydée 8-oxoG: dérivé de G qui lie A (donc cause transversion)
comment les dommages causé par oxygène réactif sont réparés
-prévention par MutT (phosphatase): 8-oxoGTP en 8-oxoGMP: empêche incorporation
si se lie dans ADN:
- MutY (glycosylase): enlève A en face du 8-oxoG
- MutM (glycosylase): enlève 8-oxoG
que causent les dommages causés par UV
dimères de pyrimidine
comment réparer les dimères de pyrimidine
photoréactivation:
- photolyase: contient FADH2, absorbe lumière, énergie utilisée pour séparer bases
- glycosylase spécifique peut enlever les dimères
que reconnaissent les systèmes de réparation non-spécifiques
les distorsions dans double hélice causées par mauvais appariement de bases, glissement cadre lecture, incorporations analogues, alkylation
bref: quand changement ne sont pas extrêmes et qu’ils ne bloquent pas la réplication
lors d’une réparation mauvais appariement de bases: comment savoir quelle base est erronée?
selon brin: matrice est méthylé alors que le nouveau brin ne l’est pas: coupe le brin non méthylé
comment se fait la réparation des mauvais appariements de bases dirigé par la méthylation
- dimère de MutS reconnait mismatch
- hydrolyse 2 ATP
- formation complexe avec dimère MutS, dimère MutL
- MutH coupe séquence GATC non méthylé
- exonucléase ExoI, ExoVII, ExoX, RecJ forme un gap: direction donné par UvrD
- resynthèse par pol III (PAS POL I)
- ligase
quand est-ce la réparation par excision de nucléotides est utilisée
quand distorions sont majeures: bloque réplication (exemple dimère de pyrimidines)
comment fonctionne la réparation par excision de nt
système réparation non-spécifique
- dimère UvrA et un UvrB se déplace sur double hélice jusqu’à rencontrer grosse distortion
- UvrA quitte et remplacée par UvrC
- attachement a UvrB stimule activité endonucléase de UvrC: coupe 4 nt en 3’ et 7 nt en 5’
- hélicase UvrD élimine oligonucléotide
- ADN pol I synthétise
- ligase
par quoi est induite la réponse SOS
région simple brin ADN causé par réplication lorsque présence d’obstacle comme dimères de pyrimidine ou ARN pol
comment ecq la réponse SOS est activé
de base: réprimer par LexA
- RecBCD forment séquence simple brin pour RecA (activé quand lié à simple brin)
- RecA interagit avec LexA et stimule son autoclivage: inactivation LexA
- expression régulon SOS
quels gènes sont retrouvé dans régulon SOS
uvrA,uvrB, recF, sfiA (inhibe FTsZ: donc pas division cellulaire)
qu’arrive-t-il quand il y a bcp trop de dommages à ADN
dans la réponse SOS
- quand beaucoup de RecA: peut autocliver umuD
- UmuC+ 2 UmuD clivé = pol V
- pol V + filament RecA activé = mutasome PolV
- mutasome passe par dessus les obstacles et ajoute au hasard des nt (donc fait des erreurs) ce qui permet de terminer la réplication
caractéristiques des polymérases translésions
- Pol II, Pol IV, PolV
- induite par SOS
- besoin de beta-clamp pcq pas processives
que veut dire la mutagénèse adaptative
accélération de évolution (acquérir plus de mutations) pour pouvoir survivre en mauvaises conditions
qu’arrive-t-il lors de la mutagenèse dirigée
utilisation de pol II, IV, V pour pouvoir induire le plus de mutations
- Rpos pour inhiber mutS (veut pas de réparation par pol III)
- veut réplication à partir R-loops (besoin de réplication pour induire mutations et pas de réplication à oriC en stress)
- cassure double brin
