cours 3 mcb2992 Flashcards
quelles sont les caractéristiques des promoteurs qui sont dépendant d’activateurs
- faible affinité pour ARN pol
- séq éloignée de -35 -10
caractéristiques des activateurs qui lient les promoteurs
- compensent pour faible affinité entre promoteur et ARN pol
- lie souvent domaine carboxyl-terminal sous-unités alpha ARN pol
que se passe-t-il si activateur se lie à promoteur qui à une forte affinité avec ARN pol
peut bloquer ARN pol de passer à phase élongation
comment les protéines activatrices jouent un role dans le mécanisme de régulation de l’activation transcriptionnelle
- recrutent ARN pol au promoteur (souvent -35 -10)
- attachement alpha-CTD à élément UP pour stabiliser ARN pol
- protéine activatrice CAP lie promoteur et lie alpha-CTD
- lie deux opérateurs et permet contact entre sigma70 et alpha-CTD
- lie ARN pol avant d’attacher promoteur
- change espace -35 -10 pour aider ARN pol
qu’est-ce que atténuation de la transcription
ARN pol commence transcription, mais termine avant d’atteindre l’opéron
comment se fait atténuation de la transcription (de façon globale)
change conformation structure secondaire de ARN
quelles sont les deux structures secondaires alternatives
- terminateur (avec suite de UUU)
- antiterminateur
quel ARN régule l’atténuation de la transcription chez E.coli
ARNt trp
quelles sont les 3 structures secondaires dans la région trpL de l’opéron trp E.coli ( dans atténuation de transcription)
1-2: fait pause transcription (permet bon rythme entre transcription/traduction)
2-3: antiterminaison
3-4: terminateur
quelle est la différence entre régulation atténuation de opéron trp chez E.coli vs B. subtilis
chez B. subtilis: protéine TRAP interagissant avec ARN qui détecte niveau ARNt trp
qu’est-ce que la protéine TRAP et dans quoi est-elle impliquée
11 sous-unités qui interagissent avec trp ce qui forme une roue: permet formation structure terminaison
TRAP est un répresseur
quelle est l’action de TRAP sur la traduction
peut inhiber initiation traduction en interagissant avec triplets près de RBS
comment ecq la protéine TRAP est régulé dans atténuation traduction de opéron trp de B.subtilis
- augmentation ARNt trp non chargé induit synthèse anti-TRAP
- anti-TRAP interagit avec TRAP empêche d’interagir avec ARN
que fait un riboswitch
ARN qui controle sa propre expression en détecter signal directement (pas besoin intermédiaire ribosome)
comment ecq ARNt trp régule atténuation transcription chez E.coli
(modulation ARN)
dans gène trpL: 2 codons trp: après transcription ribosome reste prise aux 2 codons trp si peu ARNt trp: pause permet former structure anti-terminaison
si excès ARNt trp: va tout de suite les ajouter: emprisonne structure 2: donc peut faire 3-4 (terminaison)
deux rôles des riboswitch dans atténuation de transcription
- senseur ARNt chargé
- réguler métabolites
comment fonctionne atténuation transcription par riboswitch senseur ARNt chargé
ARNt non-chargé peut se lier à 2 endroits du riboswitch
(anticodon: specifier loop, partie où aurait a.a.: structure anti-terminaison)
si ARNt chargé: peut pas se lier à structure anti-terminaison: donc formation terminaison
comment fonctionne l’atténuation transcription par riboswitch pour réguler les métabolites
exemple: vitamines, bases, cofacteurs
si bcp de métabolite: se lie au riboswitch pour former structure anti-anti-terminaison: fait terminaison
si peu: anti-terminaison
par quoi peut se faire la régulation de la dégradation des ARNm
- protéines qui changent stabilité (+ ou-)
- petit ARN qui change stabilité (+ ou -)
par quoi se fait la régulation de l’initiation de traduction
- protéines interagissant avec TIR
- petits ARN
- ARN thermosenseur
- riboswitch
qu’est-ce qu’un TIR
traduction initiation region
contient RBS et codon initiateur AUG
quand est-ce que les riboswitch sont le plus utilisé chez les Gram - vs B.subtilis
Gram-: traduction
B.subtilis: transcription
quelles sont les étapes supplémentaire pour assurer que les protéines soit active après leur traduction
- repliement adéquat
- modifications chimiques
- qté protéine peut affecter stabilité
- possible retro-inhibition par petites molécules
qu’est-ce que la protéolyse régulée
changement de susceptibilité aux protéases pour changer la stabilité d’une protéine
utilisation adaptateur (aider protéolyse) et anti-adaptateur (stabilise protéine)
comment se fait la régulation du facteur sigmaS par adaptateur/anti-adaptateur
sigmaS: relier à expression gènes pour réponse au stress, toujours synthétisé
- sans stress: adaptateur RssB lie sigmaS pour se faire dégrader par ClpXP
- avec stress: anti-adaptateur Ira lie RssB pour stabiliser sigmaS
comment se fait la régulation post-traductionnelle par retro-inhibition
produit final interagit avec première enzyme de la voie métabolique pour l’inhiber
