cours 2 mcb2992 Flashcards
quels sont les éléments du gène qui permettent expression génique
- promoteur: interagit avec ARN pol
- site initiation transcription
- RBS/SD: site attachement ribosome
- codon initiateur
- codon arrêt
- site terminaison transcription
différence entre thymine et uracil
thymine c’est uracil avec méthyl en position 5
quelles sont les structures secondaire de ARN
- épingle à cheveux
- pseudo noeud
G-U accepté, mais pas appariement
différence entre ARN pol coeur vs holoenzyme
ARN pol coeur: toutes sous-unités alpha, beta, omega
holoenzyme: ARN pol coeur avec facteurs sigma
dans quel sens se fait la transcription et sur quel brin d’ADN
sur brin matrice
synthèse 5’->3’
par quel nucléotide la transcription débute la plupart du temps
purine
étapes de transcription
- formation holoenzyme
- lien ARNpol promoteur: complexe fermé
- isomérisation: complexe ouvert
- initiation et cycle transcription abortive
- évasion ARN pol
- relâchement facteur sigma: élongation
- terminaison
avec quoi les différents facteurs sigma interagissent
4: -35
2: -10
3: proche beta
2: interagit beta’
quelle sont les variations possibles dans la structure des promoteurs et comment facteur sigma s’adapte
pas de région -35 mais région -10 étendue: sigma3 interagit avec étendue
ajout élément UP: interagit avec sous-unité alpha de ARN pol
en quoi consiste l’étape d’isomérisation dans la transcription
sigma2 sépare brins ADN à -10 et interagit avec brin codant
formation complexe ouvert
à quoi sert la rifampicine dans la transcription
après ajout de 2-3 nt: rifampicine interagit avec beta et bloque synthèse
qu’est-ce que la transcription abortive
ARN atteint 10 nt: canal de sortie est bloqué par sigma 3.2: fait arrêter synthèse
relâchement des nt et recommence jusqu’à pousser s3.2
que fait un bon promoteur
forte interaction avec ARNpol et séparation rapide ADN et transition rapide à phase élongation
qu’est-ce que ça veut dire la transcription est processive obligatoire
réaction doit avoir lieu du début à la fin: peut s’arrêter, mais pas quitter et continuer
sinon doit recommencer
quand ecq la ARNpol prend un pause pendant élongation
suite de U dans ARN forme épingle à cheveux
pcq A/U moins stable que A/T
à quoi servent les pauses pendant élongation
bien timer transcription et traduction pour ne pas avoir transcription prématurée
2 types de terminaison
indépendante ou rho-dépendante
en quoi consiste la terminaison indépendante
suite de U dans ARN juste à côté de ARNpol -> formation épingle à cheveux
rend instable ARNpol et relâchement ARNpol
en quoi consiste la terminaison rho-dépendante
protéine rho se lie quand avec séquence riche en C
activité hélicase ADN/ARN: brise hybride: relâchement ARNpol
comment est fait un ARNt
5 régions:
- boucle D, boucle pseudo-U: assure compatibilité a.a. et nucléotide
- anticodon
- bras accepteur: termine par CCA pour lier a.a.
quelles sont les étapes de l’initiation de traduction
- s-u 16S du ribosome reconnait site RBS
- début à AUG
- IF1/2/3 aide à former complexe initiateur
- ajout s-u 50S
comment se fait la terminaison de la traduction
- codon stop
- pas ajout ARNt mais déplacement au site P par RF1/2
- RFE relâche ARNm et ribosome
à quoi sert ARNtm
hybride entre ARN transfert et messager
quand ARNm dégradé: ARNtm ajoute alanine puis 10 a.a. avant d’arrêter
queue ajoutée: site de reconaissance pour protéase pour dégrader protéine
qu’est-ce que le phénomène de polarité
traduction se fini prématurément ce qui fait finir la transcription prématurément
site rut (pour protéine rho) est cachée par ribosome pendant transcription/traduction
mutation non-sens: codon stop fait arrêter la traduction
site rut plus caché fait terminer transcription
qu’est-ce qu’un phénotype constitutif
gène toujours exprimé
en général où se situe plus les sites activateurs vs répresseurs sur un gène
activateur: plus régions UP (upstream)
répresseur: plus proche promoteurs
qu’est-ce qu’une souche diploïde partielle
région du chromosome sur plasmide
(ex: lac chromosomique et lac sur plasmid F’)
quel sera le phénotype de deux mutations lac- récessive sur souche diploïde partielle
s’il y a complémentation entre les deux mutations: lac+
quand peut-il y avoir complémentation entre 2 mutations
quand mutations sont sur des gènes différents
(pas possible sur même gène ou si affecte site régulatoire)
que cause une mutation lacI-
phénotype constitutif mutation trans-récessive
que cause une mutaiton lacIS
phénotype lac-, mutation trans-dominante, (LacI répond pas inducteur)
que cause une mutation lacId
phénotype constitutif et mutation trans-dominante pcq sous-unité de LacI est mutée qui empêche son action
que cause une mutation lacOc
phénotype constitutif, LacI n’interagit plus avec opérateur
entre le gène lacI vs lacO, lequel a le plus de chances d’avoir de mutations
lacI pcq gène plus long
quel est l’opérateur dans l”opéron gal
2:
OE: région promotrice
OI: région codante début opéron
quel est le répresseur et l’inducteur dans l’opéron gal
répresseur:GalR
inducteur: galactose
que cause une mutation galRS
comme lacISL: super-répresseur qui ne reconnait plus inducteur
ecq opéron lac régulé positivement ou négativement
négativement
ecq opéron gal régulé positivement ou négativement
négativement
comment montrer que OE est un opérateur
expérience où opérateur OI sur plasmid: opéron pas induit mais si OE et OI sont sur plasmides: opéron est induit
ecq opéron gal induit sans OE ou OI
non besoin de deux
comment sont placés OE et OI sur ADN
opérateurs doivent être du même côté de double hélice pour ensuite former boucle dans ADN: doivent être séparé par multiple de 10 nt pcq 1 tour hélice= 10 nt
à quoi sert la protéine HU dans la régulation de opéron gal
protéine type histone
- twist ADN pour inactiver promoteurs situé entre GalR
comment ecq GalR inhibe opérateur gal
2 GalR se lient à OE et OI puis forment un dimère
opéron trp régulé négativement ou positivement
négativement
comment se fait la régulation de opéron trp
tryptophane le produit est un co-répresseur
* sans tryptophane: gène trpR forme aporépresseur: pas d’action
* avec tryptophane: aporépresseur et tryptophane se lie et forme TrpR qui inhibe
dans quel type de régulation (+ ou -) est-il plus difficile d’avoir des mutants constitutifs
positive
opéron ara régulé négativement ou positivement
positivement
quelle est la protéine régulatrice et l’inducteur chez opéron ara
AraC: activateur et anti-activateur
L-arabinose: inducteur
que cause la liaison entre L-arabinose et AraC
AraC passe d’un antiactivateur à un activateur
que se passe-t-il en absence L-arabinose chez opéron ara
dimère AraC lie O2 et I1: forme boucle de répression
que se passe-t-il en présence L-arabinose chez opéron ara
dimère AraC-arabinose interagit avec I1 et I2: permet activation
