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bacterio II > cours 2 mcb2992 > Flashcards

cours 2 mcb2992 Flashcards

1
Q

quels sont les éléments du gène qui permettent expression génique

A
  • promoteur: interagit avec ARN pol
  • site initiation transcription
  • RBS/SD: site attachement ribosome
  • codon initiateur
  • codon arrêt
  • site terminaison transcription
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2
Q

différence entre thymine et uracil

A

thymine c’est uracil avec méthyl en position 5

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3
Q

quelles sont les structures secondaire de ARN

A
  • épingle à cheveux
  • pseudo noeud

G-U accepté, mais pas appariement

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4
Q

différence entre ARN pol coeur vs holoenzyme

A

ARN pol coeur: toutes sous-unités alpha, beta, omega

holoenzyme: ARN pol coeur avec facteurs sigma

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5
Q

dans quel sens se fait la transcription et sur quel brin d’ADN

A

sur brin matrice
synthèse 5’->3’

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6
Q

par quel nucléotide la transcription débute la plupart du temps

A

purine

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7
Q

étapes de transcription

A
  1. formation holoenzyme
  2. lien ARNpol promoteur: complexe fermé
  3. isomérisation: complexe ouvert
  4. initiation et cycle transcription abortive
  5. évasion ARN pol
  6. relâchement facteur sigma: élongation
  7. terminaison
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8
Q

avec quoi les différents facteurs sigma interagissent

A

4: -35
2: -10
3: proche beta
2: interagit beta’

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9
Q

quelle sont les variations possibles dans la structure des promoteurs et comment facteur sigma s’adapte

A

pas de région -35 mais région -10 étendue: sigma3 interagit avec étendue

ajout élément UP: interagit avec sous-unité alpha de ARN pol

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10
Q

en quoi consiste l’étape d’isomérisation dans la transcription

A

sigma2 sépare brins ADN à -10 et interagit avec brin codant
formation complexe ouvert

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11
Q

à quoi sert la rifampicine dans la transcription

A

après ajout de 2-3 nt: rifampicine interagit avec beta et bloque synthèse

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12
Q

qu’est-ce que la transcription abortive

A

ARN atteint 10 nt: canal de sortie est bloqué par sigma 3.2: fait arrêter synthèse

relâchement des nt et recommence jusqu’à pousser s3.2

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13
Q

que fait un bon promoteur

A

forte interaction avec ARNpol et séparation rapide ADN et transition rapide à phase élongation

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14
Q

qu’est-ce que ça veut dire la transcription est processive obligatoire

A

réaction doit avoir lieu du début à la fin: peut s’arrêter, mais pas quitter et continuer
sinon doit recommencer

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15
Q

quand ecq la ARNpol prend un pause pendant élongation

A

suite de U dans ARN forme épingle à cheveux

pcq A/U moins stable que A/T

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16
Q

à quoi servent les pauses pendant élongation

A

bien timer transcription et traduction pour ne pas avoir transcription prématurée

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17
Q

2 types de terminaison

A

indépendante ou rho-dépendante

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18
Q

en quoi consiste la terminaison indépendante

A

suite de U dans ARN juste à côté de ARNpol -> formation épingle à cheveux
rend instable ARNpol et relâchement ARNpol

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19
Q

en quoi consiste la terminaison rho-dépendante

A

protéine rho se lie quand avec séquence riche en C
activité hélicase ADN/ARN: brise hybride: relâchement ARNpol

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20
Q

comment est fait un ARNt

A

5 régions:
- boucle D, boucle pseudo-U: assure compatibilité a.a. et nucléotide
- anticodon
- bras accepteur: termine par CCA pour lier a.a.

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21
Q

quelles sont les étapes de l’initiation de traduction

A
  • s-u 16S du ribosome reconnait site RBS
  • début à AUG
  • IF1/2/3 aide à former complexe initiateur
  • ajout s-u 50S
22
Q

comment se fait la terminaison de la traduction

A
  • codon stop
  • pas ajout ARNt mais déplacement au site P par RF1/2
  • RFE relâche ARNm et ribosome
23
Q

à quoi sert ARNtm

A

hybride entre ARN transfert et messager

quand ARNm dégradé: ARNtm ajoute alanine puis 10 a.a. avant d’arrêter

queue ajoutée: site de reconaissance pour protéase pour dégrader protéine

24
Q

qu’est-ce que le phénomène de polarité

A

traduction se fini prématurément ce qui fait finir la transcription prématurément

site rut (pour protéine rho) est cachée par ribosome pendant transcription/traduction
mutation non-sens: codon stop fait arrêter la traduction

site rut plus caché fait terminer transcription

25
Q

qu’est-ce qu’un phénotype constitutif

A

gène toujours exprimé

26
Q

en général où se situe plus les sites activateurs vs répresseurs sur un gène

A

activateur: plus régions UP (upstream)
répresseur: plus proche promoteurs

27
Q

qu’est-ce qu’une souche diploïde partielle

A

région du chromosome sur plasmide
(ex: lac chromosomique et lac sur plasmid F’)

28
Q

quel sera le phénotype de deux mutations lac- récessive sur souche diploïde partielle

A

s’il y a complémentation entre les deux mutations: lac+

29
Q

quand peut-il y avoir complémentation entre 2 mutations

A

quand mutations sont sur des gènes différents

(pas possible sur même gène ou si affecte site régulatoire)

30
Q

que cause une mutation lacI-

A

phénotype constitutif mutation trans-récessive

31
Q

que cause une mutaiton lacIS

A

phénotype lac-, mutation trans-dominante, (LacI répond pas inducteur)

32
Q

que cause une mutation lacId

A

phénotype constitutif et mutation trans-dominante pcq sous-unité de LacI est mutée qui empêche son action

33
Q

que cause une mutation lacOc

A

phénotype constitutif, LacI n’interagit plus avec opérateur

34
Q

entre le gène lacI vs lacO, lequel a le plus de chances d’avoir de mutations

A

lacI pcq gène plus long

35
Q

quel est l’opérateur dans l”opéron gal

A

2:
OE: région promotrice
OI: région codante début opéron

36
Q

quel est le répresseur et l’inducteur dans l’opéron gal

A

répresseur:GalR
inducteur: galactose

37
Q

que cause une mutation galRS

A

comme lacISL: super-répresseur qui ne reconnait plus inducteur

38
Q

ecq opéron lac régulé positivement ou négativement

A

négativement

39
Q

ecq opéron gal régulé positivement ou négativement

A

négativement

40
Q

comment montrer que OE est un opérateur

A

expérience où opérateur OI sur plasmid: opéron pas induit mais si OE et OI sont sur plasmides: opéron est induit

41
Q

ecq opéron gal induit sans OE ou OI

A

non besoin de deux

42
Q

comment sont placés OE et OI sur ADN

A

opérateurs doivent être du même côté de double hélice pour ensuite former boucle dans ADN: doivent être séparé par multiple de 10 nt pcq 1 tour hélice= 10 nt

43
Q

à quoi sert la protéine HU dans la régulation de opéron gal

A

protéine type histone
- twist ADN pour inactiver promoteurs situé entre GalR

44
Q

comment ecq GalR inhibe opérateur gal

A

2 GalR se lient à OE et OI puis forment un dimère

45
Q

opéron trp régulé négativement ou positivement

A

négativement

46
Q

comment se fait la régulation de opéron trp

A

tryptophane le produit est un co-répresseur
* sans tryptophane: gène trpR forme aporépresseur: pas d’action
* avec tryptophane: aporépresseur et tryptophane se lie et forme TrpR qui inhibe

47
Q

dans quel type de régulation (+ ou -) est-il plus difficile d’avoir des mutants constitutifs

A

positive

48
Q

opéron ara régulé négativement ou positivement

A

positivement

49
Q

quelle est la protéine régulatrice et l’inducteur chez opéron ara

A

AraC: activateur et anti-activateur
L-arabinose: inducteur

50
Q

que cause la liaison entre L-arabinose et AraC

A

AraC passe d’un antiactivateur à un activateur

51
Q

que se passe-t-il en absence L-arabinose chez opéron ara

A

dimère AraC lie O2 et I1: forme boucle de répression

52
Q

que se passe-t-il en présence L-arabinose chez opéron ara

A

dimère AraC-arabinose interagit avec I1 et I2: permet activation

bacterio II (8 decks)

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