cours 6 mcb2992 Flashcards
par quel facteur sigma se fait la régulation heat-shock
sigmaH
exemples de protéines impliquées dans réponse heat-shock
- GroEL, DnaK, DnaJ, GrpE: chaperones pour repliement
- Lon, Clp: dégrade protéines dénaturées
comment se fait la régulation de sigmaH pour la réponse heat-shock
régulation post-transcriptionnelle: shock thermique: augmentation traduction et stabilité
à température normale: DnaK lie sigmaH: rend plus sensible à protéase FtsH et empêche sigmaH d’être utilisé pour transcription
augmentation T: DnaL se lie aux autres protéines dénaturées (pas sigmaH)
comment se fait-il qu’il y ait plus de sigmaH après heat-shock
pcq ARNm sigmaH est un ARN thermosenseur (défait structure secondaire pour transcription si haute température)
par quel facteur sigma se fait la régulation globale de la réponse au stress
sigmaS (pour stationnaire)
par quoi est codé sigmaS (gène) et comment ecq il est activé
rpoS activé par plusieurs stress
régulateur principal: contrôle les réponses aux stress plus spécifiques
à quelle moment de la synthèse de sigmaS se fait la régulation
exemple: transcription, traduction
post transcription: au niveau de traduction ou stabilité
il y aura toujours présence ARNm sigmaS
quelles sont les 3 méthodes de régulation de sigmaS
- par petit ARN DrsA
- au niveau stabilité par RssB et Ira et ClpXP(protéase)
- par ARN 6S
comment se déroule la régulation de sigmaS par petit ARN DrsA
- active traduction sigmaS en baisse de T: TIR de ARNm sigmaS bloqué dans structure secondaire, DrsA lie ARNm avec aide de Hfq pour briser structure et activer
- inhibe traduction H-NS en baisse de T: DrsA + Hfq lie TIR ARNm hns pour bloquer
comment se déroule régulation de sigmaS au niveau de la stabilité
- en condition stress: production Ira (anti-adaptateur)
- Ira lie Rss
- empêche protéolyse régulée
RssB (adaptateur) lie sigmaS pour être dégradé par protéase ClpXP
comment se déroule la régulation de sigmaS par ARN 6S
ARN 6S ressemble à promoteur reconnu par sigma70
s’accumule en phase stationnaire et séquestre sigma70 pour libérer ARNpol
ARNpol peuvent se lier à sigmaS pour activer gènes réponse au stress
que fait la protéine Hfq
lie ARNs (trans) et ARN cible même si peu complémentaire
forme hexamère
dans quelle région du gène se trouve les ARNs
région intergénique (souvent conservées chez bactéries apparentées)
quelles sont les deux méthodes selon lesquelles ARNs peuvent agir
en cis: ARN cible étant même région que où sont encodés (mais dans brin opposé): fait en sorte que 100% complémentaire
en trans: codé ailleurs que séq qu’il régule donc pas 100% complémentaire: besoin Hfq
quelle est l’avantage de ne pas être 100% complémentaire avec ARN cible pour trans
permet d’avoir plusieurs cibles
régule plus qu’un gène pcq région ciblée est courte et interrompu par mauvais appariements
quelle est la particularité de ARNs CsrB
ne se lie pas à ARN cible, mais protéine
ARNs CsrB lie protéine CsrA: empêche CsrA de se lier à son ARN cible: permet traduction
CsrA lie ARN cible et stabilise structure secondaire qui bloque traduction
pourquoi y a-t-il beaucoup de réponse au stress extra-cytoplasmique
pcq première lignes de défense contre stress, sensible au stress
par quoi sont régulé les réponses au stress extra cytoplasmique
synthèse de porine (OmpC et OmpF)
que permet OmpC vs OmpF
OmpC: petites porines, empêche gros trucs d’entrer exemple sels biliaires, bien pour forte pression osmotique
OmpF: plus gros pore, permet entrée rapide de solutés, bien pour faible pression
comment se fait la régulation de OmpC et OmpF pour la pression osmotique
système à 2 composantes: EnvZ (senseur) et OmpR (régulateur transcriptionnel)
si forte osmolarité: phosphorylation EnvZ, phosphorylation OmpR, active transcription OmpC
faible osmolarité favorise OmpF pcq si trop de phosphorylation: site de répression de OmpF
comment se fait la régulation de OmpF pour les autres stress (autre que pression osmotique)
en situation stress: activation gène de MicF
ARNs MicF + Hfq: interagit avec TIR OmpF et inhibe
qu’est-ce qui peut activer le gène MicF
dans régulation stress OmpF
activateurs:
- SoxS: stress oxydatif
- MarA: acide faible et antibiotiques
- beaucoup OmpR-P
quels sont les 2 types de fer et comment sont-ils utilisé par les bactéries
ferrique: Fe3+: insoluble
ferreux: Fe2+: utilisable par bactéries
sidérophores transporte ferrique dans bactérie pour qu’il soit transformée en ferreux
que cause trop de fer aux bactéries
cause stress pcq forme des radicaux libres
quels sont les 3 mécanismes de régulation du fer
- système Fur
- ARNs RhyB
- acotinase du cycle des acides tricarboxylique
comment fonctionne le système de régulation Fur pour le fer
Fur: aporépresseur
si bcp Fe2+: Fe2+ et Fur répresseur de boite Fur (autour -10 du promoteur sigma70), donc pas transcription gènes assimilation fer
sans bcp Fe2+: Fur ne réprime pas, permet transcription (exemple sidérophores)
comment fonctionne l’ARNs RhyB pour réguler le fer
ARN cible: gènes non essentiels qui utilise le fer
si peu de Fe2+:
1. RhyB+Hfq lie ARN cible
2. formation double brin
3. dégradation par RNase
permet inhiber gènes non essentiels qui utilise le fer
si bcp Fe2+:
Fur réprime gène RhyB, réprime protéine qui réprime = expression des gènes non essentiels
