cours 6 mcb2992

Question 1

par quel facteur sigma se fait la régulation heat-shock

Answer 1

sigmaH

Question 2

exemples de protéines impliquées dans réponse heat-shock

Answer 2

• GroEL, DnaK, DnaJ, GrpE: chaperones pour repliement
• Lon, Clp: dégrade protéines dénaturées

Question 3

comment se fait la régulation de sigmaH pour la réponse heat-shock

Answer 3

régulation post-transcriptionnelle: shock thermique: augmentation traduction et stabilité

à température normale: DnaK lie sigmaH: rend plus sensible à protéase FtsH et empêche sigmaH d’être utilisé pour transcription

augmentation T: DnaL se lie aux autres protéines dénaturées (pas sigmaH)

Question 4

comment se fait-il qu’il y ait plus de sigmaH après heat-shock

Answer 4

pcq ARNm sigmaH est un ARN thermosenseur (défait structure secondaire pour transcription si haute température)

Question 5

par quel facteur sigma se fait la régulation globale de la réponse au stress

Answer 5

sigmaS (pour stationnaire)

Question 6

par quoi est codé sigmaS (gène) et comment ecq il est activé

Answer 6

rpoS activé par plusieurs stress

régulateur principal: contrôle les réponses aux stress plus spécifiques

Question 7

à quelle moment de la synthèse de sigmaS se fait la régulation

exemple: transcription, traduction

Answer 7

post transcription: au niveau de traduction ou stabilité

il y aura toujours présence ARNm sigmaS

Question 8

quelles sont les 3 méthodes de régulation de sigmaS

Answer 8

• par petit ARN DrsA
• au niveau stabilité par RssB et Ira et ClpXP(protéase)
• par ARN 6S

Question 9

comment se déroule la régulation de sigmaS par petit ARN DrsA

Answer 9

• active traduction sigmaS en baisse de T: TIR de ARNm sigmaS bloqué dans structure secondaire, DrsA lie ARNm avec aide de Hfq pour briser structure et activer
• inhibe traduction H-NS en baisse de T: DrsA + Hfq lie TIR ARNm hns pour bloquer

Question 10

comment se déroule régulation de sigmaS au niveau de la stabilité

Answer 10

1. en condition stress: production Ira (anti-adaptateur)
2. Ira lie Rss
3. empêche protéolyse régulée

RssB (adaptateur) lie sigmaS pour être dégradé par protéase ClpXP

Question 11

comment se déroule la régulation de sigmaS par ARN 6S

Answer 11

ARN 6S ressemble à promoteur reconnu par sigma70
s’accumule en phase stationnaire et séquestre sigma70 pour libérer ARNpol
ARNpol peuvent se lier à sigmaS pour activer gènes réponse au stress

Question 12

que fait la protéine Hfq

Answer 12

lie ARNs (trans) et ARN cible même si peu complémentaire
forme hexamère

Question 13

dans quelle région du gène se trouve les ARNs

Answer 13

région intergénique (souvent conservées chez bactéries apparentées)

Question 14

quelles sont les deux méthodes selon lesquelles ARNs peuvent agir

Answer 14

en cis: ARN cible étant même région que où sont encodés (mais dans brin opposé): fait en sorte que 100% complémentaire

en trans: codé ailleurs que séq qu’il régule donc pas 100% complémentaire: besoin Hfq

Question 15

quelle est l’avantage de ne pas être 100% complémentaire avec ARN cible pour trans

Answer 15

permet d’avoir plusieurs cibles
régule plus qu’un gène pcq région ciblée est courte et interrompu par mauvais appariements

Question 16

quelle est la particularité de ARNs CsrB

Answer 16

ne se lie pas à ARN cible, mais protéine

ARNs CsrB lie protéine CsrA: empêche CsrA de se lier à son ARN cible: permet traduction

CsrA lie ARN cible et stabilise structure secondaire qui bloque traduction

Question 17

pourquoi y a-t-il beaucoup de réponse au stress extra-cytoplasmique

Answer 17

pcq première lignes de défense contre stress, sensible au stress

Question 18

par quoi sont régulé les réponses au stress extra cytoplasmique

Answer 18

synthèse de porine (OmpC et OmpF)

Question 19

que permet OmpC vs OmpF

Answer 19

OmpC: petites porines, empêche gros trucs d’entrer exemple sels biliaires, bien pour forte pression osmotique

OmpF: plus gros pore, permet entrée rapide de solutés, bien pour faible pression

Question 20

comment se fait la régulation de OmpC et OmpF pour la pression osmotique

Answer 20

système à 2 composantes: EnvZ (senseur) et OmpR (régulateur transcriptionnel)

si forte osmolarité: phosphorylation EnvZ, phosphorylation OmpR, active transcription OmpC
faible osmolarité favorise OmpF pcq si trop de phosphorylation: site de répression de OmpF

Question 21

comment se fait la régulation de OmpF pour les autres stress (autre que pression osmotique)

Answer 21

en situation stress: activation gène de MicF
ARNs MicF + Hfq: interagit avec TIR OmpF et inhibe

Question 22

qu’est-ce qui peut activer le gène MicF

dans régulation stress OmpF

Answer 22

activateurs:
- SoxS: stress oxydatif
- MarA: acide faible et antibiotiques
- beaucoup OmpR-P

Question 23

quels sont les 2 types de fer et comment sont-ils utilisé par les bactéries

Answer 23

ferrique: Fe3+: insoluble
ferreux: Fe2+: utilisable par bactéries

sidérophores transporte ferrique dans bactérie pour qu’il soit transformée en ferreux

Question 24

que cause trop de fer aux bactéries

Answer 24

cause stress pcq forme des radicaux libres

Question 25

quels sont les 3 mécanismes de régulation du fer

Answer 25

• système Fur
• ARNs RhyB
• acotinase du cycle des acides tricarboxylique

Question 25

comment fonctionne le système de régulation Fur pour le fer

Answer 25

Fur: aporépresseur
si bcp Fe2+: Fe2+ et Fur répresseur de boite Fur (autour -10 du promoteur sigma70), donc pas transcription gènes assimilation fer

sans bcp Fe2+: Fur ne réprime pas, permet transcription (exemple sidérophores)

Question 26

comment fonctionne l’ARNs RhyB pour réguler le fer

Answer 26

ARN cible: gènes non essentiels qui utilise le fer

si peu de Fe2+:
1. RhyB+Hfq lie ARN cible
2. formation double brin
3. dégradation par RNase

permet inhiber gènes non essentiels qui utilise le fer

si bcp Fe2+:
Fur réprime gène RhyB, réprime protéine qui réprime = expression des gènes non essentiels